Dise o de primers
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23/3/10 DISEÑO DE PRIMERS EMILIANO BARRETO H. Profesor Asociado D.E Que es un primer? Un primer es un oligonucleotido sintetico corto usado en técnicas moleculares que van desde PCR a secuenciación de DNA . Se diseñan para que su secuencia sea el complemento reveso de a la región que sirve de templete o del DNA objetivo al cual se desea que el primer se “anille”. Que se tiene en cuenta 1. Deben tener de 17-28 bases de longitud; 2. Composición de bases: 50-60% (G+C); 3. La terminación (3') primers debes ser: G ó C, ó CG ó GC: Esto previene el "breathing" de las terminaciones e incrementa la eficiencia de la iniciación 4. Tms entre 55-80 ºC ; 5. Los primers largos pueden tener errores. Por lo que en algunos casos se recomienda la purificación con HPLC 1 23/3/10 Que se tiene en cuenta 6. 3'-terminales de los primer no deben ser complementarios. 7. El primer no debe ser complementario consigo mismo (evitar estructuras secundarias como hairpins) 8. Evitar primers con 3 o mas Cs ó Gs en el termina3’ pueden causar falta de inciación en secuencias rica en G ó C-rich (por la estabilidad del proceso de anillado), and should be avoided. (adaptado de Innis and Gelfand,1991) Primers degenerados 2
