Dotplot usando Dotlet Carlos Javier Tejada Díaz 1. Compare las secuencias OPRM_RAT y SSR1_HUMAN usando Dotlet. a. Introduzca las dos secuencia en Dotlet y compute el dotplot. b. ¿Qué significa la intensidad de un pixel (gray level)? Cada pixel corresponde a un residuo de cada secuencia. La intensidad del pixel depende de cuanto son similares las secuencias alrededor de las posiciones verticales y horizontales. Cada pixel tiene un puntación, si es alta indica que las secuencias son similares. Hay una gran cantidad de pixeles con valores bajos y pocos con valores altos. Con ajustes en la escala de grises los puntos más oscuros son presentan puntaje más bajos. c. Cambie la escala de grises en los bordes. ¿Dónde sería la posición óptima para los limites alto y bajo de la escala de grises? La líneas azules representan los valores de puntos, hacia la izquierda están los valores menores, y el pico representa el menor valor que mas se repite. El valor ultimo de la derecha, representa los puntajes mas alto. Si movemos las escalas de contraste a este límite, obtendremos una imagen ajustada como se observa en la siguiente figura: d. ¿Que representan las líneas diagonales? Son la representación de las coincidencias en las secuencias que estamos comparando e. Trate de modificar el ruido de fondo, cambiando el tamaño de la ventana, el valor limite o ambos. Imagen con tamaño de ventada: 3. Al reducir el tamaño de la ventana, aumenta el ruido de fondo. Imagen con tamaños de ventana: 30. Al aumentar el tamaño de la ventana se reduce el ruido de fondo Imagen con los valores de contraste al máximo, se observa como el ruido de fondo es máximo. f. Compare cada secuencia contra ella misma Imagen comparando la secuencia ´´OPRM_RAT Mu-type opioid receptor´´ con ella misma. Se observa una gran diagonal muy pronunciada, exactamente lineal. Imagen comparando la secuencia ´´ SSR1_HUMAN Somatostatin receptor type 1´´ con ella misma. Se observa una gran diagonal muy pronunciada, exactamente lineal. 2. Ejercicios suplementarios Adicionalmente compare las siguiente parejas de secuencias. a. CO9_HUMAN - PERF_HUMAN b. FOSLA_DROME - GCN4_YEAST c. HBB_HUMAN - LGB1_PEA d. YO11_ADEG1 - CD4_HUMAN
