Metagenómica en HPC
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Metagenómica en HPC Biomedicina, San-ago 17 Octubre 2014 Dante Travisany Temas • • • • • Introducción Pipeline LBMG Ejemplo en el HPC Aproximación por Red Reconstrucción Introducción Introducción HMP IHMC MetaHIT Microbiome You are what you EAT HOST Datos 454 Pre-procesamiento y Normalización Pre-procesamiento Pre-procesamiento y Normalización Datos 454 Secuencias de alta calidad Pre-procesamiento Normalización Clasificación taxonómica Clasificación y Ensamble Entrada/ Entrada/ Salida Entrada/ Salida Entrada/ Salida Salida Géneros Secuencias de alta calidad Normalización Ensamble Identificación 16S RNA Secuencias Consenso Organismo Representativo No Agrupar Sí Generación de Pseudo Cromosoma Cromosomas Identificación de CDS Anotación Secuencia Proteína Búsqueda en Bases de datos Biológicas Identificación Ortologos Sí Ortólogos Hit Significativo? Descripción Funcional No Función desconocida Almacenar Datos Base de Datos MySQL Servicio Web BioMart Almacenamiento y Servicio Web Servicio Web GenDB Datos 454 Pre-procesamiento y Normalización Pre-procesamiento Secuencias de alta calidad Normalización Clasificación taxonómica Clasificación y Ensamble Entrada/ Entrada/ Salida Entrada/ Salida Entrada/ Salida Salida Géneros Clasificación y Ensamble Géneros Ensamble Identificación 16S RNA Clasificación taxonómica Secuencias Consenso Organismo Representativo No Ensamble Agrupar Sí Generación de Pseudo Cromosoma Identificación 16S RNA Cromosomas Identificación de CDS Secuencias Consenso Anotación Organismo Representativo Secuencia Proteína Búsqueda en Bases de datos Biológicas Identificación Ortologos Sí Ortólogos Hit Significativo? Descripción Funcional Sí No Generación de Pseudo Cromosoma Función desconocida Cromosomas Almacenar Datos Base de Datos MySQL Servicio Web BioMart Almacenamiento y Servicio Web Servicio Web GenDB No Agrupar Datos 454 Pre-procesamiento y Normalización Pre-procesamiento Secuencias de alta calidad Normalización Clasificación taxonómica Clasificación y Ensamble Entrada/ Entrada/ Salida Entrada/ Salida Entrada/ Salida Salida Géneros Ensamble Identificación 16S RNA Secuencias Consenso Organismo Representativo No Agrupar Identificación de CDS Anotación Sí Generación de Pseudo Cromosoma Secuencia Proteína Cromosomas Identificación de CDS Anotación Búsqueda en Bases de datos Biológicas Identificación Ortologos Secuencia Proteína Búsqueda en Bases de datos Biológicas Identificación Ortologos Sí Ortólogos Hit Significativo? Descripción Funcional Sí Servicio Web BioMart Función desconocida Almacenamiento y Servicio Web Servicio Web GenDB No No Almacenar Datos Base de Datos MySQL Hit Significativo? Ortólogos Descripción Funcional Función desconocida Datos 454 Pre-procesamiento y Normalización Pre-procesamiento Secuencias de alta calidad Normalización Clasificación taxonómica Clasificación y Ensamble Entrada/ Entrada/ Salida Entrada/ Salida Entrada/ Salida Salida Géneros Ensamble Identificación 16S RNA Secuencias Consenso Organismo Representativo No Agrupar Sí Generación de Pseudo Cromosoma Cromosomas Identificación de CDS Anotación Secuencia Proteína Búsqueda en Bases de datos Biológicas Identificación Ortologos Sí Ortólogos Hit Significativo? Descripción Funcional No Función desconocida Almacenamiento y Servicio Web Almacenar Datos Base de Datos MySQL Almacenar Datos Base de Datos MySQL Servicio Web BioMart Almacenamiento y Servicio Web Servicio Web GenDB Servicio Web BioMart Servicio Web GenDB Datos 454 Pre-procesamiento y Normalización Pre-procesamiento Secuencias de alta calidad Normalización Clasificación taxonómica Clasificación y Ensamble Entrada/ Entrada/ Salida Entrada/ Salida Entrada/ Salida Salida Géneros Ensamble Identificación 16S RNA Secuencias Consenso Organismo Representativo No Agrupar Sí Generación de Pseudo Cromosoma Cromosomas Identificación de CDS Anotación Secuencia Proteína Búsqueda en Bases de datos Biológicas Identificación Ortologos Sí Ortólogos Hit Significativo? Descripción Funcional No Función desconocida Almacenamiento y Servicio Web Almacenar Datos Base de Datos MySQL Almacenar Datos Base de Datos MySQL Servicio Web BioMart Almacenamiento y Servicio Web Servicio Web GenDB Servicio Web BioMart Servicio Web GenDB
