XIII Jornadas Científicas de Biomedicina y Biotecnología Molecular

XIII Jornadas Científicas de Biomedicina y Biotecnología Molecular
XIII Biomedicine and Molecular Biotechnology Scientific Meetings
ANALISIS FILOGENETICO DE SECUENCIAS (ATM, CHEK2, PLB) RELACIONADAS A BRCA1
Y BRCA2 EN LA PRESENTACION DE CANCER DE MAMA
AUTORES
Jannitza Arandia Barrios
DIRECCIÓN: Calle Ricardo Flores Magón, Mz: 291 Lt: 2, Col Montón cuarteles, Huixquilucan
Estado de México
Email:
[email protected]
INTRODUCCIÓN
El cáncer de mama presenta más de un millón de nuevos casos diagnosticados y más de 548,000
muertes por año. Se estima que la predisposición genética es responsable de 5-10% de todos los
cánceres de mama. Estudios epidemiológicos y en parejas de gemelos monocigóticos indican que
el componente genético juega un papel relevante en la susceptibilidad para padecer este cáncer
asociado a los genes denominados BRCA1 y BRCA2. Se encontró también genes que interactúan
con BRCA1 y 2 en procesos de reparación del DNA. De esta forma se identificaron alelos poco
frecuentes en ATM10, CHEK211, PALB212 que contribuye aproximadamente al 5% del
componente genético de riesgo.
MATERIALES Y MÉTODOS
Computadora con software Ubuntu, con programas para los alineamientos como ClustalW,
Muscle, Dalilite, Kaling, Mattf,y Tcoffe. Gene Doc para la evaluación y Mega para el árbol
filogenético.
DESARROLLO
Se realizó una búsqueda de secuencias en NCBI en Nucleótidos, se seleccionaron las secuencia
ATM mRNA gen y cds, CHEK2 mRNA gen y cds, PALB mRNA gen y cds. Seguida de búsqueda
de similitudes en la base de datos Blastn para cada secuencia. Se creó un archivo formato fasta
para cada una de ellas. Se realizó un alineamiento múltiple de secuencias para ATM, CHEK2 y
PALB por separado utilizando programas como ClustalW, Muscle, DIalind, Kaling, Mattf,y Tcoffe y
se evaluó con Gene Doc. Se realizó análisis filogenético por método de distancias utilizando el
programa Mega y se construyó un árbol Filogenético por métodos de parsimonia utilizando el
programa Mega.
RESULTADOS
Se identificó que ATM tiene 7 variantes, se selecciona la primera presente en el cáncer de mama.
Para ATM, CHEK2 y PALB resulto mejor alineamiento con Kaling con los mejores resultados en
suma de pares, entropía mínima y árbol filogenético. Se alinearon las secuencias de cds con
muscle con la opción de trascripción inversa en Gene Doc. Tomando en cuenta criterio de
distancias (Neigbor joinin) con modelo evolutivo Kimura de los 2 y la prueba Bootstrap con 1000
réplicas. Y la comparamos con el arbol filogenético consenso, las secuencias se entrelazan e
intercalan formando ramas comunes.
DISCUSIÓN
La reconstrucción filogenética se las secuencias estudiadas con sus variantes implicadas en el
Cáncer de mama son homologas, no se encuentran paralogos, pero si ortólogos cercanos y
lejanos.
CONCLUSIONES
El análisis de la reconstrucción filogenética de las secuencias ATM, CHEK2, PALB nos muestra
que son Homologas. La mutación de las mismas evitaría la reparación de las lesiones, por tanto
perpetuaría la mutación y la presencia del cáncer de mama que unidas al BRCA 1 y BRCA2
conforman el 20 a 25 % de predisposición. Los ortólogos cercanos encontrados, por ejemplo en
gorila su importancia radica en la similitud de la presentación del cáncer de mama.
REFERENCIAS BIBLIOGRÁFICAS
Tonin PN. 2000 Genes implicated in hereditary breast cancer syndromes. Semin Surg Oncol; 18:
281-6.
REFERENCIAS INFORMÁTICAS
Cañizares," http://personales.upv.es/jcanizar/bioinformatica/alineamientos.html; Enero 2015
Unidad Profesional Lázaro Cárdenas, Prolongación de Carpio y Plan de Ayala s/n, Col. Santo Tomas C.P. 11340
Delegación Miguel Hidalgo México, D.F. | http://www.encb.ipn.mx/ | http://biomedbiotec.encb.ipn.mx/jornadas2015/