Curso “Next Generation Sequencing (NGS) data analysis

Curso “Next Generation Sequencing (NGS) data analysis
(preprocessing, mapping, assembling, annotation, etc)”
Montevideo 15-22 November, 2010
El punto focal de UNU-BIOLAC de Montevideo, junto a la Facultad de Ciencias
de la Universidad de la República y el Instituto Nacional de Investigación
Agropecuaria (INIA) del Uruguay organizan el curso internacional titulado:
“Next Generation Sequencing (NGS) data analysis (preprocessing, mapping,
assembling etc)”. Este curso tendrá lugar entre el 15 y 22 de Noviembre del
2010 en la Facultad de Ciencias de la ciudad de Montevideo.
El curso, que incluirá aulas teóricas como actividades de trabajo directo en la
computadora, tendrá una carga horaria total de 40 horas. Este curso está
orientado a estudiantes de posgrado, posdocs e investigadores jóvenes que ya
estén trabajando o planeen trabajar en el área de la secuenciación masiva con
técnicas NGS. Participantes provenientes del área genómica como
bioinformática serán bienvenidos.
El curso será dictado en inglés.
Organizadores: UNU-BIOLAC (Punto Focal de Montevideo), Fernando Alvarez-Valin
(Facultad de Ciencias, UDELAR), Fabian Capdevielle y Marco Dallarizza (INIA)
Docentes Invitados: Massimo Delledonne, Alberto Ferrarini, Dipartimento di
Biotecnologie, Università degli Studi di Verona. (http://ddlab.sci.univr.it/ddl/)
Programa:
Introduction to Next Generation Sequencing technologies and applications
1)
NGS technologies available now and in the near future
2) Their major applications: RNA-Seq, whole genome / exome (sequence
capture), CHIP-Seq
3) Advantages and disadvantages of NGS compared to other technologies (i.e.
microarray)
Genome and transcriptome analysis
4)
Data handling: sequence data formats and data preprocessin
5)
Short reads and ESTs alignment to a reference genome
6)
RNA-Seq data analysis
7)
Detection of SNPs and indels
Assembly and annotation of expressed sequence data
8)
Genome Browsers and their application to NGS data visualization
9)
De novo assembly and reference-assisted assembly
10) Expression sequences annotation
11) Gene Ontology
12) The Short Reads Archive
Inscripción
Las postulaciones deberán incluir:

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
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CV breve (edad, posición, área de investigación, publicaciones)
Carta de referencia del supervisor de tesis o jefe directo
Una carta de motivación. Esta carta deberá explicar como el curso será
útil en su trabajo de investigación o en la formación del postulante.
Los costos de inscripción serán completamente exonerados para aquellos
estudiantes que sean aceptados en el curso. Existen becas para los
participantes externos (de la región) para cubrir los costos de alojamiento
y alimentación durante toda la estadía. También se otorgarán ayudas
para cubrir los costos de viaje a un número limitado de participantes. Las
solicitudes de apoyo económico (tanto de viaje como de estadía) deberán
ser enviadas en documentos aparte (también en formato PDF). Estas
postulaciones de becas serán evaluadas caso a caso.
Las solicitudes deberán ser enviadas como archivos PDF a:
[email protected], hasta el 15 de Octubre del 2010, o en la pagina
web del curso http://cursongs.fcien.edu.uy