INSTITUTO CONMEMORATIVO GORGAS DE ESTUDIOS DE LA

INSTITUTO CONMEMORATIVO GORGAS DE ESTUDIOS DE LA SALUD
DIRECCIÓN GENERAL
OFICINA DE PLANIFICACIÓN
INFORME DE CIERRE DE PROYECTO 2015
El objetivo del informe de cierre el proyecto es presentar los resultados e información relevante
de la culminación del o los proyectos, comparándolo con la información prevista en el proyecto
aprobado por el Ministerio de Economía y Finanzas (MEF) u otra fuente de financiamiento. Debe
ser elaborado por el o los responsables del proyecto al finalizar la ejecución del mismo.
Área de Trabajo: Dirección/Depto./Sección/Unidad:
Edificio de Investigación 2 piso del laboratorio de Genómica
y Proteómica
Código SINIP:009044.025
Partida
Presupuestaria:111.1.3703001117
Nombre completo del Proyecto: Diagnóstico Molecular de Cáncer
Responsable del proyecto:
Dr. Juan Miguel Pascale
Co-investigadores:
Yamitzel Zaldivar, Alexander Martínez, David
Cardenas
Tipo de Investigación:
Especialidad vinculada: SALUD
Patrocinador o financiador: MEF
Principales aliados y/o colaboradores del
proyecto internos:
Principales aliados o colaboradores del
INSTITUTO ONCOLÓGICO
proyecto Externos:
Fecha Inicio del Proyecto:
Fecha de
Período del Informe:
2009
Culminación del
2015
Proyecto:2016
Proyecto de continuidad SI /_X__/ No/__X___/
Si la respuesta es afirmativa cuando inicio /_2009I__/ cuando termina /__2018__/
COMPLETAR EN CASO DE QUE EL PROYECTO SEA DE CONTINUIDAD:
¿Existe algún factor que ponga en riesgo la sostenibilidad del proyecto?
Si /____
/
No /__X__/
Explique:
OBJETIVOS:
Objetivo General:
Implementar un centro de diagnóstico molecular del cáncer en Panamá.
Objetivos Específicos:
 Capacitar a los tecnólogos médicos en el uso de técnicas moleculares para el diagnóstico,
tratamiento, seguimiento y pronóstico de los pacientes con Cáncer en Panamá.
 Contribuir al desarrollo de un nuevo algoritmo de diagnóstico y tratamiento para los pacientes
con sospecha de Cáncer en Panamá.
 Contribuir a mejorar el pronóstico de los pacientes con Cáncer en Panamá.
 Reducir los costos de atención.
 Estandarizar las pruebas diagnósticas para los diferentes Cánceres en Panamá y así asegurar una
calidad en la atención de nuestros pacientes.
EJECUCION FINANCIERA
Monto total del proyecto: 100,000.00
Monto total ejecutado:
98,898.34
Avance Físico
70%
LISTE LAS PRINCIPALES METAS DEL PROYECTO:
Las principales metas están incluídas en los objetivos específicos del proyecto.
PRINCIPALES RESULTADOS OBTENIDOS CON EL PROYECTO DE ACUERDO CON LAS
METAS PLANTEADAS (Breve resumen de los progresos, hallazgos, publicaciones, presentaciones
realizadas) En 2015, se realizaron los siguientes items:
Logros:
 Realización de la prueba de detección de mutaciones en el gen Kras a 134 personas con cancer colorectal
de diversos hospitales de Panamá (ver Grafica #1 Anexo 1)
 Se ha realizado la transferencia de la metodología de detección de mutacion en el gen Kras al Hospital
Oncológico Nacional (Figura #1 a 2 Anexo 1).
 Se ha realizado la transferencia de la metodología de detección de mutacion en el gen ckit al Hospital
Oncológico Nacional.
 Se capacitó a personal técnico para la realización de nuevas estandarizaciones.
 Adquisición de reactivos especializados para la evaluación de una técnica de patrones de metilación y
expresión del gen PSA3 en sujetos sometidos a tacto prostático (Anexo 2).
Principales Resultados de Impacto:
 Transferencia de la técnica de detección de mutaciones en el gen k-ras al Instituto Oncológico Nacional.
 Estandarización de la técnica de detección de mutaciones en el gen c-kit.
 Estandarización de la extracción de ADN a partir de tejido embebido en parafina.

Respuesta diagnóstica para la detección de mutaciones a nivel de los genes c-kit y k-ras al Instituto
Oncológico Nacional.
Retos para periodo 2016:
 Culminar con la estandarización e implementación de una metodología para monitoreo de cancer de
prostata.
Retos para periodo 2017-2018:


Implementación de metodologías geneticas de diagnóstico temprano de cancer de mama en población de
alto riesgo.
Implementación de metodologías geneticas de diagnóstico temprano de cancer de prostata en población
de alto riesgo.
¿Cómo esta almacenada la información recolectada? (base de datos, informes, otros?
Base de datos (excel y EpiInfo) en una computadora con clave (contraseña).
EXPLIQUE:
¿El proyecto se realizó de acuerdo a lo planificado?
SI ___X__ / NO _____
Nota: En el caso de proyectos de investigación referirse al protocolo y respecto a infraestructura y equipamiento referirse
al pliego y/o especificaciones/contrato
En caso que la respuesta sea negativa, explique porque:
¿Se han requeridos enmiendas al Proyecto original? SI/______/ No/__X__/
¿Si su respuesta es afirmativa favor dar detalle del número de enmiendas o cambios al proyecto y
mencione las fechas de aprobación?
LECCIONES APRENDIDAS: (señale brevemente y de forma objetiva y crítica las lecciones
aprendidas del proceso seguido en la ejecución del proyecto). Las lecciones tienen relación con las
preguntas ¿el diseño fue el adecuado?; ¿la estrategia de ejecución fue eficiente?
¿Qué cosas se hicieron bien? La elección de colaboradores claves en el Instituto Oncológico permitió la
realización de transferencia de metodologías, y la aplicación de pruebas moleculares a los pacientes que
presentaron cancer colon-rectal
¿Qué se podría haber realizado mejor? Mejorar la logística y el número de colaboradores dentro del Instituto
Oncológico capacitados y orientados al uso de las aplicaciones que se estan implementando en el proyecto.
¿Qué se hizo mal? Enfocar el abordarje a los tipos de cancer más frecuentes en Panamá, como lo son Cancer de
mama y de prostata. En el periodo 2017 y 2018 se propone realizar estos objetivos prioritarios luego de una
estandarización de metodologías que estamos realizando en el 2016.
¿Qué haría diferente si trabajara en el mismo proyecto?
Enfocar el trabajo a los tipos de cancer que más afectan a la población Panameña, como lo son el cancer de mama
y el de prostata, evaluando además nuevas metodologías que permitan un diagnóstico temprano de recurrencia o
recrudecencia de la enfermedad.
¿Qué recomendaciones haría a futuros proyectos?
Incluir la evaluación de canceres gastroinstestinales, y canceres provocados por agentes infecciosos como lo son
el cancer de higado, de cervix.
SEÑALE LOS PRINCIPALES PROBLEMAS O LIMITACIONES EN LA EJECUCIÓN DEL
PROYECTO:
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
8.
9.
10.
11.
Deficiencia en el diseño del proyecto de inversión:
Deficiencias en el área administrativa:
Desinterés de los beneficiarios:
Deficiencia en la asignación de recursos presupuestarios:
Falta de capacitación de la unidad ejecutora:
Deficiente calidad de los equipos /insumos:
Problemas climatológicos/físicos/geográficos:
Deficiente desempeño de contratistas/consultores:
Limitaciones de carácter legal:
Deficiencia en los arreglos institucionales:
Ingreso tardío del protocolo a Bioética:
Otra especifique:
Certifico que el estudio se realizó en estricta conformidad de acuerdo a lo indicado en el
protocolo aprobado del Proyecto.
Responsable de la Unidad Ejecutora:
Nombre: Alexander Martínez
Firma
Fecha: 16-03-2016____
Teléfono: 527-4821__________Correo electrónico: [email protected]
Responsable de la elaboración del Informe:
Nombre:______________________Firma____________________Fecha:_____
Teléfono: ___________________Correo electrónico: _____________________
PARA USO DE LA EXCLUSIVO DE LA OFICINA DE PLANIFICACIÓN
Observaciones:
ANEXO 1
Resultados del análisis de mutaciones asociadas a
Kras.
Gráfica #1. Distribución de las muestras realizadas en la determinación de mutaciones del
gen Kras.
Gráfica #2. Número de muestras procesadas gen Kras.
Gráfica #2. Mutaciones asociadas a Resistencia del tratamiento en el gen Kras.
Figura #1
Resultado de amplificación de pacientes analizados.
ANEXO 2
Proyecto “Desarrollo de una prueba molecular para la
detección de cáncer de próstata a partir de orina”.
Investigador principal
David Cárdenas
Co-investigadores:
Juan Miguel Pascale
Yamitzel Zaldívar
Fuente de financiamiento: Ministerio de Economía y Finanzas
Instituciones asociadas:
Instituto Oncólogico Nacional (ION)
Hospital Santo Tomás (HST)
Complejo Hospitalario Dr. Arnulfo Arias Madrid (CHAAM)
Período de ejecución: 2013-2015
Breve resumen del proyecto
El Cáncer es una de las principales causas de mortalidad a nivel mundial. En Panamá, según
estadísticas del Instituto Oncológico Nacional (ION), durante el 2008 se registraron unos
2,411 casos de Cáncer en general Las estadísticas del año 2010 de la Contraloría General de
la Nación indicaron que los tumores malignos ocupan la primera causa de defunciones en el
país, dando a conocer el alto número de personas que mueren de ésta patología cada año.
En nuestro país, de acuerdo a la Organización Mundial de la Salud (OMS) y su Agencia
Internacional de Investigación del Cáncer (IARC), se destacaron entre los cánceres más
frecuentes durante el año 2008, el Cáncer de próstata, mama, cérvix, colorrectal, estómago y
pulmón. Este grupo de enfermedades tiene un impacto social y económico de importancia
para nuestro país.
Por muchos años, el cáncer se ha estudiado rigurosamente, pero, a pesar de que se tienen
enumerados cuales son los factores de riesgo implicados en su aparición, aún no se ha
encontrado una cura específica. Debido a esto, los científicos deben seguir inclinándose a
realizar un diagnóstico temprano de la enfermedad, que sea rápido, confiable y que brinde
beneficios directos al paciente.
En este año se inició la fase de estandarización y validación de la prueba que busca detectar
células cancerosas a partir de orina de pacientes con cáncer de próstata.
Principales Avances y Logros
El proyecto “Desarrollo de una prueba molecular para la detección de cáncer de próstata a
partir de orina” fue aprobado a mediados del año 2015 por el Comité de Bioética de la
Investigación del Instituto Conmemorativo Gorgas.
Hasta la fecha se ha logrado recolectar la orina de 34 pacientes, de los cuales 13
son pacientes retrospectivos y 21 son pacientes prospectivos. En el caso de los
pacientes retrospectivos, el 77% corresponde a personas diagnosticadas con
cáncer de próstata mientras que el 23% restante corresponde a personas cuya
biopsia prostática inicial y/o repetida resultó negativa.
Como se mencionó en el informe anterior, la falta de la detección reproducible del
biomarcador PCA3 (a pesar de que se incorporó un paso de preamplificación en la
metodología) en las muestras de mRNA de los primeros 6 pacientes retrospectivos
nos llevó a pensar que en dichas muestras hay presencia de inhibidores de la RTqPCR o que hay muy poca cantidad de mRNA por su susceptibilidad a la
degradación. Por ello, se decidió extraer RNA total a partir de las próximas muestras
por su mayor estabilidad en comparación con el RNA mensajero. Utilizando una
muestra comercial de RNA total de próstata humana se probaron varias condiciones
de transcripción en reversa y se seleccionó la más conveniente. Posteriormente, se
realizó un ensayo para verificar que las condiciones del paso de transcripción en
reversa eran reproducibles y mantenían la alta eficiencia de la qPCR de PSA y
PCA3. Para ello, se realizó una RT-qPCR para ambos genes con y sin
preamplificación a partir de diluciones seriadas desde 20 ng a 625 pg del RNA total
de próstata comercial. Los resultados mostraron una buena reproducibilidad y una
eficiencia por arriba del 90% para la detección de ambos genes, tanto incorporando
como sin incorporar un paso de preamplificación en la metodología. El siguiente
paso fue probar las condiciones de ambos ensayos RT-qPCR en 3 muestras de
RNA total de pacientes. Desafortunadamente, sólo se pudo detectar la presencia de
PSA (con y sin preamplificación) en niveles por debajo de 10 copias en el tubo de
reacción. Es posible que esta baja sensibilidad sea debida a que se partió de muy
poca cantidad de RNA total para la transcripción en reversa o que la cantidad de
RNA total de próstata en la muestra es tan pequeña o ausente que dificulta la
detección de PSA y PCA3 a partir de la cantidad de RNA total ensayada. Es
necesario realizar más pruebas con mayor cantidad de RNA total para verificar una
presencia significativa y, por lo tanto, obtener una cuantificación confiable del
biomarcador en las muestras de pacientes. Además del análisis de PCA3 como
biomarcador, también se ha considerado analizar la expresión de otros 2
biomarcadores a nivel de mRNA en las mismas muestras. Se trata de las fusiones
génicas TMPRSS2-ERG y TMPRSS2-ETV1, cuyas expresiones también se han
asociado ampliamente en la literatura con la presencia de cáncer de próstata.
Ensayo RT-qPCR de PSA. RT-qPCR a partir de diluciones seriadas de 2 (20 – 0.625 ng) sin
incorporar (curvas rojo a púrpura) e incorporando (curvas azul a verde) un paso de
preamplificación de 16 ciclos previo a la qPCR.
Con respecto a GSTP1, debido a los problemas de inespecificidad cruzada que
hemos tenido con las 2 parejas de primers que se han ensayado previamente, se
utilizará una nueva pareja de primers, descrita en un artículo reciente, que amplifica
la forma metilada del promotor de GSTP1. Al igual que en el caso de PCA3, también
se consideró analizar la expresión de otros 2 biomarcadores epigenéticos a partir
del DNA genómico de las mismas muestras: la forma metilada del promotor de los
genes APC y RARB2, cuya hipermetilación en su región promotora también se han
asociado frecuentemente en la literatura con la aparición de cáncer de próstata.
En resumen, los ensayos RT-qPCR para los biomarcadores PSA y PCA3 parecen
funcionar eficientemente ya que se establecieron condiciones de ensayo que
muestran una eficiencia de amplificación por arriba del 90% (con y sin el paso de
preamplificación). En el caso de GSTP1, se ensayará la nueva pareja de primers
para evaluar su especificidad por la forma metilada del promotor y poder ser usada
para la cuantificación de su expresión en las muestras de los pacientes. Finalmente,
se espera que el uso de los biomarcadores adicionales amplíe y haga más robusto
el estudio que estamos realizando actualmente.
40
35
y = -1.009x + 29.689
R² = 0.991
Mean Cq
30
E = 98.77%
25
20
15
y = -1.0753x + 20.513
R² = 0.9956
10
E = 90.52%
5
0
-1
0
1
2
3
4
5
log2 total RNA
Eficiencia de la RT-qPCR de PSA. Curva estándar de las diluciones seriadas de 2 (20 – 0.625 ng)
sin incorporar (curva azul) e incorporando (curva roja) un paso de preamplificación de 16 ciclos
previo a la qPCR. Ambas curvas presentan una eficiencia por arriba de 90%.
40
y = -0.972x + 33.657
R² = 0.9876
35
E = 104.03%
Mean Cq
30
25
20
15
y = -1.0095x + 24.567
R² = 0.9981
10
E = 98.7%
5
0
-1
0
1
2
3
4
5
log2 total RNA
Eficiencia de la RT-qPCR de PCA3. Curva estándar de las diluciones seriadas de 2 (20 – 0.625 ng)
sin incorporar (curva azul) e incorporando (curva roja) un paso de preamplificación de 16 ciclos
previo a la qPCR. Ambas curvas presentan una eficiencia por arriba de 90%.