Temario y Referencias generales

2.1.3
Anatomía de una proteína
Programa de la materia de Bioquímica General
2.1.3.1
Fuerzas básicas que estabilizan la estructura de las
Clave 1701/206- grupo 01, 7 a 9 Ma y Ju, sem 2016-2. salón 901
proteínas.
Profesores: Rodríguez Sotres, Rogelio, M. en C. F. Morayna Gutiérrez
2.1.3.2
Estructura primaria
Luna (en azul se indican los temas que impartirá).
2.1.3.3
Estructura secundaria. Estructura repetitiva: hélices,
Duración 58h, más 4 h para exámenes.
hebras
y
láminas. Estructura no repetitiva: Giros o vueltas
1 BIOLOGÍA CELULAR (6h, 3 sesiones): Niveles estructurales de organización
cerradas, asas, Random coil
de los organismos vivos
2.1.3.4
Estructura terciaria
1.1 Atómico y molecular
2.1.3.4.1
Dominios y clasificación de la estructura terciaria.
1.2 Macromolecular
2.1.3.5
Estructura
cuaternaria
1.3 Principales macromoléculas biológicas (visión global):
2.1.3.6
Enlaces de disulfuro.
Proteínas, Carbohidratos, Lípidos, Ácidos Nucléicos
2.1.3.7
Investigación en Proteínas.
1.4 Supramacromolecular
2.1.4
Enzimas
1.4.1
Material genético y cromosomas.
2.1.4.1
Conceptos básicos y propiedades
1.4.2
Maquinaria supramacromolecular: Ribosomas, flagelos, etc.
2.1.4.2
Clasificación internacional y bases de datos
1.4.3
Membranas biológicas.
2.1.4.3
Catálisis y estabilidad de la estructura proteica
1.4.3.1
Composición y características.
2.1.4.4
Medición de la actividad enzimática.
Composición lipídica y propiedades
2.1.4.5
Modelo de Michaelis-Menten: Saturación de la actividad
Proteínas de membrana, integrales, periférica y ancladas.
enzimatica.
KM, VMAX, kCAT, constante de especificidad o
1.4.3.2
Conceptos básicos de permeabilidad y transporte a través
eficiencia catalítica. Catalizador perfecto (limitado por difusión).
de membranas.
Efectos de pH y temperatura sobre la actividad y la estabilidad de
Fluidez, transiciones de fase y su relación con la
una enzima.
composición
2.2
Glucólisis
anaerobia
Difusión pasiva, difusión facilitada, Transporte activo.
2.3
Gluconeogénesis
y vía de las pentosas fosfato.
1.5 Organelos y Células
2.4 Regulación de la gulcolisis y gluconeogénesis por carga energética:
1.5.1
Procariontes y Eucariontes.
Efectos alostéricos, AMP, ATP
1.5.1.1
Organización general de un Procarionte
2.5
Regulación de la gulcolisis y gluconeogénesis por Insulina y Glucagon. :
1.5.1.1.1
Material genético, Citoplasma, Pared celular,
Mecanismos de transducción de señales y cascadas de señalización.
Flagelos y motilidad
Regulación de proteínas por fosforilación/desfosforilación. Papel de la
1.5.1.2
Organización de una célula Eucarionte.
fosfofructocinasa-2 y la fructosa 2,6-bifosfato.
Concepto de núcleo y organelos. Núcleo y Material
2.6
Piruvato deshidrogenasa y ciclo de Krebs.
Genético. Mitocondrias. Cloroplastos. Peroxisomas,
2.7
Respiración y transporte de electrones: NADH deshidrogenasa. Succinato
Lisosomas, Vacuolas, Retículo endoplásmico (liso, y
deshidrogenasa. Ubiquinol:citocromo C oxidorreductasa. Citocromo
rugoso). Aparato de Golgi Pared celular.
oxidasa.
1.6 Tejidos, órganos y organismos.
2.8
Sintesis de ATP: Estructura de la ATP sintasa. Gradiente electroquímico
1.6.1
Origen y evolución de las células.
transmembranal. Función de la ATP sintasa.
1.6.2
Evolución y diversidad.
2.9
Agentes desacoplantes y inhibidores de la respiración.
1.6.2.1
Los 3 grandes dominios de la vida: Archea, Bacteria y
3 MECANISMOS DEL MANEJO DE LA INFORMACIÓN GENÉTICA (16 h,
Eukaria.
8 sesiones)
1.6.2.2
Eucariontes unicelulares y pluricelulares.
3.1 Estructura de los cromosomas y el material genético
1.6.2.3
“Protistas”, hongos, plantas y animales
3.1.1
Estructura del DNA: Bases nitrogenadas. Estructura de
2 METABOLISMO Y BIOENERGÉTICA (20h 10 sesiones)
nucleósidos
y nucleótidos. Cadenas de DNA y RNA. Estructura de la
2.1 Las proteínas como componente fundamental de la química celular:
doble hélice
2.1.1
Aminoácidos: estructura y propiedades
2.1.2
Enlace peptídico, concepto de polipéptido y proteína
3.1.2
Estructura del Material Genético: Nucleosomas y andamiaje
3.3.3.4
Terminación de la traducción
nuclear
3.3.3.5
Destino de las proteínas: Retículo endoplámico rugoso.
3.1.3
Remodelado de la cromatina
Péptido señal. Proteínas de secreción. Aparato de Golgi y
3.2 Ciclo celular
vesículas secretoras. Péptidos de transito a mitocondira o
3.2.1
Interfase: Fase G1. fase S. fase G2
cloroplasto
3.2.2
Mitosis: Profase, Metafase, Anafase, Telofase, Citocinésis
3.3.3.6
Degradación de las proteínas: Ubiquitina y Proteasoma
3.2.3
Arresto del ciclo celular, diferenciación y muerte celular
4 TÉCNICAS DE INVESTIGACIÓN MODERNAS (4 h, 2 sesiones)
3.3 El dogma central de la biología molecular
4.1 Electroforesis 1D y 2D
3.3.1
Replicación del DNA.
4.2 Proteómica
3.3.1.1
Enzimas que actúan sobre los AN: DNA polimerasas,
4.3 PCR
RNA polimerasas, DNA Topoisomerasas. DNA helicasas,
4.4 Secuenciación de DNA
ligasas, etc.
4.5 Técnicas de análisis masivo:
3.3.1.2
Iniciación del proceso, tomando como modelo a E. coli.
4.6 microarreglos
Origen de duplicación.
4.7 Secuenciación masiva
3.3.1.3
Horquilla de duplicación: Hebra líder (continua). Hebra
4.8 Edición de genomas.
rezagada (discontinua). Fragmentos de Okasaki.
BIBLIOGRAFÍA GENERAL:
3.3.1.4
Terminación y resolución de concatémeros.
Devlin, T.M. (2014) Textbook of Biochemistry with clinical correlations. (8ª ed). Ed. John Wiley &
Sons. New York, ISBN 9781118083611 | 111808361X
3.3.1.5
La iniciación en Eucariontes
Jimenez, L.F & Merchant, H. Biología Celular y Molecular. (1a Ed.) Pearson Education de México,
3.3.1.6
La terminación en Eucariontes y el problema de los
Prentice Hall. México D.F. México 2003.
telómeros
Krebs J.E., E. S. Goldstein, S. T. Kilpatrick, (2014) Lewin Genes X Jones & Bartlett Publishers,
3.3.1.7
Daños al DNA durante la duplicación.
London, U.K., ISBN-ISBN-13: 9781449659851
Lodish H, Berk A, Kaiser C.A. Krieger M, Bretscher A., Ploegh H., Amon A. & Scott M.P. (2012)
3.3.1.8
Diferentes agentes mutagénicos
Molecular Cell Biology (7a, ed) W H Freeman & Co. New York.., ISBN-13: 978-1-4292-3413-9
3.3.1.9
Mecanismos de reparación
Mathews, C.K.; van Holde, K.E.; Appling, D.R. & Anthony-Cahill, S.J. (2013) Biochemistry. (4a ed).
3.3.1.10
Mecanismos de recombinación
Prentice Hall Canada. ISBN-10: 013280641X, ISBN-13: 9780132806411.
3.3.2
Transcripción.
Vázquez-Contreras, E. Bioquímica y Biología Molecular en Línea. 2004 UNAM,
http://laguna.fmedic.unam.mx/~evazquez/0403/ , último acceso en 26 de Enero de 2014.
3.3.2.1
Concepto de gene.
Nelson D.L. Cox M. M. (2012) Lehninger Principles of Biochemistry (6a ed.) W.H. Freeman Publisher,
3.3.2.2
Concepto de promotor
New York. ISBN-10: 1-4292-3414-8; ISBN-13: 978-1-4292-3414-6
3.3.2.3
Función de la RNA polimerasa
Berg J.M., Tymoczko J.L., & Stryer L. Biochemistry. (8ª ed) Ed. McMillan education, 2012. ISBN-10:
3.3.2.4
Reconocimiento del promotor: Procariontes. Eucariontes 1-4292-2936-5 ISBN-13: 978-1-4292-2936-4
Voet D, & Voet J. G. (Jan 2010), Biochemistry. 4th Ed. Ed. John Wiley & Sons. New York, ISBN-13:
3.3.2.5
Mecanismos de terminación en bacterias.
978-0470917459 ISBN-10: 0470917458
3.3.2.6
Modificación de los mensajeros en Eucariontes:
Voet, D., Voet, J.G., Pratt., C.W. (2012) Fundamentals of Biochemistry. (4a ed.) John Willey & sons.,
Capuchón (Capping). Escición y empalmen de exones (Splicing). ISBN-13: 978-0470547847, ISBN-10: 0470547847.
Intrones y exones. El "Spliceosoma". Poliadenilación.
-Consultar periódicamente las páginas “WEB” siguientes:
3.3.2.7
Regulación de la transcripción: Represores. Activadores.
(se escribe con minúsculas y sin acentos):
Remodelado de cromatina. Micro RNA y otros tipos de ncRNA.
http://depa.fquim.unam.mx/~proteinas/index.html
3.3.3
Traducción: El código genético. El marco de lectura. RNA de
http://cursos.quimica.unam.mx/
transferencia. tRNA sintetasas . Fidelidad de la traducción y el
En esta última requieren Usuario y Contraseña que se les proporcionará
bamboleo de las basas.
individualmente, ya que la requerirán para entregar tareas y hacer cuestrionarios.
3.3.3.1
El ribosoma: RNA ribosomal. subunidades del ribosoma.
Ribosomas Eucarioto y Procarioto.
3.3.3.2
La iniciación y el reconocimeinto del codó de inicio.
Procariontes. Eucariontes
3.3.3.3
El ciclo de elongación y el apareamiento codón
anticodón