Licenciatura en Biotecnología

Licenciatura en Biotecnología
MODULO AVANZADO
QUINTO SEMESTRE
Clave X-5-3: Bioinformática.
El objetivo del curso es ofrecer una introducción actual y balanceada sobre
conceptos y herramientas generales de la bioinformática y sus crecientes recursos.
Explorar y establecer áreas interdisciplinarias que permitan usar, ajustar y diseñar
métodos computacionales para la resolución de problemas en biología estructural y
funcional. Promover la valoración de estrategias bioinformáticas como enfoques
auxiliares, complementarios o imprescindibles, sus requerimientos y alcances.
I.
LAS BASES DE DATOS
a. Secuencias de nucleótidos: EMBL y Gene Bank
b. Secuencias de aminoácidos: SWISSPROT
c. Estructuras de proteínas: PDB
II.
BIOINFORMÁTICA Y BIOLOGÍA EN LA WWW.
a. Índices de índices de recursos en línea
b. Recuperación de secuencias con SRS
c. ENTREZ: de la secuencia al Medline
d. BioMedNet
III.
ALGORITMOS BÁSICOS
a. Las matrices de calificación: BLOSUM, PAM, y matrices basadas en
clasificaciones de aminoácidos.
b. Alineamientos: Matrices de puntos.
c. Búsqueda por similaridad usando FASTA y BLAST: el significado de los
resultados.
d. Alineamientos múltiples globales
IV.
PROGRAMACIÓN DINÁMICA Y CRITERIOS DE PENALIZACIÓN
V.
ALINEAMIENTO PROGRESIVO (CLUSTAL y MSA).
VI.
INFERENCIA DE FILOGENCIAS (el enfoque de Phylip)
VII.
BÚSQUEDA DE SEÑALES EN GENES
a. Promotores
b. Regiones de regulación
c. ORFs
d. Exones
e. Señales de puntuación transcripcional y traduccional.
VIII.
BÚSQUEDA DE SEÑALES EN PROTEÍNAS
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a. PROSITE
b. BLOCKS
IX.
PREDICCIÓN DE ESTRUCTURAS SECUENDARIAS DE RNAs
X.
VISUALIZACIÓN DE PROTEÍNAS
a. RASMOL
b. MOLMOL
XI.
INTRODUCCION A LA ESTRUCTURA DE PROTEÍNAS
a. Propiedades fisicoquímicas de los aminoácidos
b. Propiedades estadísticas de los aminoácidos en las proteínas naturales:
Tendencia a aparecer en hélices, hojas betas, vueltas y "coils";
tendencia a estar en el interior o exterior de la proteína
c. Estructuras secundarias básicas.
d. El problema del plegamiento de proteínas.
e. Proteínas, subunidades y dominios: PRODOM
f. El universo de plegamientos (folds) y su clasificación: SCOP, DALI y
CATH
XII.
PREDICCIÓN DE ESTRUCTURAS SECUNDARIAS
a. Sin alineamientos: nnPredict
b. Con alineamientos múltiples: PREDATOR, PHD, DSSP
c. Predicción de estructuras transmembranales.
d. Predicciones combinadas basadas en secuencia: PredictProteins
XIII.
IDENTIFICACIÓN DE PLEGAMIENTO POR ALINEAMIENTO SECUENCIAESTRUCTURA (Threading)
a. THREADER
b. TOPITS
c. Diseño de una secuencia compatible con un plegamiento (Threading
inverso)
d. SWISSMODEL
XIV.
DE LA ESTRUCTURA A LA FUNCIÓN Y OTRAS HERRAMIENTAS ÚTILES EN
BIOINFORMÁTICA
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