Ventajas: •Detecta la presencia de una secuencia de ADN específica dentro de una mezcla de fragmentos de ADN. •Útil para analizar fragmentos más grandes que los amplificados normalmente por PCR. •Permite determinar el tamaño de un fragmento de restricción en una muestra de ADN. •Adecuado para analizar tramos largos de ADN, como los producidos por algunas enzimas de restricción. •Más barato que la secuenciación de ADN. Desventajas: •Laborioso y requiere una gran cantidad de ADN de alta calidad. •No es automatizable como la PCR •Menor rendimiento en comparación con la PCR. • Utiliza sondas radiactivas o fluorescentes para detectar las secuencias de ADN. La PCR es más rápida, versátil y ampliamente aplicable, mientras que el Southern blot es útil para situaciones específicas donde se requiere analizar fragmentos más grandes o detectar secuencias específicas en una mezcla de ADN
