presentacion-bioinformatica1

Firmado digitalmente por Gabriela
Iglesias
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Gabriela Iglesias, C = <n, O = Fac de Cs
Veterinarias UBA
Motivo: Estoy aprobando este documento
Fecha: 2008.06.18 01:53:11 -03'00'
Bioinformática:
Conceptos Generales
M.V. Gabriel B. Pinto y Med.
Vet. MSci Gabriela Iglesias
NUEVOS
CONOCIMIENTOS
BIOLÓGICOS
DATOS BIOLÓGICOS
Generación de archivos
BASE DE DATOS
Transformación y análisis
de la información
Manejo y
presentación de la
información
(FORMATO)
DATOS BIOLÓGICOS
"Secuencias codificantes parciales o totales
NUCLEÓTIDOS
"Secuencias regulatorias
"Genes Completos
"Cadenas polipeptídicas
PROTEÍNAS
"Estructura tridimensional proteica
"Funcionalidad proteica
BASES de DATOS
"US National Center for Biotechnology Information (NCBI)
" http://www.ncbi.nlm.nih.gov
"EMBL´s European Bioinformatics Institute (EBI)
"http://www.ebi.ac.uk
"DNA Database of Japan (DDBJ)
"http://www.ddbj.nig.ac.jp
Tipos de Bancos de Datos
DNA Databases
Genome Databases
Protein Sequence Databases
Protein Structure Databases
Primary Structure:secuencia
Secondary: patrones de α-helices u hojas β
Tertiary: arreglo de residuos en el espacio
Quaternary: interacciones proteína-proteína
Protein Function Prediction
Bases de datos seleccionadas y servicios de información
Secuencias de DNA
y proteínas
EMBL
GenBank
Contenido
URL
www.ebi.ac.uk
SwissProt
PIR
Genome sequencing
Secuencias de nucleótidos
Secuencias de nucleótidos
y proteínas
Secuencias de proteínas
Secuencias de proteínas
Genómico
Identificación genes
GeneMark
Grail
Gene Finder
Frame
Identificación genes
amber.biology.gatech.edu/
Identificación genes
compbio.ornl.gov/Grail-1.3/
Identificación genes
dot.imgen.bcm.tmc.edu:9331
Detección de Frame-shift www.sander.ebi.ac.uk/frame
www.ncbi.nlm.nih.gov
expasy.hcuge.ch/sprot
www-nbrf.georgetown.edu/pir
www.mcs.anl.gov/home/gaasterl
Bases de datos seleccionadas y servicios de información
Análisis funcional Contenido
del genoma
GeneQuiz
Anotación automática de
función de proteínas
Magpie
Análisis genómico
Pedant
Análisis automático
de proteínas
Complete genome Análisis genómico y
at NCBI
comparación
Familias Proteicas y patrones de secuencias
Prosite
Sitios proteicos y patrones
Blocks
Patrones proteicos
Pfam
Familias proteicas y
perfiles
URL
www.sander.ebi.ac.uk/genequiz
www.mcs.anl.gov/home/gaasterl/magpie
pedant.mips.biochem.mpg.de/frishman
www.ncbi.nlm.nih.gov/Complete-Genomes
expasy.hcuge.ch/sprot/prosite.html
www.blocks.fhcrc.org
www.sanger.ac.uk/Software/Pfam/
Bases de datos seleccionadas y servicios de información
Estructura tridimensional Contenido
URL
PDB
Estructuras proteicas
www.rcsb.org/pdb
FSSP
Plegamiento proteico
croma.ebi.ac.uk/dali/fssp
SCOP
Plegamiento proteico
scoop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop
CATH
Plegamiento proteico
www.biochem.ecl.ac.uk/bsm/cath
DSSP
Estructura secundaria
www.sander.ebi.ac.uk/dssp
PDBselect
Estructura proteica
representativa
www.sander.heidelberg.de/pdbsel
HSSP
Alineamientos proteicos
www.sander.ebi.ac.uk/hssp
PDBfinder
Links a PDB,DSSP,HSSP
www.sander.heidelberg.de/pdbfinder
Swiss-model
Modelos por homología expasy.hcuge.ch/cgi-bin/swmodel-search-de
Whatif
Modelos por 3D
swift.embl- heidelberg.de/servers
DALI
Comparación de estructuras croma.ebi.ac.uk/dali
Journal Abstracts
MEDLINE
Literatura bioquímica
www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed
Sitios útiles para trabajar con ADN
y proteínas
http://www.mb.mahidol.ac.th/molbio/01_
13.html
‹ http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw/index
.html
‹ http://bioweb.pasteur.fr/#formats
‹ http://bioinfo.genopoletoulouse.prd.fr/multalin/multalin.html
‹ http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interface
s/readseq-simple.html
‹
USO Y APLICACIONES EN EL NCBI
PubMed
Entrez
Search for
BLAST
OMIM
Books
TaxBrowser
Structure
Herramientas de uso molecular:
‹
Sitios de corte con enzimas de
restricción: http://www.neb.com
Selección de oligonucleotidos y otras utilidades:
http://www.idtdna.com
Select the type of tool you
want from the list on the right,
right,
then launch the tool from the
list on the left.
left.
Manejo de secuencias: BioEdit
www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html
www.cae.wisc.edu/software