Aplicación de las tecnologías de microarrays y secuenciación en el

LVII Congreso Nacional de la Sociedad Española de Hematología y Hemoterapia
Aplicación de las tecnologías de microarrays y secuenciación en el
diagnóstico y pronóstico de las neoplasias hematológicas de célula B
S. Beà
Laboratorio de Patología Molecular. IDIBAPS-Hospital Clínic. Barcelona
Avances técnicos en hematopatología
Durante la última década el campo del diagnóstico en
hematopatología ha experimentado un gran avance,
debido principalmente a las nuevas metodologías que
permiten caracterizar mejor las características fenotípicas, genéticas y moleculares de las neoplasias hematológicas. En este sentido, hemos visto una gran traslación de los conocimientos adquiridos con estas nuevas
tecnologías, que se han aplicado tanto para establecer
el diagnóstico de las diferentes entidades con más precisión como para guiar las estrategias terapéuticas de
manera más efectiva y personalizada.
Con la finalización de la secuenciación del genoma humano, hace ya más de una década, se abrieron
nuevas posibilidades para estudiar y caracterizar las
alteraciones genéticas responsables del desarrollo de
los tumores y de su progresión. La tecnología que más
se ha usado en este contexto genómico ha sido la del
estudio de las neoplasias linfoides mediante plataformas de microarrays, tanto para el estudio de los perfiles
de expresión global como para el análisis de las alteraciones cromosómicas que implican pérdidas y ganancias de material genético. Recientemente, el importante desarrollo de la ultrasecuenciación (o secuenciación
masiva, o secuenciación de nueva generación) aplicado
a las muestras de neoplasias linfoides ha mostrado una
gran cantidad de datos, incluyendo mutaciones y alteraciones estructurales. Muchos de estos resultados tienen
implicaciones funcionales y clínicas, y han ayudado a
avanzar en el desarrollo de nuevas terapias dirigidas.
Aplicación de los microarrays de ADN
La aplicación de los microarrays de ADN para el estudio de las alteraciones cromosómicas y el genotipado
ha representado un paso importante en el estudio de
las neoplasias linfoides. Ha sido útil, sobre todo, para
ayudar a entender la patogénesis molecular y genética
de estas enfermedades. Los microarrays de ADN de
desarrollaron después de la técnica de hibridación genó-
mica comparada (CGH, siglas en inglés), y en ellos en
lugar de metafases se hibrida la muestra tumoral sobre
fragmentos de ADN clonados en plásmidos, bacterias.
Más recientemente se desarrollaron los microarrays
de oligonucleótidos, basados en la hibridación competitiva de ADN tumoral y normal sobre las sondas
de 50-70 nt (CGH arrays) o basados en la hibridación
de ADN tumoral sobre sondas de 25 nt que contienen
SNP (SNP arrays); en ambos casos hay muchos modelos, de diferentes casas comerciales y con diferente densidad. Cuanta más densidad tienen las sondas de un
microarray mejor se detectan las alteraciones, especialmente aquellas focales que implican regiones pequeñas.
Tanto los SNP-arrays como los CGH-arrays parten de
ADN tumoral, con una carga tumoral de más del 30%,
y después de marcar e hibridar se obtiene un perfil de
ganancias y pérdidas de cada tumor. El ADN extraído
de parafina también puede utilizarse en ambas plataformas. Los arrays no pueden detectar traslocaciones
cromosómicas, sobre todo las balanceadas. Los CGHarrays suelen ser más sensibles, mientras que la ventaja
de los SNP-arrays es que, además de proporcionar información de ganancias y pérdidas, proporciona información de pérdida de heterocigosidad (LOH, del inglés);
por tanto, podemos detectar regiones de disomía uniparental (UPD, del inglés). La principal aportación de los
arrays de ADN en el estudio de las neoplasias linfoides
ha sido la definición de los perfiles de alteraciones genéticas secundarias específicas de cada entidad, la identificación de genes y vías alteradas en consecuencia de las
regiones alteradas, y la identificación de determinadas
alteraciones genéticas o la elevada complejidad genómica asociadas a un peor pronóstico de los pacientes.
Algunas alteraciones cromosómicas se encuentran
alteradas en varias neoplasias linfoides, aunque el perfil
global es bastante característico de cada entidad. Por
ejemplo, la leucemia linfática crónica (LLC) y el linfoma de células del manto (LCM) tienen, frecuentemente,
pérdidas de 13q y 11q y trisomía 12; sin embargo, la
LLC tiene pocas más alteraciones que los LCM, pero no
las LLC, que tienen ganancias de 3q y pérdidas de 1p en
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