El Laboratorio del Dr. Dopazo del CIPF desarrolla la primera

C/ Eduardo Primo Yúfera, 3 (junto Oceanográfico) · 46012 VALENCIA (Spain) · Tel: +34 96 328 96 80 - Fax: +34 96 328 97 01 / www.cipf.es / CIF G-46/923421
Los resultados de este trabajo se han publicado en la revista BMC Bioinformatics
EL LABORATORIO DEL DR. DOPAZO DEL CIPF
DESARROLLA LA PRIMERA HERRAMIENTA DE
SECUENCIACIÓN DE NANOPOROS A GRAN ESCALA
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El Dr. Joaquín Dopazo desarrolla herramientas bioinformáticas que permiten la escalar el
manejo de datos en las nuevas tecnologías de secuenciación de nanoporos de forma casi
ilimitada.
El auge de estas nuevas tecnologías de secuenciación en tiempo real va a causar un
problema de saturación de datos que se resuelve con las herramienta “HPG Pore”
desarrollada
Valencia (29/02/2016).- El Laboratorio de Genómica de Sistemas del Centro de
Investigación Príncipe Felipe (CIPF), que dirige el Dr. Joaquín Dopazo, acaba de
publicar en la revista BMC Bioinformatics, el artículo "HPG pore: an efficient and
scalable framework for nanopore sequencing data", que explica el conjunto de
herramientas "HPG Pore", que tiene como objetivo explorar y analizar de manera
sencilla el creciente volumen de información de secuenciación que las tecnologías de
nanoporos están generando.
Dentro de las nuevas tecnologías de secuenciación hay una verdaderamente
novedosa que es la de los nanoporos. En ella, se fuerza a pasar al ADN por una
estructura artificial que es parecida a los poros que hay en la superficie de las
bacterias. El pequeño tamaño de estos poros hace que que al pasar la secuencia de
ADN a través suyo cada nucleótido componente (las conocidas letras A, T, G y C)
provoque unas distorsiones características, que se traducen en unos cambios
eléctricos medibles. De esta manera se puede virtualmente “leer” la secuencia de
nucleótidos en tiempo real. El dispositivo que hace estas lecturas es del tamaño de un
teléfono móvil pequeño y se conecta por un puerto USB a un ordenador. El uso masivo
de esta tecnología colapsará en un futuro próximo los sistemas actuales de
procesamiento de datos. Este trabajo presenta la primera solución para el manejo de
este tipo de datos que es realmente escalable y puede procesar el creciente volumen
de secuencias que se generará.
El proyecto "HPG pore" desarrollado por el Laboratorio del Dr. Dopazo es la primera
herramienta bioinformática escalable que estudia los datos de secuenciación de
nanoporos que se puede ejecutar en equipos individuales, así como en sistemas de
almacenamiento distribuido modernos, que funcionan con una tecnología abierta
llamada Hadoop que permite el escalado virtualmente ilimitado de datos y mejores
tiempos de ejecución. "HPG Pore" permite una gestión eficiente de grandes
cantidades de datos constituyendo, de esta manera, una solución a las necesidades
de análisis de datos en un futuro próximo, así como un modelo para la creación de
nuevas herramientas con las que tratar grandes volúmenes de datos genómicos.
C/ Eduardo Primo Yúfera, 3 (junto Oceanográfico) · 46012 VALENCIA (Spain) · Tel: +34 96 328 96 80 - Fax: +34 96 328 97 01 / www.cipf.es / CIF G-46/923421
Según el Dr. Dopazo, es probable que la secuenciación de nanoporos se extienda en
un futuro debido a su portabilidad y a su capacidad de secuenciar largos fragmentos
de moléculas de ADN sin amplificación previa. Actualmente, las herramientas
existentes para el análisis de esta información solo están capacitadas para administrar
proyectos pequeños y no son escalables. El desarrollo de "HPG Pore" permite la
escalabilidad casi ilimitada de datos de secuenciación garantizando, de este modo, su
gestión continuada en futuros escenarios. "HPG pore" está disponible en el repositorio
público GitHub en http://github.com/opencb/hpg-pore
Link artículo: http://www.biomedcentral.com/1471-2105/17/107
Link laboratorio: http://bioinfo.cipf.es/
Contacto: [email protected]