Introducción a la bioinformática

FACULTAD DE AGRONOMÍA
UNIDAD DE ENSEÑANZA
UNIDAD DE POSGRADOS Y EDUCACIÓN PERMANENTE
FORMULARIO DE PROPUESTA DE ASIGNATURAS
(curso)
1. Datos generales de la asignatura
Nombre de la asignatura
Introducción a la bioinformática: aplicaciones en proyectos genómicos
de mejoramiento genético
Abreviación para Bedelía (41
caracteres como máximo)
Introducción a la bioinformática
Nombre de la asignatura en
Inglés
Introduction to bioinformatic: application in genomic breeding projects.
Pregrado
Tec. Agroenergético
Tec. Cárnico
Lic. en Diseño de Paisaje
Grado
Ingeniero Agrónomo
Educación
Permanente
x
Mínimo Máximo
Tec. de la Madera
Lic. en Viticultura y Enología
Ingeniero de Alimentos
Marque si este curso es ofrecido exclusivamente como EP
Diploma y Maestría en Agronomía
Posgrados
Cupos
Carreras
(Marque las que corresponda)
Nivel
x
Profesionales
Diploma y Maestría en Desarrollo Rural
Sustentable
Académicos
Maestría en Ciencias Agrarias
x
CUPO TOTAL 6
Modalidad
de
dictado
de
la
asignatura:
(Marque con X lo que corresponda)
A distancia
Presencial
2. Equipo docente
Docente responsable
Nombre (incluir el título académico):
Cargo
(especificar
grado
dedicación horaria global):
Ing. Agr. D.Sc Victoria Bonnecarrère
docente, Investigador Adjunto Unidad de Biotecnología, INIA
Otros Docentes participantes
Nombre (incluir el título académico):
Cargo
(especificar
grado
dedicación horaria global):
Institución y país:
Lic. Bioquímica Silvia Garaycochea, Msc.
docente, Investigador Asistente
Unidad de Biotecnología, INIA
15
x
Nombre (incluir el título académico):
Cargo
(especificar
grado
dedicación horaria global):
Lic. Informática Schubert Fernández
docente, Técnico Adjunto Tecnologías de la Información - Aplicaciones
Institución y país:
Unidad de Tecnologías de la Información, INIA
Nombre (incluir el título académico):
Lic. Luisa Berna, PhD.
Cargo
(especificar
grado
dedicación horaria global):
docente, Posdoctorado
Institución y país:
Instituto Pasteur, Montevideo.
Nombre (incluir el título académico):
Bioq. Bettina Lado MSc.
Cargo
(especificar
grado
dedicación horaria global):
docente, Docente Grado 1, 40 horas semanales
Facultad de Agronomía, UdelaR
Institución y país:
Docentes colaboradores:
Nombre (incluir el título académico):
Cargo
(especificar
grado
dedicación horaria global):
Lic. Biología Fernando Álvarez-Valín, PhD.
docente, Docente Grado 4 Titular, 40 horas semanales / Dedicación
total)
Institución y país:
Facultad de Ciencias - UdelaR
Nombre (incluir el título académico):
Ing. Agr. Elly Navajas, PhD.
Cargo
(especificar
grado
dedicación horaria global):
docente, Investigador Principal
Unidad de Biotecnología, INIA
Institución y país:
3. Programa de la asignatura
Objetivos
Generales
Específicos
El objetivo general del curso es acercar las herramientas bioinformáticas
disponibles a profesionales interesados en la genómica aplicada a la
mejora de plantas y animales. Proporcionar las bases teóricas y prácticas
que les permitan conocer y valorar los impactos de la información
derivada de la investigación genómica.
 Describir a la Bioinformática cómo nueva disciplina, su aplicación y
alcance.
 Familiarizar en el uso del sistema UNIX/Linux y su manejo básico.
 Presentar diferentes herramientas bioinformáticas para el análisis
de datos de secuenciación masiva; búsqueda de variantes tipo
SNP/indels.
 Mostrar el impacto de la genómica y bioinformática y sus
aplicaciones en el entorno de la investigación agropecuaria.
Unidades Temáticas
Manejo básico de Linux/UNIX
Búsqueda de SNP en secuencias generadas por GBS (del inglés, Genotyping by
Sequencing)
Ensamblado y búsqueda de SNP a partir de genomas completos.
Introducción a Python como herramienta para solucionar problemas bioinformáticos.
Genómica aplicada al mejoramiento de animales y plantas
Metodología
Cada unidad temática tendrá una introducción teórica y una actividad práctica, que será
el objeto central del curso. La introducción teórica a cada unidad temática, incluirá
ejemplos de aplicaciones concretas. La actividad práctica mostrará el uso de las
herramientas bioinformáticas con ejemplos puntuales. Se realizará en las instalaciones
de INIA Las Brujas, que cuenta un servidor de 20 Tb de disco y 40 procesadores. El
contar con esta capacidad de cómputo permitirá realizar los análisis de secuencias
planteados en el curso.
Evaluación
Pregrado/
Grado
Sistema de prueba de evaluación
Evaluación continua
Pruebas parciales
Pruebas parciales y Seminario
trabajo
Monografía
Revisión bibliográfica
Trabajos prácticos
Exoneración (*)
Otros (especificar):
Posgrado y
Educación
Permanente
Prueba escrita
(*)Reglamento del Plan de Estudio de Ingeniero Agrónomo. Artículo Nº15, literal B "...al menos el 80% del puntaje exigido ...y
más el 50% del puntaje de cada prueba de evaluación...".
Bibliografía
Kochan and Wood (2003). Unix Shell Programming. Third Edition, Sams Publishing
Model, M (2010). Bioinformatics Programming Using Phyton. O´Reilly Media.
Model, M (2010).Bioinformatics Programming Using Python: Practical Programming for Biological Data.
O´Reilly Media.
Elshire RJ, Glaubitz JC, Sun Q, Poland JA, Kawamoto K, Buckler ES, Mitchell SE. (2011) A robust, simple
genotyping-by-sequencing (GBS) approach for high diversity species. PLoS One 6(5).
Glaubitz, J.,Harriman, J., Casstevens, T. TASSEL 3.0 Genotyping by Sequencing (GBS) pipeline
documentation (http://www.maizegenetics.net/).
The Variant Call Format and VCFtools (2011). Danecek, P., Auton, A., Abecasis, G., Albers, C., Banks, E.,
DePristo, M., Handsaker, R., Lunter, G., Marth, G., Sherry, S., McVean, G., Durbin., R and 1000 Genomes
Project Analysis Group, Bioinformatics.
Frecuencia con que se ofrece la asignatura
(anual, cada dos años, a demanda)
A demanda
Cronograma de la asignatura
Año:
2014
Fecha de inicio
Localidad:
Semestre:
1
Bimestre
2
17/03/2014 Fecha de finalización
21/03/2014
Días y Horarios L a V de 8:30 a
16:30 hs
INIA Las Brujas
Salón:
Bioinformática
Asignatura presencial - Carga horaria (hs. demandada al estudiante)
Exposiciones Teóricas
Talleres
Actividades Grupales o
individuales de preparación
de informes
Otras (indicar cual/es)
Total
7
Teórico - Prácticos
Seminarios
Presentaciones orales,
defensas de informes
o evaluaciones
2
Prácticos (campo o laboratorio)
Excursiones
Lectura o trabajo domiciliario
21
30
Asignatura a distancia (indique recurso a utilizar)
Video-conferencia:
Localidad emisora
Plataforma Educativa (AGROS u otra)
Materiales escritos
Internet
Total de horas (equivalente a presencial):
Localidad receptora
Interservicio (indique cuál/es)
Otros datos de interés:
POR FAVOR NO COMPLETE LA SIGUIENTE INFORMACIÓN, la misma será completada por
las Unidades Técnicas (UE / UPEP / Bedelía)
Créditos de Grado:
Código
Grado:
de
la
asignatura
Resolución del Consejo
cursos de Grado Nº:
Año que entra en vigencia:
Departamento o Unidad:
Créditos de Posgrados:
de
para
Código de la asignatura de Posgrado:
Resolución del CAP para cursos de
Posgrados: