seldi-tof - SCAI - Universidad de Málaga
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Universidad de Málaga Servicios Centrales de Apoyo a la Investigación SELDI-TOF-MS Arrays y tipos de muestras Tipos de Arrays Existe una gran variedad de ProteinChip Array dotados de superficies cromatrográficas específicas. Dependiendo de sus propiedades bioquímicas, las proteínas y péptidos presentes en una muestra se unen a estas superficies permitiendo su fraccionamiento Fase Reversa Fase Normal Intercambio Intercambio catiónico aniónico Hidrofóbica Superficies IMAC Oro preactivadas Tipos de muestras Esta tecnología es muy versátil en cuanto al tipo de muestra permitiendo el uso de un amplio abanico de ellas: suero o plasma aspirados líquido intersticial fluido cerebroespinal medios de cultivo homogenados de tejidos extractos celulares mezclas de péptidos trípticos orina saliva... Protocolo de trabajo A) Separación Paso 1: Aplicamos en los spots muestras biológicas crudas tales como suero, orina, lisados celulares, homogenados de tejidos... Paso 2: Lavamos para retirar las proteínas no unidas a la superficie de los spots Paso 3: Aplicamos la matriz en cada spot. Se produce la co-cristalización de la muestra junto con la matriz B) Detección y Análisis 20 10 Hacemos incidir un láser de N2 sobre la muestra. Se produce la desorción e ionización de las proteínas presentes. El software ProteinChip calcula la relación masa/carga de cada proteína y/o péptido detectado en función de su tiempo de vuelo 0 20 10 0 60 40 20 0 Detección y Análisis Generación de espectros masa/carga N-Laser Intensity Detector TOFTOF-MS Detección M/Z Preprocesamiento de los espectros obtenidos • Corrección de la línea base • Normalización • Calibración Análisis Multivariante Análisis Univariante Aplicaciones Búsqueda de biomarcadores Perfiles proteicos Monitoreo de protocolos de purificación de proteínas Mapas peptídicos Ensayos ligando-receptor Interacciones proteína-DNA Caracterización de proteínas Interaciones proteína-proteína Estudios de modificaciones post-traduccionales Comparación SELDI-TOF/ MALDI-TOF/Electroforesis en gel 2D SELDI MALDI 2D-GE Cuantificación Alta sensibilidad de cuantificación Relativamente pobre correlación entre intensidad de la señal y concentración de proteína Relativamente pobre correlación entre intensidad de la señal y concentración de proteína Resolución Miles de proteínas Miles de proteínas Miles de proteínas Rango Dinámico ~0.02-150 kDa ~0.02-150 kDa 15-200 kDa Reproducibilidad Excelente con optimización adecuada Excelente con optimización adecuada Pobre reproducibilidad entre laboratorios Uso diagnóstico Herramienta diagnóstica útil Uso diagnóstico limitado No Proteínas de baja abundancia Puede identificar fácilmente Puede identificar fácilmente Pobre resolución Tabla adaptada de John F. Woolley and Mohamed Al-Rubeai (Biotechnology Advances 27 (2009)
