Fundamentos de Informática y Bioinformática

 DE LA ASIGNATURA
GUIA DOCENTE
FUNDAMENTOS
DE INFORMÁTICA Y BIOINFORMÁTICA
Curso 2016-2017
Revisado por última vez 21/06/2016
Esta guía docente se ha realizado siguiendo las directrices correspondientes al
documento VERIFICA del grado de Biotecnología modificado siguiendo las directrices
de la AGAE y enviado para su verificación el 18 de Junio de 2014.
MÓDULO
MATERIA
CURSO
SEMESTRE
CRÉDITOS
TIPO
BÁSICO
INFORMÁTICA
1º
1º
9
Básica
PROFESORESDETEORÍA,
GRUPO
DEPARTAMENTOSY
CORREOSELECTRÓNICOS
Teoría:GrupoA
PrácticasGrupo:
A1,A2
GRADOENELQUESEIMPARTE
HORARIODETUTORÍAS
CoraldelVal
Muñoz(Coordinadora)
Dpto.Cienciasdela
ComputacióneI.A.
Email:
[email protected]
Loshorariosdetutoríasdelprofesorado
puedenconsultarseenlaweb:
OTROSGRADOSALOSQUE
SEPODRÍAOFERTAR
http://decsai.ugr.es/index.php?p=profes
ores
GradoenBIOTECNOLOGÍA
PRERREQUISITOSY/ORECOMENDACIONES(siprocede)
Serecomiendaseguirelordencronológicodelasenseñanzasdel
módulo.
BREVEDESCRIPCIÓNDECONTENIDOS(SEGÚNMEMORIADEVERIFICACIÓNDELGRADO)
Conceptosbásicos.
• Sistemasnuméricosylógicabooleana.
• Datos.Tiposdedatos.
• Sistemasoperativos.
Herramientasdetrabajoycomunicación:
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• Ofimática
• Tratamientodedatosconhojasdecálculo.
Búsquedadeinformación
• Navegadores
• Basesdedatos
• Bibliotecasuniversitarias.
Conceptodeprograma.
• Diagramadeflujo.
• Lenguajesdeprogramación.
• Algoritmosyestructurasdedatos.
Programaciónbásicaenalgúnlenguajedeusohabitualeneltema(e.g.Phyton,Perl,etc..).
• AplicacióndelainformáticaalaBiotecnología.
• Basesdedatosdesecuencias.
• Proyectosgenómicosyrepositoriosdedatos.
• Algoritmosdealineacióndesecuencias.
• Creacióndealineamientosdesecuenciasmúltiples.
• BLAST,FASTAybúsquedasenbasesdesecuenciasbiológicas
• Análisisdelospathwaysregulatoriosymetabólicos
COMPETENCIASGENERALESYESPECÍFICAS
BásicasyGenerales
CB3-Quelosestudiantestenganlacapacidaddereunireinterpretardatosrelevantes(normalmentedentrodesu
áreadeestudio)paraemitirjuiciosqueincluyanunareflexiónsobretemasrelevantesdeíndolesocial,científicao
ética.
CB5-Quelosestudianteshayandesarrolladoaquellashabilidadesdeaprendizajenecesariasparaemprender
estudiosposterioresconunaltogradodeautonomía.
BásicasyGenerales
CT1-Capacidaddeanálisisysíntesis.
CT3-Capacidaddeaplicarlosconocimientosenlaprácticayderesolverproblemas.
CT5-Razonamientocrítico.
CT9–Capacidaddetrabajarenequipoyenentornosmultidisciplinares.
Específicas
CE2-Poseerhabilidadesmatemáticas,estadísticaseinformáticasparaobtener,analizareinterpretardatos,ypara
entendermodelossencillos.
CE3-Saberbuscar,obtenereinterpretarlainformacióndelasprincipalesbasesdedatosbiológicos(genómicos,
transcriptómicos,proteómicos,metabolómicosysimilaresderivadosdeotrosanálisismasivos)ydedatos
bibliográficos,yusarherramientasbioinformáticasbásicas.
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OBJETIVOS(EXPRESADOSCOMORESULTADOSESPERABLESDELAENSEÑANZA)
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Saberbuscar,obtenereinterpretarlainformacióndelasprincipalesbasesdedatosbiológicosydedatos
bibliográficosyusarlasherramientasbioinformáticasbásicas.
Manejarlasbasesdedatosyprogramasinformáticosquepuedenemplearseenelámbitodela
BiotecnologíayBiologíaMolecular.
Conocer,gestionarbasesdedatosycomponenteslocalesydistribuidosenbasealastendenciasactualesy
futuras.
Emplearestrategiasdedataminingparalaextracción,análisiseinterpretacióndedatos.
Utilizaralgoritmosysoftwaredeutilidadesimplementadasporterceros
TEMARIODETALLADODELAASIGNATURA
TEMARIOTEÓRICO:
TEMA1.INTRODUCCIÓNALAINFORMÁTICA.
Conceptosbásicosydefiniciones.Soportelógicoysoportefísico.Estructurafuncionaldelosordenadores.
PrincipalesaplicacionesdelosordenadoresenelámbitodelaBiotecnología.Tiposdeordenadoresytiposde
Software.Redesdeordenadores.Internet.
TEMA2.REPRESENTACIÓNDELAINFORMACIÓN.
Codificación.Representacióndetextoydatosnuméricos.Introducciónalarepresentaciónyaltratamientode
imágenes.
TEMA3.FUNDAMENTOSDEPROGRAMACIÓN.
Tiposdelenguajes.Elementosbásicosdeloslenguajesdeprogramación.Elprocesodetraducciónyejecuciónde
programas.Fundamentosdealgorítmica.
TEMA4.FUNDAMENTOSDEPROGRAMACIÓNENMATLAB.
Datos,tiposdedatosyexpresiones.Operacionesdeentrada/salida.Estructurasecuencial.Estructuras
condicionales.Estructurasrepetitivas.Manipulacióndevectoresymatrices.Programaciónmodular.Aplicaciones
enelámbitodelabiotecnología.
TEMA5BIOINFORMATICA.
IntroducciónalaBioinformática.BúsquedasdesimilaridadNCBIBlast,yalineamientosmúltiples.Análisis
FuncionaldeProteínas:identificacióndemotivosydominios,arquitecturadedominios,estructuradeproteínas.
TEMA6NUEVASTECNOLOGÍASYMINERIADEDATOS
Nuevastecnologíasdesecuenciación(NGS)(e.g.RNA-Seq,Chip-Seq,Chip-Chip),normalización,seleccióndegenes.
Técnicasdemineríadedatosenbioinformática:clustering,clasificación,predicción,visualización(e.g.heatmapsy
networks).
TEMARIOPRÁCTICO:
Práctica1:HojasdeCálculo:suusoparaelanálisisdedatosexperimentales.
Práctica2:ProgramaciónbásicaenMATLAB
Práctica3:InteligenciaArtificialaplicadaalanálisisdeDatosBiotecnológicos
Práctica4:SoftwaredeAplicaciónenBiotecnologíayBiologíaMolecular:Emboss,Rasmol,MG-Rast,Blast,
Práctica5:SoftwaredeAplicaciónenBiotecnologíayBiologíaMolecular:VisualizaciónmolecularPymol
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SEMINARIOS
Seminario1:BúsquedadeinformaciónenInternet,BasesdedatosbibliográficasyenBibliotecasDigitales
Seminario2:UsodelasprincipalesbasesdedatosenBiotecnologíayBiologíaMolecular:Ensembl,NCBI
BIBLIOGRAFÍA
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LaBibliadeOffice.Bott,E.&Leonhard,W.2007.AnayaMultimedia.2007.
Matlab:Unaintroducciónconejemplosprácticos.Gilat,A.Reverte.2006.
Matlab:Anintroductionwithapplications.Gilat,A.Wiley.2008.
BioinformaticsforDummies,2ndEdition.ByJean-MichelClaverie,CedricNotredame.Wiley.2006.
BioinformaticsforBiologists.PavelPevzner,RonShamir.CambridgeUniversityPress.2011
DevelopingBioinformaticsComputerSkills.CynthiaGibas,PerJambeck.O'ReillyMedia.2001
Bioinformatics.TheMachineLearningApproach.P.Baldi&S.Brunak,2ndedition,TheMITPress.2001.
DataMining–ConceptsandTechniques.J.Han&M.Kamber,MorganKaufmannPublishers,2001.
Enlaces:
• IntroductiontoBiologyandComputerScience.HarveyMuddCollege:
https://www.cs.hmc.edu/twiki/bin/view/CS6
• ComputerScienceinthenaturalsciences.UniversityofCambridge:
http://www.cl.cam.ac.uk/teaching/1314/part1a-other.html
• QuantitativeBiologyWorkshop.M.I.T.
https://www.edx.org/course/mitx/mitx-7-qbwx-quantitative-biology-1714
• GradodeBiotecnologíaMolecular.UniversitätHeidelberg(Alemania)
http://www.molekulare-biotechnologie.de/index.php?option=com_content&view=article&id=65&Itemid=64
• Informática.GradodeBiotecnología.UniversidaddeSalamanca:
http://www.usal.es/webusal/files/Grado_Biotecnologia%202012-2013.pdf
METODOLOGÍADOCENTE
Laprácticadocenteseguiráunametodologíamixta,quecombinaráteoríaypráctica,paralograrunaprendizaje
basadoenlaadquisicióndecompetenciasyqueseacooperativoycolaborativo.Lasactividadesformativas
comprenderán:
-Clasesdeteoría.(1.68ECTS/42horas)
Expondránclaramentelosobjetivosprincipalesdeltemaydesarrollaránendetalleloscontenidosnecesariospara
unacorrectacomprensióndelosconocimientos.Serealizarándostiposdeclasesteóricas:
A)LecciónmagistralparacadaUnidadTemáticaenlaquesepresentanloscontenidosdeltema,sesuscitan
cuestionesparadebateyseproponendiferentesactividadesdeaprendizaje,y
B)Sesionesdediscusiónenlasqueseestablecendebatesparaprofundizarenlacompresióndeloscontenidosdel
temaysediscutenlosejerciciosytrabajospropuestoscomoactividadindividual.
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-Lassesionesdeseminarios(0.24ECTS/6horas)
Estasactividadesproporcionarántemasdeanálisis(estableciendolosprocedimientosdebúsquedadeinformación,
análisisysíntesisdeconocimientos)oplantearánproblemasconcretosquesedesarrollarándeformaindividualo
grupal.
-Lassesionesdeprácticas.(1,56ECTS/39horas)
Trabajoprácticodirigidosiguiendolosprotocolospreparadosatalefecto.Losestudiantesmanejaránlas
aplicacionessoftwareapropiadasyresolveráncuestionesprácticas.Despuésdecadasesiónhabrádeentregarseun
informeconlosresultadosdeltrabajorealizado.
-Lastutoríasindividualesycolectivas(0,12ECTS/3horas)
Ofreceránapoyoyasesoramientopersonalizadooengruposconunpequeñonúmerodealumnosparaabordarlas
tareasencomendadasenlasactividadesformativasindicadaspreviamenteoespecíficasdeltrabajopersonal.El
profesorjugaráunpapelpre-activo,orientandohaciaunaprendizajecolaborativoycooperativo,alolargodetodo
elcurso.
-Estudioytrabajodelalumno(3,72ECTS/93horas)Estudiodeloscontenidosdelosdiferentestemas,
resolucióndeproblemasyanálisisdecuestionesteórico-prácticas,elaboracióndetrabajostuteladostantode
teoríacomodeprácticas,asícomoeltrabajorealizadoenlaaplicacióndelossistemasdeevaluación.
-Trabajoengrupo(1,68ECTS/42horas)Elaboracióndetrabajostuteladostantodeteoríacomodeprácticasen
colaboraciónconotrosestudiantesdelaasignatura.Seintroduciránypotenciaránlastécnicasdetrabajoenequipo
máscomunes.
EVALUACIÓN(INSTRUMENTOSDEEVALUACIÓN,CRITERIOSDEEVALUACIÓNYPORCENTAJESOBRELA
CALIFICACIÓNFINAL,ETC.)
EvaluaciónContinua
ConvocatoriaOrdinaria
• Exámenesteóricosdeconocimientosyresolucióndeproblemasinformáticos.50%delacalificación.
• Resultadosobtenidosdurantelarealizaciónyevaluacióndelasactividadesprácticas.15%dela
calificación.
• Realizacióndetrabajostuteladosysudefensa.30%delacalificación.
• Participacióndelestudianteentodaslasactividadesformativas.5%delacalificación.
• Paraaprobarlaasignaturaseránecesarioobtenerunacalificaciónmayora4enlapartedeteoríayla
mediaponderadadelasprácticasytrabajostuteladostambiéndeberásermayorque4.
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ActividadesFormativas
ParteTeórica
PartePráctica
Seminariosytrabajostutelados
Participación
Ponderación
50.00%
15.00%
30.00%
5.00%
ConvocatoriaExtraordinaria
• Enestaconvocatoriaelalumnoseexaminaránecesariamentedelaparte/ssuspensa/s(teóricay/o
práctica).
• Enestaconvocatoriaseconsideraparteprácticalosepígrafesparteprácticayotrosanteriormente
mencionados
• Elalumnotendrálaopcióndepresentarseala(s)parte(s)queestimeoportuno(teóricay/opráctica)
• Elalumnoquesepresenteaunaparte,perderálanotaobtenidaenFebreroendichaparte.
• Elalumnoquenosepresenteaunaparte,mantendrálanotaalcanzadaenFebreroendichaparte.
• Lanotafinalseráelresultadodelamediaaritméticadelaspartes,sinnecesidaddealcanzarelcuatroen
lasdospartes
ActividadesFormativas
Ponderación
ParteTeórica
50.00%
PartePráctica(incluyeseminarios,
participación,trabajostuteladosysu
defensa)
50.00%
Todolorelativoalaevaluaciónseregiráporlanormativasobreplanificacióndocenteyorganizacióndeexámenes
vigenteenlaUniversidaddeGranada.
Evaluaciónúnicafinal
Laevaluaciónúnicafinalserealizaráenunsoloactoacadémicoeldíadelaconvocatoriaoficialdeexamenparala
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asignatura.Lapruebaseráevaluadade0a10eincluirápreguntastantodetipoteórico,correspondientesal50%
delanota,comopráctico,correspondientesalotro50%,quegaranticenqueelalumnohaadquiridolatotalidadde
lascompetenciasdescritasenlapresenteguíadocente.
Elsistemadecalificacionesseexpresarámediantecalificaciónnuméricadeacuerdoconloestablecidoenelart.5
delR.D1125/2003,de5deseptiembre,porelqueseestableceelsistemaeuropeodecréditosyelsistemade
calificacionesenlastitulacionesuniversitariasdecarácteroficialyvalidezenelterritorionacional.
REGIMENDEASISTENCIA
Laasistenciayparticipaciónactivaalasclasesteóricasyprácticasesdecrucialimportanciaparalaadquisición
delosconocimientosycompetenciasdeestaasignaturaporloqueserecomiendaunseguimientoactivodedichas
clases.
• Laasistenciaalasclasesteóricasnoseráobligatoria,aunquelaparticipaciónactivaenclaseyenlos
seminariosporelprofesorsetendráencuentadentrodelsistemadeevaluacióncontinuadelaasignatura.
• Laasistenciaalasclasesprácticasnoseráobligatoriaperoesaltamenterecomendable.Encualquiercaso,
laasistenciayparticipaciónactivaenclasesetendráencuentadentrodelsistemadeevaluacióncontinua
delaasignatura.
INFORMACIÓNADICIONAL
FECHASDEEXAMENES:
ConvocatoriaOrdinaria(examenFinal):25/01/17
ConvocatoriaExtraordinaria:07/07/17
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