RESUMEN Cryptosporidium spp. es un agente parasitario protozoario zoonótico capaz de infectar a múltiples especies animales en todo el mundo, definido como prioritario para monitoreo en fauna silvestre. Produce diarrea en individuos inmunocomprometidos, siendo transmitido por vía fecal-oral, donde el agua juega un rol epidemiológico importante. Este patógeno, ya ha sido detectado en aguas marinas y superficiales y en animales acuáticos, incluyendo pingüinos de la Antártica. Los Sphenisciformes se consideran centinelas oceánicos, ya que reflejan cambios en la productividad oceánica y cambios ambientales producidos por actividades humanas. Con el objetivo de detectar este patógeno en pingüinos de zonas templadas, en este estudio se tomaron muestras a partir de tórulas cloacales y heces frescas desde el ambiente provenientes de Pingüinos de Magallanes (Spheniscus magellanicus) pertenecientes a dos colonias reproductivas, Isla Magdalena y Seno Otway, en la Región de Magallanes y Antártica Chilena. En Isla Magdalena, un 3,5% de las muestras obtenidas directamente desde las aves fueron positivas al agente, mientras que en Seno Otway un 3,4% de ellas dieron positivas, no existiendo diferencias significativas en los niveles de infección entre las colonias. Por otro lado, en las muestras ambientales, tomadas solamente en Isla Magdalena, se encontró un 29,1% de positividad a la presencia este parásito, siendo esta la primera descripción de Cryptosporidium spp. en S. magellanicus, y a su vez en pingüinos de zonas templadas. Palabras claves: Cryptosporidium spp., pingüinos, zoonosis, centinelas oceánicos, fauna silvestre.