Unidad 6. Nutrición microbiana y caracterización de bacterias. Unidad 8. Condiciones ambientales para el desarrollo, inhibición y destrucción de microorganismos. P11. Diversidad nutricional, fisiológica y requerimientos de oxígeno. Objetivos A partir de una muestra natural: Evidenciar la diversidad nutricional de los microorganismos. Determinar algunas características fisiológicas de los microorganismos desarrollados. Observar los requerimientos de oxígeno de los microorganismos crecidos en las diferentes zonas de la columna. Introducción En general los requerimientos nutricionales y de oxígeno de cada grupo microbiano están íntimamente relacionados con el ambiente natural en que se desarrollan. El grupo bacteriano es, desde el punto de vista estructural, el más simple de los microorganismos (procariotes); no obstante, fisiológicamente es el más complejo. Las bacterias obtienen su energía a través de la luz solar (fotosintéticas), o por la oxidación de compuestos químicos inorgánicos (quimiolitotrofas) u orgánicos (quimiorganótroficas); su fuente de carbono a partir del CO2 (autótrofas) o de compuestos orgánicos (heterótrofas). Así mismo, su fuente de nitrógeno la obtienen a partir de compuestos orgánicos (aminoácidos) e inorgánicos en diferentes estados de oxidación incluyendo el nitrógeno molecular. La capacidad de reducir el dinitrógeno atmosférico es exclusiva de algunos microorganismos procariotes (fijadores de nitrógeno). En lo que respecta a sus requerimientos de oxígeno, algunos microorganismos crecen de manera obligada en presencia de oxígeno (aerobios estrictos); en el extremo opuesto existen otros que no requieren de este elemento para su desarrollo (anaerobios estrictos). Y entre ambos grupos existen microorganismos que se desarrollan en presencia o ausencia de oxígeno (aerobios facultativos), los que crecen en bajas concentraciones de oxígeno (microaerofílicos) y los anaerobios que toleran pequeñas cantidades de oxígenos (anaerobios aerotolerantes). 1ª. Sesión. Inoculación de las muestras Materiales Muestras Agua de la columna de Winogradsky Tierra húmeda de macetas ME1515 - 2012/2 - Práctica 11 - página 1 Microorganismos Pseudomonas aeruginosa Enterobacter sp Micrococcus luteus Clostridium sp Streptococcus sp Material por equipo 2 mecheros 1 gradilla 1 varilla de vidrio en “L” 2 bulbos de goma 1 tripié 1 charola de metal 1 vaso de precipitados de 250mL Medios de cultivo 1 tubo de 16x150mm con tapón de rosca con 10mL de medio mineral sin carbono. 1 tubo de 16x150mm con tapón de rosca con 10mL de medio mineral con glucosa. 1 tubo de 16x150mm con tapón de rosca con 10mL de medio mineral con celulosa. 1 tubo de 16x150mm con tapón de rosca con 10mL de medio de Ashbey libre de nitrógeno. 1 tubo de 16x150mm con tapón de rosca con 10mL de medio de Ashbey con amonio. 1 tubo de 16x150mm con tapón de rosca con 10mL de medio de Ashbey con nitratos. 1 tubo de 16x150mm con tapón de rosca con 10mL de medio de Ashbey con peptona. 1 caja de Petri con agar Ramos-Callao con lecitina. 1 caja de Petri con agar Ramos-Callao con fósforo precipitado. 1 tubo de 16x150mm con tapón de rosca con 10mL de medio para sulfato reductoras. 2 tubos de 16x150mm con tapón de rosca con 7mL de caldo Tioglicolato con resarzurina. 10 tubos de 22x175mm con 20mL de Agar Aneróbico de Brewer (por grupo). Material que deben tener los alumnos Pipetas Pasteur estériles Tubos con SSI estéril 1 tubo de 13x100 estéril Material por grupo 2 jarras de anaerobiosis 2 paquetes de Gas PacK 1 frasco grande de vidrio 1 vela Metodología Preparación de las muestras (tierra húmeda o columna de Winogradsky). 1. Tomar aproximadamente 1cm3 de tierra húmeda y resuspender en un tubo con 9mL de SSI estéril, homogenizar y dejar sedimentar. 2. Transferir con ayuda de una pipeta Pasteur estéril aproximadamente 4mL de agua (sin partículas) en un tubo estéril de 13x100mm. ME1515 - 2012/2 - Práctica 11 - página 2 3. Si se cuenta con una columna de Winogradsky de varias semanas, seleccionar una zona por equipo y con ayuda de una pipeta Pasteur, extraer aproximadamente 4mL de agua de la zona asignada y colocar en un tubo limpio. Columna de Winogradsky Muestra de tierra húmeda Zonas Tierra Alta Media alta 4mL 4mL Media baja SSI estéril Baja Diversidad nutricional Medio mineral Medio Ashbey* Diversidad fisiológica Medio Ashbey* Medios Ramos Callao Medio para SO4= reductoras Requerimientos de oxígeno Caldo Tioglicolado Agar anaeróbico de Brewer Siembra de cultivos de diversidad nutricional. 1. Etiquetar los tubos de medio Mineral y el medio de Ashbey de acuerdo a la muestra empleada. 2. Con la pipeta Pasteur inocular cada uno de los tubos con tres gotas (150L) de la muestra e incubar a temperatura ambiente en presencia de luz durante 5 días. Siembra de cultivos de diversidad fisiológica (sulfato reductoras y transformaciones del fósforo). 1. Etiquetar el tubo de medio para sulfato reductoras, de acuerdo a la muestra empleada. 2. Con la pipeta Pasteur inocular con tres gotas (150L) de la muestra e incubar a temperatura ambiente en condiciones reducidas de oxígeno (usar jarra de anaerobiosis o jarra con vela) durante 5 días. 3. Etiquetar los medios de Ramos-Callao con lecitina (mineralizadores) y con fósforo precipitado (solubilizadores), de acuerdo a la muestra empleada. 4. Con la pipeta Pasteur inocular con dos gotas (100L) de la muestra sobre la superficie del agar y con la ayuda de una varilla de vidrio en “L” estéril (flamear con alcohol y dejar enfriar al lado de la flama), extender la muestra sobre la superficie del agar. Flamear la varilla antes de ser usada nuevamente y flamear después de ser usada. 5. Incubar a temperatura ambiente en condiciones aeróbicas, por 5 días. ME1515 - 2012/2 - Práctica 11 - página 3 Siembra para observar los requerimientos de oxígeno. 1. Someter a ebullición los dos tubos con caldo Tioglicolato hasta la reducción (observar el indicador de resarzurina). 2. Sin agitar, colocar los tubos en una gradilla y dejar enfriar sin mover. 3. Etiquetar uno de los tubos con el nombre de la bacteria control que le corresponda al equipo: Pseudomonas aeruginosa, Enterobacter sp, Micrococcus luteus, Clostridium sp o Streptococcus sp (un control por equipo), y el otro tubo indicando la muestra. 4. Inocular cada uno de los tubos con dos gotas (100L) del cultivo bacteriano control o con dos gotas de la muestra. Ebullir (reducir) Dos gotas de la cepa control Cepa control Dos gotas a partir del agua de la muestra Muestra de la columna o tierra húmeda Medio fluido de tioglicolato 5. Incubar 5 días a 37°C dependiendo de la muestra Condiciones de incubación Aerobiosis Control Pseudomonas aeruginosa Micrococcus luteus Enterobacter sp Muestra Columna superficial Columna intermedia Muestra de tierra húmeda Microaerofília Micrococcus luteus Enterobacter sp Columna intermedia Columna profunda Muestra de tierra húmeda Anaerobiosis Enterobacter sp Streptococcus sp Clostridium sp Columna intermedia Columna profunda Muestra de tierra húmeda 6. Por grupo, fundir los medios de Agar Anaeróbico de Brewer (10 tubos de 22x175) hasta su disolución total y la reducción del indicador azul de metileno. 7. En cada mesa seleccionar una de las muestras ya sea proveniente de la columna o de tierra húmeda e inocular por duplicado dos gotas en una caja de Petri vacía y estéril. 8. Cuando el medio de cultivo esté fundido, fluido y a una temperatura de 45ºC, verter en cada una de las cajas, y homogenizar. 9. Los dos tubos restantes vaciarlos en cajas sin inóculo y dejar solidificar. Dividir en dos e inocular por cuadrante radial a P. aeruginosa y a Clostridium sp. 10. Incubar una caja de cada muestra en condiciones aeróbicas y la otra en condiciones anaeróbicas. ME1515 - 2012/2 - Práctica 11 - página 4 Muestra de agua Mesa 1 Agar anaeróbico de Brewer 2 gotas a b a Mesa 2 2 gotas a a. Incubar a 37ºC durante 48horas en condiciones aeróbicas. b a Mesa 3 2 gotas a b. Incubar a 37ºC durante 48horas en condiciones anaeróbicas. b a Mesa 4 4 2 gotas a b a Control a b a Dividir en dos e inocular por cuadrante radial a P. aeruginosa y a Clostridium sp. 2ª. Sesión. Diversidad nutricional, fisiológica (nitrógeno, fósforo y azufre) y requerimientos de oxígeno Materiales Material por equipo 1 microscopio 1 juego de colorantes de Gram 2 mecheros 1 gradilla 2 bulbos de goma 2 tubos de 13x100 ME1515 - 2012/2 - Práctica 11 - página 5 Reactivos 4 frascos gotero con reactivo de Nessler. 4 frascos gotero con reactivo de Griess A. 4 frascos gotero con reactivo de Griess B. Zinc en polvo. 4 frascos goteros con solución de BaCl2 al 5% Metodología Revisión de los resultados de diversidad nutricional 1. Revisar el crecimiento en cada uno de los tubos después de la incubación, describir el desarrollo en cada uno y las características nutricionales de cada grupo que pudiera estar presente. Medio Desarrollo Características nutricionales y grupos microbianos MM sin carbono MM con glucosa MM con celulosa Medio Ashbey libre de nitrógeno Medio Ashbey con amonio Medio Ashbey con nitritos Medio Ashbey con peptona Revisión de los resultados de diversidad fisiológica Trasformaciones del nitrógeno. 1. Del tubo con medio de Ashbey libre de nitrógeno, transferir unas gotas en dos portaobjetos con una pipeta Pasteur estéril. 2. En uno de los portaobjetos agregar una gota de reactivo de Nessler para determinar la presencia de amonio. Una coloración naranja (puede presentarse un precipitado) indica la presencia de amonio en el medio. 3. En el segundo portaobjetos agregar una gota de reactivo A de Griess y 1 gota del reactivo B. Una coloración roja indica la presencia de nitritos en el medio. 4. Si el resultado de los nitritos es negativa, agregar una pizca de polvo de zinc al medio con los reactivos de Griess. Si el medio se torna rojo hay presencia de nitratos en el medio de cultivo. 5. Realizar un frotis y tinción de a cada uno de los tubos. Registrar los resultados. 6. Identificar los cambios en el ciclo del nitrógeno. Medio Ashbey NH4 NO2 NO3 Transformaciones y grupos microbianos Observación microscópica (esquema) S/nitrógeno C/amonio C/nitritos C/peptona ME1515 - 2012/2 - Práctica 11 - página 6 Determinación de Amonio El amonio reacciona en condiciones alcalinas con yoduro mercúrico dipotasico(1) (reactivo de Nessler) para formar un precipitado color naranja(2). (1) (2) HgI2 + KI → K2HgI4 K2HgI4 + KOH + NH3 → Hg2O(NH2I) + 7 KI + 2H2O (anaranjado) Determinación de nitritos y nitratos Reducción de nitratos: N03- → NO2- → NO → N2O → N2 El nitrito reacciona con dos reactivos: ácido sulfanílico y dimetil--naftilamina (o naftilamina). La reacción de color se debe a la formación de un compuesto diazonio, psulfobenceno-azo--naftilamina. ME1515 - 2012/2 - Práctica 11 - página 7 N NH2 N + SO3H HNO2 + H2 O Acido nitroso + NH2 SO3H Acido sulfanílico (incoloro) -naftilamina (incolora) Acido sulfanílico diazotizado (sal de diazonio) N N Acoplamiento + H2 O NH2 SO3H p-sulfobenceno-azo--naftilamina (colorante rojo azo hidrosoluble) Cuando la prueba resulta negativa para nitritos se utiliza la prueba del zinc para reducir químicamente los nitratos presentes a nitritos y formar con los reactivos de Griese el compuesto colorido. Transformaciones del azufre 1. A partir del tubo con medio TT transferir con una pipeta Pasteur aproximadamente 1mL en cada uno de 2 tubos de 13x100. 2. En el primer tubo determinar la presencia de tiosulfato agregando unas gotas de la mezcla de almidón-yodo. La presencia de tiosulfato se interpreta como la desaparición del color. 3. En el segundo tubo determinar la presencia de sulfatos agregando una gota de HCl 0.1N y posteriormente gota a gota de la solución de BaCl 2 al 5%, la aparición de un precipitado blanco indica la presencia de sulfatos. 4. Observar en el medio para bacterias sulfato reductoras la aparición de un precipitado negro debido al gas incoloro H2S se forma en condiciones ácidas y reacciona con el citrato de amonio férrico para producir un precipitado negro insoluble de sulfuro ferroso metálico. 5. Realizar un frotis y tinción de a cada uno de los tubos. Registrar los resultados. Medios Bacterias oxidantes del azufre (Medio TT) Bacterias sulfato reductoras H2S S2O32- SO42- Transformaciones y grupos microbianos Observación microscópica (esquema) XX XX XX ME1515 - 2012/2 - Práctica 11 - página 8 Reacciones Bacterias Quimiolitótrofas del azufre H2S + 2O2 → SO42- + 2H+ HS- + H+ + ½O2 → Sº + H2O Sº + 1½O2 + H2O → SO42- + 2H+ S2O32- + 2O2 + H2O → SO42- + 2H+ Bacterias sulfato reductoras SO42- → SO32- → H2S Determinación de tiosulfato El yodo en presencia de yoduro y la -amilosa de una solución de almidón forma un complejo colorido azul intenso. En presencia de tiosulfato el yodo es reducido a yoduro en una disolución débilmente ácida lo que provoca la desaparición del complejo colorido. I2 + 2S2O32+ → 2I- + S4O62+ Determinación de sulfato El ión sulfato en solución se determina por precipitación con cloruro de bario en una solución caliente, débilmente acidificada con ácido clorhídrico. Se originan cristales blancos relativamente grandes. SO42++ BaCl2 → BaSO4 + 2Cl- ME1515 - 2012/2 - Práctica 11 - página 9 Trasformaciones de fósforo 1. Revisar el medio de Ramos-Callao con lecitina (mineralizadores), observar la formación de halos de desaparición de lecitina. 2. Realizar una tinción de Gram a cada tipo de colonia formadora de halos. 3. Revisar el medio de Ramos-Callao con fósforo precipitado (solubilizadores), observar la formación de halos de desaparición del precipitado de fosfato. 4. Realizar una tinción de Gram a cada tipo de colonia formadora de halos. 5. Registrar los resultados en la tabla. Medios Descripción de colonias con halo Observación microscópica (esquema) Ramos-Callao con lecitina (mineralizadores) Ramos-Callao con fósforo precipitado (solubilizadores) Resultados de requerimientos de oxígeno. 1. De manera grupal Comparar el crecimiento en medios sólidos en condiciones aerobias y anaerobias de las columnas. Revisar las cajas control para descartar la contaminación externa. 2. Revisar el crecimiento en cada uno de los tubos a las 48 horas de incubación y registrar el desarrollo en cada uno de ellos en la tabla. Columna Muestra Desarrollo en aerobiosis Desarrollo en anaerobiosis Control 3. Revisar el crecimiento en cada uno de los tubos a las 48 horas de incubación y registrar el desarrollo en cada uno de ellos en la tabla. Microorganismo o muestra Clasificación Condiciones de incubación Pseudomonas aeruginosa Aerobio estricto Enterobacter sp Aerobio facultativo Micrococcus luteus Microaerofílico1 Streptococcus sp Anaerobio aerotolerante Anaerobio estricto Clostridium sp2 Esquema y descripción del desarrollo Muestra 1 esta reportado como de aerobio estricto 2 la cepa empleada resiste ciertas concentraciones de oxígeno ME1515 - 2012/2 - Práctica 11 - página 10 Composición de medios de cultivo. Medio Ahsbey’s libre de nitrógeno Manitol CaCl2.2H2O K2HPO4 MgSO4.7H2O MoO3 (sol’n 10%) FeCl3 (sol’n 10%) pH 15.0 g 0.2 g 0.2 g 0.2 g 0.1 mL 0.05 mL 7.0+0.2 Disolver cada uno de los componentes en un litro de agua destilada, ajustar el pH a 7 y distribuir. Esterilizar a 121ºC, 15 lb de presión durante 15 minutos. Adicionar las fuentes de nitrógeno en una proporción de 0.5-1.0% previo a la esterilización. Thiobacillus / Thermophilus medium pH 6.5 (TT) Na2S2O3.5H2O NaHCO3 Na2HPO4 MgCl2 NH4Cl Agua destilada pH 5.0 g 1.0 g 0.2 g 0.1 g 0.1 g 1000 mL 6.5 Disolver cada uno de los componentes en 900 mL de agua, ajustar el pH a 6.5 con HCl concentrado y aforar a 1 L. Esterilizar por filtración. Distribuir en los tubos estériles. Medio para movilizadores de fósforo Medio basal de Ramos-Callao. Extracto de levadura 2.0 g Glucosa 20.0 g Agar 18.0 g Agua destilada 1000 mL pH 7.0 Para mineralizadores: En condiciones de asepsia colocar una yema de huevo en un matraz Erlenmeyer de 250 mL estéril. Agregar agua estéril hasta un volumen aproximado de 100 mL y homogeneizar perfectamente. De ésta mezcla agregar 10mL a 100 mL del medio basal de Ramos-Callao (sin glucosa) previamente esterilizado y enfriado a aproximadamente 45ºC, mezclas perfectamente y verter en las cajas de Petri ya inoculadas con las diferentes diluciones del suelo. Para solubilizadores: Solución A K2HPO4 al 10% Mezclar una parte de la solución A con dos ME1515 - 2012/2 - Práctica 11 - página 11 Solución B CaCl2 al 10% partes de la Sol. B y homogeneizar el precipitado obtenido. De esta suspensión agregar 5.0mL a 100 mL de medio basal de Ramos-Callao (Con glucosa) previamente esterilizado y enfriado a 45ºC. Verter en cajas de Petri previamente inoculadas con las diferentes diluciones de suelo. Medio para sulfato reductoras Sulfato reductoras medio Postgate C modificado KH2PO4 Na2SO4 NH4Cl MgSO4•7H2O CaCl2•6H2O Citrato de sodio FeSO4•7H2O H2O destilada c.s.p. 0.5 g 4.5 g 1g 0.06 g 0.06 g 0.3 g 0.004 g 1000 mL Disposición de desechos 1. El material plástico como las cajas Petri desechables, papel filtro y palillos de madera deberán colocarse en los contenedores de incineración previamente atadas con masking las cajas petri. 2. Las pruebas de Nessler y Griess realizadas en portaobjetos deberán recolectarse por separado y entregar para el tratamiento de residuos químicos. 3. Esterilizar el material de vidrio en los que realizó sus lecturas y posteriormente lavar. Bibliografía complementaria Atlas, R. M. (1997). Handbook of Microbiological Media. 2nd edition. Edited by Lawrence C. Parks. CRC Press. USA. Atlas, R. M. Y Bartha R. (2002). Ecología Microbiana y Microbiología Ambiental. 2ª edición en español. Pearson Education. Madrid, España. Ayres, G. H. (1968). Análisis Químico Cuantitativo. 2ª edición. Traductor: Santiago V. Pérez. Oxford University Press. México DF. Mac Faddin, Jean F. 2003. Pruebas bioquímicas para la identificación de bacterias de importancia clínica. 3ª edición. Médica Panamericana, Argentina. QR67 M3318 2003 Madigan, M. T. and J. M. Martinko. 2006. Brock Biology of microorganisms. 11th edition. Pearson Prentice Hall. USA. QR41.2 B753 2006 Ramírez-Gama, R. M., B. Luna Millán, O. Velásquez Madrazo, L. Vierna García, A. Mejía Chávez, G. Tsuzuki Reyes, L. Hernández Gómez, I. Müggenburg, A. Camacho Cruz y M del C. Urzúa Hernández. 2006. Manual de Prácticas de Microbiología General. 5ª edición. Facultad de Química, UNAM. México. Widdel F., Bak F., The prokariotes, 2a ed. New York, Springer-Verlag, 1992. ME1515 - 2012/2 - Práctica 11 - página 12