CURSO MONOGRÁFICO - FES Iztacala

0054: Análisis de Información a través de Bases de Datos
Herramientas Informáticas de Análisis de la Biodiversidad
Temario
CURSO MONOGRÁFICO
http://campus.iztacala.unam.mx/mmrg/mono54/
Carrera de Biología
FES Iztacala, UNAM.
Semestre 2010-1
Aula A214
Miguel Murguía
[email protected]
Objetivo
En este curso el asistente conocerá los fundamentos teóricos y técnicos de las bases de datos y
adquirirá las habilidades para aplicarlos al almacenamiento y análisis de información de registros
de la biodiversidad de México.
Horario
Lunes 11:00 a 13:00 hrs.
Miércoles 11:00 a 14:00 hrs.
Temas
1. Introducción a las herramientas de análisis de la biodiversidad
1.1 Ejemplos de aplicaciones de herramientas para el análisis de la biodiversidad
1.2 Clasificación de las herramientas informáticas para el análisis de la biodiversidad
1.3 Fundamentos informáticos para el uso de las herramientas de análisis
1.4 Uso y adquisición de herramientas informáticas
2. Bases de Datos Biológicas
2.1 El Modelo Relacional de Bases de Datos
2.2 Modelos de Bases de Datos Biológicas
2.3 Bases de datos taxonómicas
2.4 Bases de datos biogeográficas
2.5 Estándares de bases de datos biológicas
3. Biogeografía
3.1 Biogeografía Cuantitativa: índices de similitud y análisis de agrupamiento
3.2 Panbiogeografía: creación de trazos individuales
3.3 Identificación de patrones espaciales
4. Estadística Espacial
4.1 Los sistemas de información geográfica y el análisis espacial
4.2 La estadística espacial como modelo robusto de análisis espacial
4.3 Herramientas de la estadística espacial
5. Identificación Taxonómica Automatizada
5.1 Un modelo para la identificación taxonómica automatizada
5.2 Ambientes para desarrollo de policlaves
5.3 Ejemplos de policlaves en computadora
6. Biodiversidad Informática
6.1 Fuentes de información sobre biodiversidad
6.2 Selección de áreas de conservación: algoritmos y fundamentos teóricos
6.3 Cuantificación de la biodiversidad: medidas de diversidad y estimadores de riqueza
6.4 Análisis de gradientes: altitudinal y latitudinal
Evaluación
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30% Tareas individuales y en equipo
25% Ejercicios en clase individuales y en equipo
20% Desarrollo de proyecto de base de datos
25% Reporte de lecturas y participación en clase
Bibliografía básica
CODD, E. F. 1990. The Relational Model for Database Management. Addison-Wesley Pub.
CONABIO-CONANP-TNC-PRONATURA-FCF, UANL. 2007. Análisis de vacíos y omisiones en
conservación de la biodiversidad terrestre de México: espacios y especies. Comisión
Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad, Comisión Nacional de Áreas
Naturales Protegidas, The Nature Conservancy-Programa México, Pronatura, A.C.,
Facultad de Ciencias Forestales, Universidad Autónoma de Nuevo León, México. ISBN
978-968-817-866-9.
CONABIO. 2008. Capital natural de México. 3 Vols.
CHAPMAN, A. P. 2005. Principles of Data Quality. Version 1.0. Report for the Global Biodiversity
Information Facility, Copenhagen.
DALLWITZ, M. J. 2000. A comparison of Interactive Identification Programs. http://deltaintkey.com/www/comparison.htm
KOLEFF, P. 1997. Introducción a las bases de datos en la Biología Comparada Contemporánea.
Publicaciones Docentes del Museo de Zoología ”Alfonso L. Herrera”. Facultad de Ciencias,
UNAM.
MURGUÍA, M. 2005. La Estadística espacial como herramienta de análisis de la biodiversidad. En:
Halffter, G., Sobrerón, J., Koleff, P y A. Melic (eds). Sobre Biodiversidad Biológica: El
significado de las diversidades Alfa, Beta y Gamma. M3M Monografías Tercer Milenio. Vol. 4.
Zaragoza, España. p. 63-72.
MURGUÍA, M. 2007. Bases de Datos Biológicas. Una referencia para la creación de bases de datos del
Macroproyecto. Notas de taller dentro del Macroproyecto Manejo de Ecosistemas y Desarrollo
Humano. FES Iztacala, UNAM. 95 p. Disponible en: http://campus.iztacala.unam.mx/
mmrg/bd/archivos/BD_003_Access_NOTAS.pdf
MURGUÍA, M Y S. RODRÍGUEZ. 2007. Computadoras, Información y Comunicación Científica. En:
Arizmendi, M. C., G. Ávila, F. López, M. Murguía, S. Rodríguez & S. Solórzano (eds)
2007. Deterioro Ambiental en Zonas Áridas. Una década de experiencia
multidisciplinaria. FES Iztacala, UNAM. México. Pp 295-322.
MURGUÍA, M. Y F. ROJAS. 2001. Biogeografía cuantitativa. En Llorente, J. y J. J. Morrone (ed).
Biogeografía. UNAM. 277 p.
MURGUÍA, M. Y J. L. VILLASEÑOR. 1998. GENCOMEX: a computerized key for identify the genera of
Asteracea of México. En: Scott, P. R., P. Bridge, P. Jeffries & D. Morse (ed). Information
Technology, Plant Pathology and Biodiversity. CAB-INTERNATIONAL. 478 p.
PIATETSKY-SHAPIRO, G & W.J. FRAWLEY. 1991. Knowledge Discovery in Databases. AAAI Press. 525
p.
SARKAR, S., R. L. PRESSEY, D. P. FAITH, CH. R. MARGULES,T. FULLER, D. M. STOMS, A. MOFFETT, K.
WILSON, K. J. WILLIAMS, P. H. WILLIAMS & S. ANDELMAN. 2006. Biodiversity conservation
planning tools: Present status and challenges for the future. Annu. Rev. Environ. Resour. 31:123–
59.
SOBERÓN J. & A.T. PETERSON. 2004. Biodiversity informatics: managing and applying primary
biodiversity data. The Royal Society 359: 689-698.
FG