Transparencias tema 9

Estructura primaria del los ácidos nucleicos
Extremo 5’ (fosforilado)
NH2
OO
N
P
O
N
CH2
H
enlace 3’-5’
fosfodiéster
O
N
O-
Adenina (A)
N
O
H
H
O
H
P
H
O
O-
N
NH
Guanina (G)
O
N
CH2
H
enlace 3’-5’
fosfodiéster
O
N
O
H
H
O
H
P
O-
H
NH2
N
Citosina (C)
O
O
H2C
N
O
H
H
O
H
H
enlace 3’-5’
fosfodiéster
O
NH2
H
O
P
OHN
Timina (T)
O
O
CH2
H
N
O
H
H
OH
H
H
Extremo 3’ (con -OH libre)
Estructura de una doble hebra de DNA
extremo 5’
O
O
extremo 3’
P
H2
N
O
-O
N
CH2
O
O
(A)
N
N
H2C
H H
O
H
N
(G)
N
N
(C)
O
N
H2
H H
P
O
O
H
NH
N
H
O
O-
H H
H2
N
O
N
CH2
H
H
H
O
O
O
O
(T)
O
P
-O
NH
N
H
O
H
N
O
H
H
H H
O
H
O
H
H2C
O-
O
P
P
O
-O
H2
N
CH2
H
N
O
O
H
N
H H
O
O-
O
P
O
H
O
O
N
O
N
H
H
(A)
H
H H
extremo 3’
NH
O
H
N
N
O
H H
O
CH2
H
H
H
H2C
N
H2
P
-O
N
O
O
(G)
N
(C)
O
O
H
N
NH
H
O
H H
(T)
O
N
H2
N
H2C
O-
O
P
O
O
extremo 5’
Modelo de Watson y Crick
0.33 nm
surco menor
3.4 nm
surco mayor
36°
O
H3C
H
H
N
N
N
H
N
N
N
C1’
(T)
C1’
N
O
(A)
1.08 nm
H
N H
N
O
N
N
H N
N
C1’
O
(C)
H N
H
1.08 nm
2.37 nm
C1’
N
(G)
A-DNA
B-DNA
Z-DNA
Comparación entre los tipos de DNA
A-DNA
B-DNA
Z-DNA
dextrogiro
dextrogiro
levogiro
11
10,4
12
altura por pb (nm)
0,29
0,34
0,35 G-C
0,41 C-G
diametro (Å)
25,5
23,7
18,4
enlace glicosídico
anti-
anti-
anti- para C y T
sin- para G
Inclinación de las
bases
71°
89°
81°
rotación por pb
33°
36°
-51° G-C
-8,5° C-G
Surco mayor
estrecho y muy
profundo
ancho y
bastante
profundo
plano
Surco menor
muy amplio y
poco profundo
estrecho y
bastante
profundo
Muy estrecho y
profundo
giro
pb por vuelta
A14-U8
T54-m1A58
N
H3 C
N
O
O
N
O
O
NH
NH2
N
NH2
N
N
N
+
N
N
N
CH3
N
N
G15-C48
N
N
N
H2 N
N
O
N
N
+
H3 C
H2 N
N
N
NH
N
N
N
O
NH
O
NH2
N
N
O
H2
N
NH
N
A23-U12-A9
N
N
N
H2
O
G22-C13-m7G46
m22G26-A44
Punto de unión del
aminoácido
Punto de unión del
aminoácido
Extremo 5’
fosforilado
5’-P
UH2
Lazo DHU
Lazo TYC
mG
UH2
UH2
m2G
Brazo adicional
(variable)
mI
Lazo DHU
Lazo TyC
Extremo aceptor
Extremo aceptor
Lazo DHU
Lazo anticodón
Lazo anticodón
Reacciones de hidrólisis de compuestos fosforilados
∆G°’ (kJ/mol)
-62 fosfoenolpiruvato Æ piruvato + Pi
-49 1,3 bifosfoglicerato Æ glicerol 3-fosfato + Pi
-43 creatinina fosfato Æ creatinina + Pi
-33 PPi Æ 2 Pi
-31 ATP Æ ADP + Pi
ATP Æ AMP + PPi
-14 AMP Æ adenosina + Pi
-10 glicerol 1-fosfato Æ glicerol + Pi
Conformación C2 endo y C3 endo de la ribosa
Aceptores y dadores de hidrógeno en las bases
nitrogenadas
H
N
O
H
H
N
N
H
N
N
N
N
N
H
A
G
H
O
H
O
N
N
N
H
CH3
N
N
N
T
O
N
C
Patrones de difracción de rayos X del DNA
A-DNA cristalino
B-DNA semicristalino
DNA circular y superenrollado
DNA circular relajado
DNA circular superenrollado
(“supercoiled”)
Procesamiento del precursor de rRNA en E. coli
rRNA 23S
rRNA 16S
tRNA
M23
M16
RNAsa III
RNAsa III
M5
tRNA
rRNA 5S
Procesamiento del mRNA en eucariotas
intrón 1
intrón 2
intrón 3
intrón 4
intrón 5
intrón 6
gen
exón 1
exón 2
exón 3
exón 4
exón 5
exón 6
exón 7
transcripción
ayuste (eliminación de intrones)
Modificación de los extremos del mRNA
CAP
poli A
Nucleótidos infrecuentes en los RNAs
O
NH2
H3 C
H3 C
N
N
N
N
N
N
HO CH2
O
O
OH
OH
1
m
O
O
CH3
HN
O
HN
O
NH
HN
O
N
O
HO CH2
OH
OH
O
OH
OH
pseudouridina (Y)
5-metiluridina
(ribotimidina, T)
N
HO CH2
O
O
OH
OH
Inosina
(I)
m
(m G, G )
(m A, A )
HO CH2
OH
1-metilguanosina
1-metiladenodina
1
O
OH
OH
N
N
HO CH2
HO CH2
N
HN
H2 N
N
N
O
OH
dihidrouridina
(D, DHU, UH2 )
5-(ß1'-ribosil)uracilo
Formación de dímeros de timina
O
O
NH
N
NH
N
O
O
UV
CH3
CH3
O
O
NH
N
NH
O
CH3
N
O
CH3