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Crean una plataforma pública para ver al
detalle las interacciones entre proteínas
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Las matemáticas tranquilizan sobre
el ‘fin del mundo’ maya
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Científicos españoles han desarrollado una plataforma web donde se integra la información de múltiples bases de datos
sobre las interacciones moleculares entre proteínas. El proyecto, al que se ha llamado Interactome3D, aporta
información fiable de más de 12.000 interacciones de proteínas para ocho organismos modelo, y se presenta en la
revista Nature Methods.
IRB/SINC | 17 diciembre 2012 13:33
FOTOGRAFÍAS
Un equipo de científicos ha desarrollado una plataforma web
que recopila los detalles moleculares en tres dimensiones de
las interacciones entre proteínas. Según los investigadores,
los detalles atómicos de estas interacciones son básicos para
entender los fundamentos de la biología, la aparición de
enfermedades y para diseñar experimentos y fármacos para
combatirlas.
El CSIC, novena institución en
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2006 y 2010 que han publicado, al...
Confirman la relación entre una
proteína proinflamatoria y el
alzhéimer
La nueva plataforma, a la que han llamado Interactome3D, ha
sido creada por investigadores del Institut de Recerca
Biomédica de Barcelona (IRB), y es de acceso libre y gratuito.
La web aporta información fiable de más de 12.000
interacciones de proteínas para ocho organismos modelo, los
más relevantes para la investigación biomédica y los estudios
genéticos, como la planta Arabidopsis thaliana, el gusano
Caenorhabditis elegans, la mosca Drosophila melanogaster,
las bacterias Escherichia coli y Helicobacter pylori, la levadura
de cerveza Saccharomyces cerevisiae, el ratón Mus musculus
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Interactome3D integra los detalles moleculares
dentro de las interacciones de proteínas conocidas.
Imagen: IRB Barcelona
Los resultados de la investigación se han presentado en la
revista Nature Methods, que avala la plataforma por su alta
fiabilidad y precisión en la modelización de las interacciones, de un 75% de media.
Patrick Aloy, investigador del IRB, jefe del laboratorio en Bioinformática Estructural y Biología de Sistemas, explica que han
diseñado Interactome3D “para biólogos moleculares y celulares, con una interfaz bien ordenada, poco técnica y que presenta
los resultados de manera sencilla. Con pocos clics se obtiene la información y no hay que ser bioinformático para moverte por
la plataforma, hacer las consultas o interpretar los resultados”.
Los datos de Interactome3D se actualizarán cada seis meses, y esperan poder modelar hasta 16.000 interacciones en poco
tiempo. “La herramienta no está cerrada. Iremos incorporando toda la información para crecer en número de interacciones, pero
manteniendo siempre la fiabilidad como eje central”, remarca otro de los investigadores, Roberto Mosca.
Genoma, proteoma e interactoma
De la misma manera que el genoma ofrece la información genética de un organismo, el proteoma es su equivalente para las
proteínas, e informa sobre las proteínas que hay activas en un tipo celular determinado en un periodo de tiempo.
Según Aloy, tanto los proteomas como los genomas “ofrecen una lista, muy útil, pero solo una lista, sin relaciones”. Por esa
razón los biólogos de redes indagan sobre el interactoma, es decir, quieren conocer las interacciones posibles de las proteínas
de los proteomas.
“Esta es la información que hemos recogido en Interactome3D”, explica Aloy. “Pero hay algo más: el interactoma te dice qué
proteínas se relacionan, pero si necesitas entender cómo lo hacen, o cómo afecta una mutación en una proteína determinada y
su interacción, o quieres saber cómo combatir una interacción determinada o bien reforzarla, necesitas tener los detalles
moleculares de esas interacciones. Esta es la principal novedad de Interactome3D y por lo que es único, la integración de los
detalles moleculares dentro de las interacciones de proteínas conocidas”, destaca el investigador.
Los científicos del IRB Barcelona auguran que Interactome3D tendrá una muy buena acogida entre la comunidad científica.
“Cinco años atrás pusimos en marcha una plataforma mucho más sencilla que tiene miles de visitas al mes. Interactome3D es
muy superior y sabemos que existe la necesidad de una herramienta de estas características”, argumentan los diseñadores.
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Referencia bibliográfica:
Metal líquido para crear cables que
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Crean una plataforma pública para ver al detalle las interaccio...
http://www.agenciasinc.es/Noticias/Crean-una-plataforma-pub...
Roberto Mosca, Arnaud Ceol, Patrick Aloy. “Interactome3D: adding estructural details to protein networks”. Nature Methods.
doi: http://dx.doi.org/10.1038/NMETH.2289
se estiran hasta ocho veces su
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longitud original sin dejar de funcionar. Estos
cables se podrán utilizar para todo, desde
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Localización: España
Fuente: Institut de Recerca Biomédica (IRB)
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