1. Determinación de masas moleculares de péptidos y proteínas

1. Determinación de masas moleculares de péptidos y proteínas
Las determinaciones de masas moleculares arriba de 7 kDa serán obtenidas como masa
mediana (average mass), la cual considera la contribución de los isótopos pesados.
Péptidos con masas moleculares menores de 3 kDa serán reportados como masa
monoisotópica.
2. Identificación de proteínas (Id)
LC-MS/MS – La identificación de proteínas por LC-MS/MS (cromatografía líquida
acoplada a espectrómetros de masas capaces de producir espectros en tándem) es la
tecnología más confiable para identificar proteínas de forma inequívoca. Debido a que los
fragmentos peptídicos (digestión enzimática de la proteína) pueden ser fragmentados por
diferentes métodos, se obtiene partes de la secuencia de la proteína. Al someter los
espectros de fragmentación o las secuencias de estos péptidos a los bancos de datos se
obtiene una identificación de una determinada proteína de forma muy segura.
Los costos de este tipo de análisis incluyen la remoción de la banda de interés del gel de
una o dos dimensiones, digestión enzimática “in gel”, extracción de los péptidos,
desalado a través e ZipTips, análisis espectrométrico por LC-MS/MS, identificación de la
proteína y reporte completo de los resultados.
3. Secuenciación “de novo”
Proteínas desconocidas, las cuales no existe información estructural en bancos de datos
podrán ser secuenciadas a través de las técnicas CID, HCD y ETD. La secuenciación de
proteínas se hace por medio de digestión enzimática, cuyos péptidos generados serán
secuenciados de forma individual. Aúnque existan programas computacionales que
pueden generar las secuencias automaticamente, de forma general los espectros de cada
péptido deberán ser analizados manualmente. Esto genera, en algunos casos, muchas
horas de trabajo analítico por parte de los técnicos especializados. Las secuencias de
proteínas no son completas, son generadas parcialmente conforme el tipo de secuencia de
cada péptido, capacidad de ionización y fragmentación de los péptidos, calidad de los
espectros, cantidad de material, tamaño de la proteína, etc. Por lo tanto, el porcentaje de
cobertura de secuencia es muy variable pudiendo alcanzar de 10 hasta 80%.
Los costos de este tipo de análisis incluyen la remoción de la banda de interés del gel de
una o dos dimensiones, digestión enzimática “in gel”, extracción de los péptidos,
desalado a través e ZipTips, análisis espectrométrica por LC-MS/MS, secuenciación
parcial de la proteína, reporte completo de los resultados. Proteínas aisladas por
cromatografía y sometidas en forma homogénea serán digeridas en solución, a través de
una metodología similar a la digestión “in gel”. En el caso del usuario no estar seguro de
que el péptido sometido a secuenciación de novo este completamente puro, la muestra
podrá ser re-purificada por HPLC con un costo adicional de 1,000.00 pesos/muestra. En
el caso de proteínas sometidas a secuenciación parcial que no estuvieren en forma
homogenea, la Unidad de Proteómica no se hace responsable por la secuenciación de
péptidos que no correspondan a la secuencia específica de la proteína de interes y en el
caso de la identificación de múltiples proteínas el análisis será cobrado como análisis de
mezclas complejas.
4. Los precios para los análisis descritos en la tabla se refieren a los servicios más
solicitados en nuestra unidad. Sin embargo, muchos otros servicios son ofrecidos a
nuestros usuarios:
- Separación y aislamiento de proteínas y péptidos por cromatografía líquida
de alta eficiencia
- Determinación y caracterización de puentes de disulfuro
- Caracterización de C-terminales amidados
- Caracterización de N-terminales bloqueados
- Cuantificación relativa de la expresión diferencial de proteínas por iTRAQ
- Determinación y caracterización de modificaciones postraduccionales
- Identificación de contaminantes de naturaleza peptídica en productos cosméticos,
alimenticios y en preparaciones farmacéuticas
- Identificación masiva de mezclas complejas de proteínas en extractos celulares, fluidos
humanos y productos lácteos.
- Caracterización de proteomas y fosfoproteomas
- Etc.
Para estos y otros servicios favor de consultar su factibilidad, precios y los tiempos de
análisis directamente con el jefe de la Unidad de Proteómica IBT-UNAM, Dr. Cesar V.
F. Batista, via e. mail o teléfono.
IMPORTANTE. Los precios para el Instituto de Biotecnología de la UNAM son
exclusivos para los grupos de investigación de esta institución. Las muestras deberán
estar relacionadas con sus líneas de investigación y no con la de grupos colaboradores
externos.