Hasta ahora sabemos de las proteínas

Hasta ahora sabemos de las proteínas:
•  Función.
•  Con quien interacciona.
•  Su mapa 3D.
Pero es importante distinguir entre todas
las posibles interaciones de los proteomas
y las interacciones que ocurren realmente
debido a que las proteínas no están
presentes en el mismo lugar de la células
al mismo tiempo y realmente
interaccionan.
Identificación y cuantificación de proteínas.
Complejos proteicos deben ser resueltos para identificar
sus componentes individuales, de tal manera que las
proteínas puedan ser identificadas y caracterizadas.
El perfil de expresión proteica se puede estudiar con:
•  Geles de dos dimensiones (2D): Mas utilizado. Tedioso;
difícil de automatizar. Acoplado a Espectrometría de Masa
(MS).
•  ICAT (Isotope-coded Affinity Tags): No depende de geles
2D; sirve para identificar y cuantificar proteínas.
•  Protein arrays: da idea de interacción prot-prot,
expresión y además sirven para medir actividad proteica.
Geles de 2D: Proteínas se resuelven de acuerdo a su carga neta (1era D)
y a su masa neta (2da D). Resuelve modificaciones post-traduccionales.
Comparación cuali y cuantitativa. Cell map proteomic Pero, difícil de
reproducir, tedioso, para solo una muestra, 2-4 días, detección no es
muy sensible, spots chorreados, para no todas las clases de proteínas.
Se usa para analizar 1) la expresión proteica global de un
determinado sistema biológico o 2) la expresión diferencial
debido a un determinado estímulo o background genético.
Estudio de proteínas fosforiladas
Estudio de proteínas fosforiladas
DIGE (Differential In Gel Electrophoresis)
DIGE (Differential In Gel Electrophoresis)
Espectrometría de masa (MS)
Proteínas se proteolizan en péptidos y se separan de acuerdo a m/q.
Ionización por laser (MALDI) o electricidad (ESI).
Luego de ionizadas son aceleradas en vacío mediante imanes y
separadas de acuerdo a su m/q que está relacionado con el tiempo que
lleva impactar en el detector. Cada impacto será una señal en el
espectro que dará idea del MW. El espectro es luego comparado con el
de proteínas en database.
Espectrometría de masa (MS)
TANDEM MS
Tripsina corta luego de K o R
1993
A single protein was usually
identified from the >91,000
proteins in the database.
MALDI de péptidos (x digestión c
tripsina) de una proteína aislada
de placenta humana
Results of searching the database using the same data but changing only
the peptide mass tolerance supplied as a search parameter