INTRODUCCION
Los métodos de análisis y reconstrucción basados en restricciones (COBRA) se utilizan
ampliamente para el modelado a escala del genoma de redes metabólicas tanto en procariotas
como en eucariotas. Debido a los éxitos con el metabolismo, existe un esfuerzo creciente por
aplicar métodos COBRA para reconstruir y analizar modelos integrados de procesos
celulares. COBRA Toolbox para MATLAB es un paquete de software líder para el análisis
del metabolismo a escala del genoma; sin embargo, no fue diseñado para capturar con
elegancia la complejidad inherente a las redes biológicas integradas y carece de un marco de
integración para los datos multiómicos utilizados en la biología de sistemas. El Proyecto
openCOBRA es un esfuerzo de la comunidad para promover la investigación basada en
restricciones a través de la distribución de software disponible gratuitamente.
(Ebrahim,2013)
COBRApy permite la realización de las simulaciones de rutas metabólicas y distintos
estudios sobre el metabolismo del organismo, cosa que lo hace idóneo como fase inicial de
un proyecto biotecnológico. COBRApy está diseñado de forma orientada a objetos que
facilita la representación de los complejos procesos biológicos del metabolismo y la
expresión génica. (cobrapy - constraint-based metabolic modeling in Python,2022).
COBRApy no requiere MATLAB para funcionar; sin embargo, incluye una interfaz para
COBRA Toolbox for MATLAB para facilitar el uso de códigos heredados. Para mejorar el
rendimiento, COBRApy incluye soporte de procesamiento paralelo para procesos
computacionalmente intensivos. (Castro,2019)
El proyecto de código abierto Jupyter pretende generar una plataforma computacional que
permita utilizar diferentes lenguajes. Jupyter Notebook es una interfaz web de código abierto
que permite la inclusión de texto, video, audio, imágenes, así como la ejecución de código a
través del navegador en múltiples lenguajes. Esta ejecución se realiza mediante la
comunicación con un núcleo (Kernel) de cálculo. (S/f,2022)
CONCLUSIONES
Llegamos a la conclusión que COBRApy es un marco orientado a objetos diseñado para
enfrentar los desafíos computacionales asociados con la próxima generación de modelos
estequiométricos basados en restricciones y conjuntos de datos ómicos de alta densidad.
Por ende, COBRApy es un paquete de modelado basado en restricciones que está diseñado
para adaptarse a la complejidad biológica de la próxima generación de modelos COBRA y
brinda acceso a los métodos COBRA comúnmente utilizados, como el análisis de balance de
flujo, el análisis de variabilidad de flujo, y análisis de eliminación de genes. A través del
módulo mlabwrap es posible usar COBRApy para llamar a muchos métodos COBRA
adicionales presentes en COBRA Toolbox para MATLAB. Como parte del Proyecto
openCOBRA, COBRApy sirve como un marco habilitador para el cual la comunidad puede
desarrollar y contribuir con módulos específicos de aplicaciones.
REFERENCIA BIBLIOGRAFICA
-
Ebrahim, A., Lerman, J. A., Palsson, B. O., & Hyduke, D. R. (2013). COBRApy:
COnstraints-Based Reconstruction and analysis for Python. BMC Systems Biology, 7, 74.
https://doi.org/10.1186/1752-0509-7-74
-
Castro, J., Escudero, N., Ángel, B. M., & Ortiz, N. (2019). SIMULACIÓN DE LA
PRODUCCIÓN DE GIBERELINAS EN Saccharomyces cerevisiae MEDIANTE COBRApy.
Upc.edu.
https://upcommons.upc.edu/bitstream/handle/2117/173266/memoria.pdf?sequence=1&isAll
owed=y#:~:text=COBRApy%20permite%20la%20realizaci%C3%B3n%20de,inicial%20de
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(S/f).
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2022,
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