Otros Servicios de PubMed Dr. Daniel Luna

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Otros Servicios de PubMed
Dr. Daniel Luna
En las entregas anteriores vimos cuáles fueron los orígenes de MEDLINE, cómo está estructurada
la base de datos, las características de PubMed, cómo hacer una búsqueda básica y cómo usar
las herramientas para búsqueda avanzada. Para completar el “tutorial de búsqueda en MEDLINE
a través de PubMed”, en esta oportunidad veremos otros servicios de búsqueda de PubMed y
que llamaremos de ahora en más Servicios de PubMed.
Los mismos están ubicados en la columna izquierda de la página de PubMed (Figura 1) y son los
siguientes:
 MeSH Database
 Journal database
 Single Citation Matcher
 Bath Citation Matcher
 Clinical Queries
 Special Queries
 LinkOut
 My NCBI
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Figura 1: acceso a servicios especiales de PubMed
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A continuación describiremos los servicios mas usados de PubMed.
MeSH Database
Como ya vimos en la primera entrega sobre MEDLINE, el vocabulario de términos controlados por
el cual se indexan los artículos en esta base de datos se denomina MeSH, y es el acrónimo de
Medical Subject Headings.
El MeSH Database permite buscar términos MeSH y mostrarlos en una estructura jerárquica,
permitiendo seleccionar los términos MeSH para las búsquedas, limitar los términos MeSH a un
concepto mayor (tópico principal), y agregar subencabezados que califiquen mejor al término
buscado.
El MeSH Database es uno de los servicios mas utilizados de PubMed y sirve para hacer
búsquedas por términos MeSH. En la actualidad existe gran controversia acercar de cuál es la
mejor forma de realizar búsquedas en PubMed, si a través de texto libre o a través de términos
MeSH. Todavía no existe acuerdo en cuál es la mejor forma, pero se recomienda a los nuevos
usuarios de esta base de datos siempre empezar a buscar por términos MeSH, ya que tendrán
más éxitos en encontrar lo que buscan.
¿Cómo empezamos a buscar en el MeSH Database?
Para ingresar a este servicio debemos seguir los siguientes pasos:
1. Seleccionar de la columna de Servicios de PubMed la opción MeSH Database.
2. Al hacer clic en esta opción se abrirá una ventana similar a la figura 2.
Figura 2: Página Inicial del MeSH Database
3. En esta ventana debemos ingresar los términos en el casillero de búsqueda. Si utilizamos
el ejemplo de: “Tratamiento dietético en pacientes hipertensos ancianos”, los
términos de búsqueda serían: hipertensión arterial, dieta y ancianos.
4. Luego de ingresar el término en el casillero de búsqueda (1), debemos hacer clic en el
botón Go (2) [Figura 3].
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-----------------------------------------------------------------------------------------------------------5. El MeSH Database devolverá como resultado los términos encontrados. Si el término
ingresado coincide exactamente con un término MeSH de MEDLINE (3), PubMed nos
devolverá la Nota de alcance del término MeSH (4), sino mostrará sugerencias (5)
similares al término ingresado.
6. Para darle más especificidad a la búsqueda, podemos elegir también uno o varios
Subheadings (6). En este caso se puede utilizar “diet therapy”.
7. Luego de seleccionar el término MeSH y el/los subheadings, hay que enviarlo al casillero
de búsqueda combinándolos a través de los operadores booleano AND, OR y NO (7).
8. Una vez seleccionado una de estas opciones, se enviarán al casillero de búsqueda (8).
9. Algo muy importante que NO debemos olvidar, es de hacer clic en el botón Search
PubMed para iniciar la búsqueda.
Figura 3: Búsqueda de términos MeSH
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-----------------------------------------------------------------------------------------------------------De esta manera es posible combinar múltiples términos MeSH para construir una estrategia de
búsqueda.
Como verán, son varios los pasos a seguir para hacer búsquedas por términos MeSH a través del
MeSH Database. Para comprenderlo mejor, podemos ver la siguiente animación (haga clic
aquí).
Si tenemos problemas para encontrar un término en inglés, una buena opción es consultar el
MeSH en español de HONselect o los Descriptotes de Ciencias de la Salud (DeSC) de Bireme, que
describen el término, su estructura jerárquica y su equivalente en inglés.
Para ingresar al MeSH Database, podemos hacer clic aquí.
Journal Database
Esta opción permite buscar las revistas indexadas en Medline por diversos criterios: título,
abreviatura del título, tema o el ISSN (International Standard Serial Number) correspondiente.
También podemos consultarlas por especialidades, o por aquellas que permitan acceder al texto
completo desde PubMed.
Para localizar un journal podemos buscarlo por nombre completo, ej., The New England journal
of medicine; por la abreviatura internacional, ej. N Engl J Med; o también por su ISSN; 15334406.
¿Cómo buscamos una revista en el Journal Database?
Para buscar en el Journal Database, debemos seguir los siguientes pasos:
1. Seleccionar de la columna de Servicios de PubMed la opción Journal Database.
2. Al hacer clic en esta opción se abrirá una ventana similar a la figura 4.
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Figura 4: Búsqueda en Journal Database
3. En esta ventana debemos ingresar en el casillero de búsqueda (1), los datos de la
revista, por cualquiera de los criterios nombrados anteriormente. En este caso utilizamos
como ejemplo el The New England Journal of Medicine.
4. Luego de ingresar los datos de la revista en el casillero de búsqueda, debemos hacer clic
en el botón Go.
5. El Journal Database nos devolverá los resultados encontrados, como muestra la figura
4.
6. Una vez encontrada la revista, podemos recuperar todas las referencias incluidas en
PubMed, haciendo clic en la opción “Link” (2) y seleccionando la opción “PubMed”.
Podemos ver el listado de Journals incluidos en el PubMed agrupados por Especialidades
haciendo clic aquí.
Podemos consultar también, cuáles Journals permiten acceso a texto completo, haciendo clic
aquí:
Para ingresar al Journal database, podemos hacer clic aquí:
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5
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------Single Citation Matcher
El Single Citation Matcher
es una herramienta muy útil para localizar referencias
bibliográficas incompletas, verificar datos o simplemente localizar una referencia.
Podemos buscar una referencia a partir del nombre de la revista, volumen, edición, número de
página y año de publicación.
Para buscar en el Single Citation Matcher debemos introducir los datos conocidos de la
referencia, y PubMed nos informará si la referencia fue encontrada.
¿Cómo buscamos una referencia a través del Single Citation
Matcher?
Para buscar una referencia a través del Single Citation Matcher, debemos seguir los siguientes
pasos:
1. Seleccionar de la columna de Servicios de PubMed la opción Single Citation
Matcher.
2. Al hacer clic en esta opción se abrirá una ventana similar a la figura 5.
Figura 5: Búsqueda en Single Citation Matcher
3. En esta ventana debemos ingresar los datos conocidos de la referencia bibliográfica. Por
ejemplo, si quisiéramos encontrar la siguiente referencia bibliográfica:
Yawn, B.P., et al., Assessment of asthma severity and asthma control in
children. Pediatrics, 2006. 118(1): p. 322-9.
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-----------------------------------------------------------------------------------------------------------En este caso simplemente ingresando, el nombre de la revista (1), el año de publicación
(2), el volumen (3) y la página (4) ya podremos encontrar la referencia bibliográfica.
Estos datos, son considerados básicos para encontrar una referencia bibliográfica, pero
no son obligatorios, es decir, si faltara cualquiera de estos datos igual podríamos realizar
la búsqueda, pero con menor presición.
Podemos ingresar al Single Citation Matcher, haciendo clic aquí:
Batch Citation Matcher
The Batch Citation Matcher permite buscar los números identificatorios de uno o varios
artículos a la vez en forma similar al servicio anterior. Esto permite a los usuarios enlazar su lista
propia de citas a las citas de PubMed, usando información bibliográfica tales como nombre de la
revista, volumen, edición, página y año. El Batch Citation Matcher devuelve, el PMID
correspondiente. Este número puede ser usado para enlazar citas fácilmente a PubMed.
El Batch Citation Matcher no es un servicio usado por los usuarios frecuentes de PubMed, sino
generalmente por los editores u otros proveedores de bases de datos. La interfaz de búsqueda
esta mostrada en la figura 6.
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Figura 6: Ventana de búsqueda en Batch Citation Matcher
Podemos ingresar al Batch Citation Matcher, haciendo clic aquí:
Clinical Queries
Es un buscador especializado que tiene incorporados "filtros metodológicos" y se utiliza para
realizar búsquedas con orientación clínicas (Figura 7).
Se pueden realizar búsquedas de acuerdo a los siguientes filtros metodológicos:
o Search by Clinical Study Category (1).
o Find Systematic Reviews (2).
o Medical Genetics Searches (3).
1. Clinical Study Category: propone cuatro categorías (4):



terapéutica (therapy)
diagnóstico (diagnosis)
etiología (etiology)
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-----------------------------------------------------------------------------------------------------------
pronóstico (prognosis).
Pone énfasis sobre dos posibilidades (5):
o Sensibilidad (sensitivity), recuperará artículos relevantes y no tan relevantes.
o Especificidad (specificity), recupera menos artículos pero la búsqueda es más
precisa, ya que recupera solo artículos relevantes.
Puede ver el artículo en el cual se fundamentan estos filtros metodológicos, haciendo clic
aquí.
Figura 7: Ventana de búsqueda en Bath Citation Matcher
2. Systematic Reviews: localiza los artículos de revisiones sistemáticas y meta-análisis,
revisiones de ensayos clínicos, conferencias de consenso, guías de práctica clínica etc.
3. Medical Genetics: recupera registros relacionados con la genética médica. Se pueden
aplicar diferentes criterios de búsqueda:
 Diagnóstico
 Diagnóstico diferencial
 Descripción clínica
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-----------------------------------------------------------------------------------------------------------



Manejo
Consejo genético
Genética Molecular
Testeo genético
¿Cómo buscar en Clinical Queries?
Para buscar en el Clinical Queries, debemos seguir los siguientes pasos:
1. Seleccionar de la columna de Servicios de PubMed la opción Clinical Queries.
2. Al hacer clic en esta opción se abrirá una ventana similar a la figura 7.
3. En esta ventana simplemente debemos ingresar los términos en el casillero de búsqueda,
utilizando uno de los 3 filtros metodológicos:
 Clinical Study Category
 Systematic Reviews
 Medical Genetics
4. En el caso de Clinical Study Category y Medical Genetics, tenemos además otras
opciones para seleccionar.
5. Para iniciar la búsqueda debemos hacer clic en el botón Go.
6. PubMed devolverá como resultados referencias bibliográficas con los filtros
seleccionados.
My NCBI
La opción “My
NCBI” sustituye a lo que antiguamente se llamaba
Cubby.
Para
poder utilizar este servicio primeramente debemos
registrarnos a través de la opción “Register” del recuadro de la parte superior derecha de la
página (Figura 8).
Figura 8: opciones de registración en My NCBI
Los que ya están registrados, pueden ingresar a este servicio a través de la pantalla de
registración (Figura 9)
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Figura 9: Registración en My NCBI
Los nuevos usuarios deben completar un formulario de suscripción al servicio, para obtener su
usuario y claves. Cabe recordar que la suscripción a este servicio es totalmente gratuita.
El servicio de My NCBI permite:
 Salvar estrategias de búsqueda: esta opción es útil, para guardar las estrategias de
búsqueda en PubMed. Para esto, una vez realizada la búsqueda debemos hacer clic en
“Save Search” como muestra la figura 10.
Figura 10: Guardar búsqueda en My NCBI

Actualización de las búsquedas: al guardar una búsqueda existen dos opciones para
la actualización de la búsqueda (figura 11):
o Podemos optar por recibir las actualizaciones automáticas vía e-mail: que
nos permite establecer la fecha de envío, formato, número de registros, etc.
o Archivarlas en la propia página de PubMed, para lo cual PubMed nos
permite agregarle un nombre a la estrategia de búsqueda guardada.
Para recuperar las actualizaciones, debemos ir al menú “PubMed Services”, seleccionar “My
NCBI” y recuperaremos las búsquedas guardadas.
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Figura 11: opciones de actualización de búsquedas en My NCBI
My NCBI permite establecer hasta cinco filtros personalizados. Para Configurar estos filtros de
.
PubMed, debemos hacer clic en el siguiente icono
Por defecto aparecen:
o Clinical Trial.
o English.
o Free Full text.
o English & Humans
o Full text.
o Humans.
o Ítems with Abstracts.
o Publisher in the last 5 years.
o Review.
Al hacer clic en el icono
aparecerá una ventana como la figura 12 donde podremos
seleccionar las opciones enumeradas anteriormente.
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Figura 12: configuración de filtros en My NCBI
Esta opción también está disponible desde el menú lateral “My
NCBI Resources”, desde la opción “Filters” y seleccionando
PubMed.
Podemos además modificar las opciones de este filtro pulsando la
pestaña de “Browse (1)” y establecer filtros personalizados
(figura 13):
 LinkOut (2): permite acceder a filtros externos, incluido
la colección de revistas de una Biblioteca. Para ver la
relación de Centros que han activado esta opción, pulsar
“Libraries”. Las opciones de acceso a los textos
completos, está disponible en “Miscellaneous”.
 Links (3): vínculos a otras bases de datos.
 Properties (4): filtro por áreas de interés: edades,
genero, idioma (incluido español), tipos de estudio, fecha
de publicación, áreas de interés (enfermería, odontología,
historia de la medicina…).
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Figura 13: agrupador de resultados de búsquedas
Una vez definidos los filtros, en los resultados de cada búsqueda, aparecen las pestañas con los
filtros que hayamos activado (Figura 14).
Figura 14: visualización de filtros en la página de resultados
Es importante recordar, que para poder visualizar los filtros configurados en My NCBI es
necesario que previamente hayamos ingresado a este servicio.
Resúmen
Sirve para realizar búsquedas a través de términos
MeSH.
Sirve para saber las revistas que están indexadas en
Journal Database
MEDLINE
Sirve para hallar referencias bibliográficas a través de
Single Citation Matcher
datos bibliográficos.
Permite buscar los números identificatorios (PMID) de
Bath Citation Matcher
uno o varios artículos a la vez.
Permite realizar búsquedas utilizando filtros
Clinical Queries
metodológicos y es utilizados
Permite configurar la actualización de resultados de
My NCBI
búsqueda y la pagina de navegación de PubMed a través
de la configuración de diferentes filtros y opciones.
Comentarios
Como pudimos observar a los largo de este tutorial, PubMed es una herramienta compleja de
utilizar para los usuarios comunes, pero con un gran potencial y muchos servicios adicionales. Es
Mesh Database
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-----------------------------------------------------------------------------------------------------------importante no frustrarse en el primer intento y para eso se requiere conocimientos sobre las
características y los diferentes de esta base de datos.
El objetivo de este tutorial fue mostrarles a los usuarios generales, las herramientas necesarias
para hacer búsquedas efectivas, a través de las herramientas de uso habitual de PubMed.
Recuerden lo que dice el dicho: “Lo oí y lo olvidé; lo vi y lo entendí; lo hice y lo aprendí”.
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