software corporativo

RELACIÓN DE SOFTWARE LICENCIADO POR EL CSIC
NOVIEMBRE 2014
SOFTWARE CORPORATIVO
III. Software de Cálculo Científico y Estadístico
Relación de paquetes de software y aplicaciones disponibles en el CSIC
Software Corporativo
FAQ
1
¿PUEDO USARLO YO?
Puede solicitar una licencia de
software todo el personal propio del CSIC.
2
¿QUÉ NECESITO?
El único requisito es ser personal propio del CSIC y estar dado
de alta en el Directorio Corporativo, lo que permitirá acceder
a la Intranet y al Sistema de Peticiones.
3
¿PUEDO USAR EL
SOFTWARE EN EL ORDENADOR DE MI CASA,
YA QUE LO USO PARA
TRABAJAR?
En general si es posible, teniendo que utilizarlo en este caso vía
VPN.
4
¿PUEDO PRESTAR EL
SOFTWARE A OTRA
PERSONA?
En el CSIC, las licencias de software se distribuyen a título personal.
Está terminantemente prohibido
prestar el software licenciado a
cualquier otra persona.
El Consejo Superior de Investigaciones Científicas ha realizado, en el
último año un esfuerzo material, humano y negociador con el objetivo de paliar
los déficits que, en materia de software,
pudieran existir.
Entre los principales objetivos que
han tratado de ser cubiertos está el de
ofrecer al personal del CSIC herramientas de calidad y con garantía de continuidad para desempeñar las diferentes
tareas de una Organización totalmente
informatizada.
Otro de los grandes objetivos es el
de adecuar las infraestructuras de software a la legislación vigente y adecuar el
funcionamiento interno del CSIC al
“Plan de medidas, recomendaciones y buenas
prácticas en la adquisición y uso de programas
de ordenador por las Administraciones Públicas“(CIABSI ahora CPCSAE) teniendo
en cuenta la obligatoriedad que tienen
tanto los gestores como los empleados
públicos de respetar y hacer cumplir la
legalidad vigente.
Finalmente se definen tres grandes
categorías de software:
✦ Software de uso General
✦ Software de SIG y Teledetección
✦ Software de Cálculo Científico y
Estadístico
El primero es aquel que puede estar
instalado en cualquier puesto de trabajo.
La segunda categoría se ha destacado
por su especificidad y el número de paquetes disponibles. Finalmente el último
grupo es aquel que estará instalado principalmente en puestos de uso científico.
La solicitud de licencias de software
corporativo se realiza desde la Intranet
en el apartado de Servicios TIC > Gestor de
Peticiones.
SOFTWARE LICENCIADO POR EL CSIC Secretaría General Adjunta de Informática. 1
RELACIÓN DE SOFTWARE LICENCIADO POR EL CSIC
NOVIEMBRE 2014
Relación de Software
Software científico y estadístico
PAQUETE DE SOFTWARE O APLICACIÓN
NOTAS
Librerías Numéricas
LIBRERÍAS NAG FORTRAN PLUS (F77 + F90)
Completa librería Fortran que proporciona todas las funcionalidades de las librerías Fortran 77 y fl90 a los usuarios de Fortran 90/95. Da acceso a NAG fl90,
librería de funciones Fortran 90/95, y a toda la librería de soluciones numéricas
de NAG para Fortran 77, llevada a Fortran 90/95.
Proporciona más de 200 funciones numéricas en Fortran 90/95 y más de 1.100
rutinas de Fortran 77, cubriendo ampliamente todas las áreas de cálculo numérico y estadístico más importantes. Ofrece la flexibilidad y rango de prestaciones
necesarias para el desarrollo de aplicaciones Fortran.
Para TODAS las PLATAFORMAS.
Lenguajes algebraicos y de manipulación simbólica
MATHEMATICA
Herramienta de cálculo numérico y simbólico, visualización y manipulación de
datos, gráficos y objetos, que proporciona un lenguaje de programación de alto
nivel y una interfaz externa que permite salidas a C, Fortran y TEX, además de
otras potentes comunicaciones con otros paquetes y con las librerías NAG.
Posee un gran número de librerías matemáticas y computacionales especializadas en diferentes áreas. Algunas han sido desarrolladas por el propio fabricante y
otras son externas.
Para LINUX, WINDOWS y MAC
Paquetes estadísticos
AMOS
SAS
SOFTWARE LICENCIADO POR EL CSIC Complemento de SPSS, Amos contiene las técnicas relativas a lo que se conoce
como modelos estructurales, análisis de estructuras de matrices de covarianzas o
modelos causales. Incluye algunas opciones convencionales para casos especiales
incluyendo modelos lineales generales y análisis factorial clásico.
Tiene un módulo gráfico muy potente que permite la interpretación de resultados incluso a los no-especialistas en modelos de ecuaciones estructurales que en
algunos casos pueden ser muy complejos.
SÓLO para WINDOWS.
SAS es un entorno integrado y flexible de software que, virtualmente. puede
utilizarse en cualquier situación para acceder, manejar, guardar, analizar y hacer
informes de datos.
Proporciona un lenguaje de programación de 4ª generación (4GL) flexible y
extenso, con una sintaxis tolerante y cientos de elementos y funciones que soportan la programación de cualquier proceso, desde la extración, el formateado, la
transformación, etc., de todo tipo de datos, hasta su analisis y la elaboración y
distribución de informes. Cuenta con una amplia serie de procedimientos pre-escritos (macros) para realizar la mayor parte de las tareas comunes e incluye soporte para SQL.
Incluye SAS Base, SAS Enterprise, SAS ETS, SAS Stat , SAS Graph y SAS
Insight.
SÓLO para WINDOWS.
Secretaría General Adjunta de Informática. 2
RELACIÓN DE SOFTWARE LICENCIADO POR EL CSIC
SPSS
STATA
UNSCRAMBLER
NOVIEMBRE 2014
La librería de módulos de SPSS proporciona un poderoso sistema de análisis
estadístico y de gestión de datos en un entorno gráfico, utilizando menús descriptivos y cuadros de diálogo sencillos que realizan la mayor parte del trabajo. Dispone de un lenguaje de sintaxis propio con el que pueden realizarse análisis más
complejos. Ofrece los procedimientos estadísticos avanzados necesarios para
hacer los análisis más fiables y obtener conclusiones más seguras.
Como complemento de SPSS Statistics Base, se dispone también de licencia de
SPSS Neural Networks para modelado de datos no lineales.
Para WINDOWS, LINUX y MAC.
Completo paquete estadístico para análisis y manejo de datos y gráficos.
Ofrece un gran número de herramientas estadísticas; técnicas avanzadas, tales
como modelos de supervivencia, regresiones con datos en panel dinámico
(DPD), ecuaciones estimativas generalizadas (GEE), modelos multinivel mezclados, modelos con selección de muestra, ARCH y estimación con muestras complejas; técnicas estándar como modelos lineales generalizados (GLM), regresiones con respuesta binaria, ANOVA/MANOVA, ARIMA, análisis clúster, tabulaciones básicas y resumen estadístico.
Disponible para WINDOWS, LINUX y MAC.
Unscrambler® es un herramienta integral de análisis de datos para Estadística
Exploratoria, Análisis Multivariado, Clasificación, Predicción y Diseño de Experimentos. Las funcionalidades Principal Components Analysis (PCA) y Partial
Least Squares (PLS) no tienen paralelo en la industria. Su facilidad de uso y
excelentes capacidades de graficación son altamente reconocidas y apreciadas.
Con Unscrambler® se descubren patrones e interrelaciones en los datos que los
métodos estadísticos tradicionales y las inspecciones visuales no pueden revelar.
También disponible paquete accesorio de Espectroscopía que necesita tener
previamente instalado el módulo base principal.
SÓLO para WINDOWS.
Física e Ingeniería
ASPENONE
COMSOL
SOFTWARE LICENCIADO POR EL CSIC AspenONE de la compañía AspenTech es la aplicación líder en el mercado que
permite optimizar los procesos de ingeniería. Contiene herramientas para la
simulación, diseño, monitoreo, optimización y planificación financiera de plantas
químicas, petroquímicas, metalúrgicas y otras industrias, accesibles desde una
interfaz gráfica fácil de usar.
Las capacidades de simulación permiten predecir el comportamiento de un proceso utilizando relaciones de ingeniería básicas tales como balances de materia y
energía, equilibrio de fases y cinética de reacciones. Algunas de las herramientas
disponibles son Aspen Plus e HYSYS.
SÓLO para WINDOWS.
Entorno interactivo para el modelado y la simulación de fenómenos físicos y
procesos, que puede modelar virtualmente cualquier fenómeno físico que se
pueda describir con ecuaciones diferenciales parciales (PDEs), incluyendo transferencia de calor, movimiento de fluidos, acústica, electromagnetismo y mecánica
estructural, soportando la integración de problemas de diferentes campos (Multifísica).
Posee interfaces que permiten su integración con Matlab, así como la importación y exportación de la mayor parte de los formatos habituales de ficheros de
CAD. Además de Comsol Multiphysics, los módulos disponibles son: AC/DC,
Acoustics, Batteries & Fuel Cells, CFD, Chemical Reaction Engineering, Heat
Transfer, MEMS, Microfluidics, RF, Structural Mechanics, Subsurface Flow,
CAD Import y también LiveLink para Matlab, Livelink para Pro/Engineer,
Livelink para Inventor y Livelink para SolidWorks.
Disponible para LINUX, WINDOWS y MAC.
Secretaría General Adjunta de Informática. 3
RELACIÓN DE SOFTWARE LICENCIADO POR EL CSIC
LABVIEW
MATLAB
NAG FOUNDATION TOOLBOX
NOVIEMBRE 2014
El entorno de desarrollo gráfico LabVIEW de National Instruments ayuda a
crear aplicaciones flexibles y escalables de diseño, control y pruebas. Con LabVIEW se puede interactuar con señales del mundo real, analizar datos para
extraer información significativa y compartir resultados a través de pantallas,
reportes y Web.
A través de este software es posible también acceder a otros programas, módulos
herramientas y drivers de National Instruments, dentro de las áreas: Measurements & Instrumentation, Circuit Design & Simulation, Control & Embedded
Systems y Signal Processing & Communications, tales como: Control Design and
Simulation Module, Real-Time Module, DIAdem, FPGA, Sound and Vibration
Measurement Suite, etc.
Disponible para WINDOWS, LINUX y MAC.
MATLAB es un lenguaje de alto nivel y un entorno interactivo que permite
realizar tareas de cálculo complejas de forma más rápida que con los lenguajes
de programación tradicionales, como C, C++ y Fortran. Permite desarrollar y
analizar algoritmos y aplicaciones de forma rápida. Incluye operaciones vectoriales y matriciales que son fundamentales para resolver los problemas científicos
y de ingeniería. Es posible diseñar y editar interfaces de usuario. Soporta todo el
proceso de análisis de datos, desde su adquisición desde dispositivos externos y
bases de datos, pasando por el pre-procesado, visualización y análisis numérico,
hasta la producción de resultados con calidad de presentación.
También se tiene acceso a la plataforma Simulink para simulación multidominio
y diseño basado en modelos de sistemas dinámicos y embebidos y a Simulink
Control Design. Además de estos productos y de Matlab Compiler se dispone de
licencia para el uso de los siguientes Toolboxes: Bioinformatics Toolbox, Control
Toolbox, Curve Fitting Toolbox, Fuzzy Toolbox, Image Toolbox, Instrument
Control Toolbox, Mapping Toolbox, Neural Network Toolbox, Optimization
Toolbox, Distributed Computing Toolbox, Partial Differential Equation Toolbox, Signal Toolbox, Statistics Toolbox, Identification Toolbox, Wavelet Toolbox
y Matlab Builder JA para Java.
Disponible para WINDOWS, LINUX y MAC.
Permite el acceso a las rutinas numéricas contenidas en NAG Foundation Library desde Matlab. Contiene un total de 1.415 funciones que dan solución a un
amplio rango de problemas matemáticos y estadísticos.
NAG Toolbox para Matlab fortalece las capacidades del usuario en áreas tales
como: optimización (local y global), minimización y maximización, ecuaciones
diferenciales ordinarias y parciales, integración numérica, mínimos cuadrados
lineales y no lineales, funciones estadísticas, métodos multivariable, análisis de
correlación y regresión y estadística no-paramétrica.
Disponible para WINDOWS, LINUX y MAC.
Química computacional
ADF
El programa ADF implementa la Teoría del Funcional de la Densidad (DFT)
para el estudio computacional de propiedades físicas y químicas de moléculas.
Cubre un campo de aplicación muy amplio que va desde la química farmacéutica a la ciencia de materiales. Dispone de una interfaz gráfica, ADF GUI desde la
que poder preparar los cálculos y visualizar los resultados.
Disponible para LINUX, WINDOWS y MAC.
Ciencias de la vida SOFTWARE LICENCIADO POR EL CSIC Secretaría General Adjunta de Informática. 4
RELACIÓN DE SOFTWARE LICENCIADO POR EL CSIC
DISCOVERY STUDIO
SCHRODINGER
SYBYL
NOVIEMBRE 2014
Es un novedoso conjunto de programas desarrollado por Accelrys, actualmente
BIOVIA, que sustituye a su anterior programa Insight y que contiene herramientas para el modelado y simulación en el campo de Ciencias de la Vida.
Dispone de una interfaz gráfica para visualizar las estructuras y desde la que se
puede acceder con facilidad a las herramientas disponibles. Disponibles todos los módulos contenidos en la Suite, tales como: CHARMM,
Biopolymer y Análisis.
Disponible para LINUX y WINDOWS. Schrödinger esta considerado como el líder en el desarrollo de software de simulación química para uso en investigación farmacéutica y de biotecnología. El
rango de productos cubre desde programas generales de modelización molecular
a una serie integrada de software para diseño de fármacos, módulos para
Docking y técnicas QSAR.
Dentro de esta Suite, se dispone de los programas: Canvas, CombiGlide, ConfGen, Core Hopping, Desmond, Epik, Glide, Impact, Jaguar, Knime Extensions,
Liaison, LigPrep, MacroModel, Maestro, MINTA, pka Predictor, Phase, Prime,
Prime X, QikProp, QSite, SiteMap y Strike.
Disponible para LINUX, WINDOWS y MAC.
Software para la modelación de moléculas orgánicas y diseño de fármacos. Incluye herramientas amigables para la construcción, optimización y comparación
de estructuras, visualización de estructuras y datos asociados, capacidad para la
anotación, copia y captura de estructuras por pantalla.
Contiene herramientas de Modelización Molecular (SYBYL/Base, Dynamics,
MOLCAD). Técnicas para Biología Estructural (Biopolymer, Advanced Protein
Modeling). Herramientas Ligand-Based (GALAHAD, GASP, DISCOtech, Topomer CoMFA, QSAR/CoMFA, Advanced CoMFA, HQSAR, Distill, Tuplets,
cLogP.) Herramientas Receptor-Based (Surflex-Dock, CScore). Herramientas
para Representación Estructural (UNITY/Base, UNITY/3D, Topomer Search,
CONCORD Stand ALone, Confort, Advanced Computation, StereoPlex, ProtoPlex). Herramientas para diseño de Librerías Químicas (CombiLibMaker/Legion, Selector, DiverseSolutions) y una plataforma para análisis de datosPantheon.
Disponible para LINUX , WINDOWS y MAC.
Bioinformática
DNASTAR’s LASERGENE EVOLUTION SUITE
Software para realizar alineamientos de dos secuencias o de secuencias múltiples,
identificar genes, ensamblar contiguos (conjunto de fragmentos contiguos superpuestos) de secuencias Sanger, crear clones virtuales, diseñar cebadores y utilizar
toda una serie de herramientas de análisis globales. Lasergene Evolution Suite
está diseñado en torno a MegAlign (para el análisis y alineamiento de ADN y
secuencias de proteínas) y MegAlign Pro (nueva aplicación complementaria) e
incluye también varias aplicaciones y herramientas potentes para el análisis de
secuencias. Las aplicaciones incluidas en la Suite son: MegAlign, MegAlign Pro,
SeqMan Pro, Gene Quest, Cloning Suite, SeqNinja y GenVision.
Disponible para WINDOWS y MAC.
GENEIOUS
Software para Biología Molecular y Genética desarrollado por la empresa Biomatters. Permite el alineamiento de secuencias de ADN y proteínas, ensamblaje
y su posterior análisis para su uso en disciplinas tales como Agricultura y Botánica, Ecología y Genética de Conservación, Genómica, Microbiología y Virología,
Genética de Poblaciones y Biología Evolutiva y Biología Sintética.
Disponible para LINUX , WINDOWS y MAC.
.
SOFTWARE LICENCIADO POR EL CSIC Secretaría General Adjunta de Informática. 5
RELACIÓN DE SOFTWARE LICENCIADO POR EL CSIC
NOVIEMBRE 2014
Ciencia de los materiales
MATERIALS STUDIO
Entorno de modelado y simulación en el área de materiales desarrollado por
Accelrys, actualmente BIOVIA. Combina métodos tales como Mecánica Molecular (MM), Dinámica Molecular (DM), Mecánica Cuántica (QM) y modelado
en mesoescala en un entorno fácil de usar.
Versión actualizada del programa Cerius2 que puede ejecutarse en el marco de
una arquitectura cliente/servidor, lo que permite no sólo ampliar el espectro de
accesibilidad de usuarios, sino también mejorar el rendimiento y eficiencia de los
procesos.
Disponibles todos los módulos contenidos en la Suite tales como: Adsorption
Locator, Amorphous Cell, Blends, Castep, Compass, Conformers, Discover,
Dmol3, DPD, Equilibra, ForcitePlus, GULP, Mesodyn, Morphology, ONETEP,
Polymorph, QMERA, QSAR, Reflex, Sorption, Synthia y VAMP.
Disponible para LINUX (sólo en modo servidor, sin interfaz gráfica) y
WINDOWS (modo cliente y servidor).
Compiladores
COMPILADORES PARALELOS DE INTEL
FORTRAN Y C++
COMPILADORES PARALELOS PGI FORTRAN,
C Y C++
Los compiladores de Intel permiten optimizar aplicaciones para 32 y 64 bits.
Esta gama de compiladores ofrece un excelente rendimiento a la hora de programar aplicaciones de alto nivel.
Para completar las prestaciones que se pueden conseguir con estos compiladores
también incluyen una amplia gama de librerías adicionales que cubren un amplio abanico de funciones. Entre éstas están las Integrated Performance Primitives (IPP) y las Math Kernel Lybrary (MKL).
Disponible para WINDOWS, LINUX y MAC.
PGI CDK (Cluster Development Kit) es un conjunto de compiladores para Fortran, C y C++ y herramientas de desarrollo compatible con estaciones de trabajo Linux de 32 y 64 bits (AMD64 e Intel 64).
Contiene los siguientes componentes: PGF95, PGF77, PGHPF, PGCC
OpenMP, PGC++ OpenMP, PGPROF, PGDBG, MPICH MPI, MPICH2 MPI,
MVAPICH MPI y ScaLAPACK
Disponible para LINUX
Utilidades
CHEMBIODRAW
COPOL
SOFTWARE LICENCIADO POR EL CSIC Software especialmente diseñado para químicos y biólogos que permite dibujar
las estructuras de los compuestos químicos de un modo rápido y sencillo. Cuenta
con una gran variedad de herramientas, símbolos y posibilidades para poder
abordar la representación de casi cualquier sistema químico. Además, cuenta
con una librería de estructuras que puede resultar muy útil para dibujar sistemas
complejos.
Programas disponibles: ChemBioDraw, Chem3D, ChemFinder y E-Notebook
para WINDOWS y ChemDraw para MAC.
Software para el estudio y descripción de reacciones de copolimerización binaria
en cadena, llevadas a cabo en reactores discontinuos, y gobernadas por el modelo terminal. Permite, conocidas las relaciones de reactividad, describir -en función de la conversión- las características composicionales y microestructurales de
la reacción. Permite también determinar las propias relaciones de reactividad
usando la metodología clásica de analizar composicionalmente reacciones a baja
conversión.
Disponible para WINDOWS.
Secretaría General Adjunta de Informática. 6
RELACIÓN DE SOFTWARE LICENCIADO POR EL CSIC
MESTRENOVA
SIGMAPLOT
SOFTWARE LICENCIADO POR EL CSIC NOVIEMBRE 2014
Software para la visualización, procesado y análisis de datos de Resonancia
Magnética Nuclear (RMN) y para la predicción de espectros de RMN a partir
de la estructura molecular.
Permite el procesado automático de datos de RMN de todos los principales fabricantes de espectrómetros presentes en el mercado. Posee un gran número de
funciones de procesado y de funciones de análisis, así como un poderoso lenguaje de scripting para la automatización de todo tipo de operaciones.
Disponible para WINDOWS, LINUX y MAC.
Software de la empresa SYSTAT para el tratamiento de datos, análisis estadístico y la creación de gráficos de alta calidad. Es de gran ayuda para la visualización y presentación de los resultados.
Se integra perfectamente con Microsoft Office, por lo que puede tomar los datos
de Microsoft Excel y presentar los resultados posteriores con Microsoft Power
Point.
SÓLO para WINDOWS.
Secretaría General Adjunta de Informática. 7