Comparación de herramientas: HyperChem Lite 2 vs HyperChem 7.5

Hypercube, Inc.
HyperChem Lite 2.0 vs HyperChem 7.5 para Windows
Herramientas de construcción de modelos
Dibujo en 2D y generar automáticamente modelos 3D para moléculas
orgánicas o complejos metálicos
HC Lite
2.0
HC
7.5
X
X
Construcción de polipéptidos y ácidos nucle icos. Mutación,
inserción y sustitución de una secuencia de aminoácidos.
X
Obtención de una secuencia de aminoácidos (una letra por aminoácido)
manualmente o importando un fichero FASTA. Especificar después la
estructura secundaria incluyendo hélice alfa, lámina beta (paralela o
antiparalela) para hallar el modelo 3D en HyperChem.
X
Construcción de polímeros, cristales y azúcares.
X
Importación de estructuras de diferentes ficheros y formatos
(Brookhaven PDB, ChemDraw CHM, MOPAC Z-matrix, Tripos MOL2,
MDL MOL e ISIS Sketch).
X
Anotaciones (texto, flechas, círculo, rectángulo, líneas, elipse… opción
de relleno, color…) para explicar las estructuras y añadir leyendas a las
superficies.
X
X
HC Lite
2.0
HC
7.5
Diferentes representaciones (CPK, BST, VdW esferas, cilindros,
cintas para proteínas...).
X
X
Representación 3D o en el plano de orbitales moleculares,
potenciales electrostáticos, densidades de carga y de espín. La
representación 3D tiene control de transparencia.
X
X
Herramientas visualización
Generación de imágenes “raytraced” con POV-Ray para una
representación de calidad.
X
Gráficos de Ramachandran (energía vs ángulo de torsión).
X
X
Visualización de animaciones AVI de mecánica molecular.
X
X
Nuevas representaciones de anillos aromáticos.
X
Formato HTML para guardar y mostrar estructuras, orbitales,
espectros IR y UV y datos IR.
X
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Herramientas de cálculo (I)
Optimización mediante campo de fuerza MM+.
HC Lite
2.0
HC
7.5
X
X
Tres campos de fuerza específicos de biomoléculas: Amber
(Amber, Amber 2 Amber 3, Amber para azúcares, Amber 94, Amber
96), BIO+ (nueva versión de CHARMM), y OPLS. Los cálculos
continuan ejecutándose con parámetros por defecto cuando los
parámetros explícitos han desaparecido del fichero de parámetros
relevantes.
Cálculos de función de onda y orbitales moleculares con Huckel
extendido.
X
X
X
Semiempíricos :
CNDO, INDO : H, He, Li, Be, B, C, N, O, F, Ne, Na, Mg, Al, Si, P,
S, Cl, Ar, Ge, As, Se, Br
MINDO/3 : H, Li, Be, B, C, N, O, F, Si, P, S, Cl
MNDO : H, Li, Be, B, C, N, O, F, Al, Si, P, S, Cl, Ge, I
MNDO/d
AM1 : H, Li, Be, B, C, N, O, F, Al, Si, P, S, Cl, Zn, Ge, Br, I
PM3 : H, Be, C, N, O, F, Mg, Al, Si, P, S, Cl, Zn, Ga, Ge, As, Se, Br,
Cd, In, Sn, Sb, Te, I
X
ZINDO/1 : H, Li, Be, B, C, N, O, F, Na, Mg, Al, Si, P, S, Cl, Ca, Sc,
Ti, V, Cr, Mn, Fe, Co, Ni, Cu, Zn, Y, Zr, Nb, Mo, Tc, Ru, Rh, Pd, Ag,
Cd
ZINDO/S : H, C, N, O, F, Mg, S, Sc, Ti, V, Cr, Mn, Fe, Co, Ni, Cu,
Zn
En cada actualización se añaden nuevos parámetros. Opción de añadir
parámetros propios o modificar los que existen.
TNDO : Typed Neglect of Differential Overlap
X
Cálculos Ab Initio desde STO-1G hasta D95**, incluyendo funciones
de base estándar como STO-3G, 3-21G, 6-31G* y 6-31G**. El usuario
puede definir sus propias funciones de base.
X
Realizar cálculos de mecánica cuántica en una parte del sistema
molecular, como el soluto, por ejemplo, mientras se trata el resto del
sistema con métodos clásicos.
X
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Herramientas de cálculo (II)
HC Lite
2.0
HC
7.5
Módulo de dinámica molecular. Por ejemplo, un sistema con carga
no se moverá en el área de trabajo durante la ejecución de una
dinámica molecular si se aplica un campo eléctrico externo.
X
Registro de animaciones AVI en dinámicas moleculares.
X
Simulaciones de dinámicas Langevin que añaden fuerzas de fricción
y estocásticas a la dinámica molecular convencional para modelar los
efectos de colisión del disolvente sin la inclusión explícita de moléculas
de disolvente.
X
Construcción con restricciones para optimizaciones y dinámicas.
X
Simulaciones Metropolis Monte Carlo que muestrea
configuraciones de un conjunto estadístico a una temperatura dada y
son útiles para explorar las configuraciones posibles de un sistema así
como para calcular propiedades de equilibrio dependientes de la
temperatura.
X
Busqueda de estados de transición.
X
Computación de tensores de polarizabilidad.
X
Calculo y visualización de espectros de IR y animación del modo de
vibración. Calculo y visualización de espectros UV con ZINDO/s.
X
Efectos isotópicos en las vibraciones.
X
Superposición de dos moléculas minimizando la distancia entre los
átomos correspondientes en las dos moléculas objetivo y mostrando el
error residual (ajuste RMS).
X
Análisis conformacional.
X
Módulo QSAR. Cargas atómicas, usando el método Gasteiger-Marsili,
superficies de Van der Waals y de accesibilidad de disolvente,
volúmenes moleculares, LogP, refractividad, polarizabilidad...
X
Nuevas optimizaciones: de Geometría de Estados Excitados, de MP2
Correlated Geometries , para espectros IR y UV/ VIS, dinámicas
moleculares, Monte Carlo, etc.
X
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Herramientas adicionales
HC Lite
2.0
HC
7.5
Gestión de base de datos (HyperChem Data). Permite asociar
estructuras a sus propiedades correspondientes en una base de datos
(MS Access).
X
El lenguaje script permite ejecutar HyperChem también
externamente con Visual Basic o MS-Excel.
X
Editor de scripts
X
La herramienta de desarrollo Chemist's Developer Kit permite añadir
nuevas funciones o menús y establecer enlaces a otros programas.
X
HyperNMR está integrado en HyperChem para permitir la predicción
de espectros de RMN.
X
Nueva opción de campo magnético externo, además del campo
eléctrico externo ya disponible en versiones anteriores.
X
Edición y manipulación interactiva de parámetros seleccionados
asociados a átomos, enlaces y ángulos de torsión.
X
Base de datos con 10.000 moléculas optimizadas con HyperChem,
permite buscar y obtener moléculas para cálculos de modelado
molecular.
X
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