histo match - BAG Health Care GmbH

ES
HISTO MATCH
C
IVD
Instrucciones de Uso
Versión: 12 / 2014
CHANGES TO THE LAST VERSION
Versión
Fecha
Aplicado a
Descripción
11/2014
12/2014
03/02/2014
17/06/2014
HISTO MATCH V2.3.7
HISTO MATCH V2.4
Actualización: incluye control negativo
Actualización: diversas mejoras
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HISTO MATCH Software
Instrucciones de Uso: 12 / 2014
LISTA DE CONTENIDOS
1
2
Introducción ......................................................................................................................... 1
Requisitos Previos ................................................................................................................ 1
2.1 Hardware ....................................................................................................................... 1
2.2 Sistema Operativo ......................................................................................................... 1
3 Estructura del Software HISTO MATCH ............................................................................... 2
3.1 Pacientes y Muestras .................................................................................................... 2
3.2 Listas de trabajo para SSO ............................................................................................. 2
3.3 Análisis SSP .................................................................................................................... 2
3.4 “Kits”, lotes y sublotes para SSO ................................................................................... 2
3.5 “Kits” y lotes para SSP ................................................................................................... 2
4. Instalación y gestion de la base de datos ........................................................................... 3
4.1 Instalación de HISTO MATCH ........................................................................................ 3
4.2 Base de Datos ................................................................................................................ 3
4.2.1 Modo “User Instance” ............................................................................................ 3
4.2.2 Modo “SQL SERVER”............................................................................................... 3
4.3 Instalación inicial de la base de datos ........................................................................... 3
4.3.1 Modo “User Instance” ............................................................................................ 4
4.3.2 Modo “SQL Server”................................................................................................. 5
4.4 Actualizar HISTO MATCH............................................................................................... 7
4.5 Crear una Base de Datos Nueva .................................................................................... 7
4.5.1 Modo “User Instance” ............................................................................................ 8
4.5.2 Modo “Server”........................................................................................................ 8
4.5.3 Mostrando el nombre de la Base de Datos en uso ................................................ 9
5 Comenzando con el software HISTO MATCH .................................................................... 10
6 Configuración Inicial del Software ..................................................................................... 10
6.1 Acceso ......................................................................................................................... 10
6.2 Añadir usuarios y asignar funciones ........................................................................... 11
6.3 Cambio de la contraseña de un Usuario ..................................................................... 13
6.4 Importar, ver y actualizar “kits” .................................................................................. 13
6.5 Encontrar sublotes ..................................................................................................... 17
6.6 Organizar sublotes...................................................................................................... 17
7 La Pantalla Principal ........................................................................................................... 18
7.1 El Menú Principal ........................................................................................................ 19
8 Gestion de Usuarios ........................................................................................................... 19
8.1 La Pantalla de exploración de Usuarios ...................................................................... 19
8.2 Añadir un Usuario nuevo ............................................................................................ 20
8.3 Editar un Usuario......................................................................................................... 20
8.4 Reasignar una Contraseña de Usuario ........................................................................ 20
8.5 Eliminar un Usuario ..................................................................................................... 21
8.6 Cambiar la Contraseña de Usuario ............................................................................. 21
9 Gestión de Pacientes ......................................................................................................... 22
9.1 Búsqueda de Pacientes ............................................................................................... 23
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9.2 Clasificación ................................................................................................................. 23
9.3 Añadir un Paciente nuevo ........................................................................................... 23
9.4 Editar un Paciente ya existente................................................................................... 25
9.5 Asignar muestras existentes ....................................................................................... 26
9.6 Eliminando Pacientes .................................................................................................. 26
10.1 Encontrar Muestras................................................................................................... 28
10.2 Clasificación ............................................................................................................... 28
10.3 Añadir una Muestra nueva ....................................................................................... 28
10.4 Editar una Muestra existente.................................................................................... 30
10.5 Importar Muestras .................................................................................................... 30
10.5.1 Formato del Fichero de Importación ................................................................. 30
10.5.2 Importar el fichero de texto ............................................................................... 31
10.6 Enlace desde muestras a resultados ......................................................................... 31
11 Gestión de Listas de Trabajo ............................................................................................ 32
11.1 Vistas de las Listas de Trabajo y Registro de datos ................................................... 33
11.2 Encontrar Listas de Trabajo....................................................................................... 34
11.3 Organizar Listas de Trabajo ....................................................................................... 34
11.3.1 Estados de Lista de Trabajo ................................................................................ 34
11.4 Crear una Lista de Trabajo nueva ............................................................................. 35
11.4.1 ID Lista de Trabajo .............................................................................................. 35
11.4.2 Pruebas disponibles............................................................................................ 35
11.4.3 Añadir muestras usando lector de código de barras ......................................... 36
11.4.4 Editar la distribución de la placa ........................................................................ 37
11.5 Importar una Lista de Trabajo inicial ........................................................................ 38
11.6 Editar una Lista de Trabajo existente........................................................................ 39
11.7 Informe de Configuración de Lista de Trabajo .......................................................... 39
11.8 Crear una Lista de Trabajo para un “combistrip” (“kit” On-Call Typing) .................. 40
11.9 Enviar Lista de Trabajo al Procesador ....................................................................... 42
11.10 Importar una Lista de Trabajo procesada ................................................................. 43
11.10.1 Importar via stick USB ........................................................................................ 43
11.10.2 Importar via red de área local ............................................................................ 44
11.11 Exportar una Lista de Trabajo ................................................................................... 44
12 Procesador MR.SPOT ..................................................................................................... 45
12.1 Pantalla de Procesadores .......................................................................................... 45
12.1.1 Lista de Procesadores ......................................................................................... 45
12.1.2 Procesador seleccionado.................................................................................... 46
12.1.3 Mensajes del Procesador ................................................................................... 46
12.2 Añadir un Procesador nuevo..................................................................................... 46
12.3 Eliminar un Procesador ............................................................................................. 47
12.4 Importar resultados desde MR.SPOT...................................................................... 47
13 Análisis de Imágenes ........................................................................................................ 48
13.1 “Gridding” automático .............................................................................................. 48
13.2 “Gridding” manual .................................................................................................... 48
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13.3 Medida de los Puntos (Spots) ................................................................................... 49
13.4 Rotación de la Imagen............................................................................................... 49
13.4.1 Rotación automática de las Imágenes................................................................... 50
13.4.2 Rotación Manual de Imágenes .............................................................................. 51
13.5 Valores de Referencia para Sondas Control fallidas ................................................. 52
14 Pantalla de Análisis de Listas de Trabajo ......................................................................... 53
14.1 Barra de herramientas principal ............................................................................... 53
14.2 Vista Placa ................................................................................................................. 53
14.3 Información de la Prueba .......................................................................................... 54
14.4 Controles de Interpretación ...................................................................................... 55
14.5 Vista de Resultados ................................................................................................... 56
14.6 Asignación de Resultados.......................................................................................... 57
14.6.1 Resultados sugeridos.......................................................................................... 58
14.6.2 Filtros de Alelos Comunes .................................................................................. 59
14.6.3 Opciones de visualización para el campo Resumen .......................................... 61
14.6.4 Códigos NMDP .................................................................................................... 62
14.6.5 Equivalentes Serológicos .................................................................................... 62
14.6.6 Pantalla de resultados para DPB1 ...................................................................... 62
14.6.7 Control Negativo ................................................................................................ 62
14.7 Ignorar Sondas manualmente ................................................................................... 63
14.8 Función de Edición Automática ................................................................................ 64
14.9 Interactividad entre la Vista de Resultados y la Imagen del ensayo ........................... 64
14.10 Ver la Reactividad de la Sonda y Cambiar “Cut-Off” ................................................. 65
14.11 Mostrar Especificidad de la Sonda ............................................................................ 67
14.12 Mostrar Patrón Alélico .............................................................................................. 67
14.13 Pantalla de Nomenclatura......................................................................................... 68
14.14 Aprobar y Autorizar Resultados ................................................................................ 68
14.15 Ver Sondas................................................................................................................. 69
14.16 Ver Historial ............................................................................................................... 69
14.17 Comentarios en los Resultados ................................................................................. 70
14.18 Interpretación de los “kits” HISTO SPOT Coeliac Disease y DQB1 4D / DQA1........ 71
14.18.1 Vista Enfermedad Celiaca .................................................................................... 71
14.18.2 Interpretación de DQB1 / DQA1.......................................................................... 72
15 Interpretación de Pruebas HISTO TYPE SSP ..................................................................... 74
15.1 Importar un “kit” de Tipaje ....................................................................................... 74
15.2 Definir Paciente, Muestra y Prueba .......................................................................... 74
15.3 Interpretar pruebas HISTO TYPE SSP ........................................................................ 76
15.4 Información de la Prueba .......................................................................................... 78
15.5 Controles de Interpretación ...................................................................................... 78
15.6 Vista de Resultados ................................................................................................... 79
15.7 Resultados sugeridos ................................................................................................ 80
15.8 Filtros de Alelos Comunes, Códigos NMDP y equivalentes Serológicos ................... 81
15.9 Visaulización del Patrón Alélico ................................................................................ 82
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15.10 Historial y Comentarios ............................................................................................. 82
15.11 Interpretación del “kit” HISTO TYPE Celiac Disease .................................................. 83
15.11.1 Vista Enfermedad Celiaca .................................................................................... 83
15.11.2 Vista DRB1 / DQB1 / DQA1 .................................................................................. 84
16 Informes de Tipaje ........................................................................................................... 86
16.1 Informe Compacto .................................................................................................... 86
16.2 Informe de Lista de Trabajo ...................................................................................... 87
16.3 Informe de Patiente o de Muestra ........................................................................... 88
17 Configuración ................................................................................................................... 88
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1
HISTO MATCH Software
Instrucciones de Uso: 12 / 2014
INTRODUCCIÓN
Este documento proporciona las instrucciones para la instalación y uso del Software HISTO
MATCH. El Software HISTO MATCH está diseñado para la interpretación y gestión de datos de los
resultados de tipificación HLA obtenidos con el sistema HISTO SPOT SSO y con los “kits” HISTO
TYPE SSP.
2
REQUISITOS PREVIOS
2.1
Hardware
El software funcionará en la mayoría de los orenadores personales modernos, sin embargo, se
recomienda que el PC tenga:
•
•
•
•
2.2
2 GB de RAM
Una resolución de pantalla mínima de 1280 x 1024
Un Procesador Multi Core de 2Ghz
Espacio libre en disco duro suficiente para la base de datos (p.ej.: Una lista de trabajo de
96 test con sus resultados e imágenes puede ocupar aproximadamente unas 15 MB de
espacio en la base de datos)
Sistema Operativo
El software HISTO MATCH está diseñado para funcionar usando Microsoft .Net Framework 4.0, los
Sistemas Operativos de Microsoft (tanto 32 como 64 bit) que soportan este “framework” son:
•
•
•
•
Windows XP
Windows Vista
Windows 7
Windows 8 (necesita la versión SQL Server 2012 Express)
El software necesita una base de datos SQL server para almacenar los datos, resultados e
imágenes, la versión Microsoft SQL Server 2008 Express está incluida en la instalación, esta versión
es suficiente tanto para una instalación local o como para una instalación en red de hasta 10 PCs
cliente. Para un número superior de usuarios, o en casos en los que los requerimientos de
almacenamiento de datos vayan a exceder probablemente el límite de 4 GB, se necesitará un
versión completa de SQL Server.
El software, opcionalmente, puede usar una red de área local (LAN) para comunicarse con el
Robot-Automatizador MR.SPOT.
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HISTO MATCH Software
3
ESTRUCTURA DEL SOFTWARE HISTO MATCH
3.1
Pacientes y Muestras
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El software HISTO MATCH almacena información de las muestras, y opcionalmente puede
almacenar información de los pacientes asociada a las muestras.
3.2
Listas de trabajo para SSO
Para realizar un análisis se debe crear una prueba de una muestra y añadirla a una lista de trabajo.
Una lista de trabajo es una colección de pruebas que se procesarán juntas en el equipo automático
MR.SPOT. Cada una de las listas de trabajo puede contener cualquier combinación de pruebas de
la gama de productos HISTO SPOTSSO.
3.3
Análisis SSP
Para realizar un análisis SSP se debe crear una muestra y se le debe añadir una prueba con su lote
correspondiente. Haciendo doble click sobre la prueba se abrirá la pantalla de interpretación. Para
una información detallada consulte el capítulo 15 ( Interpretación de pruebas HISTO TYPE SSP).
3.4
“Kits”, lotes y sublotes para SSO
Una gama de “kits” HISTO SPOT SSO está almacenada dentro de la base de datos; cada “kit”
puede tener múltiples lotes:
• “Kit”: p.ej.: HISTO SPOT A, define el locus analizado.
• Lote: p.ej.: A084, A085, define la distribución y especificidad de las sondas contenidas en el
“kit”. Un único lote puede contener varios sublotes diferentes.
• Sublote (Batch): p.ej.: A085-1, A085-2, A085-3, define cómo una sonda reacciona en
comparación con las sondas control, y define las fechas de fabricación y caducidad de la
tira de pruebas (test strip). Alguna sonda pueden estar deshabilitada en algunos sublotes
de un mismo lote. Esta información se puede encontrar en el CD específico de lote
suministrado con los “kits” (Fichero Excel: Hit Tables).
Cuando se crea una prueba para analizar, sólo es necesario el nombre del “kit”, la información de
sublote la suministra el código de barras cuando la lista de trabajo se ensambla en MR. SPOT®.
3.5
“Kits” y lotes para SSP
Una gama de “kits” HISTO TYPE SSP está almacenada dentro de la base de datos; cada “kit” puede
tener múltiples lotes:
• “Kit”: p.ej.: HISTO TYPE A low, define el locus analizado.
• Lote: p.ej.: 145A1, 146A2 define un lote de fabricación con un conjunto específico de
“primers”.
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4.
INSTALACIÓN Y GESTION DE LA BASE DE DATOS
4.1
Instalación de HISTO MATCH
HISTO MATCH se suministra en CD. Para instalar la aplicación, inserte el CD en su ordenador, el
instalador arrancará automáticamente. Si la instalación no comenzase, explore la unidad CD-ROM,
y haga doble click sobre el archivo “setup.exe” para arrancar el instalador. No se requiere ninguna
configuración durante la instalación; todos los requisitos previos (.NET Framework y SQL Server) se
instalarán automáticamente.
4.2
Base de Datos
HISTO MATCH utiliza SQL Server como servidor de base de datos. La versión SQL Server Express
2008 R2 se suministra con la instalación. Con la versión 2008 R2 Express el tamaño de la base de
datos está limitado a 10GB. El servidor se puede configurar en modo “User Instance”, o en modo
“Server”. La base de datos puede localizarse en cualquier lugar de su PC, pero la carpeta que la
contenga debería estar accesible para todos los usuarios, versiones previas de HISTO MATCH
usaban la carpeta “C:\ExpediteDatabase”.
4.2.1 Modo “User Instance”
Este modo permite la configuración y uso sencillo de la base de datos, y reduce la cantidad de
recursos de sistema necesarios cuando HISTO MATCH no está en marcha, pero requiere un poco
más de tiempo para iniciarse cuando se arranca HISTO MATCH. Dado que la base de datos no está
en uso cuando HISTO MATCH no está en marcha, la copia de seguridad es una cuestión simple de
hacer copia de los ficheros de la base de datos.
4.2.2 Modo “SQL SERVER”
Este modo permite compartir la base de datos a través de una red, y como el programa está
funcionando como un Servidor la base de datos está siempre disponible, incluso si HISTO MATCH
no está arrancado. El uso de este modo permite un inicio más rápido de la base de datos, pero
requiere más recursos del sistema.
4.3
Instalación inicial de la base de datos
Cuando arranque HISTO MATCH por vez primera, le aparecerá la ventana “Database Tools”.
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En este momento debe decidir si desea usar el modo “User Instance” o el “SQL Server”, el
modo por defecto para las versiones de HISTO MATCH anteriores a la 2, es el modo “User
Instance”.
4.3.1 Modo “User Instance”
Las dos opciones disponibles son,
• Open
– para seleccionar una base de datos ya existente de HISTO MATCH, elija esta
opción is tiene una base de datos ya existente que quiera usar, seleccione el fichero en el
cuadro de diálogo “open file”.
• New
- para crear una nueva base de datos. Elija la localización y el nombre del fichero
(no use espacios vaciós en el nombre del archivo) – no elija un fichero existente para
sobrescribirlo ya que eso dara error. Asegurese de que todos los usuarios tiene acceso a la
carpeta que elija.
Se creará la Base de Datos.
Tras crear o seleccionar un fichero de base de datos usted verá las herramientas de “User
Instance”, haga click en el “Green Check”
a HISTO MATCH.
para seleccionar la base de datos actual y volver
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Las opciones disponibles son:
• New
:
• Upgrade
• Select
Crear un nuevo archivo/fichero de base de datos.
:
:
• Disconnect
Actualizar una base de datos de versión 1.0 o 1.1 a la versión 1.2 (HISTO
MATCH 2.1 o superior).
Seleccionar un fichero de base de datos HISTO MATCH ya existente.
: Desconectar del modo “User Instance”, y volver a la ventana inicial de
“Database tool”.
4.3.2 Modo “SQL Server”
Seleccione un servidor del cuadro desplegable, si estuviese vacío presione el botón Actualizar
para encontrar “SQL Servers” en la red local – esto puede llevar unos minutos hasta completarse.
También se puede introducir manualmente el nombre del servidor si es necesario.
Seleccione el modo de “Authentication” (dependiendo de la configuración del servidor), así como
“User Name” y “Password” si es necesario. Seleccione el botón de conectar
para intentar
conectarse.
Si está correcto, la herramienta intentará encontrar bases de datos HISTO MATCH en el servidor.
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Se mostrarán todas las base de datos en una lista, y tendrán diversas opciones disponibles.
•
•
Refresh – actualiza el listado de bases de datos desde el servidor.
New – Crea una nueva Base de Datos.
Necesitará suministrar un único “Database Name”, e introducir un nuevo “File name”, use el
botón “browse” para seleccionar el archivo, asegurese de que crear el archivo en un lugar al
que tengan acceso todos los usuarios.
•
•
•
Upgrade – esta opción estará disponible si la base de datos seleccionada es de la versión 1.0 o
1.1, y se podrá actualizar a la versión 1.2 (HISTO MATCH 2.1 y superiores).
Attach – agrega un fichero de base de datos existente al servidor.
Detach – desagrega del servidor la base de datos seleccionada, el archivo puede entonces ser
agregado a otro servidor diferente.
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•
•
•
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Delete – borra del servidor la base de datos, y cualquiera de los archivos asociados del
sistema de archivos.
Backup – crea una copia de seguridad de la base de datos seleccionada.
Disconnect – se desconecta del servidor, y vuelve a la ventana inicial de “Database Tools”.
Selecciona la Base de Datos “seleccionada” para usarse con HISTO MATCH y le retorna al
software HISTO MATCH, está opción estará disponible sólo si tiene seleccionada una base de datos
de la versión 1.2 en la lista.
4.4
Actualizar HISTO MATCH
Se recomienda hacer una copia de seguridad de la Base de Datos existente antes de realizar una
actualización. Las instrucciones para realizarlo se pueden encontrar en “Instrucciones de Uso”, de
la versión previa.
Instale HISTO MATCH desde el CD-ROM proporcionado, no es necesario desinstalar la versión
anterior, ningún dato existente en ese momento será borrado. Al arrancar HISTO MATCH por
primera vez tras una actualización, le aparecerá directamente la ventana “Database Tools”, se
seleccionará la base de datos que esté en uso actualmente.
“User Instance” o
“Server mode”
En cualquiera de los casos debe actualizar la base de datos antes de poder continuar – este
proceso actualizará la base de datos, y mantendrá los datos ya existentes. Este proceso es de
sentido único, una vez completado no se puede revertir.
4.5
Crear una Base de Datos Nueva
Si su base de datos se está llenando, acercándose a exceder el límite de 10GB, puede crear una
nueva base de datos en blanco.
Arrancando HISTO MATCH presione y mantenga presionada la tecla “Ctrl” antes que la ventana
emergente de HISTO MATCH aparezca, le aparecerá el siguiente cuadro de diálogo:
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Elija la opción “Select Database”.
Dependiendo de su configuración le aparecerá la ventana de “User instance” o de “SQL Server”.
4.5.1 Modo “User Instance”
• Seleccione “New”.
• En el cuadro de diálogo “Save file”, seleccione un nuevo nombre (no use espacios vacíos) y
localización para el fichero de base de datos.
• Se creará una nueva base de datos “vacía”.
• Los Usuarios, Kits, Datos de instalación y Configuración, se copiarán a la nueva base de datos.
• Seleccione
para elegir la nueva base de datos y continúe la carga de HISTO MATCH.
4.5.2 Modo “Server”
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Instrucciones de Uso: 12 / 2014
• Seleccione “New”
• Introduzca un único “Database Name”, el cuadro de texto se recuadrará en rojo si el nombre de
la base de datos existe o si se deja en blanco.
• Seleccione una localización y nombre para el nuevo archivo en el cuadro de texto “File”.
• Se creará una nueva base de datos “vacía”.
• Los Usuarios, Kits, Datos de instalación y Configuración, se copiarán a la nueva base de datos.
• Seleccione
para elegir la nueva base de datos y continúe la carga de HISTO MATCH.
4.5.3 Mostrando el nombre de la Base de Datos en uso
El nombre de la base de datos que está en uso actualmente se puede ver en todas las pantallas
haciendo click en el número de versión de HISTO MATCH de la esquina superior derecha:
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5
HISTO MATCH Software
Instrucciones de Uso: 12 / 2014
COMENZANDO CON EL SOFTWARE HISTO MATCH
La instalación de la aplicación colocará un acceso directo en el escritorio de su PC y en el menu
“Inicio” de Windows. Hacer doble click en cualquiera de los accesos directos para arrancar la
aplicación. Al arrancar, la aplicación intentará conectarse a la base de datos local; una ventana
emergente mostrará el progreso actual.
6
CONFIGURACIÓN INICIAL DEL SOFTWARE
6.1
Acceso
La aplicación se suministra con un usuario “Administrador” por defecto, tendrá que usar el Usuario
“Admin”, y la Contraseña “Password123” para acceder.
Presione Enter o haga click en “Inicia sesión”.
La única función disponible en este momento para el usuario “Administrador” es editar “Usuarios”
en la aplicación.
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6.2
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Instrucciones de Uso: 12 / 2014
Añadir usuarios y asignar funciones
La aplicación define 3 funciones:
•
•
•
Usuario: Puede realizar la mayoría de las tareas comunes, añadir muestras y listas de
trabajo, análisis de resultados y asignación de allelos.
Supervisor: Puede autorizar un resultado.
Administrador: Puede administrar el software y los usuarios.
Cada una de las funciones necesarias se deberían añadir al usuario, p.ej.: para un supervisor se
deberían añadir las funciones de “Usuario” y de “Supervisor”.
1. Seleccione el botón “Usuarios”.
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Instrucciones de Uso: 12 / 2014
2. Se mostrará una lista con los usuarios actuales.
3. Seleccione el botón Añadir.
4. Rellene los detalles de usuario: Nombre de usuario es el único nombre de acceso para
dicho usuario.
5. Funciones: Seleccione en el cuadro desplegable.
6. Seleccione el botón “OK” para salvar, o el botón “Cancelar” para cancelar el añadir usuario.
7. El nuevo usuario aparecerá en la lista de usuarios.
8. Desconectese seleccionando el botón “Cerrar sesión”.
9. Ahora ya puede acceder con el nuevo usuario, todos los nuevos usuarios tienen la
contraseña “Password123”.
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6.3
HISTO MATCH Software
Instrucciones de Uso: 12 / 2014
Cambio de la contraseña de un Usuario
1. Inicie sesión con su Usuario y Contraseña.
2. Elija “Configuración”.
3. Introduzca su contraseña actual, la nueva contraseña, y confirme su nueva contraseña.
4. Seleccione el botón OK para cambiar la contraseña:
5. Elija “Guardar Cambios” para volver a la pantalla principal.
6.4
Importar, ver y actualizar “kits”
Los “kits” y sublotes se distribuyen como ficheros XML. Un solo archivo puede contener varios
“kits”, lotes o sublotes. El archivo contiene la información que define la distribución de sondas y
las intensidades necesarias para interpretar los resultados.
1. Inicie sesión.
2. Seleccione el botón “Kits”.
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Instrucciones de Uso: 12 / 2014
No existen “kits” instalados inicialmente:
Están disponibles las siguientes funciones:
Importar nuevo sublote.
Mostrar tabla de dianas del sublote seleccionado.
Mostrar los puntos de corte del sublote seleccionado.
Generar tabla de dianas IMGT anteriores.
Mostrar / Ocultar sublotes caducados.
Actualizar todos los sublotes para usar la última base de datos de alelos.
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3.
HISTO MATCH Software
Instrucciones de Uso: 12 / 2014
Elija el botón “Importar nuevo sublote”.
4. En el cuadro de diálogo seleccione uno o varios ficheros xml de “kits” para importar, y elija
“Abrir”.
5.
El software cargará los ficheros, y le mostrará los contenidos. Esto puede tardar algún tiempo
en el que aparentemente no está pasando nada. Por favor, es importante que espere hasta
que se muestren los archivos de sublote.
6.
Elija Guardar
para guardar los resultados en la base de datos, o Cancelar
para
cancelar la importación.
Una vez importados, los “kits” se pueden visualizar en la pantalla “Kits”. Las bases de datos
disponibles para cada lote se muestran para cada sublote. Están remarcadas en amarillo si
están usando la última base de datos disponible y en rojo si están usando una base de datos
anterior. Es posible cambiar la base de datos haciendo click en el número de versión. Se
cambiarán todos los sublotes que pertenezcan a dicho lote (p.ej.: de B048-1 a B048-4).
7.
P á g i n a | 15
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HISTO MATCH Software
Instrucciones de Uso: 12 / 2014
Los “Kits” SSO y SSP se pueden diferenciar por los siguientes iconos:
: “Kit” HISTO SPOT SSO
: “Kit” HISTO SPOT On-Call Typing
: “Kit” HISTO TYPE SSP
: “Kit” HISTO SPOT Coeliac Disease
Haciendo click en los iconos de “vista”
de la esquina superior derecha de la pantalla, se
puede cambiar la vista del modo lista al modo símbolo:
En esta vista se muestran todos los lotes disponibles. Haciendo click en el símbolo mostrará todos
los sublotes disponibles para el lote respectivo.
P á g i n a | 16
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6.5
HISTO MATCH Software
Instrucciones de Uso: 12 / 2014
Encontrar sublotes
Se pueden buscar los sublotes usando la barra de herramientas de búsqueda.
Introducir los criterios de búsqueda en la barra de búsqueda y presionar “Intro” o hacer click en el
botón
. Los sublotes se buscarán por nombre, sublote/lote o locus. Los sublotes que encajen
en los criterios se mostrarán en la lista más abajo.
6.6
Organizar sublotes
Se puede organizar la lista de sublotes haciendo click en el campo “Organizar por” de la lista.
Se puede revertir el sentido de organización haciendo click de
nuevo en el mismo campo.
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7
HISTO MATCH Software
Instrucciones de Uso: 12 / 2014
LA PANTALLA PRINCIPAL
La pantalla principal es el punto de partida en el software. Se puede acceder a ella la mayoría de
las veces seleccionando el botón Inicio del menú principal.
Las funciones fundamentales de la pantalla principal son:
• Buscar:
• Nueva Lista de Trabajo HISTO SPOT:
• Lista de Trabajo Combistrip:
• Importar Lista de Trabajo:
• Nueva Muestra:
Da acceso a la pantalla de búsqueda global.
Crear una nueva Lista de Trabajo.
Crear una nueva Lista de Trabajo para los “kits” HISTO
SPOT On-Call Typing.
Importa una lista de trabajo inicial tipo “csv” o una
lista de trabajo procesada desde MR.SPOT.
Crear una muestra nueva.
P á g i n a | 18
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7.1
HISTO MATCH Software
Instrucciones de Uso: 12 / 2014
El Menú Principal
El menú principal está accesible desde la mayoría de pantallas dentro del software. La
disponibilidad de los accesos depende de la función que tenga asignada el usuario actual. El menú
proporciona acceso a las siguientes funciones.
Inicio:
Devuelve al usuario a la Pantalla Principal.
Pacientes:
Lleva al usuario a la pantalla de exploración de Pacientes.
Muestras:
Lleva al usuario a la pantalla de exploración de Muestras.
Listas de Trabajo:
Lleva al usuario a la pantalla de exploración de Listas de Trabajo.
Kits:
Lleva al usuario a la pantalla de exploración de “Kits”.
Usuarios:
Lleva al usuario a la pantalla de exploración de Usuarios.
Procesadores:
Lleva al usuario a la pantalla de vista de MR.SPOT.
Configuración:
Acceso a las opciones de configuración.
Cerrar sesión:
Desconecta al usuario actual.
8
GESTION DE USUARIOS
El sistema requiere que los usuarios estén registrados con un único “Usuario” y
“Contraseña”. Los usuarios deben tener asignada al menos una de las 3 funciones
definidas en el sistema.
8.1
La Pantalla de exploración de Usuarios
Al mostrar esta pantalla, todos los usuarios definidos estarán visibles.
P á g i n a | 19
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8.2
HISTO MATCH Software
Instrucciones de Uso: 12 / 2014
Añadir un Usuario nuevo
1. Elija Añadir.
2. Rellene el cuadro de diálogo Edición Usuario.
Nombre de Usuario:
Único nombre de acceso para
el usuario.
Funciones:
Seleccione
entre
usuario,
supervisor y administrador.
Activado:
Si no está marcado, el usuario
no podrá acceder al software.
Comentarios:
Añada comentarios acerca del
usuario.
3. Seleccione el botón de OK o Cancelar.
4. El nuevo usuario aparecerá en el listado de la pantalla de exploración de usuarios.
8.3
Editar un Usuario
Un usuario existente puede ser editado. La edición está limitada al cambio de funciones del
usuario, activar o desactivar el usuario, o añadir comentarios. Para editar un usuario:
1. Seleccionar el usuario en la lista, y elegir Editar.
2. El nombre de usuario es de “sólo lectura” y no se puede cambiar, las otras opciones sí.
3. Elija OK para guardar los cambios, o Cancelar para salir sin guardar cambios.
Nota: ¡El usuario Administrador no se puede editar!
8.4
Reasignar una Contraseña de Usuario
Si un usuario ha olvidado su contraseña, ésta puede ser reasignada por otro usuario que tenga
funciones de administrador.
1. Seleccione el usuario en la lista.
2. Seleccione el botón Reset.
P á g i n a | 20
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HISTO MATCH Software
Instrucciones de Uso: 12 / 2014
3. La contraseña del usuario será reasignada a la contraseña por defecto: “Password123”.
4. El usuario debería cambiar su contraseña en el siguiente inicio de sesión.
8.5
Eliminar un Usuario
No es posible eliminar un usuario, los usuarios deberán ser desactivados, usando la función de
edición de usuarios, pero no borrados.
8.6
Cambiar la Contraseña de Usuario
El usuario conectado puede cambiar su contraseña eligiendo el botón de Configuración del menú
principal, la primera página de las opciones de configuración permite al usuario cambiar su
contraseña.
El campo de contraseñas de usuario distingue entre mayúsculas y minúsculas, p.ej.: “Password” no
es lo mismo que “password”, los campos de texto Nueva Contraseña y Confirmar Contraseña
deben coincidir, para prevenir errores dureante el proceso de cambio de contraseña. El usuario
debe presionar el botón de OK
para cambiar la contraseña.
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9
HISTO MATCH Software
Instrucciones de Uso: 12 / 2014
GESTIÓN DE PACIENTES
La creación de pacientes en el sistema HISTO MATCH es opcional, no es necesario el
uso de pacientes para agrupar muestras o test para análisis, pero agruparlos de esta
forma puede resultar útil. Seleccionar el botón de Pacientes del menú principal
mostrará la pantalla de pacientes.
Cuando se carga esta pantalla, se muestran todos los pacientes que haya en el sistema.
Crear nuevo paciente.
Editar paciente seleccionado.
Eliminar paciente seleccionado.
Crear informa para el paciente seleccionado.
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9.1
HISTO MATCH Software
Instrucciones de Uso: 12 / 2014
Búsqueda de Pacientes
Se pueden buscar pacientes usando la barra de herramientas de búsqueda:
Introduzca los criterios en la barra de búsqueda y presione “Intro” o haga click en el botón
.
Los pacientes se podrán buscar por nombre o ID, los pacientes que cumplan los criterios se
mostrarán en la lista más abajo.
9.2
Clasificación
Se puede clasificar la lista de pacientes haciendo click en el campo “Ordenar por” de la lista.
Se puede revertir el sentido de ordenación haciendo click de nuevo
en el mismo campo.
9.3
Añadir un Paciente nuevo
Los pacientes se pueden importar desde un fichero de texto junto con la información de la
muestra, vea la sección de gestión de muestras para más detalles. El método aquí descrito permite
añadir un solo usuario, con múltiples muestras y pruebas.
1. Seleccione el botón Añadir.
2. Se mostrará la pantalla de edición de pacientes.
Expansor de Paciente
Expansor de Muestra
3. Seleccione el expansor de paciente para mostrar la información del paciente (Haciendo click en
el control se expande para editar los campos. Haciendo click de nuevo se contraerá).
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HISTO MATCH Software
Instrucciones de Uso: 12 / 2014
ID de paciente:
Es un campo para una única ID de paciente – Obligatorio.
Nombre:
El nombre del paciente, (p.ej.: Juan García).
Fecha de nacimiento: Escriba una fecha en el campo o use el calendario para elejir una.
Dirección:
Use los botones Añadir/Editar/Eliminar al añadir una dirección al paciente.
4. Seleccione el expansor de muestras para añadir una muestra. (Haciendo click en el control se
expandirá para editar los campos. Haciendo click de nuevo se contraerá.)
5. Elija Añadir
para añadir una nueva muestra.
Se abre una ventana de muestra con una muestra creada idéntica a la ID de paciente (editable).
En esta ventana se pueden añadir pruebas HISTO SPOT o HISTO TYPE. Se pueden añadir tantas
pruebas como se deseen. También se puede borrar una prueba seleccionándola y haciendo
click en el botón Eliminar.
Cuando esté completo, hacer click en el botón Guardar
.
P á g i n a | 24
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6.
HISTO MATCH Software
Instrucciones de Uso: 12 / 2014
Seleccionar el expansor de muestras para introducir la información de la muestra.
ID Muestra:
Fecha de recepción:
Extracción:
Comentarios:
Obligatorio y único ID para cada muestra.
Se asigna la fecha actual, puede ser editado.
Espacio para introducir el método de extracción de ADN.
Use el botón Añadir para añadir comentarios.
7. La nueva muestra aparecerá añadida en el listado de muestras del paciente, junto con las
pruebas que fueron seleccionadas.
Se puede modificar la muestra haciendo click en botón Editar
muestra de la lista.
8. Hacer click en Guardar
datos, o hacer click en Cerrar
9.4
o con doble click en la
para salvar la información del paciente y muestra en la base de
para cancelar los cambios.
Editar un Paciente ya existente
Para editar un paciente que ya existe en la base de datos:
1.
2.
3.
4.
Encontrar el paciente a editar usando las funciones de búsqueda y organización.
Seleccionar el botón Editar o hacer doble click en el paciente de la lista.
Se mostrará la pantalla de edición de pacientes.
Todos los campos son editables. Se pueden añadir muestras y pruebas del mismo modo que en
pacientes nuevos.
Cuando se está añadiendo o editando un paciente, es posible navegar a otras partes del software,
usando el menú principal en la parte inferior de la pantalla. Esto permite la edición de múltiples
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HISTO MATCH Software
Instrucciones de Uso: 12 / 2014
pacientes o pacientes y otros elementos simultáneamente. Los pacientes que están editándose
actualmente se mostrarán en la lista de Abrir Pacientes en la pantalla de exploración de pacientes.
Para regresar al paciente que se estaba editando, hacer doble click en el paciente de la lista.
9.5
Asignar muestras existentes
Cuando se añade o edita un paciente es posible asignarle muestras existentes de la base de datos.
1. Seleccionar el paciente que se quiere editar, elegir Editar
2. Hacer click en el botón Seleccionar
o doble click en el paciente:
:
3. Seleccionar muestra de la lista (sólo se mostrarán
muestras sin asignar a pacientes).
4. Elegir OK .
5. La muestra seleccionada se añade a las muestras del
paciente.
9.6
Eliminando Pacientes
Se puede borrar un paciente del sistema seleccionando el mismo desde la pantalla de exploración
de pacientes y haciendo click en el botón Eliminar
:
Hacer click en Sí para confirmar que se
quiere eliminar el paciente. Todas las
muestras y pruebas asociadas se borrarán.
La eliminación del paciente fracasará si
alguna de las pruebas está en una lista de
trabajo. Sólo usuarios con función de
supervisor pueden eliminar pacientes.
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10
HISTO MATCH Software
Instrucciones de Uso: 12 / 2014
GESTIÓN DE MUESTRAS
El software HISTO MATCH usa “Muestras” para representar muestras físicas. Al
tratarse de muestras físicas, se les puede realizar muchas pruebas diferentes a cada
una de ellas. A diferencia de las muestras físicas, éstas no necesitan pertenecer a
pacientes. Al seleccionar el botón “Muestras” del menú principal se mostrará la
pantalla de exploración de muestras. Esta pantalla estará por defecto vacía la primera
vez que se abra.
Crear una nueva muestra (Añadir).
Editar la muestra seleccionada (Editar).
Eliminar la muestra seleccionada (Eliminar).
Importar muestras desde un archivo (Importar).
Crear un informe de la muestra seleccionada (Imprimir).
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HISTO MATCH Software
Instrucciones de Uso: 12 / 2014
10.1 Encontrar Muestras
Se puede usar la barra de herramientas de búsqueda para localizar muestras:
Introduzca los criterios en la barra de búsqueda y presione “Intro” o haga click en el botón
.
Las muestras se buscarán por ID Muestra por Nombre de paciente. Las muestras que encajen con
los criterios se mostrarán en la lista más abajo.
10.2 Clasificación
Se puede clasificar la lista de muestras haciendo click en el campo
“Ordenar por” de la lista. Se puede revertir el sentido de ordenación
haciendo click de nuevo en el mismo campo.
10.3 Añadir una Muestra nueva
Las muestras se pueden importar desde un fichero de texto (ver abajo) o añadir individualmente
como se describe aquí.
1. Seleccionar el botón Añadir
de la pantalla de exploración de muestras. Se tiene que
introducir una ID Muestra previamente a añadir las pruebas.
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HISTO MATCH Software
Instrucciones de Uso: 12 / 2014
2. Seleccionar el expansor de muestra para editar la información de la muestra.
ID Muestra:
Único ID para cada muestra. No se puede hacer click en Guardar sin una ID.
Fecha de recepción: Se asigna la fecha actual, puede ser editado.
Extracción:
Espacio para introducir el método de extracción de ADN.
Comentarios:
Use el botón Añadir para añadir comentarios.
3. Abrir el expansor de pruebas y añadir las pruebas para la muestra.
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HISTO MATCH Software
Instrucciones de Uso: 12 / 2014
4. Se puede ver información adicional del paciente usando el expansor de paciente. La
información del paciente se puede introducir usando la pantalla de “Pacientes”.
5. Elegir Guardar
para salvar cambios o Cerrar
para abortar el proceso.
10.4 Editar una Muestra existente
1. Localizar la muestra que se quiere editar usando las funciones de búsqueda y clasificación en la
pantalla de exploración de muestras.
2. Hacer click en el botón Editar o doble click en la muestra de la lista.
3. Se mostrará la pantalla de edición de muestras, todos los campos son editables.
4. La ID Muestra se puede editar por un supervisor, pero no se puede dejar en blanco.
5. Si se encuentra un ID Muestra duplicado se recibirá un mensaje de error.
Cuando se está añadiendo o editando una muestra, es posible navegar a otras partes del software,
usando el menú principal en la parte inferior de la pantalla. Esto permite la edición de múltiples
muestras o muestras y otros elementos simultáneamente. Las muestras que están editándose
actualmente se mostrarán en la lista de Abrir Muestras en la pantalla de exploración de muestras.
Para regresar a la muestra que se estaba editando, hacer doble click en la muestra de la lista.
10.5 Importar Muestras
Con el fin de proporcionar un método rápido de añadir pacientes, muestras y pruebas, éstas se
pueden importar datos desde un fichero de texto.
10.5.1 Formato del Fichero de Importación
El fichero de texto debe contener una lista de registros, cada registro debe estar en uno de estos
dos formatos:
1) ID de Paciente
2) ID Muestra
Nombre
Locus
Apellido
Fecha de nacimiento
ID Muestra
Locus
Cada campo dede estar separado por tabuladores o por comas.
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HISTO MATCH Software
Instrucciones de Uso: 12 / 2014
ID de Paciente:
Es la única ID del Paciente.
Nombre & Apellido:
Es el nombre del paciente.
Fecha de nacimiento:
La fecha de nacimiento del paciente (en el formato de fecha local).
ID Muestra:
Es la única ID de la Muestra.
Locus:
El locus HLA para añadir a prueba. (p.ej.: A, HLA A, HLA-A y lo mismo
B, C, DRB1, DRB345, DQB1, DPB1 o COE para enfermedad celiaca).
La ID de Paciente debe ser única, si se encontrase una ID existente en la base de datos entonces se
compararían los campos “Nombre” y “Fecha de nacimiento”, si fueran idénticos el nuevo registro
se añadirá al paciente, si no se generaría un error. La ID Muestra debe ser única, si se encontrase
una ID existente en la base de datos el nuevo test se añadirá a la muestra ya existente allí.
10.5.2 Importar el fichero de texto
1. En la pantalla de exploración de muestras elegir Importar.
2. Seleccionar el fichero de texto a importar.
3. Las muestras importadas se mostrarán en la lista.
El fichero de texto también se puede importar directamente desde la pantalla “Crear Lista de
Trabajo” (ver capítulo 11.4 Crear una nueva Lista de Trabajo). También es posible importar listas
de trabajo con posiciones predefinidas para las muestras y las pruebas (ver capítulo 11.5 Importar
una Lista de Trabajo inicial).
10.6 Enlace desde muestras a resultados
Existe un enlace directo desde las pantallas de muestras / pruebas al resultado en detalle de una
prueba: Navegar a las muestras y abrir la subpantalla de pruebas. Una vez ahí remarcar la prueba
que se quiere ver y hacer doble click o presionar el botón verde Interpretar:
Se abrirá la ventana de interpretación para esta prueba (para más detalles de la interpretación ver
capítulo 14 Pantalla de Análisis de Listas de Trabajo).
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11
HISTO MATCH Software
Instrucciones de Uso: 12 / 2014
GESTIÓN DE LISTAS DE TRABAJO
HISTO MATCH reune las pruebas que van a ser analizadas en una lista de trabajo, ésta
puede tener hasta 96 pruebas dispuestas en un formato de 96 pocillos. Al seleccionar
el botón Lista de Trabajo del menú principal se mostrará la pantalla de exploración de
listas de trabajo. Cuando se muestre dicha pantalla, contendrá todas las listas de
trabajo existentes en la base de datos.
Añadir una nueva Lista de trabajo (Añadir).
Importar una Lista de trabajo (Importar).
Crear un informe de la Lista de trabajo seleccionada (Imprimir).
Exportar la Lista de trabajo seleccionada (Exportar).
Editar la distribución de la Lista de trabajo seleccionada (Editar).
Eliminar la Lista de trabajo seleccionada (Eliminar).
Analizar la Lista de trabajo seleccionada (Analizar).
Enviar la Lista de trabajo seleccionada a MR.SPOT (Enviar).
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HISTO MATCH Software
Instrucciones de Uso: 12 / 2014
11.1 Vistas de las Listas de Trabajo y Registro de datos
Haciendo click sobre la flecha en la Lista de trabajo remarcada se accede a una vista detallada de
la distribución de la placa:
La flecha Ver Registro
abre el
registro de datos de la lista de trabajo,
incluyendo un gráfico con la evolución de las
temperaturas durante el ensayo:
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HISTO MATCH Software
Instrucciones de Uso: 12 / 2014
11.2 Encontrar Listas de Trabajo
Se puede usar la barra de herramientas de búsqueda para encontrar Listas de Trabajo.
Introduzca los criterios en la barra de búsqueda y presione “Intro” o haga click en el botón
. Las
Listas de Trabajo se buscarán por ID Lista de Trabajo. Las Listas de Trabajo que cumplan los
criterios se mostrarán en la lista más abajo.
11.3 Organizar Listas de Trabajo
Se puede clasificar la lista de Listas de Trabajo haciendo click en el
campo “Ordenar por” de la lista. Se puede revertir el sentido de
ordenación haciendo click de nuevo en el mismo campo.
11.3.1 Estados de Lista de Trabajo
A las Listas de Trabajo se les asigna un estado basado en dónde se encuentran dentro del flujo de
trabajo. El estado puede ser uno de los siguientes:
Inicial:
Se ha creado la Lista de Trabajo; se pueden haber añadido las pruebas a la misma.
Exportada: La Lista de Trabajo está siendo procesada en el procesador MR.SPOT.
Importada: Los datos de análisis, y fotografías, se han importado del procesador MR.SPOT.
Gridded:
Las imágenes se han analizado y se ha asignado una rejilla identificando la posición
de las sondas en la imagen.
Analizando: Se están asignando los tipajes HLA a las pruebas de la lista de trabajo.
Analizado: Se han asignado los tipajes HLA a las pruebas de la lista de trabajo, y están listas para
su autorización.
La marca de verificación blanca indica que algunas pruebas han sido ya
analizadas y aprobadas por un técnico:
La marca de verificación azul indica que todas las pruebas ya han sido
analizadas y aprobadas por un técnico:
La marca de verificación naranja indica que algunas pruebas han sido ya
autorizadas:
Completa:
Todas las pruebas han sido autorizadas, indicado por una marca de
verificación verde:
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Instrucciones de Uso: 12 / 2014
11.4 Crear una Lista de Trabajo nueva
Las Listas de Trabajo se pueden crear haciendo click en el botón Añadir
de la pantalla de
exploración de listas de trabajo. Esto mostrará la pantalla de edición de listas de trabajo.
11.4.1 ID Lista de Trabajo
Contiene la ID de la lista de trabajo. La ID por defecto se crea automáticamente por HISTO MATCH
y debería ser cambiada de acuerdo a los requerimientos. La ID Lista de Trabajo es única.
Se
pueden
añadir
comentarios
expandiendo
“Comentarios:” y presionando el botón Añadir
el
campo
.
11.4.2 Pruebas disponibles
Este control muestra las pruebas diponibles para ser
situadas en la lista de trabajo, el botón Nueva
abrirá el cuadro de diálogo de nueva muestra, y añadirá
cualquier prueba creada a la lista. El botón Importar
abrirá la función de importación de muestras. Las
muestras se añadirán a la lista de pruebas disponibles.
Hacer click sobre
eliminará la prueba sin preguntar
nada y hacer click sobre
abrirá la ventana de edición
de muestra donde se pueden añadir o eliminar pruebas.
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HISTO MATCH Software
Instrucciones de Uso: 12 / 2014
Se puede elegir añadir cualquier muestra nueva o importada directamente a la distribución de lista
de trabajo marcando la casilla de verificación situada en la esquina inferior izquierda de la
pantalla:
11.4.3 Añadir muestras usando lector de código de barras
Cuando se abre la pantalla para crear una nueva lista de trabajo, se pueden añadir muestras
usando un lector de códigos de barras. Para realizar esto, leer el código de barras con la pantalla
abierta. Se abrirá la ventana para nuevas muestras y la ID Muestra se añadirá automáticamente.
Entonces ahora se pueden añadir las pruebas que quieran ser añadidas.
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Instrucciones de Uso: 12 / 2014
11.4.4 Editar la distribución de la placa
Este control muestra la distribución de la placa para la lista de trabajo. Los pocillos vación se
muestran como un espacio negro vacío, los pocillos coloreados representan las pruebas.
Existen varios métodos para añadir pruebas a ladistribución de la placa:
Doble Click: hacer doble click en la prueba la añadirá al siguiente pocillo disponible. HISTO MATCH
agrupará las pruebas del mismo locus en una única tira de pocillos si es posible.
Arrastrar y Soltar: una o más pruebas seleccionadas en la lista de pruebas se pueden arrastrar a
posiciones vacías de la placa. Las pruebas se añadirán a la secuencia de posiciones a continuación
de la posición seleccionada. Este método permite la creación de tiras de locus mezclados. Se
pueden mover pruebas dentro de la placa, arrastrando una prueba a una posición vacía nueva.
Añadir Locus: haciendo click en el botón junto al nombre del locus, intentará añadir todas las
pruebas disponibles para el locus especificado. Las pruebas se añadirán a tiras del mismo locus.
Para eliminar pruebas de la distribución de la placa, seleccionar las pruebas en la placa haciendo
click en ellas. El control de Prueba Seleccionada está activado:
Este control se puede expandir para mostrar más
información acerca de la pruebas seleccionada.
Hacer click en el botón Quitar
retirará las pruebas
de la lista de trabajo, las pruebas retiradas estarán
disponibles en la lista de pruebas disponibles.
También se pueden retirar pruebas de la placa arrastrando y soltandolas en la lista de pruebas
disponibles.
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Instrucciones de Uso: 12 / 2014
Click Guardar
salvará todos los cambios de la lista de trabajo y abrirá el cuadro de diálogo
de enviar lista de trabajo al procesador (ver 11.9 Enviar Lista de Trabajo al procesador). Cancelar
descartará todo los cambios, y se cerrará la vista.
Durante la edición de la lista de trabajo, el usuario puede navegar a otros sitios diferentes de la
página, seleccionando alguna de las funciones disponibles desde el menú principal.
El usuario puede retornar a la pantalla revisando la pantalla de exploración de listas de trabajo.
Todas las listas de trabajo abiertas estarán listadas en el listado de Abrir Lista de Trabajo,
haciendo doble click en el artículo de la lista retornará al usuario a la pantalla de edición.
11.5 Importar una Lista de Trabajo inicial
Para facilitar un método rápido para crear listas de trabajo es posible importarlas desde un fichero
de texto(.csv). El fichero de texto debe contener una lista de registros, cada registro debe estar en
uno de estos dos formatos:
1) ID de Paciente
2) ID Muestra
Nombre
Locus
Apellido
Fecha de nacimiento
ID Muestra
Locus
Cada campo dede estar separado por tabuladores o por
comas. Para pocillos vación usar “#”. Se pueden
introducir comentarios comenzando una línea con “//”. El
nomnre del fichero se convertirá en el nomnre de la Lista
de Trabajo en HISTO MATCH.
Está disponible una fichero plantilla en formato Excel en
el servidor de descargas para usuarios de HISTO SPOT
(http://service.bag-healthcare.com/). Éste transformará
una hoja excel al formato .csv correcto. Los datos de acceso están disponibles desde BAG Health
Care GmbH o en su Distribuidor local.
ID de Paciente:
Es la única ID del Paciente.
Nombre & Apellido:
Es el nombre del paciente.
Fecha de nacimiento:
La fecha de nacimiento del paciente (en el formato de fecha local).
ID Muestra:
Es la única ID de la Muestra.
Locus:
El locus HLA para añadir a prueba. (p.ej.: A, HLA A, HLA-A y lo mismo
B, C, DRB1, DRB345, DQB1, DPB1 o COE para enfermedad celiaca).
El fichero de texto se puede importar usando el botón Importar desde la Pantalla Principal o el
botón Importar
de la pantalla de listas de trabajo.
En la caja de tipo de archivo elegir “CSV Worklist” y seleccionar el fichero de lista de trabajo. Tras
la importación se mostrará la pantalla de edición de listas de trabajo.
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11.6 Editar una Lista de Trabajo existente
Las Listas de Trabajo se pueden editar únicamente hasta que son exportadas, p.ej:. tienen un
estado de lista de trabajo Inicial, una vez exportadas el estado cambiará a Exportada y la lista de
trabajo no se podrá editar, excepto por un usuario con funciones de administrador.
Para editar una lista de trabajo existente, localizar la lista de trabajo usando las funciones de
búsqueda y clasificación en la ventana de exploración de listas de trabajo, tras esto seleccionar la
lista de trabajo y hacer click en el botón de edición o doble click en la lista de trabajo del listado.
11.7 Informe de Configuración de Lista de Trabajo
Existen bastantes tipos de informes, dependiendo de la configuración de preferencias de usuario,
y del estado de la lista de trabajo.
Estado de Lista de Trabajo Inicial o Exportada: HISTO MATCH producirá un a Informe de
Configuración de Lista de Trabajo. Éste muestra la posición de cada prueba en la lista de trabajo
usando un código de colores para los locus.
P á g i n a | 39
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HISTO MATCH Software
Instrucciones de Uso: 12 / 2014
11.8 Crear una Lista de Trabajo para un “combistrip” (“kit” On-Call Typing)
Desde la Pantalla Principal elegir el botón Lista de Trabajo Combistrip:
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Instrucciones de Uso: 12 / 2014
1. Crear la ID Lista de Trabajo. La ID por defecto se crea automáticamente por HISTO MATCH
y se puede cambiar según requerimientos. La ID Lista de Trabajo es única.
2. Seleccionar y añadir un paciente usando a) la función Búsqueda o b) creando una nueva:
a. Situar el cursor dentro del campo de búsqueda y presione “Intro” o el botón de
búsqueda
para mostrar todos los pacientes disponibles. Se pueden también
introducir criterios de búsqueda en este campo para buscar un paciente en concreto.
El paciente seleccionado es añadido a la lista de trabajo haciendo doble click or
arrastrando y soltando. Los pacientes se pueden retirar de nuevo marcándolos in la
distribución de la placa y presionando el botón Eliminar de la esquina superior
derecha. La creación de pacientes en el gestor de pacientes se describe en el capítulo 9
(9. Gestión de Pacientes).
b. Presionar el botón Nuevo
en la esquina superior derecha. Introducir los datos
del paciente y presionar el botón Guardar
.
El nuevo paciente se añade a la lista de trabajo
automáticamente.
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HISTO MATCH Software
Instrucciones de Uso: 12 / 2014
3. Guarde la lista de trabajo presionando el botón Guardar
bajo la distribución de
placa. Enviar entonces la lista de trabajo directamente al procesador o salvarla en un
fichero para transferirla usando un stick USB (ver 11.9 Enviar Lista de Trabajo al
Procesador). Cancelando este proceso no se enviará la lista de trabajo pero se guardará la
lista de trabajo en la base de datos.
Presionar Iniciar. El software pedirá imprimir el informe de configuración de lista de
trabajo – presionar Sí.
11.9 Enviar Lista de Trabajo al Procesador
Una vez se ha creado una llista de trabajo y se han añadido todas las pruebas, puede ser enviada a
MR.SPOT para ser procesada. La lista de trabajo se puede enviar a través de una red de área
local directamente al procesador MR.SPOT, o usando un stick de memoria USB. El cuadro de
diálogo de envío de lista de trabajo se inicia al salvar la lista de trabajo después de que haya sido
creada o editada, cancelando este proceso la lista de trabajo no se enviará.
1. Para enviar una lista de trabajo desde la pantalla de exploración de listas de trabajo, localizar la
lista de trabajo a enviar usando las funciones de búsqueda y ordenación. Sólo pueden enviarse
listas de trabajo en el estado Inicial.
2.
Seleccionar el botón Enviar.
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3. En el cuadro de diálogo que aparece, elegir “Enviar
a archivo” o seleccionar un procesador MR.SPOT (si
está disponible) de la lista y seleccionar Iniciar.
Enviar a archivo:
3a)
i.
ii.
iii.
iv.
v.
vi.
Elegir MR.SPOT:
3b)
i.
ii.
iii.
4.
5.
Elegir una localización para guardar el archivo.
Copiar el archivo al stick USB.
Insertar el stick USB en un puerto USB de MR.SPOT.
En MR.SPOT elegir Lista de Trabajo.
Elegir Importar.
La lista de trabajo estará ahora disponible para ser procesada.
Seleccionar un MR.SPOT de la lista.
Elegir Empezar.
La lista de trabajo estará disponible en MR.SPOT.
Una vez el envío está completado, el sistema avisará si se quiere imprimir un informe de
distribución de lista de trabajo, elegir Sí o No.
El estado de la lista de trabajo se actualizará a Exportado.
11.10 Importar una Lista de Trabajo procesada
11.10.1 Importar via stick USB
Después de que una lista de trabajo ha sido procesada en un procesador MR.SPOT, necesita ser
importada junto con las imágenes de los pocillos. Esto se puede hacer usando un Stick de memoria
USB.
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
En el procesador MR.SPOT, exportar la lista de trabajo al Pendrive USB.
La lista de trabajo se guardará en el Pendrive junto con una subcarpeta que contiene las
imágenes de los pocillos.
Insertar el Pendrive USB en el PC que tiene HISTO MATCH en marcha.
En la pantalla principal elegir Importar o elegir Importar en la pantalla de listas de trabajo.
Seleccionar el fichero xml de lista de trabajo, y elegir OK.
La lista de trabajo se importará, y las imágenes se guardarán en la base de datos.
HISTO MATCH automáticamente ajustará la rejilla en las imágenes, interpretará los resultados
y abrirá la pantalla de análisis de listas de trabajo para revisar los resultados.
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11.10.2 Importar via red de área local
Una lista de trabajo procesada se puede importar directamente a través de una red usando la
función Importar Lista de Trabajo en la pantalla del procesador (ver capítulo 12.4) o desde la
pantalla de listaas de trabajo:
Un icono de MR.SPOT en la lista muestra que la lista de trabajo está siendo procesada en este
momento, un icono parpadeante indica que está lista para ser importada – haciendo click en el
icono se importará directamente la lista de trabajo sin tener que ir a la pantalla del procesador.
11.11 Exportar una Lista de Trabajo
The export function is available to worklists that have been analyzed. There are four export
formats available:
Exportación a texto:
Los resultados de las pruebas son salvados en un fichero de texto. El formato es simplemente:
Posición en Lista de Trabajo o ID Muestra
Result. Baja Res.
Result. en Alta Res.
para cada prueba de la lista de trabajo.
Exportación a CSV:
El resultado es también un fichero de texto con el resultado dado como código NMDP así como los
resultados asignados por el usuario.
“Technical Export Package”:
Exporta el fichero de lista de trabajo (.xml) incluyendo alguna información sobre el análisis junto
con la carpeta que contiene las imágenes de los pocillos.
“SCORE Export”:
Exporta los resultados interpretados a un fichero que puede ser importado en una versión
completa del Software SCORE™. Se puede exportar una lista completa o una única prueba. Los
ficheros Score para kits de tipaje necesariamente tienen que hacer este proceso para los sublotes.
Están disponibles en el Servidor de Descargas
de HISTO SPOT. Esto podría ser útil si los
resultados de tipaje proveniente de diferentes
técnicas tuvieran que combinarse. Por favor,
tenga en cuenta que SCORE™ no es adecuado
para la interpretación de resultados obtenidos
con el sistema HISTO SPOT.
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PROCESADOR MR.SPOT
12.1 Pantalla de Procesadores
Al seleccionar la botón Procesadores del menú principal se mostrará la pantalla de
procesadores.
Esta pantalla está formada por 3 subcontroles:
12.1.1 Lista de Procesadores
Este control muestra la lista de Procesadores que
están actualmente instalados, y proporciona
funciones para añadir
procesadores.
y eliminar
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12.1.2 Procesador seleccionado
Este control muestra el procesador seleccionado
actualmente de la lista. Proporciona funciones de
importar una lista de trabajo
del
procesador, y eliminar una lista de trabajo
.
Para volver a conectarse al procesador hacer click
en el botón reconectar:
12.1.3 Mensajes del Procesador
Este control muestra una lista de los mensajes de todos los
procesadores conectados.
12.2 Añadir un Procesador nuevo
This is the process for adding a processor that is connected to the local area network.
1. En la lista de procesadores, hacer click en el botón Añadir.
2. En la dirección del servidor, teclear el nombre de red o la dirección IP del procesador, por
defecto el nombre de red es Mr-Spot.
3. El puerto se debería dejar en 8001.
4. Elegir OK.
5. El programa intentará conectarse al procesador. Si la conexión es exitosa el procesador se
añadirá a la lista, si falla se propondrá la opción de añadir el procesador a la lista aún así.
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12.3 Eliminar un Procesador
Seleccionar el procesador a borrar de la lista, hacer click en el botón Eliminar. El procesador será
quitado de la lista. No se recibirá ninguna notificación posterior desde el procesador.
12.4 Importar resultados desde MR.SPOT
En el control de procesador seleccionado, seleccionar la lista de trabajo que se quiere importar, y
hacer click en el botón Importar. La lista de trabajo se importará al HISTO MATCH, y las imágenes
serán transferidas a la base de datos. Ahora se puede seleccionar la lista de trabajo en la pantalla
de exploración de listas de trabajo, y realizar el análisis de imágenes e interpretación.
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ANÁLISIS DE IMÁGENES
HISTO MATCH realiza automáticamente el análisis de las imágenes de los pocillos cuando se
importa una lista de trabajo; el análisis consta de dos etapas: “gridding” donde se identifica en
tamaño y posición de la rejilla, y medida de los puntos donde cada punto es medido y se le asignan
valores de intensidad y ruido de fondo.
13.1 “Gridding” automático
Cuando se importa una lista de trabajo, las imágenes son analizadas automáticamente.
Esta pantalla muestra el progeso del “gridding”, y como cada pocillo es encuadrado y medido. Un
pocillo rojo significa que está siendo analizado en ese momento, azul significa que el análisis está
completo. Tarda unos 3 segundos en analizar cada pocillo. Una vez completo la ventana se cierra,
y comienza la interpretación de los datos. El “gridding” se puede cancelar haciendo click en el
botón Cancelar. Sin embargo, el pocillo actual completará el “gridding” antes de que la ventana se
cierre. El “gridding” automático puede empezar en cualquier momento usando la función “Grid
All” en la pantalla de análisis de listas de trabajo.
13.2 “Gridding” manual
El “gridding” se puede realizar manualmente, usando la función
Ver Array en la pantalla de análisis de listas de trabajo. La rejilla
se puede ajustar usando los cuadros blancos de edición. A cada
punto se le asigna una región dentro de la rejilla, la línea
punteada rodea exteriormente la imagen. El círculo representa
el punto detectado, éste puede crecer o encogerse según el
tamaño del punto. El círculo se puede mover usando el ratón,
pero siempre estará contenido en el interior del área punteada.
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Instrucciones de Uso: 12 / 2014
13.3 Medida de los Puntos (Spots)
El valor para cada punto es medido, y el ruido de fondo es restado. Las sondas con múltiples
puntos son promediadas.
Las sondas positivas se muestran con fondo rojo en la lista y con un círculo rojo en la imagen. Las
sondas negativas se muestran con fondo blanco en la lista y con un círculo azul en la imagen. Las
sondas control se muestran en verde. Las sondas ignoradas durante la interpretación se muestran
en negro y con un círculo gris en la imagen. Las sondas inactivas del sublote tienen un círculo
blanco en la imagen, pero nada diferencial en la lista de sondas. Seleccionando el punto en la lista
se remarcará el punto en la imagen.
El botón Rejilla
reaplicará la rejilla a la imagen, encontrará los puntos y medirá los valores.
El botón Medir punto
El botón Rotar imagen
Este botón
intentará encontrar un punto y medir los valores.
habilita la rotación manual de imagen (13.4 Rotación de la Imagen).
mostrará la imagen sin la rejilla.
13.4 Rotación de la Imagen
Cuando se montan pruebas únicas en el procesador MR.SPOT, los pocillos pueden rotar en el
soporte de la placa de reacción. Por lo que, la imagen no podrá ser reconocida por el software
salvo que se corrija la orientación de la imagen.
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Instrucciones de Uso: 12 / 2014
13.4.1 Rotación automática de las Imágenes
Por defecto la función de Rotación Automática está desconectada, p.ej.: el software intentará
ajustar la rejilla sin ninguna rotación. Este ajuste debería dejarse tal cual si únicamente se va a
trabajar con tiras completas, porque en ocasiones el software rota imágenes que no necesitan ser
rotadas. Para tiras combinadas (“combistrips”) la función de Rotación Automática está conectada
automáticamente.
Si está conectada, el software intentará encontrar el ángulo de rotación en el paso de “gridding”
automático (directamente tras la importación). Rotará entonces la imagen y llevará a cabo el
“gridding”.
La función de Rotación Automática se puede habilitar en la pantalla Configuración:
1. Elegir Configuración en el menú principal.
2. Elegir Análisis de Imagen.
3. Activar Rotación Automática de Imágenes.
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13.4.2 Rotación Manual de Imágenes
Las imágenes se pueden rotar manualmente en la pantalla Ver Array. Esto podría ser necesario si
la función de Rotación Automática está desconectada o si ha fallado para corregir la orientación
con éxito.
1.
Click en el botón Ver Array de la pantalla de análisis de listas de trabajo.
2.
Click en el botón rotación de imagen de la pantalla Ver Array.
Deslizador
3.
Esta vista muestra los mejores
resultados de rotación que encajan con la
imagen. Elegir la imagen con la orientación
correcta. Los puntos deben estar en líneas
rectas horizontal y verticalmente – estos
resultados no tiene por qué estar en la
orientación correcta. Si la orientación
correcta no está disponible en la lista, el
deslizador que aparece en la primera
imagen permite la rotación manual de la
imagen.
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Instrucciones de Uso: 12 / 2014
Moviendo el deslizador hacia arriba se rotará la imagen:
El ajuste fino de la rotación se realiza haciendo click con el ratón en la línea por encima (+) o por
debajo (-) del deslizador. Cada uno de los clicks rota la imagen un grado en la dirección respectiva.
Hacer click en el centro de la imagen rotada para transferirla para la interpretación. El software
automáticamente colocará la rejilla en la imagen de nuevo. Cerrar la ventana y reinterpretar la
prueba.
13.5 Valores de Referencia para Sondas Control fallidas
El software HISTO MATCH está programado para marcar cualquier prueba cuya intensidad del
control sea menor de un 10% más que el fondo y no interpretar esa prueba. Las pruebas
individuales que contienen sondas control con señales fuera del rango de 40 a 140, pueden ser
sujetas a resultados falsos positivos/falsos negativos de sondas y deberían ser documentados y
chequeados antes de aceptarse según el éstandar v6.1 sección L7.1 de la EFI.
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14
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Instrucciones de Uso: 12 / 2014
PANTALLA DE ANÁLISIS DE LISTAS DE TRABAJO
14.1 Barra de herramientas principal
Control vista placa/vista listado:
Cambia la vista de la Lista de Trabajo.
“Grid” todo:
Asigna rejilla a todas las pruebas que no tengan.
Interpretar todo:
Interpretar todas las pruebas / o las no tipadas.
Botones de Navegación:
Anterior/Siguiente/Siguiente asunto.
14.2 Vista Placa
Muestra el estado de cada prueba en la placa:
Verde:
Tipaje común sin ambigüedades
Morado: Haplotipo común o resultado extraño
Amarillo: Resultado ambíguo (común o extraño), no para
DPB1
Rojo:
Gris:
Sin resultado
Las sondas control han fallado
Gris/rojo: Las sondas control han fallado para uno de los
loci en el “Kit” DQB1/DQA1 o en el de enfermedad celiaca
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Instrucciones de Uso: 12 / 2014
Una marca de verificación indica que el resultado ha sido técnicamente aprobado o autorizado. El
usuario puede ir hacia cada prueba haciendo click en el pocillo. El color del fondo de cada prueba
indica el locus analizado.
Esta vista puede ser cambiada también con el control a vista listado
si se desea:
En esta vista el usuario puede ver el resultado de bara resolución de
cada prueba junto a la posición de la misma y al indicador de estado.
14.3 Información de la Prueba
Información de paciente y muestra para la
prueba seleccionada actualmente. Haciendo
click en el expansor
se muestran todos los
resultados de tipajes realizados a esa muestra.
Información de “kit” y sublote para la prueba
seleccionada
actualmente.
Se
pueden
seleccionar diferentes tablas de dianas haciendo
click en el expansor
.
Los resultados sugeridos/autorizados para la
prueba, esta pantalla agrupa los resultados por
grupo a 2 dígitos, el nombre expandido de alelo
se puede mostrar expandiendo el grupo.
Alternativamente, los alelos filtrados se
muestran aquí (ver 14.6.2 Filtros de Alelos
Comunes).
Una vez expandido, se pueden ver los alelos, los
alelos en negrita están definidos como comunes
(dependiendo del filtro de alelos seleccionado).
El botón “
-“ eliminará este resultado del
listado de resultados sugeridos.
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Instrucciones de Uso: 12 / 2014
Si las sondas control son muy débiles, se
mostrará un aviso. De todas formas, es posible
intentar interpretar los resultados con el botón
Interpretar. Este mensaje también aparecerá
para un control de contaminación sin ADN.
14.4
Controles de Interpretación
Interpretar:
Realiza la interpretación de los resultados actuales.
Máx. número de sondas a
ignorar:
Eliminar:
Máximo número de sondas que serán ignoradas,
mientras se trata de encontrar un resultado común.
El valor por defecto son 10 y se puede cambiar en
“Configuración-Interpretación”.
Se mostrarán todos los resultados con el número
máximo de “mismatches” indicados aquí.
El valor por defecto es 1 y se puede cambiar en
“Configuración-Interpretación”.
Muestra la imagen, y la rejilla superpuesta, permite
al usuario cambiar la rejilla.
Elimina los resultados de la prueba seleccionada.
Aprobar:
Aprobación técnica por un usuario.
Autorizar:
Autorizar/Desautorizar el
actualmente (Supervisor).
Máx. número de “mismatches”
permitidos:
Ver Array:
resultado
mostrado
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14.5 Vista de Resultados
Esta vista muestra los resultados de la interpretación. La vista por defecto muestra el posible
resultado a 2 dígitos, junto con el número de “mismatches” requeridos para obtener el resultado.
Las intensidades de las sondas están dispuestas según su diferencias con el punto de corte (cutoff), las sondas más a la izquierda son las más positivas, y las sondas más a la derecha son las más
negativas. Las sondas destacadas en verde son las sondas control.
Los resultados no presentan ningún “mismatch” y que tienen una combinación de 2 alelos
comunes está destacadas con un fondo verde.
El número que figura entre paréntesis tras el resultados en 2 dígitos indica la cantidad de posibles
combinaciones de alelos incluidas en esta línea. Haciendo click en el botón expansor de la primera
columna, de la tabla de resultados, se expandirá el grupo de 2 dígitos y mostrará todos los alelos
de dicho grupo. Pasando el ratón sobre los nombres de los alelos se mostrarán los alelos en un
cuadro emergente.
Si un grupo de alelos contiene “mismatches”, estos son destacados en la cuadrícula como falsos
positivos (punto rojo) o falsos negativos (punto azul).
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La columna MM, indica el número de “mismatches” (discrepancias).
La columna Rango indica la distacia entre la sonda discrepante y el cut-off. Los números más bajos
indican “mismatches” con sondas débiles. En la fila agrupada a 2 dígitos, este valor hace referencia
al mejor valor del grupo.
La columna CWD indica el número de haplotipos comunes en el resultado potencial; los valores
pueden ser 0, 1 ó 2. En la fila agrupada a 2 dígitos, este valor hace referencia al mejor valor del
grupo. El alelo común aparecerá destacado en negrita.
Haciendo click sobre el botón situado en la parte de arriba de cada columna se ordenarán los
resultados de acuerdo al parámetro respectivo (Grupo/Alelo, MM, Rango o CWD). Haciendo click
una segunda vez se invertirá el sentido de la ordenación.
El tamaño de la tabla de resultados se puede cambiar presionando la tecla CTRL y girando la rueda
del ratón al mismo tiempo.
Si las sondas han sido ignoradas por el software, estas sondas estarán destacadas con fondo gris.
14.6 Asignación de Resultados
HISTO MATCH interpretará los resultados, usando los valores obtenidos para cada sonda de la
imagen, y encajará estos con los patrones definidos por la tabla de dianas.
Si no se obtiene un resultado con 2 CWD, se excluirá la sonda más próxima a su valor de cut-off, y
reinterpreta. Se repetirá este proceso hasta obtener un resultado con 2 CWD o alcanzar el número
máximo de sondas a ignorar. Esto tendrá como resultado que se muestren sondas ignoradas con
fondo gris en el centro de la parrilla de sondas.
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Instrucciones de Uso: 12 / 2014
Los resultados sin ningún “mismatch” y que incluyan una combinación de 2 alelos comunes
aparecerán destacados con fondo verde. Los resultados con sólo un “mismatch” y conteniendo
una combinación de 2 alelos comunes aparecerán destacados con fondo rojo.
14.6.1 Resultados sugeridos
Todos los resultados 0 MM se añadirán automáticamente a la zona Resultado Sugerido de la
pantalla. Los resultados se muestran como grupos de 2 dígitos, con los alelos agrupados debajo.
Los grupos ambiguos a 2 dígitos se mostrarán
con más de un grupo; el título de este área
reflejará esta ambigüedad.
Se pueden eliminar resultados individuales
haciendo click en el botón ‘ - ‘ en la zona de
resultados sugeridos o en la vista principal de
resultados.
Si el resultado contiene sólo 1 alelo común, se
mostrará como Haplotipo Común encima del
resultado sugerido, o si contiene 0, aparecerá
como Resultado Sugerido Raro.
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Los resultados en la vista principal de resultados, se
pueden añadir o eliminar de la zona de resultados
sugeridos, usando los botones ‘ + ’ y ‘ - ‘. Los botones
azules se pueden usar también a nivel de grupo para
añadir o eliminar el grupo completo. Pero sólo se
pueden usar resultados completamente encajados.
14.6.2 Filtros de Alelos Comunes
En el campo de resultados sugeridos se puede elegir que se muestren todos los resultados o que
se muestren sólo alelos comunes:
Todo: todos los resultados tal como se describe en el punto 14.6.1
4D:
Una lista de alelos comunes basada en los datos poblacionales de
www.allelefrequencies.net. Los alelos estarán incluidos en esta lista si presentan una
frecuencia ≥0,5% en alguna población con un tamaño de muestra ≥1000 individuos. Los
alelos de esta lista serán tipados generalmente sin ambigüedades, a nivel de 4 dígitos,
usando este filtro con los “kits” HISTO SPOT 4D.
CWD:
Esta lista contiene todos los alelos del catálogo CWD2.0.0 (Mack S.J. et al., Common and
well-documented HLA alleles: 2012 update to the CWD catalogue, Tissue Antigens 81/4,
183-257 (2013)).
Usuario: Una lista de alelos comunes definidos por el usuario.
Al usar los filtros los resultados cambiarán como sigue: En el campo de resultados se mostrarán
sólo combinaciones de dos alelos comunes como un resultado de alta resolución. Bajo este campo
hay una lista de alelos raros que no pueden ser excluidos. Tras presionar el botón de actualizar el
código NMDP y el equivalente serológico se referirá únicamente a los alelos comunes.
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Se puede elegir la configuración de los filtros por defecto a usar en la interpretación en
Configuración y Filtro. En la misma pantalla se puede revisar la lista de alelos comunes y editar la
de usuario.
Los alelos se pueden añadir y eliminar de la lista definida por el usuario manualmente usando el
campo Alelo y los botones Añadir
y Eliminar. Alternativamente, se puede cargar una lista
completa desde un archivo de texto con el botón
. Se pueden copiar también los alelos desde
el listado CWD o el 4D y pegarlos en el listado de usuario usando la combinación de teclas
estándar de windows: ctrl+a = seleccionar todo, ctrl+c = copiar, ctrl+v = pegar.
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14.6.3 Opciones de visualización para el campo Resumen
Hay diferentes opciones para mostrar los resultados en el campo “Resumen”, que se pueden
seleccionar en Configuración – Interpretación.
Auto:
La pantalla se ajusta automáticamente al filtro de alelos elegido o a la opción Todos.
4 Dígitos: El resumen muestra el resultado alélico dependiendo del filtro de alelos elegido. Cuando
está seleccionada la opción Todos el filtro 4D se aplica automáticamente.
2 Digit:
El resumen muestra el resultado de grupo alélico en 2 dígitos / 1 nivel de campo
independiente del filtro de alelos elegido.
Grupo P: El resumen muestra los grupos P tal como se definen en el archivo WMDA file del sitio
web http://hla.alleles.org/wmda.
Grupo G: El resumen muestra los grupos G tal como se definen en el archivo WMDA file del sitio
web http://hla.alleles.org/wmda.
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Las opciones de Grupo P/G Group elegirán un grupo para cada Alelo en los resultados (sin
duplicados). Si no hay ningún Grupo P/G (p.ej.:. Sólo hay un único alelo en el grupo oficial)
entonces es informado el alelo.
14.6.4 Códigos NMDP
El código NMDP posible es asignado basándose en todas las posibles combinaciones de alelos si
está seleccionada la opción Todos en los resultados a mostrar. Si el filtro de alelos comunes está
habilitado el código NMDP asignado se calcula sólo en base a los alelos comunes. Tras volver a la
vista Todos esto se puede deshacer presionando el botón de “refrescar/actualizar”
.
Se pueden qué alelos están codificados en un código NMDP moviendo el ratón por encima del
campo de resultados: los códigos NMDP se actualizan regularmente. Los ficheros más recientes se
encuentran disponibles en http://bioinformatics.nmdp.org/HLA/Allele_Codes/Allele_Codes.aspx.
Es también posible suscribirse a una lista de “mailing” para obtener las actualizaciones de forma
automática. El fichero numer.v3.txt” tiene que copiarse en algún lugar del PC y se puede importar
usando Configuración y Rutas.
14.6.5 Equivalentes Serológicos
Los equivalentes Serológicos se asignan basándose en todos los alelos posibles si está
seleccionado Todos en resultados para mostrar. Si se usa un filtro de alelos, el equivalente
serológico es relativo sólo a los alelos comunes. Tras regresar a la vista Todos esto se puede
deshacer presionando el botón Refrescar/Actualizar
.
14.6.6 Pantalla de resultados para DPB1
Las ambigüedades de 2 dígitos (un campo) no se muestran como puntos amarillos para el locus
DPB1, porque debido a la nomenclatura de los alelos en DPB1 (la mayoría de los “grupos de
alelos” de 2 dígitos sólo contienen uno o dos alelos) el concepto no tiene sentido. Todos los
resultados con 2 alelos comunes son, por tanto, mostrados como puntos verdes.
14.6.7 Control Negativo
Actualmente se incluye un control negativo en el “kit” HISTO SPOT On-Call Typing (REF 726070).
Contiene sondas control positivo para HLA-A (exón 2 y 3), HLA-B (exón 2 y 3) y una sonda que es
positiva para el exón 2 de HLA-DRB1 y HLA-DQB1. El control negativo es fallido cuñado la
intensidad de los puntos del control positivo es superior a 1,5 veces el valor del fondo.
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14.7 Ignorar Sondas manualmente
Se puede ignorar manualmente una sonda haciendo click con el botón derecho del ratón en la
barra de la sonda y cambiando el estado “en uso” del ajuste con un click del botón izquierdo del
ratón.
A continuación están los efectos de los valores de la casilla de verificación:
Vacío:
La sonda se excluirá del análisis.
Marcado:
La sonda se incluirá en el análisis.
Sombreada:
La sonda será incluida o excluida automáticamente por el software.
Reinterpretar los resultados para visualizar los cambios.
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14.8 Función de Edición Automática
La función de editar automáticamente los resultados se puede activar/desactivar Configuración e
Interpretación:
Si está activada, las sondas que no están ajustándose al patrón de reacción del resultado
encontrado finalmente (2 CWD) son ajustadas automáticamente a “inactivas”. Como resultado, las
sondas que fueron ignoradas automáticamente durante la interpretación inicial, pero que se
ajustan al patrón de reacción del resultado asignado finalmente, son activadas de nuevo y usadas
para la interpretación. Esto reduce las ambigüedades que son debidas a la resolución mas baja
causada por ignorar sondas que están reaccionando correctamente.
14.9 Interactividad entre la Vista de Resultados y la Imagen del ensayo
Al abrir la vista del array se da la posibilidad al usuario de ver la imagen de la prueba procesada y
el estado de las sondas individualmente.
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La sonda que se remarque en la tabla de resultados (cuadro anaranjado) estará también
remarcada en la vista de la imagen (cuadro rojo) y viceversa.
El color de los círculos indica el estado de
la sonda:
Verde: Sonda control
Azul: Sonda negativa
Rojo: Sonda positiva
Gris: Sonda ignorada
Blanco: Sonda inactiva (no funcional)
Moverse a la siguiente prueba en la vista
de resultados también cambiará la
imagen. Por lo tanto, puede ser útil dejar
esa ventana abierta durante todo el
proceso de interpretación.
El tamaño de la tabla de resultados y de la imagen del array se pueden cambiar presionando la
tecla CTRL y girando la rueda del ratón simultáneamente.
14.10 Ver la Reactividad de la Sonda y Cambiar “Cut-Off”
Se puede mostar la reactividad de una sonda en relación al “cut-off” para todas las pruebas de una
lista de trabajo específica. Para abrir la ventana “Cut-Off”, hacer click en la barra de la sonda con el
botón derecho del ratón y hacer click en “Cut Off”.
Las pruebas de la lista de trabajo son organizadas según la intensidad de la sonda. La barra roja
horizaontal indica el “Cut-Off”. La sonda activa (abierta para interpretar) está remarcada en
blanco. En pruebas con barras vacías, la sonda ha sido ignorada automática o manualmente. Ésta
es una herramienta muy útil para evaluar la calidad de una sonda en general y decidir si una sonda
debería o no ser ignorada.
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El usuario también puede hacer cambios en el “Cut-Off” de cada sonda en esta ventana, y asignar
opcionalmente otro “Cut-Off” a la sonda en la prueba actual, en todas las pruebas de la lista de
trabajo, o usar el nuevo “Cut-Off” para todas las pruebas futuras de dicha sonda para el sublote en
uso. Arrastrar el deslizador del lado derecho para cambiar el “Cut-Off”.
Están disponibles las siguientes opciones:
Cancelar:
Aplicar:
Aplicar a Lista de trabajo:
Cancelar todos los cambios de “cut-off” desde esta pantalla.
Aplicar los cambios de “cut-off” a esta prueba.
Aplicar este cambio a todas las pruebas de la lista de trabajo que
usen este sublote.
Aplicar a Sublote:
Hacer que todas la pruebas futuras que usen este sublote usen el
nuevo cut-off. Los cambios de Cut-off para el sublote completo sólo
los puede realizar un supervisor y requieren un comentario.
Volver a valor por defecto: Volver a dejar el cut-off en el valor suministrado por el fabricante.
Todos los cambios en el valor del cut-off son trazados en el historial.
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HISTO MATCH Software
Instrucciones de Uso: 12 / 2014
14.11 Mostrar Especificidad de la Sonda
Para mostrar la especificidad de una sonda ir a la barra de la misma en la pantalla de
interpretación y hacer click con el botón derecho del ratón. Elegir especificidad de la sonda
Se abrirá una ventana con la lista de todos los alelos con los que reacción dicha sonda.
14.12 Mostrar Patrón Alélico
Durante la interpretación puede resultar útil ver el patrón de reacción de ciertos alelos o
combinaciones de alelos. Comenzar a escribir parte del alelo que se quiere ver en el campo vacío
de alelo. Entonces se puede seleccionar uno de la lista o teclearlo completamente.
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HISTO MATCH Software
Instrucciones de Uso: 12 / 2014
Seleccionar la combinación de alelos para los que se quiere ver el patrón de reacción. Las sondas
positivas están marcadas con una barra negra para el alelo respectivo, las sondas dudosas se
mantienen grises. Las sondas negativas tienen una barra gris y no están asignadas a un alelo.
Haciendo click en el símbolo de histograma bajo los campos de alelos se reduce la lista de alelos
mostrados a los alelos comunes. El contenido de la lista dependerá del último filtro usado para la
prueba actual (4D, CWD o Usuario). Por defecto se usa el filtro 4D así como com la vista Todos.
14.13 Pantalla de Nomenclatura
HISTO MATCH puede usar o forzar la nomenclatura IMGTv3 o usar la fuente IMGT que visualizar.
Los resultados se ven igual en ambos, la vista de resultado sugerido o la lista principal de
resultado. La vistan puede cambiarse en la pantalla Configuración eligiendo Nomenclatura.
14.14 Aprobar y Autorizar Resultados
El software soporta un proceso de autorización en dos etapas. Cuando un resultado se ha
analizado puede ser aprobado primero personal con funciones de usuario (normalmente un
técnico) presionando el botón de aprobación
. Las pruebas aprobadas serán marcadas con
una verificación blanca. La aprobación de pruebas no es obligatoria, pueden ser directamente
autorizadas.
Posteriormente, pueden ser autorizadas por un usuario con funciones de supervisor, presionando
en botón de autorización
. La prueba será autorizada, y se seleccionará la siguiente prueba.
Las pruebas autorizadas se marcarán con una verificación negra en las vistas placa y lista.
Haciendo click en el botón de autorización de nuevo se desautorizará la prueba. Los resultados
autorizados se quedan fijos y se pueden cambiar salvo que sean desautorizados por un supervisor.
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Lista de trabajo Aprobada:
HISTO MATCH Software
Instrucciones de Uso: 12 / 2014
Lista de trabajo Autorizada:
El estado de autorización se indica en la pantalla Listas de trabajo (11.3.1 Estado de Listas de
trabajo).
14.15 Ver Sondas
Haciendo click en el botón Sondas se mostrará la tabla de vista de sondas. Ésta contiene
información de intensidad de la sonda, el control usado e información del cut-off. Moviendo el
ratón sobre el gráfico de la señal se mostrará el cálculo usado para obtener el valor de la sonda.
Las últimas dos columnas muestran el exón donde se une la sonda y el punto de unión de la sonda.
14.16 Ver Historial
Esta vista muestra todos los cambios que ha realizado el usuario a la prueba, incluyendo cualquier
cambio en la rejilla.
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HISTO MATCH Software
Instrucciones de Uso: 12 / 2014
14.17 Comentarios en los Resultados
Usar esta vista para añadir comentarios sobre el resultado. Usar el botón Añadir
un comentario.
para añadir
Si el botón “adhesivo” está chequeado,aparecerá una etiqueta con la fecha para marcar que se ha
añadido un comentario. Esto será visible también en la pantalla de resultados.
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HISTO MATCH Software
Instrucciones de Uso: 12 / 2014
14.18 Interpretación de los “kits” HISTO SPOT Coeliac Disease y DQB1 4D / DQA1
14.18.1 Vista Enfermedad Celiaca
El “kit” para tipaje de alelos asociados a enfermedad celiaca combina una prueba DQB1 y DQA1 en
un solo pocillo. Por lo tanto, la visión de los resultados es algo diferente que la de los “kits” para
un único locus. Además la pantalla muestra los resultados en el contexto de la enfermedad celiaca.
La vista por defecto para el “kit” de enfermedad celiaca es el siguiente:
Todas las sondas para DQA1 y DQB1 se muestran así como todas las combinaciones de alelos para
ambos loci se incluyen en el histograma de resultados de la mitad inferior de la pantalla.
Todas las cadenas de alelos que están encajando con el patrón de reacción sin “mismatches” y que
tengan al menos un alelo común (filtro 4D), se transfieren al campo de resultados. Los alelos
asociados a enfermedad celiaca son destacados en amarillo. El resumen muestra el nomnre de la
posible molécula DQ asociada a enfermedad celiaca. En la parte derecha de la ventana de
resultados se muestra el resultado en baja resolución para DQA1 y DQB1. Los filtros de alelos
comunes no tienen ninguna influencia en la visualización de estos resultados.
Presionando el botón de la
esquina superior derecha
del campo de resultados
se cambia la vista a la
visualización del haplotipo
y la asignación del riesgo
relativo para enfermedad celiaca (basado en Megiorni and Pizzuti, Journal of Biomedical Science
2012, 19:88).
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HISTO MATCH Software
Instrucciones de Uso: 12 / 2014
Esta vista muestra un diagrama con las posibles moléculas DQ y el riesgo asociado para
enfermedad celiaca. La pantalla se puede cambiar a la típica pantalla de interpretación para DQA1
y DQB1 haciendo click en las flechas de la esquina superior derecha de las ventanas de resultados
como será descrito en el siguiente capítulo (
,
).
14.18.2 Interpretación de DQB1 / DQA1
La pantalla por defecto cuando se usa el “kit” HISTO SPOT® DQB1 4D / DQA1 kit aparece así:
Ambos loci se pueden interpretar juntos o cada uno de ellos por separado. Si se elije uno de los
loci las sondas del histograma de resultados se filtrarán también, p.ej.: sólo sondas específicas
para DQA1 o DQB1 serán mostradas:
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Instrucciones de Uso: 12 / 2014
Es posible incativar la visión combinada en
Configuración e Interpretación desmarcando el
campo “Mostrar Resultados de Locus Combinados”.
Si fallan las sondas control para uno de los loci la prueba se marcará en gris/rojo. La otra prueba se
puede interpretar todavía.
Los dos loci se informarán por separado en los informes de tipaje y en los diferentes formatos de
exportación.
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Instrucciones de Uso: 12 / 2014
INTERPRETACIÓN DE PRUEBAS HISTO TYPE SSP
15.1 Importar un “kit” de Tipaje
Los ficheros de “kits” de tipaje para HISTO TYPE SSP se importan a HISTO MATCH igual que los
“kits” HISTO SPOT SSO: ver 6.4 Importar "Kits". Puede tardar unos pocos segundos hasta que los
ficheros de “Kits” se muestren en la ventan de importación.
15.2 Definir Paciente, Muestra y Prueba
En la Pantalla Principal seleccionar Nueva Muestra. Se abre una pantalla de muestra en la cual se
puede añadir la información de la muestra y las pruebas SSP. Alternativamente, definir o
seleccionar una muestra que puede o no pertenecer a un paciente en la pantalla de gestión de
pacientes o muestras (9. Gestión de Pacientes y 10. Gestión de Muestras). Then add a new HISTO
TYPE SSP test. A window with the available kits for the selected locus opens.
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Instrucciones de Uso: 12 / 2014
Seleccionar el sublote que se esté usando y presionar el botón Guardar
. La prueba aparece
en la lista de pruebas de la muestra. Para introducir resultados de una prueba se puede abrir la
ventana de interpretación haciendo doble click sobre la prueba o presionando el botón verde
Interpretar
. La pantalla de interpretación muestra un gel virtual donde se pueden
introducir las reacciones positivas.
También se pueden eliminar pruebas presionando el botón rojo Eliminar.
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Instrucciones de Uso: 12 / 2014
15.3 Interpretar pruebas HISTO TYPE SSP
Las reacciones positivas se pueden introducir en el gel virtual de la pantalla de interpretación:
Introducir las reacciones positivas haciendo click en la banda negra “vacía” en el gel o haciendo
doble click en su canal. Se puede quitar haciendo click de nuevo. Las reacciones positivas se
resaltarán en fondo verde en el diagrama de interpretación bajo el gel. Se pueden también
introducir reacciones positivas haciendo click en el “mix” del diagrama. Un fallo en la amplificación
se puede indicar haciendo click en la banda control de la “mix” y se visualizará en gris en el
diagrama. Las “mixes” inactivadas serán ignoradas en la interpretación.
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Instrucciones de Uso: 12 / 2014
Presionar el botón Interpretar
y el software analizará el resultado. Los resultados con 0
“mismatches” y 2 alelos comunes se destacarán en verde en el diagrama de interpretación y se
mostrarán en la ventana de Resultados Sugeridos. Los resultados con sólo un “mismatch” y 2
alelos comunes estarán destacados en rojo. El cuadro de color alrededor de la imagen del gel
indica la calidad del resultado:
Verde:
Amarillo:
Morado:
Rojo:
Tipaje común no ambiguo
Resultado ambiguo
Haplotipo raro o 2 alelos raros
Sin resultado
Guardar
Salvar los resultados y cerrar la pantalla presionando el botón Guardar.
Pantalla eliminada: Los resultados no están nunca perdidos cuando la muestra no está salvada tras
salvar los resultados en la pantalla de interpretación.
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Instrucciones de Uso: 12 / 2014
15.4 Información de la Prueba
Información del paciente y muestra para
la prueba seleccionada actualmente.
Haciendo click en el expansor
de la
parte izquierda se muestran todos los
resultados de tipaje de esta muestra.
Información del “Kit” y sublote para la
prueba seleccionada actualmente. Se
pueden seleccionar diferentes tablas de
dianas –si están disponibles- haciendo
click en el expansor
.
Los resultados sugeridos/autorizados
para la prueba. Esta vista agrupa los
resultados por grupos de 2 dígitos, el
nombre expandido del alelo se puede
visualizar expandiendo el grupo.
Una vez expandidos, los alelos se pueden
ver, los alelos en negrita son los
definidos como comunes, el botón “ “
eliminará este resultado de los
resultados sugeridos.
Alternativamente, los alelos filtrados se
muestran aquí (ver 14.6.2 Filtros de
Alelos Comunes).
15.5 Controles de Interpretación
Interpretar:
Max. Número de “mismatches”
mostrados:
Realiza la interpretación de los resultados
actuales.
Se mostrarán los resultados con el número
máximo de “mismatches” aquí indicados.
Eliminar:
Elimina los resultados de la prueba seleccionada.
Aprobar:
Aprobación técnica por un Usuario.
Autorizar:
Autorizar/Desautorizar
(Supervisor)
el
resultado
actual.
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Instrucciones de Uso: 12 / 2014
15.6 Vista de Resultados
Esta vista muestra los resultados de la interpretación. La vista por defecto muestra los posibles
resultados a 2 dígitos, junto con el número de “mismatches” (MM) requeridos para obtener un
resultado y el máximo número de alelos comunes (lista 4D) incluidos en la combinación (CWD).
Deslizador
Las “mixes” de “primers” se muestran junto con el tamaño de la banda positiva. Las mezclas de
“primers” positivas están desatacadas en verde. Los resultados con 0 “mismatches” que presenten
una combinación de dos alelos comunes estarán destacadas en verde. Los resultados con sólo un
“mismatch” que presenten una combinación de 2 alelos comunes estarán destacados en rojo.
El tamaño de la tabla se puede ajustar usando el deslizador de la esquina inferior izquierda o
manteniendo pulsada la tecla CRTL y girando la rueda del ratón simultáneamente.
El númeo que figura entre paréntesis tras el resultado de 2 dígitos muestra el número de posibles
cadenas de alelos incluidos en esta línea.
Haciendo click en botón expansor de la primera columna de la tabla se expandirá el grupo de 2
dígitos y mostrará los alelos en ese grupo. Moviendo el ratón sobre los nombres de los alelos se
mostrarán los alelos en un cuadro emergente.
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Instrucciones de Uso: 12 / 2014
Si un alelo contiene “mismatches” estos se señalarán en la tabla como falsos positivos (rojo)/falsos
negativos (azul).
La especificidad de una mezcla de “primers” se puede ver haciendo click con el botón derecho del
ratón en la columna respectiva:
15.7 Resultados sugeridos
Todos los resultados con 0 MM se muestran automáticamente en la caja de Resultado Sugerido.
Los resultados se muestran como grupos de 2 dígitos con los alelos agrupados bajo los mismos.
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Instrucciones de Uso: 12 / 2014
Los grupos ambiguos de 2 dígitos se mostrarán como
más de un grupo; el título del control reflejará esta
ambigüedad. Se pueden eliminar resultados
individuales haciendo click en el botón ‘ - ‘ tanto en la
caja de resultado sugerido como en la vista principal
de resultados.
Si el resultado contiene sólo 1 alelo común, éste se
mostrará como Haplotipo Común por encima del
resultado sugerido, o si no contiene alelos comunes,
se mostrará como Resultado Sugerido Raro.
Los resultados en la vista principal de resultados, se
pueden añadir o eliminar de la caja de resultados
sugeridos, usando los botones ‘ + ’ y ‘ - ‘. Los botones
azules se pueden usar también a nivel de grupo para
añadir o eliminar un grupo entero. Pero sólo se
pueden usar resultados que encajen completamente.
15.8 Filtros de Alelos Comunes, Códigos NMDP y equivalentes Serológicos
Los filtros de alelos comunes, los códigos NMDP y los equivalentes serológicos se aplican de la
misma manera que para los resultados de SSO (ver 14.6.2 Filtros de Alelos Comunes , 14.6.4
Códigos NMDP y 14.6.5 Equivalentes Serologicos).
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Instrucciones de Uso: 12 / 2014
15.9 Visaulización del Patrón Alélico
Durante la interpretación puede resultar bastante útil ver el patrón de reacción de ciertos alelos o
combinaciones de alelos. Empezar a teclear parte del alelo que se quier ver en el campo “vacío” de
alelo. Se puede seleccionar entonces uno del listado o teclearlo completamente.
Seleccionar la combinación de alelos para la que se quiere ver el patrón de reacción. Las “mixes”
positivas están marcadas con una barra negra para el alelo respectivo; las reacciones dudosas se
mantienen en gris. Las “mixes” negativas tiene una barra gris y no están asignadas a ningún alelo.
15.10 Historial y Comentarios
El historial de la prueba y los comentarios son aplicados de la misma forma que para los resultados
de SSO (ver 14.16 Ver Historial y 14.17 Comentarios de Resultados).
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15.11 Interpretación del “kit” HISTO TYPE Celiac Disease
15.11.1 Vista Enfermedad Celiaca
El “kit” HISTO TYPE SSP para tipaje de alelos asociados a enfermedad celiaca combina una prueba
DQB1, DQA1 y DRB1 en un único “kit”. Por lo tanto, los resultados se visualizarán de una manera
un poco distinta que los “kits” para un único locus. Además la pantalla muestra los resultados en el
contexto de la enfermedad celiaca. La vista por defecto para el “kit” de enfermedad celiaca es la
siguiente:
Tras introducir las reacciones positivas e interpretarlas, los resultados se verán en el campo
resumen junto con el riesgo relativo para Enfermedad Celiaca. Los loci se pueden interpretar de
forma separada expandiendo los campos de resultados del lado derecho.
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Todas las “mixes” para DRB1, DQB1 y DQA1 así como todas las posibles combinaciones de alelos
para ambos loci se muestran en el histograma de resultados de la mitad inferior de la pantalla.
Todas las cadenas de alelos que encajan con el patrón de reacción sin “mismatches” y contienen al
menos un alelo común (filtro 4D), se transfieren al campo de resultados. Haciendo click en las
flechas de la esquina superior derecha del campo de resultados se abre una vista más detallada de
los resultados respectivos. Abrir el campo de resultados Celiaca muestra la siguiente ventana:
Los alelos asociados a Enfermedad
Celiaca están destacados en amarillo.
El resumen muestra el nombre de la
posible molécula HLA asociada a la
enfermedad celiaca. Presionando el
botón de la esquina superior derecha
del campo de resultados se cambia a
la vista del haplotipo.
Esta vista muestra un diagrama con la
posible molécula DQ y el riesgo
asociado para enfermedad celiaca.
El riesgo asignado para enfermedad celiaca está basado en la publicación de Megiorni and Pizzuti,
Journal of Biomedical Science 2012, 19:88.
15.11.2 Vista DRB1 / DQB1 / DQA1
Los resultados detallados de cada locus se abren y cierran pinchando en las flechas de la esquina
superior derecha de las ventanas de resultados ( , ). Están disponibles todas las opciones de
interpretación y uso de los filtros de alelos comunes como se describe en los capítulos 15.3 – 15.9.
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Los tres loci se pueden interpretar juntos o cada uno de ellos por separado. Si se selecciona uno de
los loci, las “mixes” en el histograma de resultados son filtradas también, p.ej.: sólo se ven “mixes”
específicas para DRB1, DQA1 o DQB1:
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INFORMES DE TIPAJE
Otro estado de lista de trabajo diferente del inicial
producirá un informe de tipaje. El informe de
tipaje producido depende del tipo de informe
seleccionado en las Opciones de Configuración.
Si está seleccionado “Resumir Muestras” o
“Imprimir Lista de trabajo ‘Compacta’” se generará
un informe corto estandarizado para la lista de
trabajo, muesta o paciente seleccionado (ver más
abajo). El cambio de otras opciones no tendrá
efecto alguno sobre los informes resumidos.
Si está seleccionado “Imprimir resultados no
combinados DRB1 / 345” los resultados para estos
loci se informarán de forma separada.
16.1 Informe Compacto
Este informe muestra cada prueba en una sola línea, cada línea contiene: Posición, ID, Resultado 2
dígitos o alelos comunes (con flitro de alelos), código NMDP, Sublote, versión IMGT, fecha. Este
informe generará 3 páginas para una lista de trabajo de 96 pruebas. Este informe será generado si
está elegida la opción “Imprimir Lista de trabajo ‘Compacta’” en la configuración de informes.
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16.2 Informe de Lista de Trabajo
Este tipo de informe generará
una portada para la lista de
trabajo con todos los detalles del
“Run” y reactivos usados, y luego
una página por cada prueba. La
información que se muestre aquí
se puede seleccionar en la
configuración de informes. Los
resultados visualizados en el
resumen dependen de la vista
elegida en la pantalla de
interpretación (si un filtro de
alelos está usándose o no). Si
está seleccionado “Imprimir
Resultados de Alta Resolución”,
se imprimirán todas las cadenas
posibles de alelos. Esto puede
suponer varias páginas por cada
muestra.
Cuando está seleccionado en la
configuración
de
informes
“Resumir
muestras”,
se
comninarán todos los resultados
de una misma muestra en esta
lista de trabajo y se generará un
informe resumen estandarizado.
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16.3 Informe de Patiente o de Muestra
Se puede crear un informe de un paciente o muestra desde las pantallas de pacientes o muestras:
1. Seleccionar un paciente / muestra de la lista.
2. Seleccionar el botón informe
.
Todos los resultados disponibles para el paciente o muestra seleccionada se combinará en un solo
informe. La información mostrada se podrá seleccionar en la configuración de informes.
17
CONFIGURACIÓN
Usar el botón Configuración del menú principal para acceder a la pantalla de configuración. Se
debe elegir Guardar
para salvar cualquier cambio en la configuración. Los ajustes se guardan
en el PC del usuario, por lo que no se transferirá a otro PC aunque esté en ua red.
Los siguientes ajustes están accesibles en Configuración:
Ajustes de Usuario: Contiene la opción de cambiar la contraseña de usuario (ver 6.3 Cambiar la
Contraseña de Usuario).
Informes:
Se pueden elegir las opciones de informe (ver 16. Informes de Tipaje).
Filtros:
Se puede revisar y editar las listas de alelos para los filtros de alelos (ver
14.6.2 Filtros de Alelos Comunes).
Nomenclatura:
Elegir entre Auto (Usa la versión de tabla de dianas para la visualización) y
Versión 3 (Fuerza la vista a la versión 3 IMGT en todas las tablas de dianas).
Interpretación:
Aquí se pueden definir todos los valores por defecto para la interpretación.
Ver capítulos 14.4 Interpretar controles, 14.6.3 Mostrar opciones para el
campo resumen, 14.8 Función de Edición Automática y 14.18 Interpretación
de los "kits" HISTO SPOT® Coeliac Disease y DQB1 4D / DQA1 para detalles.
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Instalación:
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Instrucciones de Uso: 12 / 2014
En esta sección se puede introducir el nombre del laboratorio o si ID. Se
puede también cargar un logotipo que aparecerá en los informes de tipaje.
Análisis de imagen: Activar o desactivar la función de Rotación Automática de la imagen.
Herramientas:
Informe de Ambigüedades: crear un informe detallado que se puede enviar
a BAG Health Care sobre las ambigüedades del usuario (fichero xml) para la
mejora de la resolución de los “kits”.
Informe de Funcionamiento de Sondas: Crear un informe con las sondas
ignoradas automática o manualmente.
Rutas:
Ruta de Importación por defecto: Muestra la ruta por defecto para importar
datos (“kits”, listas de trabajo,...), haciendo click en el símbolo de carpeta se
puede cambiar la ruta por defecto.
Ruta de Exportación por defecto: Muestra la ruta por defecto para exportar
datos (listas de trabajo, resultados de pruebas, informes de tipaje...), con un
click en el símbolo de carpeta se puede cambiar la ruta por defecto.
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Instrucciones de Uso: 12 / 2014
Fecha del fichero NMDP: da la fecha del fichero NMDP en uso. Haciendo
click en el símbolo de carpeta se puede definir una nueva ruta para importar
un fichero nuevo NMDP.
Fichero de Archivo WMDA: Muestra la ruta por defecto para la carpeta
WMDA.zip que contiene el fichero para los equivalentes serológicos, grupos
P y G (disponible en http://hla.alleles.org/ ), haciendo click en el símbolo de
carpeta se puede cambiar la ruta por defecto.
Fichero CWD ZIP: Muestra la ruta por defecto para la carpeta que contiene
el archivo zip con los alelos CWD2.0.0, haciendo click en el símbolo de
carpeta se puede cambiar la ruta por defecto.
Fichero de Alelos IMGT: Muestra la ruta por defecto para la carpeta
WMDA.zip que contiene el fichero con los alelos HLA que se usa para crear
bases de datos IMGT anteriores (disponible en http://hla.alleles.org/),
haciendo click en el símbolo de carpeta se puede cambiar la ruta por
defecto.
La carpeta WMDA.zip se actualizará con cada actualización de alelos para los
“kits” y estará disponible para descargar en nuestro servidor de descargas
para clientes (http://service.bag-healthcare.com).
Herramientas de la Base de Datos: Información de la localización de la base de datos del usuario y
opciones de copia de seguridad (sólo para Instalaciones en modo servidor):
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