Instruccions FV viewer

INSTRUCCIONES DEL VISUALIZADOR FV-VIEWER
Requisitos (MUY IMPORTANTE):
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Debe funcionar bajo Windows XP.
Para poner la regleta o leer la calibración de las imágenes, se debe comprobar que el
idioma configurado en el ordenador sea el inglés. Si no es así, se debe proceder a:
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Cambiar la coma a punto como separador decimal en Windows. Para ello:
Seleccionar: ControlPanel / Configuración Regional / Personalizar
Seleccionar en: Símbolo Decimal ( . )
Símbolo Separación de miles ( , )
O bien:
Seleccionar: ControlPanel / Configuración Regional
Cambiar el idioma al inglés
Este cambio permitirá leer bien las proporciones XY de la imagen o la posición en Z.
Es importante saber que si se abre una imagen con el programa mal configurado
(puntos y comas cambiados) y ésta se vuelve a guardar aunque sea sin modificación
alguna, la imagen se descalibra repercutiendo en la obtención de datos erróneos o bien
imposibilita la ejecución de algunas aplicaciones.
Además. Hay que tener en cuenta que el cambio de lectura de puntos y comas en los
valores numéricos también afectará a otros programas abiertos (ej: Excel), modificando
los datos.
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Las posibilidades del visualizador son las siguientes:
1- Navegador para abrir las imágenes con indicación del tipo de series, resolución
de imagen y tamaño del archivo:
2- Al abrir una imagen, esta se visualiza en la ventana de imagen donde estan las
siguientes opciones:
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(1) Ventana LUT (cambio de color, histograma, corrección gamma… para cada canal)
(2) Nº de ventanas: 1 sola, 1 más proyecciones XZ y YZ y opción de galería de
imágenes para series Z o t.
(3) Selección de Zoom sobre la imagen.
(4) Imagen visualizada en tamaño real (píxel 1:1).
(5) Encajar imagen en la ventana.
(6) Parámetro de la serie (Z, tiempo o lambda) en que se navega en la barra (6).
(7) Opción Crop: Recorte XY: Da una nueva ventana con la serie recortada según
selección con una ROI.
(8) Slider: Visualización de los distintos frames de una serie (Z,t o lambda). El botón
con 1 flecha es el paso de 1 frame. El botón con 2 flechas realiza una animación
constante.
(9) Distintas velocidades en la animación en (6) y que será la velocidad en que se
salvaría la serie como archivo *.AVI.
(10) Opción Bucle: La animación vuelve en dirección contraria o vuelve a empezar de
nuevo desde el principio.
(11) Descarta los frames anteriores y posteriores en las animaciones y en las
proyecciones.
(12) Opción de proyecciones: 1 frame, Proyección máxima en Z, pseudo proyección
máxima de tiempo y lambda e imagen topográfica.
(13) Ventana desplegable.
(14) Botón Info: Aparece un texto en la imagen con la información del tiempo, altura o
longitud de onda del frame correspondiente.
(15) Botón para activar la sustracción de background.
(16) Creación de Overlays o imágenes combinadas (Ver Apartado 3).
(17) Canales visualizados en cada ventana.
3- Si se selecciona el botón de creación de overlays (el botón del lápiz o (16) del
apartado 2):
(1) Anotación automática de Z o t (Altura (Z 0,5 m) o tiempo (t 1.4 s).
(2) Selección de Regiones de interés para mediciones de distintas formas geométricas.
(3) Flecha para anotaciones sobre la imagen.
(4) Regleta.
(5) Escala de LUT (intensidades de fluorescencia).
4- Opciones de sustracción de background.
1 2
3
4
5
(1) Botón OK: Aceptar la corrección de background: Sobre escribirá la imagen actual.
(2) Realizar la corrección de background sobre el canal actual o sobre todos los
canales al mismo tiempo.
(3) Método Según ROI: Dibujar una ROI con la herramienta lápiz y la corrección de
background se realiza inmediatamente.
(4) Método según Imagen de background: Arrastrar una imagen de background sobre
la inscripción Drop Image Here para realizar la corrección al momento.
(5) Método Constant: Añadir un valor numérico (sobre escala de valores de 0 a 4095).
5- Con el botón derecho del ratón sobre la imagen aparecen las siguientes
opciones importantes:
- Save Display: Salva un Snapshot sobre la imagen con la resolución en que está
visualizada, se recomienda que antes se seleccione tamaño real (1:1).
- Save AVI: Crea un video de las distintas secciones de una serie XYZ, XYt o XYlambda.
Permite salvar en formato comprimido. La velocidad del video dependerá de la velocidad
seleccionada en la ventana de imagen (7).
6- Formas de salvar las imágenes:
Formatos en que es salva:
Con la opción Save As:
OIB i OIF son los formatos propios del confocal FV1000. Contienen la
información de las condiciones de adquisición de la imagen (metadata). Es muy
importante tener siempre las imágenes digitalizadas de base guardadas en uno de
estos dos formatos sin modificaciones.
Con la opción Export MultiTIFF:
Formato MultiTIFF (multi página) que es leído por distintos programas de
análisis como ImageJ, Imaris…
Con la opción Export:
TIFF: 8-bits (TIFFs individuales o RGB 24-bit).
Si se selecciona la opción Merge abajo permite salvar series RGB de los
canales seleccionados
Formatos comprimidos: JPEG, PNG i BMP
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Si ImageJ, Fiji, etc... no reconocen las imágenes guardadas em .tiff que se hayan
salvado con la version 3.1 del visualizador, lo que hay que hacer és lo siguiente:
1- Visualizar la ventana Del explorador Del programa.
2- Poner el cursor encima de uma imagen de base deseada (formato .oib
o .oif).
3- Com el botón derecho presionado, aparecerá um desplegable: seleccionar
“Convert to OIF/OIB v1 file.
4- Si se quiere guardar em tiff, se tiene que hacer a partir de esta imagen
modificada.
Si com el ImageJ o el Fiji se quieren abrir imágenes com el formato original (.oib o .oif),
se puede bajar el plugging conrrespondiente de la siguiente página web:
http://loci.wisc.edu/bio-formats-format/olympus-fluoview-fv1000
*De esta manera no será necesario calibrar la imagen, que en caso contrario se
debe hacer siempre.
*Se aconseja trabajar siempre con una copia de la imagen de base para no perder
la información de origen.