Diagnóstico prenatal

Avances genéticos
en diagnóstico
prenatal
Dr. David Poyatos Andújar. Especialista de producto Área Molecular
9
1er trimestre
11
14
2º trimestre
3er trimestre
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2
Test Prenatal
No Invasivo
Detección T13, T18, T21, monosomía X,
Triploidía y sexo fetal en sangre materna
Estimación del riesgo basado en:
FACTORES
FENOTIPICOS
80-95%
Tasa de detección
>99%
90%
Sensibilidad
>99%
95%
Especificidad
>99%
5%
Falsos positivos
<0.1%
5-15%
Falsos negativos
< 0.1%
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DNA FETAL
4
Test Prenatal No Invasivo
Obstet Gynecol. 2012 Dec;120(6):1532-4. doi: 10.1097/01.AOG.0000423819.85283.f4.
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5
Indicaciones para
Test Prenatal No Invasivo
de aneuploidías fetales
ACOG Committee Opinion Número 545, Diciembre 2012
Conclusiones
• Mujeres > 35 años.
• Antecedentes de aneuploidia
• Screening bioquímico en suero materno alterado.
• Hallazgos ecográficos de aumento de riesgo de aneupoloidía.
• Parejas con translocación robertsoniana del 13 o el 21.
Casos de bajo riesgo: Ansiedad materna/ recomendación por ginecólogo
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Test Prenatal No Invasivo
basado en DNA fetal
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Detección DNA fetal
(cffDNA) en sangre materna
MÉTODO CONTAJE
MPSSSecuenciación
masiva
Sequenom
Verinata
ANÁLISIS SNPs
Secuenciación
dirigida
Secuenciación
dirigida
BGI
Regiones no polimórficas
Natera
Ariosa
Polimórfismos (SNPs)
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8
Detección DNA fetal
Secuenciación masiva
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9
Detección DNA fetal
Secuenciación masiva
1.5% del genoma
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Diferencias con otros métodos
Competencia
Harmony, Trisonim, Nace plus…
Método de contaje
No diferencia ADN materno del fetal
Echevarne
Test Prenatal No Invasivo (PanoramaTM)
Análisis de SNPs
Separa y genotipa el ADN fetal
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Algoritmo informático
Método de contaje
Análisis de SNPs
Z-score ≥ 3.0 = abnormal
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Importancia concentración
de cffDNA en sangre materna
FP / FN
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Impacto concentración
de cffDNA en sangre materna
• En el estudio de Palomaki :
– 12 casos con Tri21 tuvieron una fracción fetal de 4-8%
– 3 fueron reportados como normales = 25% falsos negativos
• En los datos de ISPD de Natera (Junio 2013):
– 18 casos con aneuploidía tuvieron una fracción fetal de 4-8 %
– 4 no tuvieron resultados = 22% nueva muestra
Palomaki G, Kloza E, Lambert-Messerlian G, et al. DNA sequencing of maternal plasma to detect Down syndrome:
An international clinical validation study. Genet Med 2011;11:913-20
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Impacto concentración
de cffDNA en sangre materna
Número de Muestras
1200
1000
28.8% de casos
tienen entre
4% y 8% de FF
800
600
4.8% de casos
<4% FF
400
200
0
Fracción Fetal
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Discordancias método de contaje
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Ventajas
análisis de SNPs
•
Análisis de la distribución alélica
•
No es necesaria la cuantificación de lecturas
•
Detección de todos los cromosomas por igual (no
influye el contenido GC)
•
Células progenitoras
No se necesita cromosoma de referencia
•
Reduce el error por azar
•
Detecta triploidias
•
PCR multiplex con 19,5k sondas
•
Resultados exactos y fiables con fracciones bajas
de ADN fetal.
Cromosomas
materno /
paterno
SNP
•
Realizar a partir de la semana 9 de gestación
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Ratios de detección
en diferentes estudios
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Comparativa
en diferentes estudios
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Validación clínica
Natera’s Non-Invasive Prenatal Testing Technology Shows Unparalleled Specificity,
Sensitivity in Clinical Data Presented at American Society of Human Genetics
Data from Additional Patients Confirms High Accuracy in Detection of Trisomy 13, Trisomy 18, Trisomy 21, Sex
Chromosome Abnormalities
American Society of Human Genetics 2012. November 09, 2012 08:00 AM Eastern Time
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Validación clínica.
Estudio ciego independiente
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Test Prenatal No invasivo
Resultado
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®
NatalChip
Citogenética humana:
del microscopio al
microchip
Razones para el cambio
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¿Qué tipo de array escoger?
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Aplicaciones Clínicas
NatalChip ® Prenatal 750K y Postnatal Array HD
¿Porqué 2 pruebas?
NatalChip ® Prenatal 750K
Interesa ofrecer resultados concluyentes que expliquen alteraciones genéticas con
consecuencia conocida y de efecto patogénico bien establecido.
NatalChip ® Postnatal HD
Interesa conseguir la máxima resolución para detectar todas aquellas alteraciones
que puedan tener un mayor o menor efecto en la sintomatología descrita, y con ello
tomar futuras decisiones de seguimiento clínico y reproductivas.
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NatalChip ®
Tecnología Affymetrix (array CGH + SNP array)
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Importancia de la Resolución
La resolución es directamente proporcional al
nº de sondas y a la distancia entre las sondas.
200,000 genotype-able SNPs
550,000 non-polymorphic probes.
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Comparación cobertura
distintas plataformas
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NatalChip ®
Tecnología Affymetrix (array CGH + SNP array)
Ventajas
•
Mayor resolución para detectar desequilibrios genómicos.
•
Detecta síndromes de microdeleción y microduplicación >400Kb.
•
Detecta disomías uniparentales, consanguinidad, LOH y triploidías.
•
Más sensible para la detección de mosaicismos.
Beneficios frente a técnicas convencionales:
Rapidez: resultados en una semana, no cultivo celular
Mayor resolución: permite la identificación de pequeñas alteraciones
Mayor capacidad de interpretación diagnóstica, identificación >250 síndromes
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Aplicación Arrays
diagnóstico postnatal
Aumenta entre un 15 y un 20% los casos diagnosticados DI-RD vs. cariotipo.
Recomendaciones de
ACMG & ISCA,(2010)
Directrices
ACMG (2011)
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Aplicación Arrays
diagnóstico prenatal
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Aplicación
diagnóstico prenatal
Indicaciones
Anomalías ecográficas
Resultado de cariotipo ambiguo
Sospecha de síndrome por deleción/duplicación
Historia familiar de desequilibrio cromosómico
Screening bioquímico alterado
Indicado en malformaciones fetales
NT >3 mm y/o TS elevado
Tasa detección 3-10%
Rápido y seguro
Aplicación
diagnóstico prenatal
Indicaciones
Edad materna avanzada
Ansiedad
3000 muestras
Tasa de detección
Alto riesgo …… 5,8% (7/120)
Bajo riesgo ….. 0,5% (6/1118)
Ansiedad ………. 0,7% (11/1674)
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Aplicación
diagnóstico prenatal
Increased detection rate of chromosomal imbalances,
3.6% when conventional karyotyping was ‘normal’
5.2% when indication was a structural malformation on ultrasound.
Mayor tasa de detección
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Aplicaciones Arrays
en Diagnóstico prenatal
Ultrasound Obstet Gynecol. 2012 Apr;39(4):384-8. doi:
10.1002/uog.11092.
we recommended the application
of a genome-wide, and not a
targeted
It is preferable to use the same
platform for both prenatal and
postnatal
settings.
A
highresolution array guarantees a
minimum of false-negative results”
Human Mutat. 2012 Jun;33(6):923-9. doi: 10.1002/humu.22050.
Epub 2012 Apr 16.
Mayor resolución
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Indicaciones Arrays
en Diagnóstico prenatal
Conclusion: Based on the increased detection of clinically
relevant abnormalities in both, structurally normal and
abnormal pregnancies, chromosomal microarray analysis
should be transitioned to become the first tier test for
invasive prenatal cytogenetic diagnosis.
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Preeclampsia
Detección precoz
Diagnóstico clásico PE
Estimación de riesgo de PE
¿Por qué marcadores
angiogenicos??
10-20%
80-90%
Estimación de riesgo en 1er
trimestre
11-13+6 semanas
Factores maternos
Doppler AUt
PAPP-A
PlGF
PlGF
Alto riesgo
Score
Bajo riesgo
sensibilidad y una especificidad cercanas al 90%
para la PE temprana
Embarazo normal
PlGF
↑ hasta ½ 3er Trim
Preeclampsia
Niveles más bajos ↓↓
AAS
dosis baja
Diagnostico PE en 2º y 3er trimestre
20-22 semanas
sFlt-1/PIGF
Doppler AUt
+/sFlt-1/PlGF
Bajo riesgo
Dx.
Alto riesgo
sensibilidad y especificidad > 95% para el
diagnóstico de la PE temprana 4-5.
Diagnostico y manejo
Embarazo normal
Preeclampsia
PlGF
↑ hasta ½ 3er Trim
Niveles más bajos ↓↓
sFlt1
↑ final embarazo
Niveles + altos y antes↑↑
4. Sunderji S,. Am J Obstet Gynecol. 2010;202:40.e1–7. 5. Verlohren S, Am J Obstet Gynecol. 2010;202:161.e1–11.
Seguimiento
intensivo
Diagnostico PE
en 2º y 3er trimestre
Aplicaciones de los marcadores
angiogénicos en la práctica clínica
Manejo
Score
Herraiz et al,. Diagn Prenat. (2011);22(2):32–40
Muchas gracias
por su atención