La plataforma de NGS qA_IIx de Illumina


SECUENCIACION
MASIVA
La
plataforma
GA
IIx
de
Illumina
La
plataforma
Genome
Analyzer
IIx
de
Illumina
permite
secuenciar
clusters
de
secuencias
clonalmente
amplificados
sobre
un
Flow
Cell
con
8
líneas
independientes
utilizando
el
equipo
cBot.
La
química
SBS
(Sequencing
by
Synthesis)
basada
en
la
incorporación
reversible
de
terminadores
marcados
fluorescentemente
permite
detectar
la
secuencia
en
cada
molécula
tras
la
incorporación
de
dNTPs
fluorescentes
en
cada
ciclo
de
síntesis.
El
equipo
permite
la
secuenciación
de
librerias
tanto
SR
(single‐read)
como
PE
(paired‐end)
o
MP
(mate‐paired)
para
aplicaciones
tan
diversas
como:
secuenciación
completa
de
genomas
o
de
regiones
candidatas,
resecuenciación,
análisis
transcriptómico,
análisis
de
small
RNAs,
estudios
de
perfiles
de
metilación,
estudios
de
interacciones
DNA‐
proteína...
Las
siguientes
tablas
muestran
algunos
datos
de
interés
para
los
usuarios
interesados
en
esta
plataforma
CANTIDAD
MUESTRA
TIPO
DE
MUESTRA
CANTIDAD
NECESARIA
VOLUMEN
MÍNIMO
DNA
GENÓMICO
5
µg
50
µl
ChIP‐enriched
DNA
10
ng
30
µl
RNA
1‐10
µg
50
µl
mRNA
purificado
100
ng
16
µl
small
RNA
1‐10
µg
5
µl
Mate‐paired
(2‐5
kb)
10
µg
70
µl
Cuantificación
Por
método
fluorimétrico
Ratio260/280
1,8
‐
2,0
RIN
(RNA)
≥
8
Integridad
máxima
posible
OTROS
REQUISITOS
PROFUNDIDAD
DE
LECTURA
SUGERIDA
Secuenciación
DE
NOVO
30x
Detección
de
heterozigotos
40x
Variantes
minoritarias
al
5
%
1000x
Variantes
minoritarias
al
1
%
5000x
Transcriptoma
40‐50
millones
de
lecturas
Perfil
de
expresión
6
millones
de
lecturas
miRNAs
3
millones
de
lecturas
ChIP
15‐20
millones
de
lecturas
CAPACIDAD
DE
LECTURA
ILLUMINA‐GA‐IIx
6
RUN
TIME
(Days)
READS/LANE
(10 )
Gb
/Flow
Cell
1x35
aprox.
2
aprox.
20
10‐12
2x50
aprox.
5
aprox.
40
25‐30
2x75
aprox.
7
aprox.
40
37,5‐45
2x100
aprox.
9,5
aprox.
40
54‐60
2x150
aprox.
14
aprox.
40
85‐95
SERVICIO
DE
GENOMICA
DEL
IIBm
(SQP)
ELABORADO
POR:
Gemma
Rodríguez‐Tarduchy.
Responsable
del
SQP.
Fecha:
05.10.11.
Rev
00
Para
más
información
consultar:
http://www.illumina.com/systems/genome_analyzer_iix.ilmn
SERVICIO
DE
GENOMICA
DEL
IIBm
(SQP)
ELABORADO
POR:
Gemma
Rodríguez‐Tarduchy.
Responsable
del
SQP.
Fecha:
05.10.11.
Rev
00