Introduccion a la programacion con PERL

Introduccion a la
programacion con PERL
- PARA PRINCIPIANTES -
¿Por qué es tan útil?
Perfiles de un bioinformático
¿Qué es un lenguaje de programación?
Código interpretado vs. compilado
¿Por qué PERL?
Instala PERL
Mi primer programa en PERL
Nombres
Nombres de las variables
Escalares
Matrices
Matrices asociativas
Variables escalares
Características
Operadores
Concatenación
Funciones
Length
Uc y lc

Guarda dos secuencias de DNA en dos variables diferentes.
 Imprímelas, en líneas diferentes.
 Concaténalas e imprímelas.
 Calcula la longitud de las dos secuencias.

Intenta escribir scripts sencillos con las funciones que has aprendido.
Matrices
Características
Operadores
Accede a un elemento de la matriz
Obtén el número de elementos de la matriz
Reverse
Sort
Funciones
Pop
Push
Shift
Unshift
Split
Join
Matrices asociativas
Características
Keys
Values
Operadores
Accede a un elemento de la matriz asociativa
File Handling

Escribe un programa que obra un fichero *.txt con el siguiente contenido:
AAGTATCGGTAGCGAGTAGCGCGCTATATATGCGTAGCGTAGCTA


El programa deberá leer la secuencia e imprimirla.
Imprime la reversa.

Escribe un programa que lea dos ficheros diferentes.
 Imprime el contenido del primer fichero y seguido, el contenido del segundo.

Guarda en una matriz asociativa e l código genético. Esta matriz contendrá todos los codones y sus correspondientes
aminoácidos.
 Imprime todos los codones del código genético (keys).
 Muestra a qué aminoácido corresponden los codones ACG, GGC y CGA.
 Utiliza la función STDIN para saber cualquier aminoácido.

Abre un fichero FASTA y guarda el ID en una variable y la secuencia en otra. Imprímelo.

Intenta escribir scripts sencillos con las funciones que has aprendido.
If – else – elsif
Operadores comparativos para números y cadenas
Bucles
While
Foreach
For

Escribe un programa que sea un bucle infinito.

Escribe un programa que cuente el número de codones de una secuencia de DNA.

Intenta escribir scripts sencillos con las funciones que has aprendido.
Búsqueda de patrones
Operador s
Operador t
Metacarácteres y cuantificadores
Extracción
Función subtr
Función index
El formato FASTA

Escribe un programa que convierta una cadena de DNA a RNA.

Escribe un script que genere la cadena complementaria i la complementaria reversa de una secuencia de DNA.

Escribe un programa que abra un fichero *.txt con el siguiente contenido:
AGGATGCGTAGCGATTCAGAGGATAGCGGATTCGGGTCCCAGTAGGGCGTAAGCTTAGATCG




El programa deberá leer la secuencia e imprimirla.
Encuentra secuencias de restricción de (GAATTC) utilizando la búsqueda de patrones.
Escribe un programa que abra un fichero FASTA y:

Guarda el ID en una variable.

Guarda el contenido en otra variable. Después, convierte la secuencia multi-línea en una única secuencia de una
línea.
Escribe un programa que abra un fichero *.txt con el siguiente contenido:
AAGTATCGGTAGCGAGTAGCGCGCTATATATGCGTAGCGTAGCTA



El programa deberá leer la secuencia e imprimirla, y contar:

El número de bases A

El número de bases C

El número de bases T

El número de bases G
Calcula el porcentaje de GC.
Intenta escribir scripts sencillos con las funciones que has aprendido.