Bisulfite sequencing Gene Gene ID 5´primer 3´primer Tm (ºC
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Bisulfite sequencing Gene AGL20 ANACO41 AP2 ARK3 ATGLR2.5 ATINT4 BD BRCT BT2 BXL1 BZO2H3 CACTA(1) CACTA(2) CACTA(3) CCD7 CCR4 CLV1 CYC1 DC1 DL1D EDA28 eIF5A ERF2 Fbox Fimbrin GERMIN GSTF5 GSTF7 GSTU10 GTP HAP3 HSP81 LEA1 Leucine-rich MAPK12 MTase MtN21 PEX11 PLL4 PsbQ RPT2 SEN1 toIB Trehalose TTG1-s1 Gene ID At2g45660 At2g33480 At2g23340 At4g21380 At5g11210 At4g16480 At1g58025 At4g21070 At3g48360 At5g49360 At5g28770 At1g43840 At2g13160 At2g12980 At2g44990 At3g44260 At1g08590 At4g37490 At2g44370 At2g44590 At2g34790 At1g69410 At5g47220 At2g02300 At2g04750 At1g18980 At1g02940 At1g02930 At1g74590 At5g54840 At4g14540 At5g52640 At1g32560 At1g07390 At2g46070 At4g33110 At4g28040 At3g47430 At2g28890 At3g01440 At2g30520 At4g35770 At4g01870 At5g65140 At5g24520 5´primer tgaagtttttttgttttttgtttt aaaaaaaaatttatgaggttttg gtgaatttttaatttttgttttttt ttattggaaaaggaaagaaagt tgaattggttattttttttaaaat agggaggttttttttttatttt tagttttttggttgttgyaggag gagatgagagtttytggtttgg tttttttgatgatttatggaag tagtttggttaaaagtttattggt tgttttgataatttgaaattaaaaa ggagaatatttatgtatggtataggt gtgggaatatttyaggggtttaa gatttttattgtagatytgtttagg aaaaatgttgattaaaatgtttttt caaatcataaaccaaagcttcta gaactacttgctatcatacaaattg atagttaataaaaagaataagtgggt tgattttgaattttaaatgagaa tggttttggttaattatattgaa tgtttaagggatataytgtttattttt tttgttttttaaattttgttttg gttattttgatttttttttattgtgatat gaatttattagatagatatgagaagt ttggtgtttttgtttytgattt tttttttttttgtgatytgtgt ttttttgtgttatggttttgaatattt ataataaagagtatttaagtttggtgg ggaatatttaaagttttgatttttg 3´primer aaacaaaaaaaccaaacacatc cctctrtttttaataaaactcctctt cctaaccaratccttaatctct aaaccaaattttttatttttcact aaacaatccttatcttaaaacca cattttattcctttccatttaaa taaattcaaattcactattctcacac caaaacaccaatctttacacaaac aaaaaaaaaaactttaacacatttc attaaaattctcctctttccat cacaaacaaaattaaatttactctta aaactatcaaaaaactcatcca aacttaaccttaccataaaattccc ccaraactaacaaacaactcttc ctaaaaaataaaccrttaaacca aaattaaactcccarataaatcctc taaaaaccaacaaaatctcttattc ttaatattctcttctctttctctca aacaaataatctcttcttcaactta aaaattatctarttaaaacaaaacct tcaaactcctctttaaacaaaataa aaatttcaraaaaaaaatattcttc ctcctcctcctcctaacaaata tcccaacaaccacaaaatt ttggtgtttttgtttytgattt aaaccaatcctctaaaaacaac tctttattccatcccattaattaata aaaaactctttcttatattcacca ctratttcccatcataaacaaa tgagtttgtgaatgttaaaaga gttattaagtttttttttttttttttt aaaaataatcttcccratttaacaa ttaattatcttcctcttctctctct gatggtaagtgtttttgtaatgatt agttatagttttggaggattttg gatgtgtaagytgtgtggaaa tggagaattaagttytggttt atttttttttggtatagtaaaatgg agggttaattttatttttttgaa aaatttttttttttattttaagtttga ataaaagaagttttggatttaaataat gattttttttagatyagagagagaga agtttattattaaaaagttggtgaaa agttatttgttttaatattgggttt atatttggttggtgaaaattag agaaagggattatttatataaagagaa ggaagttttttygaagattataataa tcttcttttaaaataaaaaaaaacca ccaaataaatcacattaattcc caaacaaattaataaaccaattc aatcaaaaaaacttaccaracaa ttatctcttaaattttttttccct tttcttacaaataaatcttaaacca tctcttaaccaaaaacacca aaaaaaaaaaaaattttttttttact tatatcttctttactttttccttcac aaatttctttaacataaatcccc cartaatttccattttcacttc taatacctttaaaaatttccattatc aaataattaaaaaaaataaaaccaaac atcttcrttaatttcccaaaaac Tm (ºC) 58 55 55 56 56 56 58 59 56 55 58 56 60 56 56 58 57 55 55 54 56 55 58 56 56 56 54 56 56 56 55 58 55 56 56 55 55 56 55 58 56 56 55 56 56 At5g24520 At5g24520 At2g24740 At2g43820 tgattaattyagagggtttatattta tatttatttgtaaggtggagtga aatgttatttgatgatggagat gatatgtaaattggttttgttttttt ttattataatcttcraaaaaacttcc acaaaccaaacttccatacat cttcattaacttcataaaatacttctc aaacccccataatcataacc Gene ID At5g09810 At1g02940 At2g24740 At5g24520 5´primer ctcccattcccttctccttc tcatggttatgctgtccatttc ccacgcaacatcagtacctc tctacgccatggctttctct 3´primer cgaggacgacccacaatact agcaagtttccggtacatgg gtactaggaccggcatctcg gagatctccggaggaaggac Tm (ºC) 63 63 63 63 Gene ACTIN GSTF5 SUVH8 TTG1 Gene ID At5g09810 At1g02940 At2g24740 At5g24520 5´primer ctcccattcccttctccttc tgaccagaagaagccgagtt tgatgatggagatgctggtc ctcggttctcaacaacagca 3´primer cgaggacgacccacaatact cccaggtcagtgttgatgtg acccatttttcgaacccttt cgcacatgacgattatacgg Tm (ºC) 60 60 60 60 Q-PCR Gene ACTIN BXL1 CCD7 Fimbrin GSTF5 GSTU10 MAPK12 SUVH8 TTG1 Gene ID At5g09810 At5g49360 At2g44990 At2g04750 At1g02940 At1g74590 At2g46070 At2g24740 At5g24520 5´primer tacaacgagcttcgtgttgc ggagcccttgtaaaatgctg acagccgcagatttgttga gccaattcacacaagtggag tgaccagaagaagccgagtt cggaggctacaaagctcatc gcgatacccgaaacaacagt gtcgggcttcacagaaacac ctctacgccatggctttctc 3´primer tacatggcagggacattgaa atgaaaacgccattgctctc cgaccgtcgactttgtaatg tcacagtgacacgaccgaat aagacccccgtctaggaaaa gatcttgcaggcgctctatc tcatggtgcggtgataggta actcgtagcagcaggaccat atgtcgatgcggttgttgta Tm (ºC) 60 60 60 60 60 60 60 60 60 TTG1-s2 TTG1-s3 SUVH8 UDP 54 56 56 58 ChIP Gene ACTIN GSTF5 SUVH8 TTG1 RT-PCR Table S1. Primer sequences and annealing temperatures (Tm) for bisulfite sequencing, chromatin immunoprecipitation (ChIP) RT-PCR and Q-PCR reactions.