Editora DOLLY MONTOYA C. Instituto de Biotecnología Universidad Nacional de Colombia CONSEJO ASESOR CONSEJO EDITORIAL ANDRÉS ILLANES Escuela de Ingeniería Bioquímica Universidad Católica de Valparaíso, Chile RUBÉN TORRENEGRA Facultad de Ciencias Pontificia Universidad Javeriana, Colombia ALBA MARINA COTES Corporación Colombiana de Investigación Agropecuaria Corpoica ALLAN RUSSELL McGowan Institute for Regenerative Medicine Universidad de Pittsburgh, EE.UU. MYRIAM SÁNCHEZ Corporación Biotec Cali, Colombia GUSTAVO BUITRAGO H. Instituto de Biotecnología Universidad Nacional de Colombia JORGE OSSA Corporación Biogénesis Universidad de Antioquia, Colombia SERGIO ORDUZ Corporación de Investigaciones Biológicas Medellín, Colombia ARCADY SINITSYN Departamento Cinética Enzimática Universidad Estatal de Moscœ, Rusia DAVID CALA Corporación para el Desarrollo Industrial de la Biotecnología y Producción Limpia, Colombia JUAN GENTINA Escuela de Ingeniería Bioquímica Universidad Católica de Valparaíso, Chile PATRICIA DEL PORTILLO Biología Molecular e Ingeniería Genética Corpogen, Colombia JOSÉ SÁNCHEZ-SERRANO Centro Nacional de Biotecnología Madrid, Espaæa RODOLFO QUINTERO Programa de Biotecnología del Petróleo Instituto Mexicano del Petróleo, México LUIS CAICEDO Facultad de Ingeniería, Área de Ingeniería Bioquímica Universidad Nacional de Colombia, Colombia YOAV BASHAN Departamento de Microbiología Centro de Investigaciones Biológicas del Noroeste, MØxico ÓSCAR CASTELLANOS Facultad de Ingeniería Universidad Nacional de Colombia ÓSCAR ALZATE Departament of Neurobiology Duke University Medical Center - USA ENRIQUE GALINDO Departamento de Bioingeniería Universidad Autónoma de México MØxico RAFAEL RANGEL ALDAO Departamento de Tecnología y Procesos Biológicos y Bioquímicos Universidad Simón Bolívar-Venezuela MARÍA TERESA REGUERO Instituto de Biotecnología Universidad Nacional de Colombia JORGE MAYER Goleen Rice Project-Manager University of Freiburg -Alemania Directora ejecutiva LUZ JENNY DUSSAN Centro de Investigaciones Microbiológicas Universidad de los Andes, Colombia ÁNGELA SASTOQUE RIVERA Con el apoyo de: Esta publicación ha sido indexada en: Chemical Engineering and BiotechnologyAbstracts-Verfahrenstechnische Berichte-CEABA-VTB (Alemania) Sistema de información de publicaciones científicas seriadas de América Latina, el Caribe, Espaæa y Portugal-LATINDEX índice de publicaciones seriadas científicas y tenoiogicas colombianas de Colciencias-PUBLINDEX Incluida en los catÆlogos de THE BRITISH LIBRARY Con el respaldo institucional de: ASOCIACIÓN COLOMBIANA PARA EL AVANCE DE LA CIENCIA - ACAC FUNDACIÓN ANDINA PARA EL DESARROLLO TECNOLÓGICO Y SOCIAL - TECNOS La Revista Colombiana de Biotecnología es una publicación interinstitucional, especializada en la divulgación de desarrollos científicos y técnicos, así como otros temas relacionados con las diversas áreas de la biotecnología. CONTENIDO EDITORIAL ES RESPONSABILIDAD DE TODOS RESOLVER EL PROBLEMA DE ACCESO ......................... 3 ESTABLECIMIENTO DE UN MEDIO DE CULTIVO SUMERGIDO PARA UNA CEPA NATIVA DE UN HONGO POLIPORAL Carolina Peæa Serna, Andrea Sierra Cadavid, Alex Armando SÆez Vega, Benjamín Alberto Rojano ................................................................................................................ 5 Traducciones y revisión de textos en inglés JASON GARRY ESTABLECIMIENTO DE UN SISTEMA DIAGNÓSTICO PARA LA DETECCIÓN DE Ralstonía solanacearum Y DIFERENCIACIÓN GENÉTICA UTILIZANDO MARCADORES MOLECULARES RAPD Edisson Chavarro Mesa, Jorge Evelio Ángel Díaz ..................................................................... 14 Diagramación Impresión Fundación Cultural Javeriana de Artes GrÆficas - JAVEGRAF ESTUDIOS PRELIMINARES EN LA ESTANDARIZACIÓN DE UN PROTOCOLÓ PARA LA OBTENCIÓN DE CALLOS EMBRIÓGÉNICÓS EN DOS CLONES DE CAUCHÓ (Hevea brasiliensis MÜLL. ARG.) DE DIFERENTES ORÍGENES GEOGRÁFICOS Santiago Cadavid Ruiz, César Augusto Hernández Rendón, Rodrigo Hoyos S., Marisol Medina S, Luis Fernando Restrepo.................................................................................. 32 TGF-B Y UN INHIBIDOR ESPECÍFICO DE TGF-P REGULAN PERICENTRINA B Y MYH9 EN CÉLULAS DE GLIÓMA Óscar Álzate, Cristina Osorio, Michael H. Herbstreith, Mark Hjelmeland, Robert Buechler, Dong Ning He, Shideng Bao, Jeremy N. Rich ............................................................................ 48 Coordinación académica UNIVERSIDAD NACIONAL DE COLOMBIA Sede Bogotá, D.C. ANÁLISIS BIÓINFÓRMÁTICÓ Y PREDICCIÓN DE GENES EN SECUENCIAS GENÓMICAS DE Clostridium SP. IBUN22A José David Montoya Solano, Zulma Rocío Suárez Moreno, Dolly Montoya Castaño, Fabio Ancízar Arístizábal Gutiérrez ............................................................................................. 57 Créditos fotos carátula Foto derecha: Callos friables obtenidos a partir de hojas jóvenes del clon PB 254 a los 50 días. PolitØcnico Colombiano Jaime Isaza Cadavid, Universidad Nacional, Sede Medellín, Universidad de Antioquia. Medellín. Foto izquierda: Mapa completo de las proteínas que son aumentadas y disminuidas por ambos tratamientos. La explicación e identificación se muestran en la tabla 1 del artículo TGF-p and a specific TGF-p inhibitor regulate pericentrin B and MYH9 in glioma cell lines. Foto inferior: Interfase de usuario del sistema ENKI-DB. Grupo de bioinformÆtica del Instituto de Biotecnología de la Universidad Nacional de Colombia ENKI-DB: SISTEMA DE INFORMACIÓN TAXONÓMICA Y MOLECULAR DE ESPECIES PROPIAS DE LA BIODIVERSIDAD COLOMBIANA Andrés M. Pinzón, María Teresa Reguero, Emiliano Barreto........................................................ 65 INSTRUCCIONES PARA LOS AUTORES ................................................................................. 75 CONTENTS EDITORIAL ES RESPONSABILIDAD DE TODOS RESOLVER EL PROBLEMA DE ACCESO ......................... 3 ESTABLISHMENT ÓF A SUBMERGED CULTURE MÉDIUM FÓR A NATIVE STRAIN ÓF A PÓLIPÓRAL MUSHRÓÓM Carolina Peæa Serna, Andrea Sierra Cadavid, Alex Armando SÆez Vega, Benjamín Alberto Rojano ................................................................................................................ 5 Pœblico objetivo Investigadores, estudiantes y profesionales de las disciplinas que se desarrollan en torno a la biotecnología. ESTABLISHING A DIAGNÓSTIC SYSTEM FÓR DETECTING Ralstonía solanacearum AND GENETIC DIFFERENTIATIÓN USING RAPD MOLECULAR MARKERS Edisson Chavarro Mesa, Jorge Evelio Ángel Díaz ..................................................................... 14 Periodicidad: semestral PRELIMINARY STUDIES FÓR ÓPTIMIZING A PRÓTÓCÓL FÓR ÓBTAINING EMBRYÓGENIC CALLUSES IN TWÓ RUBBER (Hevea brasiliensis MÜLL. ARG.j CLONES FRÓM DIFFERENT GEÓGRAPHICAL ÓRIGINS Santiago Cadavid Ruiz, César Augusto Hernández Rendón, Rodrigo Hoyos S, Marisol Medina S, Luis Fernando Restrepo.................................................................................. 32 TGF-B AND A SPECIFIC TGF-P INHIBITOR REGÚLATE PERICENTRIN B AND MYH9 IN GLIÓMA CELL LINES Óscar Álzate, Cristina Osorio, Michael H. Herbstreith, Mark Hjelmeland, Robert Buechler, Dong Ning He, Shideng Bao, Jeremy N. Rich ............................................................................ 48 Suscripciones, envío de trabajos, canjes o comentarios: Instituto de Biotecnología / Universidad Nacional de Colombia. Ciudad Universitaria. Edificio Manuel Ancízar. A.A. 14490 de BogotÆ. Tels. [5-71] 316 54 50 / 316 50 00 (exts. 16966 / 16975) Fax: [5-71] 316 54 15 Correo electrónico: [email protected] BIÓINFÓRMATIC ANALYSIS AND GENE PREDICTIÓN IN GENÓMIC SEÓUENCES FRÓM Clostridium SP. IBUN22A José David Montoya Solano, Zulma Rocío Suárez Moreno, Dolly Montoya Castaño, Fabio Ancízar Arístizábal Gutiérrez ............................................................................................. 57 La Revista Colombiana de Biotecnología no se responsabiliza por las ideas emitidas por los autores. ENKI-DB: MOLECULAR AND TAXÓNÓMIC DATA INTEGRATIÓN SYSTEM FÓR CÓLÓMBIAN SPECIES Andrés M. Pinzón, María Teresa Reguero, Emiliano Barreto........................................................ 65 AUTHÓR INSTRUCTIÓNS FÓR THE REVISTA COLOMBIANA DE BIOTECNOLOGÍA ............ 75 Los artículos que aparecen en esta revista pueden ser reproducidos citando la fuente. . Rev. Colomb. Biotecnol. Vol. VIII N° 1 Julio 2006 3-4 EDITORIAL Es responsabilidad de todos resolver el problema de acceso La exigencia al Ministerio de Ambiente, Vivienda y Desarrollo Territorial (MAVDT) de resolver el problema de acceso a los recursos genØticos no debe entenderse como una responsabilidad exclusiva de dicha institución. Siendo necesaria una política y acción gubernamental, en el contexto en que se desarrolla el asunto tiene variables técnicas, jurídicas y políticas regionales e internacionales. La gestión técnica de la investigación científica en recursos genéticos es también responsabilidad de los investigadores y de las instituciones de investigación. No son pocos los investigadores que ignoran la legislación de acceso, o que no se han preocupado por conocerla. Este desconocimiento no excusa su incumplimiento pero sí incide en la inexactitud de las peticiones y en la falta de idoneidad de los anexos que acompaæan las solicitudes. No obstante, se debe reconocer que el investigador, ademÆs de superar la nada fÆcil tarea de conseguir recursos financieros para investigación, en las condiciones actuales debe asumir los trámites administrativos tendientes a obtener las autorizaciones ambientales. Esta tarea es aœn mÆs compleja cuando la investigación abarca recursos ubicados en territorios de pueblos indígenas, comunidades afrodescendientes y locales. Por su parte, las universidades no pueden continuar ignorando el problema (a veces el drama) que viven sus investigadores; en œltimas son las instituciones las que acreditan la realización de investigación científica como parte de sus logros. Algunas universidades han dado pasos en este camino aunque se encuentran diferencias significativas. Se conoce que en universidades privadas como la Universidad de los Andes se dedica un profesional para trÆmites administrativos de permisos y autorizaciones ambientales vinculados con investigación en diferentes proyectos. En contraposición, una institución como la Universidad Nacional de Colombia, que registra el mayor número de grupos de investigación en categoría A, B y C en genética y biología molecular no ofrece apoyo alguno a sus investigadores en esta materia. La solución no se puede plantear como la eliminación del régimen de acceso previsto en la Decisión 391 de 1996. Vista como una cuestión regional, la legislación sobre acceso expresa una decisión política de los países andinos inspirada en el propósito de fortalecer sus capacidades de negociación y de desarrollar la ciencia y tecnología a nivel local, nacional y regional. Frente a una situación en la que los beneficios económicos fluyen sólo hacía los países usuarios de los recursos genéticos, la Decisión 391 de 1996 desarrollando el Convenio de Diversidad Biológica (CDB), busca que los países proveedores participen en la distribución de beneficios derivados de la utilización de recursos genéticos. ¿Por quØ el rØgimen de acceso andino no ha conseguido estos objetivos? es una pregunta que no se resuelve con su eliminación, ni con la modificación de sus elementos estructurales. La abolición del régimen de acceso nos llevaría al paradigma anterior al CDB; una situación paradisíaca para los biopiratas que continuarían colectando recursos genéticos como "patrimonio común de la humanidad" para luego constituir derechos de propiedad intelectual sobre componente de la biodiversidad. 3 3 Rev. Colomb. Biotecnol. Vol. VIII N° 1 Julio 2006 3-4 Quienes no tienen esta diversidad biológica saben lo que está en juego y sacan ventajas de todas las oportunidades. Los negociadores por Colombia y Perœ en el TLC apostaron ingenuamente a que Estados Unidos reconociera la legislación de acceso de la región andina. Este país, que no ha firmado el CDB frente a 189 países, no tuvo pudor en ignorar las pretensiones colomboperuanas. Al contrario, aprovechó la ligereza de incluir la biodiversidad en las negociaciones para sacar beneficios adicionales: no sólo desconoció el carácter obligatorio del régimen de acceso andino sino que impuso los contratos bilaterales como el mecanismo idóneo para acceder a los recursos genéticos1. Adicionalmente como resultado de las negociaciones, Colombia se compromete a "suministrar las bases de datos públicamente accesibles" sobre conocimientos tradicionales2. Las bases de datos pueden ser un instrumento para evitar patentes que no cumplan el requisito de novedad, pero al mismo tiempo pueden simplemente permitirle al bioprospector reducir los costos asociados con la búsqueda de información sobre biodiversidad y conocimientos tradicionales. Cumpliendo el propósito de reforzar el régimen de propiedad intelectual, el TLC le permite a Estados Unidos garantizar las herramientas para que sus instituciones e investigadores aprovechen sus ventajas científico-técnicas y patenten elementos de la biodiversidad: Colombia no sólo quedó obligada a ratificar el Convenio UPOV 1991 y el tratado de Budapest sobre microorganismos sino que se compromete a realizar "todos los esfuerzos razonables" para establecer patentes sobre plantas3. El acceso legal a recursos genéticos reconociendo a Colombia como país de origen, es más que un asunto jurídico administrativo. En la medida en que las modernas biotecnologías le otorgan valor potencial a todo material genético, el acceso a la diversidad biológica y a la información genética adquiere una importancia estratégica. Lo cierto es que el investigador que busque aportar con su trabajo al fortalecimiento de las capacidades nacionales tiene tambiØn abierto el camino para trabajar en la solución del problema. Por ejemplo, puede forjar alianzas estratégicas con investigadores de otros países respetando los derechos establecidos sobre la biodiversidad y el conocimiento tradicional asociado a su uso y manejo. Es claro que su labor tiene implicaciones políticas y económicas: la información que colecta de pueblos indígenas sobre manejo y uso de recursos biológicos puede ser la base de nuevos compuestos bioquímicos o de productos de importancia comercial. En todo caso el investigador, nacional o extranjero, necesita certeza jurídica para emprender inversiones de tiempo o de recursos significativas. Sin un rØgimen que garantice procedimientos de acceso oportunos y seguros el país pierde la opción de atraer mayor desarrollo científico y técnico. Portante, la reglamentación que se construya en materia de acceso a recursos genéticos debe establecer un equilibrio entre facilitar la investigación, afirmar la soberanía de Colombia como país de origen y reconocer los derechos de los pueblos indígenas y comunidades locales sobre su conocimiento tradicional. Es claro que sin investigación no se puede agregar valor a la diversidad biológica, no se reconocen los conocimientos tradicionales, no se dispone de la información técnica y científica que haga viable su utilización sostenible, y finalmente, se elimina toda posibilidad de distribuir beneficios derivados de su utilización. 1 Carta de entendimiento anexa al Tratado de Libre Comercio entre Estados Unidos de AmØrica y Colombia sobre Biodiversidad y Conocimiento Tradicional. 2 Ibídem. 3 Véase capítulo XVI, Derechos de propiedad intelectual, Tratado de Libre Comercio entre Estados Unidos de Am érica y Colombia. 4