Vif aln aa Vf4

Unanimity reformatted and annotated Mexican HIV-1 Vif amino acid sequence alignments (June 22, 2015, version 4)
HXB2
MX033
MX050
MX066
MX071
MX071_2
MX077
MX078
MX081
MX086
MX089
MX091
MX101
MX109
MX110
MX110_2
MX111
MX112
MX118
MX119
MX122
MX123
MX125
MX131
MX133
MX158
MX160
MX166
MX168
MX172
MX176
MX186
MX190
MX196
MX207
MX207_2
MX230
MX313
MX324
MX327
MX350
MX350_2
MX350_3
MX351
MX354
MX355
MX370
MX375
MX376
MX381
MX381_2
MX385
MX385_2
MX390
MX399
MX399_2
MX401
MX403
MX409
MX450
MX463
MX464
MX469
MX470
MX473
MX474
MX540
MX542
MX546
MX554
Cons_D
MX141
MX210
MX352
MX395
MX396
Cons_A
Cons_G
MX384
MX384_2
MX384_3
1
10
20
30
40
50
60
70
80
90
100
| 110
120
130
140
150
160
170
180
190 192
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MENRWQVMIV WQVDRMRIRT WKSLVKHHMY VSGKARGWFY RHHYESPHPR ISSEVHIPLG D...ARLVITTYW GLHTGERDWH LGQGVSIEWR KKRYSTQVDP ELADQLIHLY YFDCFSDSAI RKALLGHIVS PRCEYQAGHN KVGSLQYLAL AALITPK..KIK PPLPSVTKLT EDRWNKPQKT KGHRGSHTMN GHX
---------- ---------- -N--G-D--- R-R--K---- ------M--K ---------- -.NT---IVK--- -----D---- --H------- -RK-N--I-- D---K----- ------E--- -Q----R--R -S-------S ---------- T------..-T- -----IK--- --------V- --R--N---- ---------.-- --------K- -N------I- I-K--K--V- K-----INT- ---------- -...-K--V---- -------E-- ---------K NRK----I-- NM-------- ------E--- -N----R--- -S--H----S ---------- T------..RR- ------A--- ---------- ---------- -P---------- ---------- -N----Y--- C-K-----V- ------TN-- V--------- -...-K---K--- -------E-- ----A----- D-S----IL- D--------- ------E--- -NTI--NR-R ---------- ---------- T--KA--..Q-- ------Q--- -----R---- --R------- ------------ ---------- ---------- I-K--K--I- K---DC-N-K ---------- -...-----K--- ---------- ---------K -E-------- S----I--G- ------E--- -D----RV-R T--------- ---------- ----K-R..-R- ---------- --------R- ----E----- ------------ R--------- --------IH --K--K--I- K---DCTN-K ---------- -...-----K--- ---------- ---------K TE-------- S-------G- ------E--- -D----RV-R -S-------- ---------I ---TK-R..--- ---------- --------R- ----E----- CP---------- --------N- ------Y-IH I-K--K--I- K-----TN-- ---------- E...----VK--- ---------- ----A----- -N------A- D---R----- ---------- ---I--K--- ---------- ---------- V--T---..-T- ------K--- ---------- ---------- ------------ ---------- -N------IH I-K--K--V- K-----IN-- ---------- -...-K-L-K--- -------E-- ----A----K --G------- G-------G- ---R--E--- -N-I--R--- -S-------- ---------- ---R--R..-T- ---------- ---------- ---------- ------------ ---------- ------D--- --K--K--Y- --R---T--- ---------- -...-K------- ---------- ----A----- ----N----- N--------- --N---E--- ---I------ ---------- -----H---- -------..--- ------K--- ---------P -D-Q-..--- ------------ --------SK --------IH I-K--KK-S- ------N--- ---------- -...-K---K--- ---------- ---------- -ES------- GI-------- ------E--- -N-I--R--R ---------- ---------- T------..--- --F---R--- ---------- ---------- ------------ ------K--- -N-------- --K-TEK-V- ------NN-- T--------- -...G-------- ------K--Q --H------- QR--K----- D--------- ------E--- -NTI---R-- ---------- ---------- -------..-T- ---------- ---------- -------S-- -Q---------- ---------A -N-------- --K------- ------H--K V--------- E...-----I--- --N------- ---------- -R-------- DI-------H ------E--- -N-I---R-- -S---P---- ---------- ----K--..RR- ------K--- -----N---- ----EI--L- -Q--------V- ---------- ---------- I-K--K--S- K-----TN-- ---------- -...-E---I--- ---S------ ---------- -RX
---------- --I------- ---------- I-K--K--D- ----D-TN-K ---------- -...-K---R--- ---------- ---------- --K---H--- D--------- H----AE--- -N-I--YRIR -S-------- -I-------- T-IV---..RAR ---------- ------S--- ---------- ------------ --------SK --------IH I-K--KK-S- ------N--- ---------- -...-K---K--- ---------- ---------- -ES------- GI-------- ------E--- -N-I--R--R ---------- ---------- T------..--- ------R--- --------E- ---------- ---------L-- --------SK --------IH I-K--KK-S- ------N--- ---------- -...-K---K--- ---------- ---------- -ES------- GI-------- ------E--- -N-I--R--R ---------- ---------- T------..--- ------R--- --K-----E- ---------- ------------ ---------A -H-------- R-K--KE-S- ----A-S--K V----C---- -...-I-AV---- -------E-- --S------- -EK------- DT-------H ------E--- -N-----R-- ------T--- ---------- ------R..QR- ------R--- ---------- ---------- ------------ ---------- ---------- I-K--K--S- ------TN-- ---------R -...-K---R--- ---------- ---------- ERS-H---T- D--------- ------E--- ---------- -S-------- ------S--- ---RN--..--- ------V--- -----E---- --R------- ------------ -----I---- ---------- N-K--K---- ----D----- ---------- -...-K------- ---P------ ----A----- -R------S- D--------- -L-------- ------QR-- ---------S ---------- ---T---..-V- ------V--- --------R- -----N---- ------------ --------S- ---------- I-R--K--V- ------TN-- ---------- -...---A----- ---------- ---------- -G--N----- N--------- ------E--- ---------- ---------- ---------- -------..RR- ------A--- ---------- ----E----- ------------ ---------- -N----Y--H I-R-PKK--- --P---T--- ---------- E...NI--V---- ---------- ---------- -G-------- D---H----H ------E--- -N-I--QR-- -S---R---- ------S--- T---K--..GR- -----I---- ----IQ---- ---------- ------------ ---------- ------Y--- I----K--L- --P---I--- ---------- E...----V---- ---------- ---------- -------I-- D--------- ------E--- ---I------ -S-------- ---------- TT--K--..--- ------A--- ---------- R--------- ------------ ---------A -H-------- R-K--KE-S- ----A-S--K V----C---- -...-I-AV---- -------E-- --S------- -EK------- DT-------H ------E--- -N-----R-- ------T--- ---------- ------R..QR- -----IR--- ---------- ---------- ------------ ---------A -N-------- --K--K--L- ------A--- V--------- E...-T--VK--- ---------- ---------- -G--N----- D--------- ------E--- -H-I--YR-- ---------S ---------- V------..-S- ------K--- ----H----- ---K------ ------------ --------N- ------Y-IH M-K-TKK-V- ------T--- ---------E -...-E--V---- ---------- ---------- -G--N----- G--------- --E---E--- --PI--YR-- --------D- -----P---R T--VA--..-P- ------K--- ---------I ------Q--- ------------ ---------- -N-------- --K--KR-V- ------HN-- ---------- -...DK------- ------K--Q --H------- -GS-I----- D--------- ------E--- -N-I--NR-- ----F----S ------P--- S--V---..RR- ------K--- ---------- ---------- ------------ ---------- --------IH I-K--KR-S- -----NN--Q -----C---- -...-----K--- ---------- ---------- E-K------- AT-------H ------E--- -N-I--R--R -K-------- ---------- T------..-T- ---------- ---------- -------S-- ------------ ---------A ---------- M-K--KK-V- -----NT--K ---------- -...-T-GV---- ---------- ---------- Q---R---T- D--------H ------E--- -N-I-RRR-- ----E-T-Q- ---------- -------..--- ---------- ---------A -----N---- ------------ ---------- -N-------- --K--Q---- ------T--K ---------- E...D-M------ -R----EH-- ---------- ---------- D--------- ------EA-- -Q-I--YR-- ----NPT-LS ---------- -------..--T ------R--- --S-----EA RV-------- ------------ --------N- ------Y--- I-K--K---- -----NI--- ---------- -...GK--VI--- ---------- -----A---- --N------- N--------H ------E--- ---I--R--- -Q---P---S ---------- -------..--- ------K--- -----L---- ---------- ------------ --A------- ---------H K----KK--- Q----NI--- K-----M--- G...-S------- -V-------- ---------- -T-------- GT-------- ------A--- -N-I------ -S-------- ---------- ---V---..-R- ---------- ---------P ---K------ ------------ --------N- C---I---I- I-K--K---- ---HQ-H--- M---G----- -...-K-GV---- -V-------- ---------- -R--R----- NI-------- ------E--- G--V----G- -SGK-----K Q--------- T---K--..RR- ------A--P -----N---- -------R-- -L---------- ---------- -N-------- I-K--K---- -----TI--K ---------- -...-T--V---- ---------- ---------- -R--T----- D-------R- ------E--- -N-I--RL-- --------D- ---------- ---VK--..-R- ------K--- ---------- -D-------D ------------ ---------- ---------H -----KR-I- K-----TN-- ---------- -...-K------- ---------- ---------- -R-------- -S-------- ------E--V ---I--Q--R -K-------- ---------- ---L--N..-T- ------A--- ---------- --------V- ------------ --------N- ------Y--- I-K--K---- ------TN-- ---------- -...-G------- ---------- ---------- R---N----- N--------- -----AE--- -S-I--IR-- ---------- ---------- -------..--N ------V--- ---S----G- --R------- ------------ --------N- ------Y--- I-K--K---- ------TN-- ---------- -...-G------- ---------- ---------- R-G-N----- NI-------- -----AE--- -S-I--IR-- ---------- ---------- -------..--- ------V--- ------H-G- --R------- ------------ ---------K -N-------- ITK---N-V- ----Q-TN-- ---------- -...-K--VA--- --Q------- ---------- -E-----I-- D---H----- ------E--- -N-I--RL-T ----C----R ---------- T---A--..-T- ------R--- ---------- ---------- ------------ ---------- ------Y--H I-K--K---- ----Q-T--K ---------- -GKADK--V---- ---------- ---------- QRK----I-- D--------- ------E--- -N-I-----G -K-------- --E------- T------..-T- ------K--- ---------- -D-----*** ***
---------- ---------- ---------- I-------I- ------TN-- --------I- E...D-------- ---------- ---------- -R--R----- G-------M- -----T---- -N-I--R--- -I-------- ---------- ----K--..-R- ------K--- --------R- ---------- -C---------- ---------- -N-------- N-K--K---- -----TI--K ---------- E...-K--VI--- ---------- ---------- -R--T----- D--------- ------E--- -N-I---L-- ---------S ---------- ----K--..-R- ------K--- ---------- -D-------S ------------ ---------- ---------- T-K--K--S- -----NT--- ---------- E...-K------- ---------- ---------- -R--R---T- D---H----- ------E--- -N-I--R--- ---------- ---------- -------..--- ---------- ---------- ---------- ------------ ---------- ---------- N-K--K--S- ------T--- ---------- E...-T-AV---- ---------- ---------- -R--R---T- D---H----- ------E--- -N-I--R--- -S-------- ---------- S------..-R- ------R--- ---------- T--K-N---- ------------ ---------- ---------- T-K--K--S- -----NT--- ---------E E...-K------- ---------- ---------- ----R---T- D---H----- ------E--- -N-I------ -S-------- ---------- S--L--T..-R- ------R--- ---------- T--K-N---- -----------A --------KA -NR------- I-K-TK--V- K----NAN-- V--------- -...-A--V---- ---------- ---------- -RS-R---T- D---H----- ------E--- -N-I--R--- -S-------- ---------- S------..-R- ------R--- ----H----- T--K-N---- ------------ ---------- ---------- --K--KR-C- K-----TN-- ---------- -...-K---R--- ---------- ---------- ERS-D---T- D--------- ------E--- ---I------ -S-------- ---------- ---RK--..-L- -----IV--- ----KE---- ---------- ------------ ---------- ---------- I-K-GKR-S- K-----TN-- ---------- -...-K---R--- ---------- ---------- ERS-D---T- D--------- ------E--- -N-I---R-- -S-------- ---------- -T--K--..RR- ------K--- ---------- ----E----- -Q---------- ---------- --------I- I-K--K--V- ------TN-- ---------- -...DK--V---- ---------- ---------- -S--N----- D--------- ------EA-- -Q-II--R-- ---------S ---------- -------..-T- ------K--- --------RI ---------H ------------ ---------- ---------D I-K--K--C- ------TN-- ---------- -...-K---I--- ---------D ---------- ERS-N---T- D--------- ---------- --T---QR-- -S-------S ---------- ---H---..-V- ---------- ---------- -----N---- ------------ ---------- -H------K- I---TK--V- K-----SN-- ---------E E...----V---- ------K--Q --H------- -RT-I----- DQ--R----H ------E--- -N-I--QR-- ---------S ---------- SV-V---..-R- ------K--- ---------- T---R--SII ------------ ---------- ---------- I-K--K---- ------T--- ---------- -...--------- -------E-- ---------- -G--N----- G--------- ------E--- -N-I--YR-- -S-A------ ---------- -------..-R- ------A--- ---------P ----E----- ------------ --------N- ------Y--- I-K--K---- ------TN-- ---------- -...-E------- ---------- ---------- R-G-N----- NI-------- -----AE--- -S-I--IR-- ---------- ---------- -------..--- ------V--- ------H-G- --R------- ------------ ---------- ------Y--- C-R-TKK--- ------T--K ---------- E...-E--V---- -------E-- ---------- -R--N----- D--------- ------E--- -S-I---R-- -S---R---- --E------- --F----..R-- -----IK--- --------R- ---------- ------------ ---------- ------Y--- C-R--KK--- ------T--K ---------- E...-E--V---- -------E-- ---------- ----N----- D--------- ------E--- -S-I---R-- -----R---- --E------- -------..R-- -----IK--- --------R- ---------- ------------ ---------- ---------- --K-VKE-V- ------T--- ---------- E...----V---- ---------- ---------- -R--N----- D--------- ------E--- -Q----YR-- ---------- ---------- V-V----..-R- ------K--- ---------- -----NR--- ------------ ---------- -N-------- --E--KK-V- ------HN-- T--------- E...EK------- ------K--Q --H------- -G--N----- D--------- ------G--- -N-----RI- ---------R ---------- S--V-T-..-R- ------K--- ---------- -------S-- ------------ ---------- -N-------- --K--KK-V- ------HN-- T--------- E...EE------- ------K--Q --H------- -G--N----- D---H----- ------G--- -D-----RI- ---------R ---------- S--V-T-..-R- ------K--- ---------- -------S-- ------------ ---------- -N-------- R----KK-C- K-----TN-- --------IE K...-K------- ---------- ---------- REG----I-- G-T-R----- ------E--- -N-I--R--- -S---R---- ---------- ---T---..QR- ---------- ---------- ---------- ---A-------- ---------- ---------- I----KR-C- K-----TN-- --------IE K...-K------- ---------- ---------- REG-N--I-- G---R----- ------E--- -N-I--R--- -S---R---- ---------- ---T---..QR- ---------- ---------- ---------- ------------ ---------- -N-------- I-K--K--C- K-----TN-- ---------- -...-K---K--- ---------- ---------- ERS-D---T- D--------- --N------- -------R-- ---------R ---------- T--H---..-V- ------V--- -----E---- -----N---- ------------ ------K--- ---------- I-K--K--S- ------TN-- ---------- -...-K-I-R--- ---------- ---------- ERS-I---A- D--------- ------E--- -------R-- -S-------- ---------- I--RK--..-T- ------V--- -----E---- --R------- ------------ --------K- -I-------- I-K--K--L- -----YH--- ---------- -D..SK------- S--------- ------V--- -R-------- N--------- ---------- -N-IV-RL-R ----CPT--K ---------- T---K--..R-- ---------- ---------- -----N---- ------------ --------K- --------IH I-K--K-X
---K------ --------K- ---------- I-K--K--V- K----TAN-- V--------- -...-T--V---- -------E-- ----A----- --G-N----- N--------- ------ET-- -NTT------ HK---R---- ---------- T------..-GR ------A--- ---------- -----N-I-- -L---------- ---------A -H-------- -----KK-S- -----NT--- ----T----- -...-K------- ---------- --N------- R-S-N----- D--------- ---------- -A----YR-N ---------- ---------- ----K--..QR- ------K--- ---------- -------*** ***
---------- ---------- ---------- --K--K---- K---D-I--K ---------R G...-V------- ---------- ---------- -G-------- N---H----- ------E--- -N-I---RIR -S-------S ---------- T--V---..-R- ------A--- ---------- E------I-- ------------ ---------R -H-I--Y--- I----KK-S- -----NNN-- V--------- E...-T--V---- ---------- --N-A----- -D-------- DS-------H --E---A--A -N----YK-- -----P---K ---------- V-I-A-R..QR- ------K--- -----N-R-- M--------S --------A--- ---------- -N-------- -----K--S- K-----I--- --------I- -...-----I--- ---P------ ---------- -E-----I-- N--------H ------E--- -N-IV--R-- ---------K ---------- ----A--..-R- ---------- ---------- ---------- ------------ ---------- -N-------- I-K-----I- K--------- V--------- -...-K--VK--- ------K--- --H------- -RE-N----- D---H----- ------E--- -N-I-EQR-- ---------- Q-----H--- V------RKRR- ------K--- ---------- ---------- ------------ ---------- -N-------- I-K--K--I- K----HAN-- V--------- -...-T--V---- -------E-- ----A----- T-G------- N--------- ------E--- ---I--Q--- HK-------- --R------- TT--A--..-R- ------A--- ---------- --N-E--I-- ------------ ---------- ---------- I-K--K--C- ------TN-- ---------- -...-K---I--- ---------- ----A----- ERS-N---T- D--------- ---------- --T---QR-- ---------S ---------- ---H---..RV- ------G--- -------R-- -----N---- ------------ ---------- ---------- --K--K--L- ----DC---K ---------- E...----VK--- -------E-- ---------- -R-------- G-------M- -----AE--- ---I------ ---N------ ---------- T------..--- ------R--- --------R- ---------- ----------V- ---------- -N-------- --K--KR-A- K--------- ---------- E...-K---K--- ---------- ---------- -RS-N----- D--------- ------E--- -N-I--NL-- ---------- ------S--- T--RK-P..--- ------R--- ---------- ----E----- ------------ ---------- ---------H --K--K---- ------T--- ---------- E...-K--V---- ---------- ---------- -R-----I-- N--------- -----TA--- ---I---R-- ---------- ---------- T------..-T- ------A--- ---------- ---------- ------------ ------K--- -H-------- I-K--KK-V- -----N---- -G-------- -...-K---K--- --L----E-Q --H------K E-S-T----- N--------- ------E--- -N----RL-- ---------- ---------- ---RK-Q..-R- ------R--- ---------- R--------- ------------ ---------- -N--G----- I-K--K--V- ---------- ---------- E...-T---K--- --L----E-- ---------K E-S-N----- D--------- ------E--- -N-I--KL-- -------A-- ---------- ---RK-Q..-R- ------R--- ---------- ---------- -R---------- ---------- -N-------- I-K--K--V- ---------- ---------- E...----VK--- -------E-- ---------K E-S-N--I-- D--------- ------E--- -N-I--KL-- ---------- ---------- ---RK-Q..-R- ------K--- ---------- ---------- ------------ ---------- -N-------- --K--KD--- ------R--K V--------- -...----VR--- ------K--- --H------- L------I-- D--------H --N------- ---I--QV-- ---------- ---------- K--V--T..--- ------R--A ---------- R--------- ------------ ---------- -N-------- --K--K---- ------R--K V--------- -...-T--VR--- ------K--Q --H------- QR-----I-- D--------H ---------- ---I--Q--- ---------- ---------- K--V--T..RTR ------R--- ---------- R---ENP--- ------------ ---------- -N-------- --K--Q---- ------R--K V--------- -...----V---- ---------- ---------- LR--R----- D--------H ---------- ---I--YR-- ---------- --------S- V--V---..-T- ------R--- ---------- --R-E--S-- -Q---------- ---------- -N-------- --K--Q---- ------R--K V--------- -...----V---- ---------- ---------- LR--R----- D--------H ---------- ---I---R-- ---------- --------S- V--V---..-T- ------R--- ---------- ----EN-S-- -Q---------- ---------- -N-------- --K--Q---- ------R--K V--------- -...--I-V---- ---------- ---------- LR--R----- D--------H ---------- ---I--YR-- ---------- --------S- V--V---..-T- ------R--- ---------- ----EN-S-- -Q-
Generated at the Viral & Human Genomics Lab, Facultad de Medicina UASLP using the RAR tool kindly provided by James Robinson of the Anthony Nolan Research Institute’s HLA Informatics Group. Key to annotations
The following Vif protein motifs descriptions are based on criteria established by Bell et al, 2007.
5
11
21
38
79
•
Tryptophans (W , W , W ,W
•
APOBEC3 binding motifs are shown in dark blue highlight; the C-terminal APOBEC3F-binding motif (
•
The EW
font.
•
The nuclear localization inhibitory signal ( RLRR ) is shown in red highlight. Sequences not having the consensus RLRR motif but having residues
with conservative physicochemical properties are also shown in highlight.
•
The ST CKII and p44/42 Mitogen-Activated Protein Kinase (MAPK) phosphorylation sites are shown in magenta highlighting. Residues other than
ST that can also be phosphorylated are aslo shown in highlight.
•
In any case, clinical isolate or subtype consensus sequences not having the aforementioned functional sites or motifs are shown without highlight in
11
11
the corresponding region (i.e. W which in MX071_2 is represented by an R ).
•
The zinc-binding motif (H
•
Viral BC Box (
•
The protease processing site (L
•
Threonine phosphorylation sites (T
•
The Cullin-binding box (
88
89
& W ) involved in APOBEC3G recognition and suppression are shown in cyan highlight).
EDRWN
175
) is not highlighted for simplicity.
motif located in central hydrophilic region known to be involved in enhancing steady state expression is shown in yellow highlight and red
90
95
171
93
96
144
108
C
114
C
133
H
139
SLQYLALAALITPK..K
159
150
) is shown in black highlight and white font.
158
) is shown in green highlight and based on the criteria suggested by Bizinoto et al, 2013.
) is also shown in black highlight.
155
and T
170
) are shown in yellow highlight.
KPPLPSVTKLTEDR
173
) is shown in grey highlight.
References
Molecular characterization of the HIV type 1 subtype C accessory genes vif, vpr, and vpu. Bell CM, Connell BJ, Capovilla A, Venter WD, Stevens WS,
Papathanasopoulos MA. AIDS Res Hum Retroviruses. 2007 Feb;23(2):322-30.
Codon pairs of the HIV-1 vif gene correlate with CD4+ T cell count. Bizinoto MC, Yabe S, Leal É, Kishino H, Martins Lde O, de Lima ML, Morais ER, Diaz RS,
Janini LM. BMC Infect Dis. 2013 Apr 11;13:173.