PREGUNTA: Cuando seleccionamos 5`UTR y 3`UTR en el

PREGUNTA: Cuando seleccionamos 5'UTR y 3'UTR en el diseño de sondas, estamos incluyendo un
determinado nº de pares de bases o depende de cada gen?
Agilent: Las regiones UTR son determinadas por las bases de datos con las que se está trabajando y
dependen por lo tanto de cada gen
PREGUNTA: Cuál es la causa de qué las regiones no estén bien cubiertas?
Agilent: Depende de las características de la región de interés: la cobertura se ve afectada sobre todo
por la presencia de regiones repetidas, footprint de las enzimas de restricción que se usan en la
fragmentación. Existen formas de aumentar la cobertura en estas regiones mediante la utilización de
opciones avanzadas de diseño. Puede encontrar un tutorial en:
www.youtube.com/watch?v=91XbRPCo6Hk
PREGUNTA: Se necesita la misma cantidad de DNA para el análisis de parafinas?
Agilent: La cantidad de DNA inicial no varía para muestra fresca o parafinada
PREGUNTA: Si utilizásemos la plataforma de Illumina, (MiSeq) los pasos de preparación de la muestra
serían los mismos que usando Ion Torrent?
Agilent: Los pasos son básicamente los mismos, aunque pueda haber pequeñas modificaciones entre
Ion Torrent o Illumina. Para más información los protocolos se encuentran en:
o
o
o
HaloPlex para instrumentos Illumina:
http://www.chem.agilent.com/library/usermanuals/Public/G9900-90001.pdf
HaloPlex para Ion Torrent: http://www.chem.agilent.com/Library/usermanuals/Public/G990090021.pdf
Para ambos instrumentos: guidelines de control de calidad de la muestra parafinada:
http://www.chem.agilent.com/Library/usermanuals/Public/G9900-90050.pdf
PREGUNTA: Tengo una duda respecto a la astringencia en las opciones avanzadas de SureDesign: el
hecho de seleccionar "max performance" hace que la sonda hibride hasta 5 veces en el genoma. ¿Esto
hace que sea mucho más específica? Me refiero a que la hibridación sería en la misma región y no en
diferentes, correcto?
Agilent: No, es menos específica. Para aumentar la especificidad es mejor usar oligos que hibriden
únicamente en una sola región del genoma.
La opción avanzada “maximize performance” es la recomendada para pseudogenes con secuencias muy
homólogas entre sí.
PREGUNTA: ¿Tenéis datos que comparen resultados obtenidos al utilizar Ion Torrent o MiSeq?
Agilent: No tenemos datos de comparativa entre ambos secuenciadores, pero en SureDesign pueden
encontrar datos de reales de secuenciación con nuestros diseños validados en Illumina e Ion Torrent:
PREGUNTA: Actualmente se sigue recomendando secuenciar por Sanger las regiones presuntamente
mutadas según esta tecnología?
Dr. Acedo: Sí, se sigue recomendando la validación de las mutaciones detectadas. Sobre todo cuando las
mutaciones detectadas están en regiones poco cubiertas o de homopolímeros.
PREGUNTA: La microdelección de MLH1 de la que habla Alberto, podría hberse detestado por MLPA, o
por Sanger?
Dr. Acedo: La microdeleción detectada se comprobó mediante tegnología Sanger, MLPA no está
indicado para una delección tan pequeña.
PREGUNTA: No me ha quedado claro que genes están incluidos en el HcGen Test. ¿Podrían
aclarárnoslo?
Dr. Acedo: Contacte AC-Gen 983016257 o bien Visite la web www.ac-gen.es y encontrará toda la
información sobre el test HC-Gen Test.
PREGUNTA:¿está incluido PMS2 en este panel?
Dr. Acedo: Si, está incluido.
PREGUNTA: Hola, me gustaría saber cuántas muestras se pueden multiplexar en una librería, y cuantas
cabrían en el MiSeq de Illumina.
Agilent: El número de muestras que se pueden secuenciar depende de la capacidad y versión del
secuenciador que se utilice, del tamaño del panel así como de la profundidad de lectura que se necesita
para la aplicación con la que se esté trabajando: 20x, 50x…
Si necesita ayuda puede contactar con nosotros en: [email protected]
PREGUNTA: En relación al uso del diseño Haloplex y la secuenciación con Ion Torrent, creo haber
escuchado que el adaptador 3´para la secuenciación es específico y distinto al que usa Ion Torrent
porque va en el diseño Haloplex?
Dr. Acedo: El adapatador 3´es diferente en el kit de Haloplex. La secuencia específica del adaptador está
incñuida en el protocolo de Haloplex. Ésta debe ser introducida en el software (Torrent Suite) de forma
manual en el área de configuración.
PREGUNTA: ¿Este panel se vende?
Dr. Acedo: Este panel se ofrece de forma exclusiva en AC-Gen Reading Life, si está interesado no dude
en contactar con nosotros.
PREGUNTA: Se puede utilizar Haplopex en un sequenciador GS Junior (Roche)?
Agilent: HaloPlex está disponible para cualquier secuenciador Illumina y el Ion Torrent de Life
Technologies
PREGUNTA: ¿Cuántos pacientes se pueden cargar en el chip 316 para este panel HC test?
Dr. Acedo: El número de muestras que se pueden cargar depende del tamaño de la librería, la
profundidad media de lectura a la que se quiere trabajar y las manos del técnico y la calidad de las
secuencias (policlonalidad, etc). Estamos cargando chips 316 pudiendo llegar a obtene 5,8 millones de
reads - 1Gb de datos. En estas condiciones y dada la profundidad 300X de media a la que trabajamos,
para una librería de 150kb podemos cargar entre 6 y 10 muestras por chip 316.
PREGUNTA: ¿Cual fue la razon por detcantarse por Haloplex?
Dr. Acedo: Existen varias razones. Principalmente, aunque es un protocolo por amplicones, tiene
características de los protocolos de captura, por lo que se llega a una cobertura mayor de las regiones
de interés.
PREGUNTA: Dado que se analizan numerosos genes en los paneles. Como se plantea el
consentimiento informado al paciente?
Dr. Acedo: En la página web: www.ac-gen.es puede descargar el modelo de consentimiento informado y
solicitud de estudio.
PREGUNTA: ¿Qué precio tiene el panel de mama y colon? muchas gracias
Dr. Acedo: Consulte el precio del panel que le interese, contactando directamente con AC-Gen a través
de la web, email: [email protected] y teléfono 983016257.