SISTEMA DuPonT™ RIboPRInTER®

SISTEMA DuPont RiboPrinter
™
PODEROSO MONITOREO MICROBIANO
NÓMBRELO. RASTRÉELO. CONTRÓLELO.
®
VAYA MÁS ALLÁ DE LA
IDENTIFICACIÓN Y DE LA
DOCUMENTACIÓN DE UN
PROBLEMA - CONTROLE EL
PROCESO Y EL AMBIENTE
CON EL SISTEMA DuPont
RiboPrinter .
™
®
EL Sistema DuPont
RiboPrinter AYUDA A LOS
HOSPITALES A ENCONTRAR
LA FUENTE DE BACTERIAS
PELIGROSAS
™
®
Cuando a varios bebés en la unidad
de neonatología de un hospital se les
diagnosticó septicemia, los epidemiólogos se
enfocaron en encontrar la fuente en forma
rápida y precisa.
Los microbiólogos del hospital examinaron
muestras tomadas de los bebés y de los
elementos de la guardería -que incluyen
las nuevas incubadoras incorporadas
recientemente-, utilizando métodos
bioquímicos tradicionales. Aunque se
hallaron bacterias tales como Pseudomonas
fluorescens en diversos lugares de la guardería,
las pruebas bioquímicas indicaron que todos
los bebés estaban infectados con Ralstonia
picketii.
Solo el Sistema RiboPrinter® de DuPont Nutrición &
Salud combina la automatización con el poder del ADN
para identificar con precisión los contaminantes y para
realizar un seguimiento de su fuente a nivel de cepa, lo
que lo ayuda a controlar cualquier ambiente microbiano.
Aunque las bacterias se encuentren en toda la
naturaleza, su presencia en ciertos ambientes críticos,
tales como plantas de fabricación de productos
estériles o de procesamiento de alimentos, constituye
una amenaza constante. Y cuando bacterias dañinas
ingresan a la población, los epidemiólogos deben
trabajar rápidamente para prevenir la propagación de
enfermedades.
Para controlar bacterias no deseadas, es necesario
saber de qué organismo se trata y cómo ingresó en su
proceso o en la población. Ahora puede obtener las
respuestas a estas preguntas importantes automática y
simultáneamente con el Sistema DuPont™ RiboPrinter®.
2
UNA SOLUCIÓN AUTOMÁTICA PARA IDENTIFICAR Y PARA
CARACTERIZAR BACTERIAS EN CUALQUIER ENTORNO
El hospital solicitó la ayuda de un laboratorio
experto externo que utilizaba el Sistema
DuPont™ RiboPrinter®. Estos genetistas
rápidamente descubrieron que el organismo
que enfermaba a los bebés no se correspondía
con los parámetros de identificación de
Pseudomonas fluorescens o de Ralstonia
picketti. Su huella genética era idéntica a una
de la reserva de humidificación de las nuevas
incubadoras. No obstante, el suministro de
agua que llegaba a la incubadora no contenía
un organismo con esa huella.
Cargue hasta 8 muestras a la vez en la unidad automatizada.
Las huellas genéticas (patrones de RiboPrint )
se generan para cada muestra en 8 horas.
™
Una secuenciación de ADN identificó las
bacterias como MC5, un organismo que está
estrechamente relacionado con Ralstonia
solanacearum y que anteriormente pertenecía
a la familia Pseudomonas. Se sabe que la
MC5, una cepa tan nueva que no tenía
nombre, degrada el plástico. Esto hizo que
los investigadores llegaran a la conclusión de
que lo más probable era que las bacterias se
estuvieran filtrando de la reserva plástica de
la incubadora al agua que se utilizaba para
humidificar la guardería.
El Sistema DuPont™ RiboPrinter® ayudó
a determinar con precisión la fuente de
infecciones, lo que le permitió al hospital
tomar medidas rápidas para reemplazar las
incubadoras y para prevenir más casos de
septicemia entre estos frágiles pacientes.
Patrón de RiboPrint™
Fuente
Número
Etiqueta
Producto final
DUP-16836
Bacillus subtillis
Manos
DUP-12545
Bacillus subtillis
Línea de descarga
DUP-18405
Bacillus subtillis
ATCC 6051
DUP-9501
Bacillus subtillis
Materia prima 473
DUP-18116
Bacillus subtillis
Materia prima 811
DUP-16836
Bacillus subtillis
Superficie de bancos 92 DUP-18513
Bacillus subtillis
IDENTIFICACIÓN DE GÉNERO Y DE ESPECIE
DIFERENCIACIÓN DE CEPAS (CARACTERIZACIÓN)
La identificación taxonómica se proporciona
automáticamente al comparar el aislado desconocido
con una base de datos integrada de alrededor de 7.000
patrones que abarcan más de 180 géneros y de 1.400
especies.
La discriminación de subespecies junto con los datos
fuente asociados ayudan a determinar si usted ha visto
previamente una cepa especial en su ambiente y, si así
fuera, dónde y cuándo.
3
™
®
Un fabricante de productos de alta calidad
para el cuidado de la vista comparó los
métodos bioquímicos tradicionales con el
Sistema DuPont™ RiboPrinter®, a fin de
demostrar la diferencia en la información
microbiana confiable.
EL Sistema DuPont
RiboPrinter COMPARA
REGIONES ALTAMENTE
CONSERVADAS DEL GENOMA PARA
DISTINGUIR MÁS DE 180 GÉNEROS
Y DE 1.400 ESPECIES.
™
®
Los patrones de RiboPrint caracterizan aislados ambientales,
Highly conserved
region
agentes patógenos, organismos
que provocan
deterioro, cepas de
of genera variation
control, organismos beneficiosos o cualquier bacteria importante
para los profesionales de control de calidad en las industrias
farmacéuticas y de los alimentos,
o para
epidemiólogos y otros
Highly conserved
region
of genera variation
profesionales de la salud pública.
MÁS QUE SECUENCIACIÓN 16S
®
El Sistema DuPont RiboPrinter automatiza el análisis de
polimorfismo de longitud de fragmentos de restricción (RFLP) y se
enfoca en la región codificadora de ARNr del genoma bacteriano.
Las enzimas de restricción, tales como EcoRI o Pvull, cortan el ADN
bacterial en fragmentos que se procesan para formar un patrón de
bandas característico o “huella”. El sistema captura una imagen
del patrón de bandas y lo digitaliza como patrón de RiboPrint™.
Este patrón puede luego compararse con una base de datos de
referencia de patrones a partir de muestras históricas que se ejecutó
previamente en un sitio particular o sobre un instrumento específico.
™
®
Highly conserved
Región altamente
conservadaregion
de variación
de géneros
of genera
variation
En primer lugar, la empresa examinó dos
aislados de Staphylococcus, uno a partir de la
falla de una prueba de esterilidad y otro, de
las prendas de vestir de un trabajador de la
línea.
La tecnología del Sistema DuPont RiboPrinter investiga una porción
mucho más grande del genoma bacteriano que lo que pueden
hacerlo otros sistemas de identificación bacteriana. En lugar de tan
solo analizar la región que codifica la secuencia 16S de ARNr, el
Sistema DuPont RiboPrinter investiga las regiones que codifican las
secuencias 5S, 16S y 23S, así como las regiones espaciadoras y los
genes flanqueantes en ambos lados. Esta gran exhaustividad de la
información es lo que permite una diferenciación altamente precisa
entre las cepas de las mismas especies, aun aquellas con la misma
secuencia 16S.
™
™
®
16S
23S
5S
Region of species variation
}} }
Gen X
Region of species variation
Sitios EcoRI
ARNr 16S
A
B
C
ARNr 23S
D
5S
E
Gen Z
Sitios EcoRI
Region
Región of
de species
variación variation
de especies
A su vez, el Sistema DuPont™ RiboPrinter®
pudo discriminar y establecer, en forma
automática, que efectivamente eran
diferentes cepas de S. haemolyticus.
Tamaño de
fragmento
creciente
Estos resultados demostraron que la falla de
esterilidad no se debía a contaminación por
parte del trabajador de la línea. La empresa
necesitaba buscar al culpable en otro lado.
}
}
Region
Region
variation
ofcepas
strain variation
Regiónofdestrain
variación
de
El uso del Sistema DuPont™ RiboPrinter®
demostró ser más útil que confiar en
información de otras pruebas que no podían
proporcionar tanta información, en especial,
más allá del nivel de las especies.
Investigadores de una gran empresa de
elaboración de cerveza realizaron un
estudio de supervivencia de organismos
ambientales utilizando diversas
metodologías moleculares, incluido el
Sistema DuPont™ RiboPrinter®.
®
SONDA
La realización de pruebas convencionales,
tanto con un perfil de ácidos grasos como
con un resultado colorimétrico, indicó que
los aislados eran S. haemolyticus.
EL Sistema DuPont
RiboPrinter AYUDA AL
CERVECERO A MONITOREAR
LAS ESPECIES QUE
PROVOCAN EL DETERIORO DE
NUEVAS CERVEZAS
™
™
}} }
EL Sistema DuPont
RiboPrinter AYUDA A LAS
EMPRESAS FARMACÉUTICAS
A DESCARTAR A UN
TRABAJADOR COMO FUENTE
DE CONTAMINACIÓN
B
D
C
A
E
Fragmentos de cada muestra
de un patrón de bandas de
acuerdo con el tamaño.
Los patrones de banda de cada
muestra, junto con las líneas de
los marcadores, se capturan en
una imagen de gel digitalizada.
Para el estudio, agregaron a la cerveza
170 cepas de Lactobacillus. De estas 170
cepas, 55 pudieron sobrevivir, incluidas
45 cepas de L. brevis, 3 cepas de L.
lindneri, 1 cepa de L. casei y 6 cepas
desconocidas que no fueron identificadas
por ensayos de PCR o de tintura
fluorescente.
Los patrones de RiboPrint™ de las seis
cepas desconocidas no estaban dentro de
los RiboGroups para otro Lactobacillus.
En su lugar, formaron dos nuevos
RiboGroups de tres cepas cada uno, a los
que el cervecero llamó LA-2 y LA-6.
El análisis con la secuenciación 16S
indicó que LA-2 tenía una semejanza
>99 % a L. collinoides. Aunque los
resultados de los análisis de 16S
sugirieron un alto nivel de correlación,
los patrones de RiboPrint™ para LA-2
fueron particularmente diferentes de
aquellos para L. collinoides.
En el caso de LA-6, la secuenciación 16S
no pudo corresponderse con los aislados
de ningún organismo y, por ende, no
proporcionó información adicional
alguna.
Estimulados por la discriminación
mucho más sutil de los patrones de
RiboPrint™, los investigadores sintieron
que ahora podían monitorear estos dos
organismos que provocan el deterioro
ambiental, por medio del uso habitual
del Sistema DuPont™ RiboPrinter®.
El sistema le permite a este fabricante tener
mayor confianza en el carácter definitivo de
la información microbiana.
El informe final muestra el patrón de RiboPrint junto con los
datos asociados para cada muestra.
™
Más allá de la identificación taxonómica confiable, el Sistema
DuPont RiboPrinter distingue cepas individuales, proporcionando
la granularidad de la información necesaria para rastrear, para
seguir la tendencia y para controlar su ambiente.
™
4
®
5
CONTROLAR SU AMBIENTE MICROBIANO ES
MÁS RÁPIDO Y FÁCIL CON EL SISTEMA DuPont
RiboPrinter .
™
®
Con un panorama dinámico e integral de cualquier ambiente microbiano, puede
rastrear y administrar datos al nivel de las cepas y determinar exactamente la
contaminación con mayor rapidez, facilidad y precisión que antes.
EL MAPEO DE SU AMBIENTE CON EL Sistema DuPont RiboPrinter LE PERMITE:
™
Establecer parámetros iniciales de flora autóctona.
Monitorear aumentos y tendencias.
Rastrear contaminantes hasta su fuente.
Enfocarse en las áreas precisas para realizar intervenciones efectivas.
Evaluar la eficacia de la higiene y de la capacitación.
Muestra ambiental
Muestra del producto final
Muestra de pre-producción
Muestra de aire
®
™
MAPEE SU INSTALACIÓN E INGRESE MUESTRAS EN EL
Sistema DuPont RiboPrinter
Siga el rastro de muestras y clasifique fácilmente los
patrones de RiboPrint™ con software simplificado.
™
®
CONOZCA LA IDENTIDAD DE LA MUESTRA
Los géneros y las especies se proporcionan
automáticamente al comparar el patrón de RiboPrint
con la base de datos de identificación integrada de
aproximadamente 7.000 patrones que abarcan más
de 1.400 especies.
™
CREE UNA BASE DE DATOS DE IDENTIFICACIÓN
PERSONALIZADA
En forma opcional, asigne géneros y especies de su
muestra a partir de una base de datos separada de
sus propias identificaciones personalizadas.
RASTREE Y SIGA LA TENDENCIA
Los patrones de RiboPrint se agrupan
automáticamente con patrones similares, para formar
Ribogrupos con muestras ejecutadas previamente.
Los datos a nivel de cepa permiten rastrear la fuente
de organismos y monitorear las tendencias.
™
COMPARTA Y CONSTRUYA
Software de cliente remoto
• R
ealice muchas tareas del software del Sistema
DuPont RiboPrinter desde otra computadora en
una red de área local o amplia.
™
®
• A
nalice datos desde una computadora de oficina,
en lugar de utilizar la computadora del sistema.
• E
jecute la interfaz de usuario en forma paralela
con otras aplicaciones, para que importe datos
más convenientemente desde el Sistema DuPont
RiboPrinter a informes, a hojas de cálculo o a
presentaciones.
™
®
Estación de trabajo de convergencia de datos
• Integre datos automáticamente desde múltiples
sistemas DuPont RiboPrinter en una base de
datos central para un mejor análisis de los datos.
™
®
Un fabricante de fórmula para bebés descubrió
que su producto terminado estaba constantemente
contaminado con bajos niveles de Enterobacter
sakazakii . La empresa se dio cuenta de que las
bacterias podían crecer rápidamente en la leche
reconstituida y quisieron entender cómo se
contaminaba el producto.
1
El personal de control de calidad pudo aislar E.
sakazakii, que se hallaba con frecuencia en productos
provenientes de dos fábricas y con poca frecuencia
en productos de una tercera. Aunque los procesos
de producción eran esencialmente los mismos en
cada una de las tres fábricas, las operaciones y la
disposición variaban en forma considerable.
Un estudio microbiano de materias primas y de
muestras ambientales en cada establecimiento
produjo varios cientos de muestras de E. sakazakii.
La selección preliminar con métodos bioquímicos
no fue útil para rastrear la contaminación, pero el
Sistema DuPont™ RiboPrinter® pudo discriminar
a nivel de cepa, permitiéndoles a los investigadores
discernir cuáles cepas estaban confinadas a un solo
establecimiento y cuáles eran comunes a las tres
fábricas.
Las tendencias importantes también se hicieron
evidentes. Por ejemplo, se descubrió una fuente
significativa de contaminación cuando los
investigadores determinaron que la flora residente de
un tipo específico de E. sakazakii había podido evadir
los regímenes estándar de limpieza y de desinfección.
La empresa cambió sus prácticas de limpieza para
encargarse de este asunto e incorporó la información
para este organismo en la base de datos. Al
monitorear los cambios en la flora a nivel de cepa, el
equipo puede reconocer un problema en el proceso
o prácticas de higiene y rápidamente dirigir los
equipos de limpieza y los ingenieros hacia el área
problemática.
®
• C
onecte en red múltiples sistemas DuPont
RiboPrinter y compare muestras individuales
con aquellas recogidas en otros sitios o en otros
países.
™
®
6
EL SISTEMA DuPont
RiboPrinter AYUDA A UN
FABRICANTE DE FÓRMULAS
PARA BEBÉS A MANTENER LA
SEGURIDAD DE LOS PRODUCTOS
• C
ontrole los datos que convergen, junto con la
frecuencia de cargas y los procesos que se realizan
sobre los datos.
El Sistema DuPont™ RiboPrinter® fue el elemento
clave de ayuda para que esta empresa se encargue,
rápida y definitivamente, de la fuente y de la ruta
de contaminación a lo largo de todas sus complejas
operaciones de producción.
1 Nota: El organismo Enterobacter sakazakii se reclasificó en junio de 2008 en el
nuevo género Cronobacter. El género Cronobacter es sinónimo de Enterobacter
sakazakii.
7
EL SISTEMA DuPont RiboPrinter ES AUTÓNOMO, CONFIABLE Y FÁCIL DE USAR
™
®
UNIDAD DE CARACTERIZACIÓN
ESTACIÓN DE TRABAJO
Es el cerebro del Sistema DuPont™ RiboPrinter®. Controla
la unidad de caracterización, analiza y almacena datos y
genera informes impresos. La estación de trabajo incluye:
teclado de computadora personal, mouse, monitor, lectora/
grabadora de CDs, impresora láser y UPS. El software
exclusivo proporciona avisos fáciles de entender, monitoreo
de procesos, diagnósticos y análisis completos de datos.
Este instrumento automatizado realiza la digestión de
restricción de ADN, la separación electroforética y la
transferencia y la detección de membranas. Asimismo,
registra automáticamente datos en la estación de trabajo
anexa. Su diseño modular simplifica la resolución de
problemas y el mantenimiento. La carga y la operación son
fáciles e intuitivas y requieren poca capacitación.
Membrana
Captura fragmentos de ADN para su procesamiento final.
AGUA PURIFICADA
Para rehidratación por sistema cerrado de
elementos descartables secos y enjuague
de componentes.
VEHÍCULO DE MUESTRAS
Tiene lugar para ocho muestras.
PAQUETES DE PREPARACIÓN DE ADN
Enzima de restricción y tampón de lisis para
“romper” las bacterias, y para liberar y para
fragmentar el ADN; ADN marcador para ayudar a
normalizar los patrones.
CASETE DE GEL
Mantiene el gel de electroforesis prefabricado. Separa
los fragmentos de ADN en bandas discretas.
BASE E INSERCIONES DE MP
Mantiene la sonda de ADN, conjuga y sustrae
(que potencia la reacción química para crear
bandas brillantes de los fragmentos de ADN).
RESPUESTAS RÁPIDAS Y AUTOMATIZADAS QUE REQUIEREN
MANO DE OBRA MÍNIMA
EQUIPO DE PREPARACIÓN DE MUESTRAS
La preparación de las muestras se realiza con
rapidez, en forma segura y simple, con este equipo
especializado. Este mezclador portátil dispersa
células en la solución del tampón. La estación
de tratamiento térmico desactiva las muestras
bacterianas y las convierte en inofensivas.
Después de 30 minutos de una simple preparación, el Sistema DuPont™ RiboPrinter ® automatiza el resto del proceso, reduciendo
la mano de obra requerida y minimizando errores gracias a la técnica. Y con resultados en solo 8 horas, el Sistema DuPont™
RiboPrinter ® permite comprender la contaminación en una fracción del tiempo que normalmente tomaría.
Pozo
Well
Gel
Gel
DNA
Fragmentos
fragment
de ADN s
Desplazamiento
DNA fragment
de fragmentos
travel
de ADN
Membrana
Membrane
Ánodo
Anode
Membrane travel
Desplazamiento
de la membrana
PREPARACIÓN DE MUESTRAS
PREPARACIÓN DEL ADN
Este es el único paso que tiene lugar fuera de
la unidad automatizada del Sistema DuPont™
RiboPrinter ®. Las colonias puras elegidas de una placa
se desactivan por medio de un tratamiento térmico.
El ADN se extrae a partir
del lisado celular bacteriano
y se divide en fragmentos
mediante una enzima de
restricción.
8
SEPARACIÓN Y
TRANSFERENCIA
Los fragmentos de
ADN se separan de
acuerdo con el tamaño
molecular por medio de
la electroforesis de gel
y luego se transfieren a
una membrana.
PROCESAMIENTO DE
LA MEMBRANA
Después de la hibridación
con una sonda de
ADN etiquetada, se
introduce un agente
quimioluminiscente.
DETECCIÓN
Luego, la emisión de luz
desde los fragmentos
hibridados es capturada
por una cámara digital y
se almacena como datos
de imágenes.
PROCESAMIENTO DE
DATOS
Mediante el uso de
algoritmos exclusivos,
se extrae un patrón de
RiboPrint™ para cada
muestra a partir de los
datos de las imágenes. Este
patrón se compara con otros
patrones de RiboPrint™
almacenados en el sistema
para caracterizar y para
identificar la muestra.
INFORME IMPRESO
Un informe que caracteriza
e identifica la bacteria y
que incluye su patrón de
RiboPrint™ se imprime
automáticamente para su
revisión. Las sofisticadas
herramientas de análisis
de datos le permiten
procesar la información
y compartir los datos
estandarizados en su red
de usuarios.
9
TODO LO QUE NECESITA PARA OBTENER RESPUESTAS
RÁPIDAS Y AUTOMATIZADAS
COMPONENTES DEL
ELEMENTOS DESCARTABLES DEL
SISTEMA
SISTEMA
Unidad de caracterización Vehículos y tampón de muestras
Estación de trabajo de la
computadora
Impresora
Estación de tratamiento
térmico
Elementos para elección de colonias
Casetes de gel y membranas
Enzimas de restricción (elija
EcoRI, Pvull o su propia enzima
personalizada)
Protocolos detallados ya establecidos
ESTACIÓN DE TRABAJO DE
CONVERGENCIA DE DATOS
Computadora con software mejorado
Centraliza datos de sistemas
múltiples en una base de datos
Agentes de lisado
SISTEMA DE CLIENTE REMOTO
Sondas, incluida la IS6110
Computadora con software de análisis
solamente
Conjugación, base y sustrato
Paquete de preparación de ADN
DNA prep pack
10
PAQUETES DE VALIDACIÓN
Para industrias reguladas
Para uso fuera del laboratorio
SOBRE DuPont Nutrición & Salud
DuPont Nutrición & Salud es un negocio dedicado a brindar una amplia gama de
ingredientes a base de componentes biológicos sostenibles y diagnósticos moleculares
avanzados, anteriormente disponibles bajo el nombre Qualicon, para proporcionar
alimentos más seguros, más saludables y más nutritivos.
Las empresas farmacéuticas, de cosméticos y de cuidado personal también pueden
utilizar diagnósticos innovadores, tales como el Sistema DuPont™ RiboPrinter®,
para ayudar a controlar su ambiente de fabricación. Más allá de identificar y de
documentar problemas de contaminación, este método automatizado genera
“huellas” a nivel de cepa que rápidamente ayudan rastrear la fuente y a realizar un
seguimiento de la propagación de bacterias no deseadas.
Para obtener más información sobre sistemas de monitoreo microbiano de
DuPont, visite www.microbialmonitoring.dupont.com.
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cualificadas. No aprobado para uso clínico. Lea las limitaciones de la garantía y la responsabilidad antes de usar. Número de control de revisión 1A-077.1/A4 Pocket-1212.
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