Estudi de membranes de fosfolípids en dissolució aquosa

Proposta de Tesi a realitzar en el programa de doctorat de “Física Computacional i
Aplicada”
Tema: Estudi de membranes de fosfolípids en dissolució aquosa mitjançant
simulacions de dinàmica molecular
Es pretén continuar la recerca que es desenvolupa actualment al Grup de Recerca en
Simulació per Ordinador en Matèria Condensada en el departament de Física i Enginyeria
Nuclear de la UPC (FEN) en l'àmbit de l'estudi de les mebranes cel·lulars formades per
fosfolípids en dissolució aquosa (bàsicament aigua i sistemes iònics). En la imatge al
marge veiem una configuració estable del sistema
bàsic.
Donat que l'estructura d'aquests sistemes és prou
coneguda, la part més novedosa de la recerca estarà
orientada a l'estudi de la dinàmica dels fosfolípids , com
ara el DMPC (di-myristoyl-phosphatidyl-choline) en
medis d'aigua pura i en dissolució iònica. Un problema
important a analitzar és el de la difusió de les cadenes
lipídiques.
Es preveu que durant la tesi es col·labori amb un grup
experimental de la Universitat Tècnica de Münich i
també amb investigadors del departament de FEN a la
UPC.
Perfil dels candidats: És un treball adreçat a Físics i Químics en general, però molt
especialment a Físics de la Matèria Condensada i Químics-Físics. És important el
coneixement de mètodes de càlcul numèric i llenguatges de programació (FORTRAN,
C++, JAVA, etc.).
Més informació: http://simcon.upc.edu/usr/jordi.marti
Les persones interessades adreceu-vos a :
Dr. Jordi Martí,
Departament de Física i Enginyeria Nuclear,
Universitat Politècnica de Catalunya,
despatx B5-209 Campus Nord UPC, 08034 Barcelona
Telèfon: 934017184
O escriviu a l'adreça de correu: [email protected]
Versió en anglès:
Tema: Study of phospholipid membranes in aqueous solution by molecular
dynamics simulations
Our aim is to follow the research developped currently at the Computer Simulation in
Condensed Matter research group at the department of Physics anf Nuclear Engineering
(FEN) at the Technical University of Catalonia, within the topic of the study of cellular
membranes formed by phospholipids in aqueous solution (water and ionic systems). At
the snapshot we can see a basic stable configuration of
such a system.
Given that structure of molecular biomembranes is quite
well known, the most novel part of the thesis will be
oriented towards the analysis of the phospholipid
dynamics, such in the case of DMPC (di-myristoylphosphatidyl-choline) in aqueous media and in ionic
solution. One of most relevant problems is that of
diffusion of lipidic chains.
It is expected that throughout the thesis we will have
joint work with an experimental group from the Technical
University of Munich and with researchers from the
department FEN at the UPC as well.
Candidates' profile: Physicists and chemists, especially from the areas of Condensed Matter
and Chemical Physics, respectively. It is very important the knowledge and ability in
numerical calculation procedures as well as programming languages such as FORTRAN,
C++, JAVA, etc.
Versión en castellano:
Tema: Estudio de membranes de fosfolípidos en disolución acuosa mediante
simulaciones de dinámica molecular
Se pretende continuar con las investigaciones que se desarrollan actualmente en el
Grupo de Investigación Simulación por Ordenador en Materia Condensada del
departamento de Física e Ingenieria Nuclear de la UPC (FEN) en el ámbito del estudio de
las mebranas celulares formadas por fosfolípidos en disolución acuosa (básicamente
agua y sistemas iónicos). En la imagen vemos una
configuración estable del sistema básico.
Dado que la estructura de estos sistemas es ya
bastante conocida, la parte más novedosa de la
investgación estará orientada al estudio de la dinámica
de los fosfolípidos, como por ejemplo el DMPC (dimyristoyl-phosphatidyl-choline) en medios de agua pura
y en disolución iónica. Un problema importante para
analitar es el de la difusión de las cadenas lipídicas.
Se prevé que durante la tesis se colabore con un grupo
experimental de la Universidad Técnica de Münich y
también con investigadores del departamento de FEN
en la UPC.
Perfil de los candidatos: Es un trabajo dirigido Físicos y Químicos en general, pero muy
especialmente a Físicos de la Materia Condensada y a Químicos-Físicos. Es importante el
conocimiento de métodos de cálculo numérico y de lenguajes de programación como
FORTRAN, C++, JAVA, etc.