HiSeq 1000 User Guide - Support

Guía del usuario
del sistema HiSeq® 1000
PARA USO DE INVESTIGACIÓN SOLAMENTE
PROPIEDAD DE ILLUMINA
N.º componente 15023355 Rev. K ESP
Mayo de 2013
Este documento y su contenido son propiedad de Illumina, Inc. y sus afiliados (“Illumina”) y están previstos solamente para el uso contractual de
sus clientes en conexión con el uso de los productos descritos en el mismo y no para ningún otro fin. Este documento y su contenido no se utilizarán
ni distribuirán con ningún otro fin ni tampoco se comunicarán, divulgarán ni reproducirán en ninguna otra forma sin el consentimiento previo por
escrito de Illumina. Illumina no transfiere mediante este documento ninguna licencia bajo sus derechos de patente, marca comercial, copyright ni
derechos de autor ni similares derechos de terceros.
La licencia del software se otorga bajos los términos y condiciones del Acuerdo de licencia del software de secuenciación de Illumina en un
documento separado. Si no está de acuerdo con los términos y condiciones que figuran en dicho acuerdo, Illumina no le otorgará la licencia del
software y no podrá utilizar ni instalar el software.
Para asegurar el uso correcto y seguro de los productos descritos en este documento, personal cualificado y adecuadamente capacitado debe seguir
las instrucciones del mismo de manera rigurosa y expresa. Se debe leer y entender completamente todo el contenido de este documento antes de usar
estos productos.
SI NO SE LEE COMPLETAMENTE Y NO SE SIGUEN EXPRESAMENTE TODAS LAS INSTRUCCIONES CONTENIDAS EN ESTE
DOCUMENTO, PODRÍAN PRODUCIRSE DAÑOS AL PRODUCTO, LESIONES A LAS PERSONAS, INCLUIDOS LOS USUARIOS Y OTROS, Y
DAÑOS A OTRA PROPIEDAD.
ILLUMINA NO ASUME RESPONSABILIDAD ALGUNA QUE SURJA DEL USO INCORRECTO DE LOS PRODUCTOS AQUÍ DESCRITOS
(INCLUIDAS LAS PIEZAS O EL SOFTWARE) NI DEL USO DE DICHOS PRODUCTOS FUERA DEL ÁMBITO DE LAS LICENCIAS EXPRESAS
ESCRITAS O PERMISOS OTORGADOS POR ILLUMINA EN CONEXIÓN CON LA ADQUISICIÓN DE DICHOS PRODUCTOS POR PARTE DE
LOS CLIENTES.
SOLO PARA USO DE INVESTIGACIÓN
© 2013 Illumina, Inc. Todos los derechos reservados.
Illumina, IlluminaDx, BaseSpace, BeadArray, BeadXpress, cBot, CSPro, DASL, DesignStudio, Eco, GAIIx, Genetic Energy, Genome Analyzer,
GenomeStudio, GoldenGate, HiScan, HiSeq, Infinium, iSelect, MiSeq, Nextera, NuPCR, SeqMonitor, Solexa, TruSeq, TruSight, VeraCode, el
color naranja calabaza y el diseño de ondas de Genetic Energy son marcas comerciales o marcas registradas de Illumina, Inc. Todas las demás
marcas y nombres mencionados en el presente documento pertenecen a sus respectivos propietarios.
Este software contiene la biblioteca de SeqAn, cuya licencia otorga Illumina y que se distribuye bajo la siguiente licencia:
Copyright © 2010, Knut Reinert, FU Berlin. Todos los derechos reservados. La redistribución y el uso en formatos de fuente y binarios, con o sin
modificación, se permite siempre que se cumplan las siguientes condiciones:
1
Las redistribuciones del código de fuente deben observar la nota de copyright anterior, esta lista de condiciones y la siguiente exención
de responsabilidad.
2
Las redistribuciones en formato binario deben reproducir la nota de copyright anterior, esta lista de condiciones y la siguiente exención
de responsabilidad de la documentación o de otros materiales que suministre el distribuidor.
3
Ni el nombre de FU Berlin o Knut Reinert ni los nombres de sus contribuidores puede utilizarse para divulgar o promocionar
productos derivados de este software sin permiso expreso previo y por escrito.
ESTE SOFTWARE LO SUMINISTRAN LOS PROPIETARIOS DE LOS DERECHOS DE PROPIEDAD INTELECTUAL Y SUS CONTRIBUIDORES
"TAL CUAL" Y SE RESCINDE DE CUALQUIER GARANTÍA EXPRESA O IMPLÍCITA INCLUIDAS, ENTRE OTRAS, LAS GARANTÍAS
IMPLÍCITAS DE COMERCIALIDAD E IDONEIDAD PARA UN FIN PARTICULAR. EN NINGÚN CASO EL PROPIETARIO DE LOS DERECHOS
DE PROPIEDAD INTELECTUAL O SUS CONTRIBUIDORES SERÁN RESPONSABLES DE NINGÚN DAÑO DIRECTO, INDIRECTO,
ACCIDENTAL, ESPECIAL, EJEMPLAR O CONSECUENTE (INCLUIDO, ENTRE OTROS, LA ADQUISICIÓN DE BIENES O SERVICIOS
SUSTITUTOS, LA PÉRDIDA DE USO, DATOS O BENEFICIOS O LA INTERRUPCIÓN DE ACTIVIDAD COMERCIAL), CUALQUIERA QUE SEA
LA CAUSA Y PARTIENDO DE LA POSIBILIDAD DE RESPONSABILIDADES, YA SEA EN CONTRATO, RESPONSABILIDAD OBJETIVA O
AGRAVIO (INCLUIDA LA NEGLIGENCIA U OTRO TIPO) QUE SURJAN DE ALGÚN MODO DEL USO DE ESTE SOFTWARE, INCLUSO SI
ii
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
HUBIEREN SIDO ADVERTIDOS DE LA POSIBILIDAD DE TALES DAÑOS.
Leer antes de usar este producto
Este producto, y su uso y disposición, están sujetos a los siguientes términos y condiciones. Si el comprador no acepta estos
términos y condiciones, el comprador no contará con la autorización de Illumina para utilizar este producto, y no deberá
utilizar este producto.
1
Definiciones. "PI de aplicaciones específicas" hace referencia a los derechos de propiedad intelectual que controla o
posee Illumina que pertenecen a este producto (y al uso del mismo) solo en relación con aplicaciones específicas o
campos específicos. La IP de aplicaciones específicas excluye la propiedad intelectual que controla o posee Illumina que
cubre los aspectos o las características de este producto (o el uso del mismo) que son comunes a este producto en todas
las posibles aplicaciones y todos los posibles campos de uso (la "PI común"). La PI de aplicaciones específicas y la PI
común son subconjuntos separados y no superpuestos de todos los derechos de propiedad intelectual que controla o
posee Illumina. A modo de ejemplo, pero sin limitarse a este, los derechos de propiedad intelectual de Illumina sobre
métodos diagnósticos específicos, métodos forenses específicos o biomarcadores de ácido nucleico, secuencias o
combinaciones de biomarcadores o secuencias específicas son ejemplos de una PI de aplicaciones específicas.
"Consumibles" hacen referencia a los elementos fungibles y los reactivos de marca Illumina que ha concebido Illumina
para su uso junto con el hardware, así como para su consumo mediante el uso del hardware. "Documentación"
comprende el manual del usuario de Illumina correspondiente a este producto, incluido, entre otros, los prospectos y
cualquier otro tipo de documentación que se adjunte a este producto, al que el producto haga referencia o se encuentre en
el embalaje del mismo vigentes en la fecha de envío de Illumina. La documentación incluye este documento. "Hardware"
engloba los instrumentos, accesorios o periféricos de marca Illumina. "Illumina" hace referencia a Illumina, Inc. o a un
afiliado de Illumina, según corresponda. "Producto" comprende el producto al que se adjunta este documento (por
ejemplo, hardware, consumibles o software). "Comprador" es la persona o entidad que adquiere de manera legal y
correcta este producto de Illumina o de un distribuidor autorizado de Illumina. "Software" hace referencia al software de
marca Illumina (por ejemplo, el software que opera el hardware o el software de análisis de datos). Todo el software se
concede mediante licencia y no se vende, al tiempo que puede estar sujeto a términos adicionales que figuren en el
acuerdo de licencia del usuario final del software. "Especificaciones" incluye las especificaciones escritas de Illumina con
respecto a este producto vigentes en la fecha de envío del producto por parte de Illumina.
2
Derechos exclusivos para uso en investigación. De conformidad con estos términos y condiciones y, a menos que se
acuerde lo contrario por escrito a través de un funcionario de Illumina, al comprador solo se le concede un derecho no
exclusivo, no transferible, personal y sin posibilidad de sublicencia sobre la PI común de Illumina, existente en la fecha
de envío de este producto por parte de Illumina, con el único fin de utilizar este producto en las instalaciones del
comprador para los fines de investigación interna del comprador (que incluye los servicios de investigación prestados a
terceros) y solo conforme a la documentación de este producto, pero excluyendo de manera específica cualquier uso
que (a) requiriera derechos o una licencia por parte de Illumina sobre una PI de aplicaciones específicas, (b) constituya un
nuevo uso de un consumible utilizado previamente, (c) constituya el desmontaje, la ingeniería inversa, la compilación
inversa o el montaje inverso de este producto, (d) constituya la separación, la extracción o el aislamiento de los
componentes de este producto o de otros análisis no autorizados de este producto, (e) conceda acceso a los métodos de
funcionamiento de este producto o determine dichos métodos, (f) constituya el uso de consumibles o reactivos que no
sean de Illumina con el hardware de Illumina (no se aplica si las especificaciones o la documentación disponen lo
contrario), o bien (g) constituya la transferencia a un tercero, o la sublicencia, del software o cualquier software de
terceros. Todo el software, ya se proporcione por separado, se instale o se incorpore en un producto, se otorga en forma
de licencia al comprador y no se vende. Salvo que se estipule de manera expresa en esta sección, ningún derecho ni
ninguna licencia de los derechos de propiedad intelectual de Illumina se otorgan de manera expresa, implícita o por
impedimento legal (estoppel).
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
iii
El comprador solo será responsable de determinar si el comprador posee todos los derechos de propiedad
intelectual necesarios para los usos previstos de este producto por parte del comprador, incluidos entre otros,
cualquier derecho de terceros o derechos en relación con la PI de aplicaciones específicas. Illumina no garantiza
que los usos previstos específicos del comprador no infrinjan los derechos de propiedad intelectual de un
tercero o de una PI de aplicaciones específicas.
3
Conformidad normativa. Este producto no se ha aprobado, autorizado ni se le ha otorgado licencia alguna por parte de
la Food and Drug Administration (FDA) de EE. UU. o de cualquier otra entidad regulatoria, ya sea extranjera o nacional,
para ningún uso previsto específico, bien para su uso en investigación, uso comercial, uso diagnóstico o de cualquier otro
tipo. Este producto contiene la etiqueta Solo para uso de investigación. El comprador debe asegurarse de que cuenta con
todas las aprobaciones regulatorias pertinentes para los usos previstos de este producto por parte del comprador.
4
Usos no autorizados. El comprador acepta: (a) utilizar cada consumible solo una vez, y (b) utilizar solo consumibles o
reactivos de Illumina con el hardware de Illumina. Las limitaciones en (a)-(b) no se aplican si la documentación o las
especificaciones de este producto disponen lo contrario. El comprador acepta no involucrarse en ninguna de las
siguientes actividades, ni tampoco autoriza a ningún tercero a involucrarse en ninguna de las mismas: (i) desmontar,
llevar a cabo actos de ingeniería inversa, compilación inversa o montaje inverso del producto, (ii) separar, extraer o aislar
componentes de este producto, o bien someter a este producto o a sus componentes a cualquier análisis que no se haya
autorizado expresamente en la documentación de este producto, (iii) otorgar acceso a los métodos de funcionamiento de
este producto o intentar determinarlos, o bien (iv) transferir a un tercero, o conceder una sublicencia, en relación con
cualquier software o cualquier software de terceros. Además, el comprador acepta que el contenido y los métodos de
funcionamiento de este producto son propiedad de Illumina y que este producto contiene o incluye secretos de mercado
de Illumina. Las condiciones y restricciones que figuran en estos términos y condiciones se negocian como condiciones
de venta y, por tanto, controlan la venta de este producto, así como su uso por parte del comprador.
5
Limitación de responsabilidades. EN LA MEDIDA EN QUE LO PERMITA LA LEY, EN NINGÚN CASO SE
CONSIDERARÁ RESPONSABLE A ILLUMINA NI A SUS PROVEEDORES EN RELACIÓN CON EL
COMPRADOR O CUALQUIER TERCERO DE LOS COSTES DE GESTIÓN DE SUSTITUCIÓN DE
PRODUCTOS O SERVICIOS, DE LA PÉRDIDA DE BENEFICIOS, DATOS U OPERACIONES COMERCIALES,
NI DE NINGÚN DAÑO INDIRECTO, ESPECIAL, ACCIDENTAL, EJEMPLAR, CONSECUENTE O PUNITIVO DE
NINGÚN TIPO DERIVADO DE O RELACIONADO CON, ENTRE OTROS, LA VENTA DE ESTE PRODUCTO,
SU USO, EL CUMPLIMIENTO DE ILLUMINA DE LA PRESENTE NI DE CUALQUIERA DE ESTOS TÉRMINOS
Y CONDICIONES, YA SE DERIVEN O PROCEDAN DE CUALQUIER PRINCIPIO DE RESPONSABILIDAD
(BIEN POR CONTRATO, DELITO [INCLUIDA LA NEGLIGENCIA], RESPONSABILIDAD ESTRICTA O
CUALQUIER OTRO TIPO DE RESPONSABILIDAD).
6
LA RESPONSABILIDAD TOTAL Y ACUMULATIVA DE ILLUMINA CON RESPECTO AL COMPRADOR O
CUALQUIER TERCERO DERIVADA DE, O EN RELACIÓN CON, ESTOS TÉRMINOS Y CONDICIONES,
INCLUIDOS, ENTRE OTROS, ESTE PRODUCTO (INCLUIDO EL USO DEL MISMO) Y EL CUMPLIMIENTO
DE ILLUMINA CONFORME A LA PRESENTE, YA SEA POR CONTRATO, DELITO (INCLUIDA LA
NEGLIGENCIA), RESPONSABILIDAD ESTRICTA O CUALQUIER OTRO TIPO DE RESPONSABILIDAD, NO
SUPERARÁ EN NINGÚN CASO LA CANTIDAD PAGADA A ILLUMINA POR ESTE PRODUCTO.
7
Limitaciones sobre las garantías concedidas por Illumina. EN LA MEDIDA QUE LO PERMITA LA LEY Y
SUJETO A LA GARANTÍA EXPRESA DEL PRODUCTO QUE FIGURA EN ESTOS TÉRMINOS Y
CONDICIONES, ILLUMINA NO OTORGA NINGUNA GARANTÍA (Y RENUNCIA DE MANERA EXPRESA A
CUALQUIER GARANTÍA), YA SEA EXPRESA, IMPLÍCITA O LEGAL, EN RELACIÓN CON ESTE PRODUCTO,
INCLUIDAS ENTRE OTRAS, CUALQUIER GARANTÍA IMPLÍCITA DE COMERCIALIZACIÓN, IDONEIDAD
PARA UN PROPÓSITO PARTICULAR, DE NO INFRACCIÓN O DERIVADA DE UN RENDIMIENTO,
ACUERDO, USO O TRANSACCIÓN COMERCIAL. SIN LIMITAR LA GENERALIDAD DE LO DISPUESTO
iv
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
ANTERIORMENTE, ILLUMINA NO AFIRMA, REPRESENTA NI GARANTIZA DE NINGUNA MANERA LA
UTILIDAD DE ESTE PRODUCTO PARA LOS USOS PREVISTOS DEL COMPRADOR.
8
Garantía del producto. Todas las garantías son personales en relación con el comprador y no se pueden transferir ni
asignar a un tercero, incluido un afiliado del comprador. Todas las garantías son específicas de las instalaciones y no se
transfieren si el producto se traslada a otra instalación del comprador, a menos que Illumina efectúe dicho traslado.
a
Garantía de los consumibles. Illumina garantiza que los consumibles, que no sean consumibles personalizados,
cumplirán sus especificaciones hasta un periodo de (i) 3 meses a partir de la fecha de envío por parte de Illumina, y
(ii) cualquier fecha de caducidad o el final de su vida útil impresa previamente en dicho consumible por parte de
Illumina, pero en ningún caso será superior a un periodo de 12 meses a partir de la fecha de envío. En relación con
los consumibles personalizados (esto es, consumibles fabricados de acuerdo con las especificaciones o los diseños
elaborados por el comprador o que el comprador, o alguna entidad en su nombre, proporciona a Illumina), Illumina
solo garantiza que los consumibles personalizados se fabricarán y probarán de acuerdo con los procesos de control
de calidad y fabricación estándar de Illumina. Illumina no garantiza que los consumibles personalizados funcionen
de manera prevista por el comprador o para los usos previstos del comprador.
b
Garantía del hardware. Illumina garantiza que el hardware, siempre que no se trate de componentes actualizados,
cumplirá sus especificaciones durante un periodo de 12 meses tras la fecha de envío por parte de Illumina, a menos
que el hardware incluya la instalación ofrecida por Illumina, en cuyo caso el periodo de garantía comienza en la
fecha de instalación o 30 días después de la fecha de envío, lo que ocurra primero ("Garantía básica del hardware").
El término "componentes actualizados" hace referencia a los componentes, las modificaciones o las mejoras de
Illumina en el hardware que el comprador haya adquirido previamente. Illumina garantiza que los componentes
actualizados cumplirán sus especificaciones durante un periodo de 90 días a partir de la fecha de instalación de
dichos componentes actualizados. Los componentes actualizados no amplían el periodo de garantía del hardware a
menos que la actualización la haya llevado a cabo Illumina en las instalaciones de Illumina, en cuyo caso el hardware
actualizado enviado al comprador incorporará una garantía básica del hardware.
c
Exclusiones de la cobertura de la garantía. Las anteriores garantías no se aplican en la medida en que un
incumplimiento se deba a (i) un abuso, uso indebido, abandono, negligencia, accidente, almacenamiento inadecuado
o un uso contrario a las disposiciones de la documentación o las especificaciones, (ii) una manipulación, instalación,
mantenimiento o reparación indebidas (que no sean realizadas por el personal de Illumina), (iii) alteraciones no
autorizadas, (iv) sucesos de fuerza mayor, o bien (v) su uso con un producto de terceros no suministrado por
Illumina (a menos que la documentación o las especificaciones del producto dispongan de manera expresa que
dicho producto de tercero es para su uso con el producto).
d
Procedimiento para la cobertura de la garantía. Con el objeto de ser apto para cualquier servicio de reparación o
sustitución conforme a esta garantía, el comprador debe (i) ponerse en contacto con la mayor brevedad posible con
el departamento de asistencia de Illumina para informarle del incumplimiento, (ii) cooperar con Illumina en la
confirmación o el diagnóstico del incumplimiento y (iii) devolver este producto, con pago previo de los costes de
transporte a Illumina de acuerdo con las instrucciones de Illumina o, si se acuerda entre Illumina y el comprador,
conceder acceso a este producto al personal de reparación autorizado de Illumina con el objeto de confirmar el
incumplimiento y realizar las reparaciones pertinentes.
e
Único recurso legal conforme a la garantía. Según su criterio, Illumina reparará o sustituirá el producto no
conforme a las especificaciones que se confirme que está cubierto por esta garantía. Los consumibles reparados o
sustituidos ofrecen una garantía de 30 días. El hardware se puede reparar o sustituir por un hardware o componentes
funcionalmente equivalentes, reacondicionados o nuevos (solo si un componente del hardware no cumple las
especificaciones). Si el hardware se sustituye en su totalidad, el periodo de garantía correspondiente a la sustitución
es de 90 días a partir de la fecha de envío o el periodo restante de la garantía del hardware original, lo que sea más
breve. Si solo se repara o sustituye un componente, el periodo de garantía de dicho componente será de 90 días a
partir de la fecha de envío o el periodo restante de la garantía del hardware original, lo que finalice antes. Las
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
v
f
9
anteriores disposiciones establecen la única solución del comprador y las únicas obligaciones de Illumina conforme
a la garantía que se otorga por la presente.
Productos de terceros y garantía. Illumina no tiene ninguna obligación de garantía en relación con ningún producto
procedente de un tercero y que se suministre al comprador de acuerdo con los presentes términos y condiciones.
Los productos de terceros son aquellos que están etiquetados o se comercializan con el nombre de un tercero. La
garantía de los productos de terceros, si la hubiera, la proporciona el fabricante original. Mediante una solicitud por
escrito, Illumina intentará transferir dicha garantía al comprador.
Indemnización.
a
Indemnización por infracción por parte de Illumina. Conforme a estos términos y condiciones, incluidas entre
otras, las exclusiones de las obligaciones de indemnización de Illumina (sección 9(b) más adelante) y las
condiciones de obligación de indemnización (sección 9(d) a continuación), Illumina (i) defenderá, indemnizará y
eximirá al comprador frente a cualquier reclamación o demanda de terceros en la que se alegue que este producto, al
utilizarse con fines de investigación, de acuerdo con estos términos y condiciones y de acuerdo con la
documentación y las especificaciones de este producto, infringe los derechos de propiedad intelectual válidos y
ejecutables de un tercero, y (ii) pagará todas las liquidaciones derivadas, y todos los costes y juicios finales
(incluidos los honorarios razonables de los abogados) que se le imputen al comprador en relación con dicha
reclamación de infracción. Si este producto, o alguna de sus partes, pasa a ser, o según la opinión de Illumina puede
ser, el objeto de una reclamación por infracción, Illumina tendrá derecho, según su propio criterio, a (A) procurar al
comprador el derecho a continuar utilizando este producto, (B) modificar o sustituir este producto con una
sustitución no infractora sustancialmente equivalente, o bien (C) solicitar la devolución de este producto y finalizar
los derechos, la licencia y cualquier otro permiso otorgado al comprador en relación con este producto, así como a
reembolsar al comprador el valor depreciado (tal como se muestra en los registros oficiales del comprador) del
producto devuelto en el momento de dicha devolución; siempre que, no se otorgue ningún tipo de reembolso para
consumibles utilizados o caducados. Esta sección establece la responsabilidad total de Illumina por cualquier
infracción de derechos de propiedad intelectual de terceros.
b
Exclusiones de obligaciones de indemnización por parte de Illumina. Illumina no tiene la obligación de
defender, indemnizar ni eximir al comprador frente a ninguna reclamación por infracción de Illumina en la medida
en que dicha infracción se deba a los siguientes casos: (i) el uso de este producto en una manera o para un propósito
que se encuentre fuera del ámbito de la finalidad de uso para investigación, (ii) el uso de este producto en una
manera que no sea conforme a sus especificaciones, su documentación, los derechos concedidos de manera expresa
al comprador conforme estos términos y condiciones, o cualquier infracción por parte del comprador de estos
términos y condiciones, (iii) el uso de este producto junto con cualquier otro producto, material o servicio no
prestados por Illumina, (iv) el uso de este producto para realizar un ensayo u otro proceso no proporcionado por
Illumina, o bien (v) el cumplimiento de las especificaciones o instrucciones por parte de Illumina para este producto
que ha proporcionado el comprador, o que se han proporcionado en su nombre (las condiciones de (i) a (v) se
denominan "reclamación excluida").
c
Indemnización por parte del comprador. El comprador defenderá, indemnizará y eximirá a Illumina, sus
afiliados, sus colaboradores no afiliados y los socios de desarrollo que contribuyeron al desarrollo de este
producto, así como a sus funcionarios, directores, representantes y empleados correspondientes frente a cualquier
reclamación, responsabilidad, daño, multa, pena, demanda y pérdida de cualquier tipo, incluidos entre otros,
reclamaciones por daños personales o muerte y la infracción de los derechos de propiedad intelectual de terceros,
que se deriven, estén relacionados o procedan de (i) una infracción por parte del comprador de cualquiera de estos
términos y condiciones, (ii) el uso del comprador de este producto fuera del ámbito de su uso para investigación,
(iii) cualquier uso de este producto que no sea conforme a las especificaciones o la documentación de este
documento, o bien (iv) cualquier reclamación excluida.
d
Condiciones para obligaciones de indemnización. Las obligaciones de indemnización de las partes estarán
condicionadas por las siguientes acciones de la parte que solicita la indemnización: (i) notificación inmediata a la otra
parte por escrito de dicha reclamación o demanda, (ii) concesión de autorización y control exclusivo a la otra parte
vi
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
e
sobre la defensa y arreglo de cualquier reclamación o demanda, (iii) no admisión de la infracción de ningún derecho
de propiedad intelectual sin el consentimiento previo por escrito de la otra parte, (iv) la no negociación de ningún
acuerdo o compromiso en relación con dicha reclamación o demanda sin el consentimiento previo por escrito de la
otra parte y (v) la prestación de asistencia razonable a la otra parte en la defensa de la reclamación o demanda;
siempre que, la parte reembolse a la parte indemnizada los gastos razonables complementarios que se deriven de la
prestación de dicha asistencia.
Productos de terceros e indemnización. Illumina no tiene ninguna obligación de indemnización en relación con
ningún producto procedente de un tercero y que se suministre al comprador. Los productos de terceros son aquellos
que están etiquetados o se comercializan con el nombre de un tercero. Los derechos de indemnización del
comprador, si los hubiera, en relación con los productos de terceros serán conforme a la indemnización del
propietario de la patente o del fabricante original. Mediante una solicitud por escrito, Illumina intentará transferir
dicha indemnización, si la hubiera, al comprador.
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
vii
Historial de revisiones
N.° de
referencia
Revisión
Fecha
15023355_ESP
K
Mayo de 2013
Sustitución de los siguientes reactivos:
• RMR para RMX
15023355
J
Enero de 2013
Corrección de error; se eliminó la información de 1500 de las
secciones de realización de un experimento de secuenciación
(Solo disponible en inglés)
15023355
H
Noviembre
de 2012
Revisión para admitir HCS 2.0
(Solo disponible en inglés)
15023355
G
Julio de 2012
Enumeración de los requisitos de los cebadores para las
bibliotecas de HT de TruSeq y de Nextera
Adición de lista de bibliotecas de doble índice admitidas
Actualización de la configuración del experimento para
bibliotecas de doble índice para especificar la caja TruSeq Dual
Index Sequencing Primer Box, independientemente de los
cebadores de secuenciación que se utilicen para el
experimento
(Solo disponible en inglés)
viii
Descripción del cambio
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
Revisión
Fecha
15023355
F
Abril de 2012
Modificación del flujo de trabajo de configuración del
experimento: deben cambiarse las juntas del distribuidor
antes de realizar el lavado de mantenimiento del instrumento,
en lugar de antes de cargar la celda de flujo agrupada
Adición de la siguiente información:
• Descripciones de los experimentos de secuenciación de un
solo índice y de doble índice
• Descripción de bibliotecas de doble índice
• Ejemplo de volúmenes de ICB para experimentos de
doble índice
• Instrucciones de preparación de reactivos para SBS,
"paired-end" y de indexado, incluidos los cebadores de
secuenciación necesarios para bibliotecas de doble índice
• Énfasis en el uso de la versión correcta de la caja TruSeq
Dual Index Sequencing Primer Box según el tipo de celda
de flujo
(Solo disponible en inglés)
15023355
E
Octubre de
2011
Corrección de la siguiente información:
• Duración aproximada del experimento para experimentos
no indexados
• Número de kits necesarios para experimentos de doble
índice, incluido el número máximo de ciclos realizados con
un kit de 200 ciclos
• Instrucciones para la división de la ICB para experimentos
"paired-end" de doble índice
• Requisitos de una hoja de muestras válida
• Volúmenes de HP3 para experimentos indexados
(Solo disponible en inglés)
15023355
D
Octubre de
2011
Actualización de descripciones de software a HCS v1.5
Adición de instrucciones para la configuración y realización de
experimentos de doble índice para bibliotecas de Nextera
(Solo disponible en inglés)
15023355
C
Junio de 2011
Adición de instrucciones para la carga de 25 ml de agua de
laboratorio a la posición 2 de SBS para el enjuague automático
posterior al experimento
(Solo disponible en inglés)
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
Descripción del cambio
ix
Historial de revisiones
N.° de
referencia
N.° de
referencia
Revisión
Fecha
15023355
B
Abril de 2011
15023355
A
Marzo de
2011
x
Descripción del cambio
Actualización de descripciones de software a HCS v1.4
Adición de la siguiente información:
• Descripción de la comprobación de orientación de la celda
de flujo
• Duraciones aproximadas de los experimentos para HCS
v1.4
• Compatibilidad de versiones de software y de las
versiones de kit de reactivos para varios tipos de celdas de
flujo
• Información sobre los reactivos en el kit TruSeq SBS v3,
incluida la descripción del flujo de trabajo alternativo de
SBS v3 para la carga de reactivos
• Instrucciones para la inactividad del instrumento
Actualización de la siguiente información:
• Posiciones del reactivo con los nombres del reactivo SBS
v3
• Instrucciones para el apagado del instrumento
• Aumento de la cantidad de agua necesaria para el lavado
de mantenimiento del instrumento
(Solo disponible en inglés)
Publicación inicial
(Solo disponible en inglés)
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
Índice
Historial de revisiones
Índice
Capítulo 1 Descripción general
Introducción
Configuración y componentes de HiSeq
Descripción de secuenciación de un solo índice
Descripción de secuenciación de doble índice
Consumibles para secuenciación
Consumibles proporcionados por el usuario
Inicio de HiSeq
Capítulo 2 Software HiSeq
Introducción
Interfaz del software de control de HiSeq (HCS)
Pantallas de configuración del experimento
Pantallas de configuración previa al experimento
Pantallas de inicio del experimento
Pantalla de resumen del experimento
Detención y reanudación de un experimento
Pausa de un experimento
Carpetas del experimento
Descripción de hoja de muestras
Espacio disponible en el disco
Capítulo 3 Realización de un experimento de secuenciación
Introducción
Flujo de trabajo de secuenciación
Preparación de reactivos SBS
Preparación de reactivos de indexado
Introducción de parámetros del experimento
Carga y cebado de reactivos
Carga de una celda de flujo
Supervisión del experimento
Preparación de reactivos para la Lectura 2
Carga de reactivos para la Lectura 2
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
viii
xi
1
2
4
11
13
17
23
24
25
26
28
34
46
50
53
56
60
62
64
66
67
68
70
73
80
85
89
100
107
109
114
xi
Capítulo 4 Procedimientos posteriores al experimento
Introducción
Descarga y cálculo del peso de los reactivos
Realización de un lavado de mantenimiento del instrumento
Realización de un lavado con agua
Inactividad del instrumento
Apagado del instrumento
Capítulo 5 Análisis en tiempo real
117
118
119
120
125
127
128
129
Descripción de Análisis en tiempo real (RTA)
Supervisión de datos estadísticos de la ejecución
Datos de salida del análisis en tiempo real (RTA)
130
132
134
Capítulo 6 Solución de problemas
141
Introducción
Posibles problemas de configuración de experimentos
Realización de una comprobación de fluídica
Repetición de la hibridación de cebadores de Lectura 2
Si BaseSpace no está disponible
142
143
144
145
146
Índice alfabético
147
Asistencia técnica
151
xii
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
Capítulo 1 Descripción general
Introducción
Configuración y componentes de HiSeq
Descripción de secuenciación de un solo índice
Descripción de secuenciación de doble índice
Consumibles para secuenciación
Consumibles proporcionados por el usuario
Inicio de HiSeq
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
2
4
11
13
17
23
24
1
Capítulo 1
Descripción general
Descripción general
Introducción
El sistema Illumina HiSeq® combina la tecnología más avanzada con tecnología SBS
probada, definiendo nuevos estándares de rendimiento, sencillez y rentabilidad.
El sistema HiSeq incluye las siguientes características:
} Adquisición de imágenes de las dos superficies: Utiliza un sistema de epifluorescencia de cuatro cámaras con innovadora tecnología de adquisición de
imágenes que permite la adquisición de imágenes de las dos superficies.
} Refrigerador de reactivos de alta capacidad: El compartimento de reactivos tiene una
gran capacidad y almacena la cantidad de reactivos suficiente para todo el
experimento de secuenciación.
} Fluídica integrada para experimentos "paired-end": La fluídica "paired-end" integrada
suministra reactivos del compartimento de reactivos a la celda de flujo para la
resíntesis de la Lectura 2 y para la secuenciación indexada.
} Opciones de control de la interfaz: La interfaz del software del instrumento
proporciona opciones para la configuración de un experimento y el funcionamiento del
instrumento utilizando el monitor táctil o el teclado integrado.
} Conectividad de BaseSpace: El sistema HiSeq ahora presenta una opción para enviar
datos sobre el estado y la secuenciación del instrumento a la solución genómica en la
nube BaseSpace en tiempo real con el objeto de simplificar el control de calidad y el
análisis del instrumento. El control en tiempo real de experimentos desde cualquier
lugar, incluida la asistencia técnica de Illumina, permite solucionar los problemas con
una gran rapidez. BaseSpace facilita la colaboración mediante la posibilidad de
intercambio instantáneo de resultados con cualquier persona de cualquier parte del
mundo. La alineación libre, la llamada de variantes y la tienda de aplicaciones de
BaseSpace proporcionan numerosos flujos de trabajo fáciles de utilizar que adaptan los
análisis a diversas aplicaciones biológicas.
Público y finalidad
Esta guía contiene información sobre el sistema HiSeq. Ofrece una descripción general de
los componentes del instrumento y de las características del software, junto con
instrucciones completas sobre cómo realizar un experimento de secuenciación.
Esta guía va dirigida únicamente al personal de laboratorio y a otras personas
responsables de las tareas siguientes:
} Funcionamiento del instrumento
2
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
Introducción
} Realización de experimentos de secuenciación
} Realización del mantenimiento del instrumento y los componentes
} Formación del personal acerca del instrumento
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
3
Descripción general
Configuración y componentes de HiSeq
Configuración del sistema
HiSeq se suministra con una estación de trabajo especializada que se personaliza de
acuerdo con los requisitos del sistema más actuales. La estación de trabajo informatizada
es un subsistema especializado del instrumento y no admite ni está diseñada para
utilizarse como estación de trabajo con fines generales.
El sistema HiSeq está formado por el instrumento HiSeq, que incluye un monitor, una
estación de trabajo especializada que está personalizada de acuerdo con los requisitos del
sistema más actuales, un lector de códigos de barras, un teclado, un ratón y un sistema de
alimentación universal.
Componentes
} Compartimento de reactivos: Contiene gradillas que contienen a su vez los reactivos
necesarios para los experimentos de secuenciación o soluciones de lavado para el
lavado del instrumento.
} Compartimento de la celda de flujo: Contiene la platina de la celda de flujo controlada
por vacío, que mantiene las celdas de flujo en su sitio durante experimentos de
secuenciación.
} Compartimento de fluídica: Contiene bombas de fluídica que suministran reactivos a
la celda de flujo y, a continuación, al contenedor de residuos.
} Módulo óptico cerrado: Contiene componentes ópticos que permiten la adquisición de
imágenes de las dos superficies de la celda de flujo, digitalizando A, C, G y T al mismo
tiempo mediante epi-fluorescencia. El haz láser de excitación pasa a través del objetivo,
que capta también la fluorescencia.
} Barra de estado: Utiliza tres colores para indicar el estado del instrumento. El azul
indica que el instrumento está en funcionamiento, el naranja indica que el instrumento
necesita atención y el verde indica que el instrumento está listo para empezar el
siguiente experimento.
4
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
A
B
C
D
E
Módulo óptico
Compartimento de celdas de flujo
Compartimento de fluídica
Barra de estado
Compartimento de reactivos
Para configurar un experimento de secuenciación en el sistema HiSeq, deberá acceder al
compartimento de reactivos y al compartimento de la celda de flujo.
Compartimento de reactivos
El compartimento de reactivos es un refrigerador de reactivos de alta capacidad que
contiene dos gradillas de reactivos: una para reactivos SBS y una para reactivos "pairedend". Los mangos de los dispensadores bajan los dispensadores y los introducen en las
botellas de reactivo en cada gradilla.
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
5
Configuración y componentes de HiSeq
Figura 1 Compartimentos principales de HiSeq 1000
Descripción general
Figura 2 Compartimento de reactivos
A
B
C
Mangos del dispensador
Gradilla de reactivos para reactivos "paired-end" o de indexado
Gradilla de reactivos para reactivos SBS
} Gradillas de reactivos SBS: La gradilla de reactivos SBS, situada en el extremo
derecho, alberga botellas cónicas de 250 ml. La gradilla de reactivos tiene posiciones
numeradas que se corresponden con las conexiones de la bomba de fluídica.
} Gradilla de reactivos "paired-end": La gradilla de reactivos "paired-end", ubicada a la
izquierda de la gradilla SBS, alberga tubos cónicos de 15 ml que contienen reactivos
"paired-end" y de indexado.
} Refrigerador de reactivos: El refrigerador de reactivos está diseñado para mantener la
temperatura de los reactivos a 4 °C. No está diseñado para enfriar los reactivos; por
tanto, los reactivos deben enfriarse antes de cargarlos en el instrumento.
Compartimento de celdas de flujo
El compartimento de celdas de flujo contiene la platina de celda de flujo, la estación
térmica, el sistema de vacío y las conexiones del sistema de fluídica para la celda de flujo.
La celda de flujo está colocada en la platina de celda de flujo, que entra y sale del módulo
óptico. La celda de flujo está colocada en el soporte de la celda de flujo con los orificios de
6
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
Figura 3 Platina de la celda de flujo
A
B
Celda de flujo
Palanca de la celda de flujo
Fusibles
Solo los ingenieros de servicio de campo de Illumina están cualificados para sustituir los
fusibles internos. El módulo de entrada de corriente incluye dos fusibles de entrada en los
conductos de entrada de alto voltaje. Estos fusibles son de tamaño 5x20 y están clasificados
como 10 amperios, 250 V CA, acción lenta.
Cables de alimentación
El sistema HiSeq se suministra con un conector C13 de conformidad con la norma
internacional IEC 60320 y se envía con un cable de alimentación específico de cada región.
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
7
Configuración y componentes de HiSeq
entrada y salida mirando hacia abajo, y fijada en su sitio mediante vacío. El vacío se
controla mediante la palanca de la celda de flujo iluminada, situada delante del soporte de
la celda de flujo. La palanca de la celda de flujo cambia a verde cuando la junta de vacío
está asegurada.
Descripción general
Las tensiones peligrosas se eliminan del instrumento solamente cuando el cable de
alimentación está desconectado de la fuente de alimentación de CA.
Para obtener conectores o cables de alimentación equivalentes que cumplan con las
normativas locales, consulte a otros proveedores, como Interpower Corporation
(www.interpower.com).
PRECAUCIÓN
Nunca utilice un cable alargador para conectar el instrumento a un sistema de alimentación.
Salida de calor
A continuación, se muestra la salida de calor de un instrumento HiSeq con ordenador
personal y monitor.
Tabla 1 Salida de calor por instrumento
Componente
Instrumento
Ordenador y monitor
Total de instrumentos, ordenadores y
monitores
Potencia
registrada (W)
750
750
1500
Salida térmica
(BTU/h)
2600
1400
4000
PRECAUCIÓN
No utilice HiSeq si se ha extraído alguno de los paneles. No toque la estación de temperatura
en el compartimento de imágenes. El calentador con efecto Peltier utilizado en la zona de la
platina se suele controlar entre una temperatura ambiente (22 °C) y 85 °C. La exposición a
temperaturas en el extremo superior de este rango podría provocar quemaduras.
Radiación láser
HiSeq es un producto láser de Clase 1 que incluye dos láseres de Clase 4.
Los láseres de Clase 4 presentan riesgo ocular debido a una reflexión directa y difusa. Evite
la exposición de los ojos o la piel a la radiación láser de Clase 4 directa o reflejada. Los
láseres de Clase 4 pueden provocar la combustión de materiales inflamables, y
quemaduras y lesiones graves en la piel como consecuencia de la exposición directa.
8
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
Figura 4 Advertencia de láser de Clase 4
Precauciones de láser del lector de códigos de barras
Con el sistema de secuenciación HiSeq, se suministra un lector de códigos de barras
manual que incluye un láser de Clase 2. El lector de códigos de barras es un producto láser
de Clase 2. No mire directamente al haz de luz visible del lector de códigos de barras.
Marcas normativas y de cumplimiento
HiSeq incluye las marcas normativas y de cumplimiento siguientes.
Marca
Significado
Esta etiqueta garantiza que el producto cumple los requisitos de todas las
directivas de la UE pertinentes.
Esta etiqueta garantiza que el producto cumple los requisitos normativos chinos
de la directiva RoHS.
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
9
Configuración y componentes de HiSeq
No utilice el instrumento si se ha extraído alguno de los paneles. Si la puerta delantera del
instrumento está abierta, el haz láser se bloquea mediante conmutadores de interbloqueo de
seguridad. El uso del instrumento con alguno de los paneles extraídos conlleva riesgo de
exposición a la luz láser directa o reflejada.
Descripción general
Marca
Significado
Esta etiqueta garantiza que el producto cumple las normativas de seguridad y
ha sido probado y certificado por una organización independiente.
Esta etiqueta garantiza que el producto cumple la directiva de eliminación de
residuos RAEE. Devuelva el instrumento a Illumina para su eliminación.
10
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
La secuenciación de un solo índice incluye una lectura del índice tras la Lectura 1.
Figura 5 Secuenciación de un solo índice
Lectura 1
La Lectura 1 sigue el protocolo de secuenciación de la Lectura 1 estándar con los reactivos
que se suministran en el kit TruSeq SBS. El cebador de secuenciación de la Lectura 1 se une
a la cadena molde durante el proceso de generación de grupos en el cBot.
} Cuando secuencie las bibliotecas de doble índice de Nextera, debe utilizar el cebador de
secuenciación que se suministra en la caja TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box,
HP10, que se utiliza en el cBot en lugar del HP6. Para obtener más información,
consulte la Guía del usuario del cBot, n.° de referencia 15006165_ESP.
} Cuando secuencie bibliotecas de un solo índice de LT/v2 de TruSeq o bibliotecas de
doble índice de HT de TruSeq, puede utilizar el HP6 o el HP10.
Preparación de la lectura del índice
El producto de la Lectura 1 se retira y el cebador de secuenciación del índice 1 (i7) se une a
la misma cadena molde, lo que produce la lectura del índice 1 (i7).
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
11
Descripción de secuenciación de un solo índice
Descripción de secuenciación de un solo índice
Descripción general
} Cuando secuencie las bibliotecas de doble índice, debe utilizar el cebador de
secuenciación adecuado que se suministra en la caja TruSeq Dual Index Sequencing
Primer Box, HP12, que se utiliza en lugar del HP8.
} Cuando secuencie bibliotecas de un solo índice de LT/v2 de TruSeq o bibliotecas de
doble índice de HT de TruSeq, puede utilizar el HP8 o el HP12.
Lectura del índice 1 (i7)
Tras la preparación de la lectura del índice, se realiza la lectura del índice 1 (i7).
} Cuando se secuencian las bibliotecas de un solo índice, la lectura del índice se
compone de siete ciclos de secuenciación.
} Cuando se secuencian las bibliotecas de doble índice (Nextera o TruSeq HT), la lectura
del índice se compone de ocho ciclos de secuenciación.
Resíntesis de la Lectura 2
El producto de la lectura del índice se elimina y se utiliza la cadena molde original para
volver a generar la cadena complementaria. A continuación, se elimina la cadena molde
original para permitir la hibridación del cebador de secuenciación de la Lectura 2.
} Cuando secuencie las bibliotecas de doble índice de Nextera, debe utilizar el cebador de
secuenciación que se suministra en la caja TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box,
HP11, que se utiliza en lugar del HP7.
} Cuando secuencie bibliotecas de un solo índice de LT/v2 de TruSeq o bibliotecas de
doble índice de HT de TruSeq, puede utilizar el HP7 o el HP11.
Lectura 2
La Lectura 2 sigue el protocolo de secuenciación "paired-end" estándar con los reactivos
que se suministran en el kit TruSeq SBS.
12
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
NOTA
Para realizar experimentos de secuenciación de doble índice, es necesario el software de
control de HiSeq (HCS) v1.5 o posterior.
La secuenciación de doble índice incluye dos lecturas del índice tras la Lectura 1.
Figura 6 Secuenciación "single-read" (de lectura individual) de doble índice
Figura 7 Secuenciación "paired-end" de doble índice
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
13
Descripción de secuenciación de doble índice
Descripción de secuenciación de doble índice
Descripción general
Lectura 1
La Lectura 1 sigue el protocolo de secuenciación de la Lectura 1 estándar con los reactivos
que se suministran en el kit TruSeq SBS. El cebador de secuenciación de la Lectura 1 se une
a la cadena molde durante el proceso de generación de grupos en el cBot.
} Cuando secuencie las bibliotecas de doble índice de Nextera, debe utilizar el cebador de
secuenciación correspondiente que se suministra en la caja TruSeq Dual Index
Sequencing Primer Box, HP10, que se utiliza en el cBot en lugar del HP6. Para obtener
más información, consulte la Guía del usuario del cBot, n.° de referencia 15006165_ESP.
} Cuando se secuencian las bibliotecas de doble índice de HT de TruSeq, puede utilizar
el HP6 o el HP10.
Preparación de la lectura del índice
El producto de la Lectura 1 se retira y el cebador de secuenciación del índice 1 (i7) se une a
la misma cadena molde, lo que produce la lectura del índice 1 (i7).
} Cuando secuencie las bibliotecas de doble índice de Nextera, debe utilizar el cebador de
secuenciación que se suministra en la caja TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box,
HP12, que se utiliza en lugar del HP8.
} Cuando se secuencian las bibliotecas de doble índice de HT de TruSeq, puede utilizar
el HP8 o el HP12.
Lectura del índice 1 (i7)
Tras la preparación de la lectura del índice, se realiza la lectura del índice 1 (i7). Cuando se
secuencian las bibliotecas de doble índice (Nextera o TruSeq HT), la lectura del índice se
compone de ocho ciclos de secuenciación.
Lectura del índice 2 (i5)
El proceso de la lectura del índice 2 (i5) es diferente para los experimentos que se realicen
en celdas de flujo "single-read " (de lectura individual) y para los experimentos que se
realicen en celdas de flujo "paired-end":
} Celdas de flujo "single-read" (de lectura individual): El producto de la lectura del
Índice 1 (i7) se retira y la mezcla para el cebador de secuenciación del Índice 2 (i5),
HP9, se une a la misma cadena molde. HP9 viene incluido en la caja TruSeq Dual
Index Sequencing Primer Box y es necesario para experimentos de doble índice en las
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N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
Resíntesis de la Lectura 2
El producto de la lectura del índice se elimina y se utiliza la cadena molde original para
volver a generar la cadena complementaria. A continuación, se elimina la cadena molde
original para permitir la hibridación del cebador de secuenciación de la Lectura 2.
} Cuando secuencie las bibliotecas de doble índice de Nextera, debe utilizar el cebador de
secuenciación que se suministra en la caja TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box,
HP11, que se utiliza en lugar del HP7.
} Cuando se secuencian las bibliotecas de doble índice de HT de TruSeq, puede utilizar
el HP7 o el HP11.
Lectura 2
La Lectura 2 sigue el protocolo de secuenciación "paired-end" estándar con los reactivos
que se suministran en el kit TruSeq SBS.
Bibliotecas de doble índice
Las bibliotecas de doble índice son bibliotecas preparadas con adaptadores que contienen
dos índices:
} Índice 1 (i7), un índice de ocho bases adyacente a la cadena P7
} Índice 2 (i5), un índice de ocho bases adyacente a la cadena P5
Durante la preparación de muestras, se organizan hasta 12 secuencias únicas del Índice 1
en las columnas de una placa de 96 pocillos y hasta ocho secuencias únicas del Índice 2 en
las filas, lo que se traduce en hasta 96 adaptadores de doble índice únicos.
Bibliotecas de doble índice admitidas
La secuenciación de doble índice del sistema HiSeq es compatible con bibliotecas
preparadas con los siguientes kits de preparación de muestras de Illumina:
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
15
Descripción de secuenciación de doble índice
celdas de flujo "single-read" (de lectura individual) independientemente del tipo de
biblioteca (Nextera o TruSeq HT). El experimento realiza ocho ciclos de secuenciación.
} Celdas de flujo "paired-end": El producto de la lectura del índice 1 (i7) se elimina. La
mezcla para resíntesis, RMR, desprotege el cebador P5 injertado en la superficie de la
celda de flujo y el molde se une al cebador P5 injertado. El experimento realiza siete
ciclos adicionales de solo química (no se adquiere ninguna imagen), seguido de ocho
ciclos de secuenciación.
Descripción general
}
}
}
}
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Kits
Kits
Kits
Kits
de preparación
de preparación
de preparación
de preparación
de muestras
de muestras
de muestras
de muestras
TruSeq HT Sample Prep
Nextera DNA Sample Prep
Nextera XT Sample Prep
Nextera Custom y Exome Enrichment
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
Los consumibles suministrados por Illumina son necesarios para la secuenciación en el
sistema HiSeq. Los kits que necesita dependen del tipo de experimento que realice y del
tipo de biblioteca que esté secuenciando.
Tipo de biblioteca
Consumibles
compatibles
Todos los experimentos
Cualquier tipo de
biblioteca
Kit TruSeq SBS
Experimento de secuenciación indexada
Cualquier tipo de
biblioteca
Kit TruSeq Cluster,
SR o PE
Experimento de secuenciación "paired-end"
Cualquier tipo de
biblioteca
Kit TruSeq PE
Cluster
Todos los tipos de experimentos
Bibliotecas de
Nextera
Caja TruSeq Dual
Index
Sequencing Primer
Box
Experimento "single-read" (de lectura individual)
de doble índice
Celda de flujo "single-read" (de lectura individual)
Bibliotecas de HT de
TruSeq
Caja TruSeq Dual
Index
Sequencing Primer
Box
Tipo de experimento
Para obtener más información, consulte Cebadores de secuenciación por tipo de experimento en
la página 21.
Reactivos SBS
Los reactivos de secuenciación se proporcionan en el kit TruSeq SBS. Todos los
experimentos de secuenciación requieren un kit TruSeq SBS de 200 ciclos o un kit TruSeq
SBS de 50 ciclos o más en función del número total de ciclos del experimento.
} Un kit de 200 ciclos proporciona reactivos suficientes para hasta 209 ciclos.
} Un kit de 50 ciclos proporciona reactivos suficientes para hasta 58 ciclos.
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
17
Consumibles para secuenciación
Consumibles para secuenciación
Descripción general
Kit
Kit TruSeq SBS v3 - HS (200 ciclos)
Kit TruSeq SBS v3 - HS (50 ciclos)
N.° de catálogo
N.° de catálogo FC-401-3001
N.° de catálogo FC-401-3002
NOTA
Para experimentos de secuenciación "paired-end" de doble índice de hasta un total de
209 ciclos, es suficiente un kit de SBS de 200 ciclos. Para experimentos en los que el
número total de ciclos supere 209, como un experimento "paired-end" de doble índice
de 101 ciclos con un total de 225 ciclos, puede utilizar cuatro kits de SBS de 50 ciclos.
Para obtener más información, consulte Kits de SBS para secuenciación de doble índice
en la página 73.
Reactivos de indexado
Los reactivos de indexado para la secuenciación de bibliotecas de un solo índice o de doble
índice se proporcionan en el TruSeq Cluster Kit (SR o PE). Un kit proporciona reactivos
suficientes para la secuenciación de una celda de flujo de secuenciación.
Kit
TruSeq SR Cluster Kit v3 (cBot - HS)
TruSeq PE Cluster Kit v3 (cBot - HS)
N.° de catálogo
N.° de catálogo GD-401-3001
N.° de catálogo PE-401-3001
NOTA
Para todos los experimentos de secuenciaciónque utilicen bibliotecas de Nextera y para
experimentos de doble índice que utilicen bibliotecas de HT de TruSeq en una celda de flujo
"single-read" (de lectura individual), se requieren cebadores de secuenciación adicional para
las lecturas de índices. Para obtener más información, consulte Cebadores de secuenciación para
bibliotecas de doble índice en la página 19.
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N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
Todos los experimentos de secuenciación "paired-end" requieren reactivos "paired-end"
proporcionados en el TruSeq PE Cluster Kit. Un kit proporciona reactivos suficientes
para la secuenciación de una celda de flujo "paired-end".
Kit
TruSeq PE Cluster Kit v3 (cBot - HS)
N.° de catálogo
N.° de catálogo PE-401-3001
NOTA
Las bibliotecas Nextera de doble índice requieren el cebador de secuenciación de Lectura 2
que se suministra en la caja TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box. Para obtener más
información, consulte Cebadores de secuenciación para bibliotecas de doble índice en la página
19.
Accesorios para secuenciación
El TruSeq Cluster Kit (cBot - HS) contiene un kit de accesorios, que incluye los siguientes
componentes que se emplean para la configuración de un experimento de secuenciación
en el instrumento HiSeq.
} Botella de repuesto para ICB: Una botella de 250 ml que se emplea para dividir y
preparar el ICB.
} Juntas de celda de flujo: Cuatro juntas de celda de flujo que se deben instalar antes
de realizar un lavado de mantenimiento del instrumento.
} Tapas de embudo: Ocho tapas de embudo que se emplean cuando se cargan
reactivos SBS.
Cebadores de secuenciación para bibliotecas de doble índice
Las bibliotecas de doble índice Nextera y las bibliotecas de doble índice de HT de TruSeq
tienen diferentes requisitos de cebadores de secuenciación:
} Bibliotecas de Nextera: Las bibliotecas de Nextera requieren cebadores de
secuenciación adicionales que se suministran en la caja TruSeq Dual Index
Sequencing Primer Box. Estos cebadores se utilizan en el proceso de secuenciación,
incluida la Lectura 1 (aplicada durante la generación de grupos), cualquier lectura
del índice y la Lectura 2.
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
19
Consumibles para secuenciación
Reactivos "paired-end"
Descripción general
• Los experimentos de secuenciación en celdas de flujo "single-read" (de lectura
individual) requieren los cebadores de secuenciación que se suministran en el kit
"single-read" (de lectura individual).
• Los experimentos de secuenciación en celdas de flujo "paired-end" requieren los
cebadores de secuenciación que se suministran en el kit "paired-end", aunque
tenga planeado realizar un experimento "single-read" (de lectura individual) en
una celda de flujo "paired-end".
} Bibliotecas de HT de TruSeq: Cuando secuencie en una celda de flujo "paired-end",
las bibliotecas de HT de TruSeq pueden utilizar los cebadores de secuenciación que
se suministran en el TruSeq Cluster Kit durante el proceso de secuenciación. Sin
embargo, cuando realice un experimento de doble índice en una celda de flujo
"single-read" (de lectura individual), las bibliotecas de HT de TruSeq requieren el
cebador de secuenciación de la lectura de índice 2 (HP9) de la caja TruSeq Dual
Index Sequencing Primer Box ("single-read", de lectura individual).
NOTA
Los cebadores de secuenciación que se suministran en la Caja TruSeq Dual Index
Sequencing Primer Box son compatibles con todas las bibliotecas de TruSeq y
Nextera. Si su celda de flujo contiene una combinación de bibliotecas de TruSeq y
Nextera en diferentes carriles, utilice los cebadores de secuenciación en la Caja
TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box para todo el experimento.
Una Caja TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box proporciona reactivos suficientes
para la secuenciación de una celda de flujo.
Nombre del kit
Caja TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box
("single-read", de lectura individual)
Caja TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box
("paired-end")
N.° de catálogo
N.° de catálogo FC-121-1003
N.° de catálogo PE-121-1003
Contenido de la Caja Dual Index Sequencing Primer Box (caja del
cebador de secuenciación de doble índice) y "single-read" (de lectura
individual)
Nombre del reactivo
HP10
20
Almacenamiento
De -15 a -25 °C
Descripción
Mezcla para el cebador de
secuenciación de la Lectura 1
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
Almacenamiento
De -15 a -25 °C
HP9
De -15 a -25 °C
Descripción
Mezcla para el cebador de
secuenciación del Índice 1 (i7)
Mezcla para el cebador de
secuenciación del Índice 2 (i5)
Contenido de la Caja Dual Index Sequencing Primer Box (caja de
cebador de secuenciación de doble índice) y "paired-end"
Nombre del reactivo
HP10
Almacenamiento
De -15 a -25 °C
HP12
De -15 a -25 °C
HP11
De -15 a -25 °C
Descripción
Mezcla para el cebador de
secuenciación de la Lectura 1
Mezcla para el cebador de
secuenciación del Índice 1 (i7)
Mezcla para el cebador de
secuenciación de la Lectura 2
Cebadores de secuenciación por tipo de experimento
En la siguiente tabla figuran los cebadores de secuenciación necesarios según el tipo de
biblioteca y de celda de flujo.
Tipo de experimento
Bibliotecas de Nextera
Celda de flujo "single-read" (de lectura
individual)
Bibliotecas de Nextera
Celda de flujo "paired-end"
Bibliotecas de HT de TruSeq
Celda de flujo "single-read" (de lectura
individual)
Bibliotecas de HT de TruSeq
Celda de flujo "paired-end"
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
Lectura 1
(cBot)
HP10
Índice 1
(i7)
HP12
Índice 2
(i5)
HP9
HP10
HP12
P5 injertado
en celda de
flujo
HP9
HP11
P5 injertado
en celda de
flujo
HP7 o
HP11
HP6 o HP10 HP8 o
HP12
HP6 o HP10 HP8 o
HP12
Lectura 2
--
--
21
Consumibles para secuenciación
Nombre del reactivo
HP12
Descripción general
Tipo de experimento
Bibliotecas de LT/v2 de TruSeq
Celda de flujo "single-read" (de lectura
individual)
o celda de flujo "paired-end"
Bibliotecas de pequeños fragmentos de ARN
de TruSeq
Celda de flujo "single-read" (de lectura
individual)
o celda de flujo "paired-end"
Lectura 1
Índice 1
(cBot)
(i7)
HP6 o HP10 HP8 o
HP12
Índice 2
(i5)
--
HP6 o HP10 HP8 o
HP12
--
Lectura 2
HP7 o
HP11
HP7 o
HP11
NOTA
Las bibliotecas de HT de TruSeq son bibliotecas de doble índice. Las bibliotecas de LT de
TruSeq son bibliotecas de un solo índice e incluyen bibliotecas preparadas con los kits
TruSeq v2.
Requisitos y compatibilidad de versiones
Para lograr el mejor rendimiento y los mejores resultados del experimento, utilice
siempre versiones compatibles de software y consumibles para secuenciación.
Tipo de experimento
Secuenciación de doble índice
Versión del kit de reactivos
TruSeq Cluster Kit v3 (cBot - HS) con Flow Cell
v3
Kit TruSeq SBS v3 - HS
Caja TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box
(caja de cebador de secuenciación de doble índice
TruSeq) (SR o PE)
Software de control de
HiSeq
HCS v1.5 o posterior
Software de control de
HiSeq
HCS v1.4 o posterior
HCS v1.4 o posterior
HCS v1.5 o posterior
Para obtener más información sobre la compatibilidad de versiones, visite el sitio web de
Illumina en www.illumina.com/VersionCompatibility.
22
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
Consumibles
Consumible
NaOH 1 N
Paño humedecido en alcohol
isopropílico al 70 %
o
Etanol al 70 %
Tubos de centrifugado, 250 ml
Tubos cónicos, 15 ml
Guantes desechables, sin polvos
Toallitas para laboratorio, sin pelusa
Papel para lentes, 4 x 6 pulg.
Agua de laboratorio,
18 MOhm
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
Proveedor
Proveedor de
laboratorio general
VWR, n.° de catálogo
15648-981
Proveedor de
laboratorio general
Corning, n.° de catálogo
430776
Corning, n.° de catálogo
430052
Proveedor de
laboratorio general
VWR, n.° de catálogo
21905-026
VWR, n.° de catálogo
52846-001
Millipore
Finalidad
Lavado de mantenimiento del
instrumento.
Limpieza de la celda de flujo y
de la platina de la celda de flujo.
Lavado de mantenimiento y
con agua del instrumento.
Recogida y medición de
volúmenes de residuos.
Uso general.
Limpieza del soporte de la celda
de flujo.
Limpieza de la celda de flujo.
Gradilla de reactivos SBS,
posición 2.
Lavado con agua.
23
Consumibles proporcionados por el usuario
Consumibles proporcionados por el usuario
Descripción general
Inicio de HiSeq
Siga estas instrucciones para iniciar el sistema HiSeq y el ordenador del instrumento.
NOTA
Tenga en cuenta las siguientes prácticas recomendadas cuando encienda, apague y opere
el ordenador:
No encienda el ordenador mientras el instrumento está encendido.
Deje el instrumento apagado un minuto antes de volver a encenderlo.
No apague nunca el instrumento mientras se esté ejecutando el software del instrumento.
Conecte el cable USB del instrumento, el USB del monitor y el USB del teclado en la parte
posterior del servidor; conecte el lector de códigos de barras y el ratón en la parte
delantera del servidor.
No utilice un gestor de puertos para eliminar puertos.
1
Inicie el ordenador de control del instrumento.
2
Inicie sesión en el sistema operativo con el nombre de usuario predeterminado y la
contraseña. Espere hasta que se haya cargado por completo.
• Nombre de usuario: sbsuser
• Contraseña: sbs123
Si los valores predeterminados no funcionan, consulte al personal de informática
para obtener el nombre de usuario y la contraseña para su centro.
3
Coloque el interruptor de alimentación principal en la posición ON (Encendido). Si
mira la parte delantera del instrumento, el interruptor de alimentación está situado
en el lado izquierdo.
4
Espere hasta que la unidad del instrumento denominada “DoNotEject” se inicie. Se
abre una ventana cuando se inicia la unidad. Cierre la ventana.
NOTA
No extraiga nunca la unidad flash “DoNotEject” ubicada dentro del chasis del instrumento
ni modifique los archivos dentro de dicha unidad. Esta unidad contiene archivos de
configuración del hardware y se inicia cada vez que el instrumento está encendido.
5
Para asegurarse de que queda espacio suficiente en el disco, archive en una
ubicación de red los datos de experimentos anteriores guardados en el ordenador.
6
Abra el software de control de HiSeq (HCS) con el icono de acceso directo en el
escritorio del ordenador. El HCS tarda unos minutos en inicializarse. Cuando se
inicializa el software, se abre la pantalla Welcome (Bienvenida) y aparece el icono de
inicialización
24
en la parte inferior izquierda de la pantalla.
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
Capítulo 2 Software HiSeq
Introducción
Interfaz del software de control de HiSeq (HCS)
Pantallas de configuración del experimento
Pantallas de configuración previa al experimento
Pantallas de inicio del experimento
Pantalla de resumen del experimento
Detención y reanudación de un experimento
Pausa de un experimento
Carpetas del experimento
Descripción de hoja de muestras
Espacio disponible en el disco
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
26
28
34
46
50
53
56
60
62
64
66
25
Capítulo 2
Software HiSeq
Software HiSeq
Introducción
Hay tres aplicaciones de software instaladas en el ordenador del instrumento:
} Software de control de HiSeq: La interfaz del software de control de HiSeq (HCS) le
guía por los pasos de especificación de parámetros del experimento y de carga de la
celda de flujo y de reactivos antes de comenzar el experimento. Durante el experimento,
el HCS proporciona un resumen de las estadísticas de calidad a lo largo del
experimento.
} Análisis en tiempo real (RTA): El principal software de análisis integrado, Análisis en
tiempo real (RTA), realiza la llamada de bases y asigna una puntuación de calidad a
cada base de cada ciclo. Para obtener más información, consulte Descripción de Análisis
en tiempo real (RTA) en la página 130.
} Visor del análisis de secuenciación: El Visor del análisis de secuenciación (SAV)
proporciona estadísticas de calidad detalladas y criterios de medición actualizados a
medida que progresa el experimento. Para obtener más información, consulte Visor del
análisis de secuenciación en la página 132.
Novedades de HCS v2.0
HCS v2.0 presenta las siguientes características:
} Nuevo flujo de trabajo para cambio de juntas.
} Mejora y ejecución de flujos de trabajo de lavado:
• Temporizadores de lavado que precisan un lavado del sistema antes de un
experimento de secuenciación.
• Temporizadores de lavado cada 24 horas una vez finalizado el último lavado con
agua.
• Lavado de mantenimiento cada 240 horas una vez finalizado el último lavado de
mantenimiento.
• El lavado de mantenimiento se considera igual que un lavado con agua en
términos de temporizadores y prioridad.
• El software solicitará al usuario que lleve a cabo lavados posteriores al
experimento tras finalizar los experimentos.
• Si detiene un experimento, HCS le solicitará que realice un lavado si parece que el
usuario no tiene intención de reanudar el experimento (Complete for Run
[Completo para experimento]).
26
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
Para descargar una copia de HCS v2.0, vaya a la página de asistencia técnica de HiSeq en
http://www.illumina.com, y haga clic en la ficha Downloads (Descargas). Se requiere iniciar
una sesión de MyIllumina.
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
27
Introducción
• La detención de un experimento permite reanudar el experimento sin realizar un
lavado del sistema.
• El inicio de un nuevo experimento requiere un lavado.
• Nueva compresión de BCL y agrupación de Q Scores para reducir el tamaño de la
superficie de los datos.
} Comprobación opcional de la fluídica previa al experimento.
} Compatibilidad con BaseSpace: con BaseSpace, precisará una hoja de muestras.
} Compresión de archivos .bcl y agrupación de QScore opcionales según las necesidades
de BaseSpace.
Software HiSeq
Interfaz del software de control de HiSeq (HCS)
La interfaz de HCS abre la pantalla de configuración del experimento.
Figura 8 Interfaz de HCS, pantalla de bienvenida
A
B
C
Botón del menú de pantalla de bienvenida
Panel de interfaz principal
Indicadores de actividad
Menú de pantalla de bienvenida
El botón del menú de la pantalla Welcome (Bienvenida), ubicado en la esquina superior
izquierda de esta pantalla, proporciona las siguientes opciones:
} View (Ver): Proporciona las opciones para ver la interfaz en pantalla completa o en
una ventana, o permite minimizar la interfaz.
} Tools (Herramientas): Proporciona acceso a la ventana Options (Opciones) y Show Log
file (Mostrar archivo de registro):
• Options (Opciones): En la ventana Options (Opciones), puede definir el modelo de
ID del experimento, las ubicaciones de carpeta predeterminadas y el servidor LIMS,
el nombre de usuario y la contraseña. Consulte Ventana del menú de opciones en la
página 29.
28
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
Figura 9 Botón del menú
Ventana del menú de opciones
En la ventana Options (Opciones), puede definir el modelo de ID del experimento,
ubicaciones de carpeta predeterminadas y el servidor LIMS, el nombre de usuario y la
contraseña.
Figura 10 Ventana del menú de opciones
Run ID Template (ID del modelo del experimento): El nombre utilizado para designar la
carpeta de un experimento.
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
29
Interfaz del software de control de HiSeq (HCS)
• Show Log File (Mostrar archivo de registro): Es un archivo de texto que se emplea
para la solución de problemas.
} Scanner (Lector): Activa el comando para inicializar manualmente el software.
} About (Acerca de): Proporciona información sobre el hardware del instrumento, las
versiones del software y la información de contacto del servicio de asistencia técnica.
} Exit (Salir): Cierra la interfaz de CS.
Software HiSeq
Default Output Folder (Carpeta de salida predeterminada): La ubicación predeterminada
de los experimentos para la celda de flujo A que se deben guardar. Esta opción se puede
cambiar para cada experimento.
Default Output Folder2 (Carpeta de salida predeterminada2): La ubicación predeterminada
de los experimentos para la celda de flujo B que se deben guardar. Esta opción se puede
cambiar para cada experimento.
Default Temp Folder1 (Carpeta temporal predeterminada1): La ubicación en la que se
pueden escribir los archivos temporales durante un experimento.
Run Setup Folder (Carpeta de configuración del experimento): Ubicación en la que HiSeq
encontrará los formularios de muestra de LIMS.
LIMS Server (Servidor LIMS): El nombre del servidor para interacciones con LIMS de
Illumina compatibles.
LIMS Username (Nombre de usuario de LIMS): El nombre de usuario de LIMS que HiSeq
utilizará para la autenticación a LIMS de Illumina.
LIMS Password (Contraseña de LIMS): La contraseña de LIMS que HiSeq utilizará para la
autenticación a LIMS de Illumina.
Send instrument health information to Illumina to aid technical support (Enviar la
información de estado del sistema a Illumina para ayudar al servicio de asistencia técnica):
Da permiso al instrumento para enviar información a BaseSpace para cada experimento.
Se garantiza la confidencialidad de toda la información. Illumina recomienda mantener
activada esta función para no compartir información. Los datos de la muestra del
experimento se enviarán solamente si indica específicamente en la pantalla Storage
(Almacenamiento) que desea enviar datos de la muestra del experimento. Para obtener más
información, consulte Almacenamiento en la página 35.
Opciones de la pantalla de inicio
Las opciones en la pantalla de bienvenida son las siguientes:
} Sequence (Secuenciar)
} Wash (Lavar)
} Check (Comprobar)
Sequence (Secuenciar): Seleccione Sequence (Secuenciar) para comenzar los pasos de
configuración de un experimento de secuenciación. En el botón Sequence (Secuenciar),
puede iniciar un nuevo experimento o reanudar un experimento existente.
30
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
• New Run (Nuevo experimento): El software le guiará por la configuración de los
parámetros del experimento, la carga y el cebado de los reactivos, la carga de la
celda de flujo, la comprobación de la fluídica y el inicio del experimento.
• Resume Run (Reanudar experimento): El software le guía por la selección de la
carpeta del experimento existente y de los parámetros de configuración para la
reanudación del experimento.
Wash (Lavar): Seleccione Wash (Lavar) para iniciar un lavado del instrumento. En el botón
Wash (Lavar), puede iniciar el tipo de lavado Water Wash (Lavado con agua) o
Maintenance Wash (Lavado de mantenimiento).
Figura 12 Opciones del comando Wash
• Water Wash (Lavado con agua): El lavado con agua inyecta agua en el sistema. Se
recomienda realizar un lavado con agua antes de comenzar un nuevo experimento
si el instrumento ha estado desactivado durante un día o más. Para obtener más
información, consulte Realización de un lavado con agua en la página 125.
• Maintenance Wash (Lavado de mantenimiento): El lavado de mantenimiento
inyecta agua, luego NaOH y, a continuación, agua en el sistema. Se recomienda
realizar este lavado después de cada experimento de secuenciación. Para obtener
más información, consulte Realización de un lavado de mantenimiento del instrumento
en la página 120.
Check (Comprobar): Seleccione Check (Comprobar) para abrir la pantalla de comprobación
de la fluídica y confirmar un flujo adecuado durante la instalación del instrumento o la
solución de problemas relacionados con la fluídica. Para obtener más información, consulte
Realización de una comprobación de fluídica en la página 144.
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
31
Interfaz del software de control de HiSeq (HCS)
Figura 11 Opciones del comando Sequence
Software HiSeq
Indicadores de actividad
La pantalla Welcome (Bienvenida) contiene una serie de iconos en la esquina inferior
derecha de la pantalla que le indica la actividad que se está realizando en ese momento.
Figura 13 Indicadores de actividad. De izquierda a derecha, representan los motores X, Y y Z, la
funcionalidad de los componentes electrónicos, la cámara, el sistema de fluídica y las
funciones de procesamiento.
Figura 14 Indicadores de actividad. De izquierda a derecha, representan la temperatura de la
celda de flujo A, la temperatura del refrigerador de reactivos, el estado de BaseSpace en la
nube y la temperatura de la celda de flujo B.
Iconos de estado
Los iconos de estado se encuentran ubicados en la esquina superior derecha y le notifican
de cualquier cambio en las condiciones durante la configuración de un experimento o
durante el experimento.
Icono de
estado
32
Nombre de estado
Descripción
Estado OK
Sin cambios. El sistema está normal.
Información
Solo información. No se requiere ninguna acción.
Atención
Información que puede requerir atención.
Advertencia
Las advertencias no detienen un experimento, pero pueden
requerir una acción antes de continuar.
Error
Los errores suelen detener un experimento y normalmente
requieren una acción antes de continuar con el experimento.
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
Puede filtrar los tipos de mensajes que aparecen en la ventana de estado seleccionando los
iconos en el margen superior de la ventana. Si selecciona un icono, se muestra o se oculta.
NOTA
Para obtener información adicional sobre los problemas conocidos relacionados con los
errores y las advertencias, consulte las notas de la versión del software de control del
instrumento que esté utilizando.
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
33
Interfaz del software de control de HiSeq (HCS)
Cuando se produce un cambio en las condiciones, el icono cambia y se ilumina para
alertarle. Si esto ocurre, seleccione el icono correspondiente para abrir la ventana de estado,
que contiene una descripción general de la condición. Seleccione Acknowledge (Aceptar)
para aceptar el mensaje y Close (Cerrar) para cerrar el cuadro de diálogo.
Software HiSeq
Pantallas de configuración del experimento
Cuando seleccione Sequence | New Run (Secuenciar | Nuevo experimento) en la pantalla
Welcome (Bienvenida), el software abre las pantallas de configuración del experimento que
le guiarán por los pasos de configuración del experimento, comenzando por las pantallas
de la ficha Run Configuration (Configuración de experimento).
Cada pantalla de configuración del experimento contiene listas desplegables, casillas de
verificación o campos de texto. Utilice el lector de códigos de barras portátil para leer el ID
del kit de reactivos o de la celda de flujo, o introduzca el ID con ayuda del teclado táctil. El
icono de teclado se encuentra a la derecha de los campos de texto.
Cuando haya terminado de introducir la información necesaria en cada pantalla, el botón
Next (Siguiente) se activa. Seleccione Next (Siguiente) para pasar a la siguiente pantalla o
seleccione Back (Atrás) para volver a la pantalla anterior. En cualquier momento durante
los pasos de configuración del experimento, puede seleccionar Cancel (Cancelar) para
detener la configuración del experimento y volver a la pantalla Welcome (Bienvenida).
Cambio de juntas
Al final del experimento, el software abre las pantallas Gasket Change (Cambio de juntas)
que le guían por un lavado de mantenimiento.
34
1
Load Gasket (Cargar junta): Se le solicita que cargue una junta nueva.
2
Load Wash Reagents (Cargar reactivos de lavado): Se le solicita que cargue reactivos
de lavado.
3
Load Wash Flow Cell (Cargar celda de flujo de lavado): Se le solicita que cargue una
celda de flujo que no sea de secuenciación e introduzca un ID de celda de flujo de
lavado.
4
Fluidics Check (Comprobación de fluídica): Se le solicita que seleccione una solución.
Para el volumen, la velocidad de aspiración y la velocidad de dispensación, utilice los
valores predeterminados.
5
Wash (Lavado): El instrumento realiza un lavado.
6
Load Solvent (Cargar disolvente): Se le solicita que cargue NaOH en todas las
posiciones para el lavado.
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
Solvent Wash (Lavado con disolvente): El instrumento realiza un lavado con
disolvente.
8
Load Wash Reagents (Cargar reactivos de lavado): Se le solicita que cargue reactivos
de lavado.
9
Wash (Lavado): El instrumento realiza un lavado.
Lavado de mantenimiento
Si es necesario, HCS le solicitará que lleve a cabo un lavado de mantenimiento antes de un
experimento. En cualquier caso, se recomienda un lavado de mantenimiento después de
cada experimento.
1
Load Wash Reagents (Cargar reactivos de lavado): Se le solicita que cargue reactivos
de lavado.
2
Load Wash Flow Cell (Cargar celda de flujo de lavado): Se le solicita que cargue una
celda de flujo que no sea de secuenciación e introduzca un ID de celda de flujo de
lavado.
3
Fluidics Check (Comprobación de fluídica): Se le solicita que seleccione una solución.
Para el volumen, la velocidad de aspiración y la velocidad de dispensación, utilice los
valores predeterminados.
4
Wash (Lavado): El instrumento realiza un lavado.
5
Load Solvent (Cargar disolvente): Se le solicita que cargue NaOH en todas las
posiciones para el lavado.
6
Solvent Wash (Lavado con disolvente): El instrumento realiza un lavado con
disolvente.
7
Load Wash Reagents (Cargar reactivos de lavado): Se le solicita que cargue reactivos
de lavado.
8
Wash (Lavado): El instrumento realiza un lavado.
Almacenamiento
La pantalla Storage (Almacenamiento) le permite definir dónde se almacenan los datos de
los experimentos.
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
35
Pantallas de configuración del experimento
7
Software HiSeq
Figura 15 Pantalla Storage (Almacenamiento)
} Connect to BaseSpace (Conectarse a BaseSpace): Al seleccionar esta opción, se le
solicita que introduzca la información de su cuenta MyIllumina. De forma
predeterminada, se seleccionará Zip BCL files (Comprimir archivos BCL) (a
continuación). Illumina recomienda que también guarde los archivos en una ubicación
local. Para guardar los archivos en una ubicación local, seleccione Save to an out put
folder (Guardar en una carpeta de salida) e introduzca una ruta.
} Storage and analysis (Almacenamiento y análisis): Esta opción permite a HiSeq enviar
datos de experimentos e información de estado del sistema a BaseSpace.
} Run Monitoring Only (Solo supervisión del experimento): Esta opción envía solamente
información de estado del sistema a BaseSpace.
36
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
} Save to an output folder (Guardar en una carpeta de salida): Introduzca la ruta a la
carpeta del experimento, que es el destino de todos los archivos de salida. Illumina
recomienda que especifique una ubicación de red para la carpeta del experimento. Para
obtener más información, consulte Carpetas del experimento en la página 62.
} Zip BCL files (Comprimir archivos BCL): La compresión de los archivos BCL reduce la
superficie de espacio en disco necesaria para el experimento. Si utiliza BaseSpace, los
archivos se comprimen de forma predeterminada.
} Bin QScores (Agrupar QScores): La agrupación de Q Scores reduce la superficie de
espacio en disco necesaria para el experimento. Eso se hace mediante la agrupación de
Q Scores en un rango de valores más amplio. Si desea obtener información técnica
sobre cómo se puede reducir la resolución de la puntuación de calidad de los datos sin
sacrificar la precisión de las puntuaciones o el rendimiento de los análisis estándar y
de la llamada de variantes, consulte en www.Illumina.com el informe titulado
Reducing Whole-Genome Data Storage Footprint (Reducción de la superficie de
almacenamiento de datos de genoma completo).
} Save Auxiliary Files (Guardar archivos auxiliares): Esta opción le permite definir los
archivos de imagen que se guardarán.
• Save All Thumbnails (Guardar todas las vistas en miniatura): Las imágenes en
miniatura son una combinación de ocho imágenes de cada sector, combinadas en
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
37
Pantallas de configuración del experimento
NOTA
Para cada experimento, el sistema HiSeq intentará enviar, como mínimo,
criterios generales de medición de experimentos a BaseSpace. Los criterios de
medición se envían de forma anónima, asociados con el sistema HiSeq del que
procedió, sin ningún usuario particular. Los criterios de medición incluyen
archivos de interoperación (que utiliza SAV) y archivos globales como
RunInfo.xml y RunParameters.xml. No se envían archivos de datos salvo que
especifique que el sistema lo haga.
Los permisos de esta función se activan de forma predeterminada e Illumina
recomienda que los deje activados. Para desactivar los permisos, seleccione
Menu | Tools | Options (Menú | Herramientas | Opciones) y, a continuación,
desactive la selección Send system health information to Illumina to aid
technical support (Enviar la información de estado del sistema a Illumina para
ayudar al servicio de asistencia técnica). También puede ver las condiciones en el
cuadro de diálogo Options (Opciones).
Si los permisos de esta función no están activados, HCS le solicitará que acepte
los términos y condiciones. Si no los acepta, no podrá utilizar BaseSpace. Si no
utiliza BaseSpace, vuelva a la pantalla anterior y asegúrese de que la opción
BaseSpace no está seleccionada (de lo contrario, el botón Next [Siguiente] no
estará activado).
Software HiSeq
una imagen en miniatura. Un sector es una columna de placas y existen tres
sectores por carril y por superficie. Save All Thumbnails (Guardar todas las vistas
en miniatura) guarda las vistas en miniatura de los sectores y de las placas.
• Save Tile Thumbnails (Guardar vistas en miniatura de placa): Esta opción solo
guarda vistas en miniatura de placas. Las vistas en miniatura de placas muestran
solo la placa, en lugar de todo el sector.
Configuración de la celda de flujo
La pantalla Flow Cell Set-up (Configuración de la celda de flujo) es la pantalla de
configuración del experimento en la que se registra la información sobre su experimento,
comenzando por el ID de la celda de flujo.
Figura 16 Pantalla Flow Cell Set-up (Configuración de la celda de flujo) para una celda de flujo de
rendimiento elevado
NOTA
Es importante realizar la lectura del código de barras de la celda de flujo o introducir el ID
correcto de la celda de flujo al configurar el experimento. El software utiliza el ID de la celda
de flujo para determinar el tipo de celda y la compatibilidad de los componentes.
} Flow Cell ID (ID de celda de flujo): Introduzca el ID de la celda de flujo de la nueva
celda de flujo. Puede introducir el ID de la celda de flujo con el lector de códigos de
barras, el teclado o el teclado táctil. Utilice el lector de códigos de barras para
garantizar la exactitud; de lo contrario, introduzca con cuidado el ID de la celda de
flujo.
} Flow Cell Type (Tipo de celda de flujo): Se selecciona automáticamente la celda de
flujo adecuada según el ID de la celda de flujo. El software utiliza esta información
para confirmar la compatibilidad de las celdas de flujo con el software del instrumento
38
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
Configuración avanzada
La pantalla Advanced (Avanzada) incluye los ajustes de confirmación de primera base y la
indicación de carriles de alineación.
Figura 17 Pantalla Advanced (Avanzada) para una celda de flujo de rendimiento elevado
} Confirm First Base (Confirmar primera base): Seleccione la casilla de verificación para
recibir un cuadro de diálogo de confirmación de primera base en el que se ofrece la
opción de detener el experimento en este punto o de continuar. Si selecciona esta
opción, es necesario que confirme los resultados antes de que pueda continuar el
experimento.
Si no selecciona la casilla de verificación, el informe de primera base se genera como
de costumbre y el experimento continúa sin mostrar el cuadro de diálogo de
confirmación del informe de primera base. Puede acceder al informe de primera base
en cualquier momento durante el experimento desde la carpeta del experimento. Para
obtener más información, consulte Confirmación del informe de primera base en la página
54.
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
39
Pantallas de configuración del experimento
y los componentes del experimento. Para obtener más información, consulte Fórmula en
la página 40.
} Experiment (Experimento): Introduzca el nombre de experimento que desee. Este
nombre aparece en la parte superior de cada pantalla de la interfaz para ayudarle a
identificar el experimento de secuenciación en curso.
} User Name (Nombre de usuario): Introduzca el nombre de la persona que configura el
experimento.
Software HiSeq
} Control Lane (Carril de control): Si procede, seleccione el carril en su celda de flujo que
contenga la biblioteca de control de la lista desplegable. De lo contrario, seleccione
None (Ninguno).
} Align to PhiX (Alinear a PhiX): Permite la generación de informes en tiempo real de
índices de error para carriles de control PhiX o carriles PhiX adicionales. De forma
predeterminada, se seleccionan todos los carriles para la alineación mediante análisis
en tiempo real (RTA). Desactive la selección de la casilla de verificación para cualquier
carril que no tenga PhiX agregado a la muestra, de modo que el RTA no realice la
alineación y calcule índices de error para ese carril, lo que provocará índices de error
arbitrariamente elevados. Para obtener más información, consulte Uso de un control
PhiX para experimentos de secuenciación de HiSeq, que está disponible en la página de
asistencia de HiSeq en el sitio Web de Illumina en http://www.illumina.com.
} Keep Intensity Files (Conservar archivos de intensidad): Seleccione la casilla de
verificación para guardar archivos de intensidad de grupos (*.cif) para, más adelante,
volver a analizarlos, solucionar problemas o personalizar el procesamiento. No es
necesario guardar archivos de intensidad para el análisis integrado en el instrumento.
Si activa esta opción, aumenta de forma considerable el tamaño de la carpeta de salida
de datos. De forma predeterminada, esta opción no está seleccionada.
Fórmula
A partir de la información que introduzca en la pantalla Recipe (Fórmula), el software crea
una fórmula concreta para su experimento. La fórmula se copia de forma automática en la
carpeta del experimento y se guarda en la subcarpeta Recipe (Fórmula). La fórmula
guardada incluye solo el número de ciclos de cada lectura e índice; no guarda las opciones
relativas al carril de control, la alineación de PhiX, las imágenes o los archivos .cif.
40
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
Tipo de índice
} Seleccione No Index (Sin índice) para realizar un experimento no indexado.
} Seleccione Single Index (Un solo índice) para realizar un experimento con una lectura
del índice inmediatamente después de la Lectura 1. La longitud de lectura de la lectura
del índice depende del kit que seleccione en la lista desplegable Index (Índice). Las
bibliotecas de un solo índice requieren siete ciclos y las bibliotecas de doble índice
requieren ocho ciclos.
} Seleccione Dual Index (Doble índice) para secuenciar bibliotecas de doble índice con
dos lecturas del índice de ocho ciclos inmediatamente después de la Lectura 1. La
segunda lectura del índice incluye siete ciclos de solo química antes de los ocho ciclos
de adquisición de imágenes.
} Seleccione Custom (Personalizado) para realizar un experimento de un solo índice o de
doble índice con un número personalizado de ciclos para cada lectura del índice.
Formato de celda de flujo
Esta opción aparece si ha seleccionado Dual Index (Doble índice) o Custom (Personalizado)
como tipo de índice. Seleccione un formato de celda de flujo en Flow Cell Format (Formato
de celda de flujo): Single Read (Lectura individual) o Paired End.
Se puede realizar un experimento "single-read" (de lectura individual) de doble índice en una celda de
flujo "single-read" (de lectura individual) o en una celda de flujo "paired-end" con los ajustes de la
fórmula. La selección en CS, celda de flujo "paired-end" o "single-read" (de lectura individual),
determinará la fórmula. Utilice siempre la caja de cebadores de secuenciación de doble índice adecuada
según su tipo de celda de flujo.
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
41
Pantallas de configuración del experimento
Figura 18 Pantalla Recipe (Fórmula) para una celda de flujo de rendimiento elevado con la
opción Dual Index (Doble índice) seleccionada
Software HiSeq
NOTA
Debe realizar un experimento "paired-end" de doble índice en una celda de flujo "paired-end".
Ciclos
} Cycles (Ciclos): Introduzca el número de ciclos que piensa secuenciar para cada
lectura, incluida la Lectura 1, las lecturas del índice y la Lectura 2.
NOTA
Añada siempre un ciclo a los ciclos totales de la Lectura 1 o de la Lectura 2. Por
ejemplo, para realizar 100 ciclos para Lectura 1, introduzca 101. Para realizar 50
ciclos para Lectura 1, introduzca 51.
El número de ciclos realizados en una lectura es un ciclo más que el número de
ciclos analizados. El último ciclo es necesario para los cálculos de phasing (hebra
retrasada) y prephasing (hebra adelantada).
• En el caso de los experimentos "paired-end", introduzca el mismo número de ciclos
para la Lectura 2 que ha introducido para la Lectura 1 o, si ha seleccionado la
opción de indexado Custom (Personalizado), introduzca el número de ciclos para
cada lectura de índice (no es necesario que las longitudes de lectura sean
idénticas).
NOTA
Si seleccionó Single Index (Un solo índice) o Dual Index (Doble índice), el número de ciclos
de indexado se introduce automáticamente.
SBS
Con HCS v2.0 y versiones posteriores, las versiones de kit compatibles para la química de
SBS, Índice e Inversión PE se introducen de forma predeterminada en función del ID de la
celda de flujo que introdujo en la pantalla de lectura.
La tabla siguiente enumera los nombres de kit predeterminados según aparecen en la
pantalla Recipe (Fórmula) para cada tipo de celda de flujo:
42
Tipo de celda de
flujo
SBS
Índice alfabético
Agrupación o
inversión PE
HiSeq Flow Cell v3
Kit
TruSeq
SBS v3
Caja TruSeq Multiplex Sequencing
Primer Box (bibliotecas de un solo
índice) o
Caja TruSeq Dual Index Sequencing
Primer Box (bibliotecas de doble índice)
TruSeq PE Cluster
Kit v3 - cBot - HS
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
Índice alfabético
Este es el nombre del kit de Illumina que se utiliza para los reactivos de indexado.
Fórmula existente
Si opta por usar una fórmula personalizada para su experimento, introduzca la ruta y el
nombre de la fórmula. En caso contrario, deje en blanco esta casilla de verificación.
Illumina recomienda usar el asistente para fórmulas para crear su fórmula en función de la
información introducida en la pantalla de fórmula.
Pantalla de hoja de muestras
NOTA
Para ver los resultados de indexado en el Visor del análisis de secuenciación (SAV), es crucial
que cargue una hoja de muestras al comienzo de su experimento. SAV v1.8 requiere una
hoja de muestras para poder ofrecer información sobre el indexado de manera correcta. Para
obtener más información, consulte la Guía de usuario del Visor del análisis de secuenciación, n.°
de referencia 15020619.
En el campo Sample Sheet (Hoja de muestras), introduzca la ruta de una hoja de muestras
válida para su experimento. Cuando comience el experimento, el software copia la hoja de
muestras en el nivel raíz de la carpeta del experimento. Salvo que utilice BaseSpace, la hoja
de muestras es opcional. Para experimentos indexados, es necesaria la hoja de muestras si
desea que los índices figuren en el SAV. Si utiliza BaseSpace, se requiere una hoja de
muestras. Para obtener más información acerca de las hojas de muestras, consulte
Descripción de hoja de muestras en la página 64.
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
43
Pantallas de configuración del experimento
NOTA
La caja del cebador de secuenciación de multiplexado TruSeq forma parte del TruSeq Cluster
Kit v3. Los reactivos proporcionados en estos kits se pueden utilizar con cualquier tipo de
celda de flujo de rendimiento elevado.
Software HiSeq
Figura 19 Pantalla Sample Sheet (Hoja de muestras) para una celda de flujo de rendimiento
elevado
Si su experimento tiene asociada una hoja de muestras, la información específica del índice
se puede ver en el Visor del análisis de secuenciación (SAV) v1.8.4 (o versiones
posteriores). Para obtener más información, consulte la Guía de usuario del Visor del análisis
de secuenciación, n.° de referencia 15020619.
Reactivos
La pantalla Reagents (Reactivos) registra información sobre los reactivos que emplee para
su experimento.
Figura 20 Pantalla Reagents (Reactivos)
44
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
NOTA
Si va a comenzar un nuevo experimento utilizando menos de un kit de reactivos completo,
asegúrese de que esté presente cuando se necesiten nuevos reactivos.
} Prime SBS Reagents (Cebar reactivos SBS): Seleccione esta casilla de verificación para
cebar los reactivos antes de comenzar un experimento. Cebe siempre los reactivos antes
de cargar una nueva celda de flujo.
Pantalla de revisión
La pantalla Review (Revisión) muestra la información que ha introducido para su
experimento. Seleccione Back (Atrás) si necesita modificar alguna entrada.
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
45
Pantallas de configuración del experimento
} Reagent Kit ID (ID del kit de reactivos): Introduzca el ID del kit de reactivos SBS de la
caja 1 o la caja 2 del kit de SBS con ayuda del lector de códigos de barras, el teclado o
el teclado táctil.
} Indexing Reagent Kit ID (ID del kit de reactivos de indexado): Introduzca el ID del kit
de reactivos de indexado con ayuda del lector de códigos de barras, el teclado o el
teclado táctil. El ID del kit de reactivos de indexado es el código de barras del kit de
reactivos que se utiliza para un experimento indexado.
} SBS Kit (Kit de SBS): Seleccione el kit de SBS que utiliza para el experimento, ya sea de
200 ciclos, 50 ciclos o el número de ciclos que desee definir. Su selección completa
automáticamente los ciclos de SBS restantes según el número de ciclos que admita
dicho kit.
} Cycles Remaining (Ciclos restantes): Este campo se completa automáticamente en
función del kit de SBS que esté utilizando. Si está utilizando un kit parcial, introduzca
el número de ciclos que se espera que duren los reactivos. El software cuenta el número
de ciclos introducidos. Cuando los ciclos están en un nivel bajo, el software le solicita
que cargue reactivos frescos. Para obtener más información, consulte Cambio de reactivos
durante un experimento en la página 61.
Software HiSeq
Pantallas de configuración previa al experimento
Después de que haya introducido la información necesaria en las pantallas de
configuración del experimento, se abren las pantallas de configuración previa al
experimento. Las pantallas de configuración previa al experimento son: Load Reagents
(Cargar reactivos), Load Prime Flow Cell (Cargar celda de flujo para el cebado), Prime
Fluidics Check (Comprobación de fluídica de cebado) y Prime (Cebar).
Pantalla de la carga de reactivos
La pantalla Load Reagents (Cargar reactivos) le solicita que cargue reactivos SBS. Si
especificó un número de ciclos para el indexado, el software le solicita que cargue reactivos
de indexado en la gradilla "paired-end".
Tras la Lectura 1 de un experimento "paired-end", el software se pone en pausa de forma
que puede cargar los reactivos "paired-end". Los reactivos "paired-end" deben cargarse
antes de la resíntesis de la Lectura 2.
Figura 21 Pantalla Load Reagents (Cargar reactivos) para una celda de flujo de rendimiento
elevado
NOTA
Para preparar el enjuague posterior al experimento al final de un experimento de
secuenciación, es importante cargar 25 ml de PW1 o agua de laboratorio en la posición 2
46
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
Pantalla de carga de la celda de flujo para el cebado
La pantalla Load Prime Flow Cell (Cargar celda de flujo para el cebado) le solicita que
cargue una celda de flujo usada para el paso de cebado. Después de cargar una celda de
flujo usada, confirme que el vacío está activado.
NOTA
Illumina recomienda que utilice la celda de flujo de un experimento anterior para cebar los
reactivos en un experimento posterior o para un lavado de mantenimiento posterior a un
experimento.
Figura 22 Pantalla Load Prime Flow Cell (Cargar celda de flujo para el cebado) para celdas de
flujo de rendimiento elevado
Pantalla de comprobación de fluídica de cebado
La pantalla Prime Fluidics Check (Comprobación de fluídica de cebado) le solicita que
confirme un flujo adecuado antes de cebar los reactivos. Seleccione Pump (Dispensar) para
comenzar la comprobación de la fluídica.
Puede poner en pausa o cancelar la comprobación de la fluídica desde esta pantalla:
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
47
Pantallas de configuración previa al experimento
cuando cargue reactivos SBS al principio del experimento.
El enjuague posterior al experimento no sustituye al lavado del instrumento posterior al
experimento.
Software HiSeq
} Seleccione Pause (Pausa) para poner en pausa temporalmente la comprobación de la
fluídica. El botón Pause (Pausa) cambia a Resume (Reanudar).
} Seleccione Resume (Reanudar) para continuar.
} Seleccione Stop (Detener) para detener la comprobación de la fluídica.
Figura 23 Pantalla de comprobación de fluídica de cebado
Cebado
En la pantalla Prime (Cebar), puede monitorizar el paso de cebado en curso. Seleccione
Start Prime (Iniciar cebado) para comenzar o seleccione Skip Prime (Omitir cebado) si ya
ha cebado los reactivos.
48
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
Puede poner en pausa o cancelar el paso de cebado desde esta pantalla:
} Seleccione Pause (Pausa) para poner en pausa temporalmente el paso de cebado. El
botón Pause (Pausa) cambia a Resume (Reanudar).
} Seleccione Resume (Reanudar) para continuar.
} Seleccione Stop (Detener) para detener el cebado.
} Seleccione Cancel (Cancelar) para detener la configuración del experimento y volver a
la pantalla Welcome (Bienvenida).
Cuando haya finalizado el paso de cebado, se abren automáticamente las pantallas de
inicio del experimento.
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
49
Pantallas de configuración previa al experimento
Figura 24 Pantalla de cebado
Software HiSeq
Pantallas de inicio del experimento
Después de haber cargado los reactivos y los reactivos cebados, el software abre las
pantallas de inicio del experimento. Las pantallas de inicio del experimento incluyen Load
Sequencing Flow Cell (Cargar celda de flujo de secuenciación), Fluidics Check
(Comprobación de fluídica) y Close Door (Cerrar puerta).
Pantalla de carga de la celda de flujo para la secuenciación
La pantalla Load Sequencing Flow Cell (Cargar celda de flujo para la secuenciación)
muestra los pasos para cargar la celda de flujo agrupada y activar el vacío. Cuando el
vacío se active correctamente, el sistema selecciona automáticamente la casilla de
verificación Vacuum Engaged (Vacío activado).
Figura 25 Pantalla Load Seq Flow Cell (Cargar celda de flujo de secuenciación) para una celda de
flujo de rendimiento elevado
Pantalla de comprobación de fluídica
La pantalla Fluidics Check (Comprobación de fluídica) le solicita que confirme un flujo
adecuado antes de comenzar el experimento de secuenciación.
SB2 debe seleccionarse para la comprobación de la fluídica en una celda de flujo agrupada.
Utilice el volumen, la velocidad de aspirado y la velocidad de dispensación
50
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
Figura 26 Pantalla Fluidics Check (Comprobación de fluídica) para una celda de flujo de
rendimiento elevado
Pantalla de cierre de puerta
La pantalla Close Door (Cerrar puerta) le pide que cierre la puerta del compartimento de la
celda de flujo. El sistema confirma que el vacío está activado y que la puerta del
compartimento de la celda de flujo está cerrada. Las casillas de verificación se seleccionan
automáticamente cuando el sistema está listo.
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
51
Pantallas de inicio del experimento
predeterminados. Alterne entre la posición 5 y la posición 6 si necesita repetir la
comprobación de la fluídica.
Software HiSeq
Figura 27 Pantalla de cierre de puerta
52
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
La pantalla Run Overview (Resumen del experimento) proporciona una descripción del
progreso del experimento, del estado de la fluídica, del estado de las imágenes y de las
intensidades por ciclo.
Figura 28 Pantalla Run Overview (Resumen del experimento) para una celda de flujo de
rendimiento elevado
A
B
C
D
E
Progreso del experimento
Fluídica y temperatura
Configuración del experimento
Análisis
Imágenes
Esta pantalla contiene las siguientes secciones que le permiten supervisar su experimento:
} Run Progress (Progreso del experimento): Proporciona una vista del progreso del
experimento y muestra el número de ciclos completados. El progreso del experimento
se indica mediante una barra de progreso visual y una imagen de una celda de flujo.
La barra de progreso en la parte superior de la pantalla muestra el número de ciclos
completados y la imagen de la celda de flujo muestra los carriles de dicho ciclo de los
que ya se ha obtenido una imagen.
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
53
Pantalla de resumen del experimento
Pantalla de resumen del experimento
Software HiSeq
• El color gris claro indica que ya se ha adquirido una imagen del carril; mientras
que el gris oscuro indica que todavía no se ha adquirido una imagen del carril.
• Unas líneas onduladas en la celda de flujo indican que los reactivos se han
bombeado a la celda de flujo.
• Los cambios de los colores de fondo indican los cambios de temperatura durante el
experimento. El color azul indica unas temperaturas más frías; mientras que los
colores naranja y rojo indican unas temperaturas más calientes.
A
B
Imagen de la celda de flujo (de la celda de flujo de rendimiento elevado): fluídica en
progreso
Imagen de la celda de flujo (de la celda de flujo de rendimiento elevado): adquisición de
imágenes en progreso
} Configuration (Configuración): Muestra el tipo de lectura, la carpeta de salida y los
parámetros del experimento para este experimento. Seleccione el botón de flecha para
ampliar la vista.
} Analysis (Análisis): Muestra un gráfica de intensidades por ciclo.
} Fluidics (Fluídica): Muestra la temperatura actual, el paso del protocolo y el reactivo.
Seleccione el botón de flecha para ampliar la vista.
} Images (Imágenes): Muestra un gráfico de intensidades por ciclo mientras que la celda
de flujo se encuentra en la química y las miniaturas mientras se están obteniendo
imágenes de la celda de flujo.
Confirmación del informe de primera base
El informe de primera base es un archivo *.htm que proporciona información temprana
sobre la densidad de grupos, la calidad de enfoque y las intensidades de la celda de flujo.
54
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
Visor del análisis de secuenciación
El Visor del análisis de secuenciación (SAV) es una aplicación que le permite ver criterios
de medición de secuenciación importantes generados por el Análisis en tiempo real (RTA)
en forma de diagramas, gráficos y tablas. SAV se abre automáticamente en la página de
análisis después de comenzar el análisis de imágenes.
Las estadísticas se actualizan tan pronto como está disponible la nueva información de
análisis. Seleccione Refresh (Actualizar) en cualquier momento durante el experimento
para ver los criterios de medición actualizados a medida que se lleva a cabo el
experimento.
SAV se puede ver desde una ubicación remota instalando SAV en otro ordenador con
acceso a la ubicación en red de la carpeta del experimento de salida. Puede descargar una
copia de SAV desde el sitio Web de Illumina. Se requiere iniciar una sesión de MyIllumina.
Para obtener una descripción detallada de las instrucciones de instalación y los criterios de
medición disponibles, consulte la Guía de usuario del Visor del análisis de secuenciación, n.° de
referencia 15020619.
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
55
Pantalla de resumen del experimento
Si seleccionó First Base Confirmation (Confirmación de primera base) durante la
configuración del experimento, el cuadro de diálogo de confirmación del informe de
primera base aparece automáticamente después de completar el ciclo 1. Para obtener más
información, consulte Configuración avanzada en la página 39.
Software HiSeq
Detención y reanudación de un experimento
Puede detener un experimento desde la pantalla Run Overview (Resumen del
experimento). Puede detener un experimento si el experimento no se configuró
correctamente, si la calidad de los datos es deficiente o si se ha producido un error en el
hardware. Si tiene planeado reanudar su experimento, asegúrese de que selecciona las
opciones de detención normales adecuadas junto con una de las opciones de RTA de forma
que pueda reanudar el experimento.
Opción de detención
Normal Stop
(End of Lane\Chemistry)
(Detención normal [Final
de carril\química])
Opción de RTA
Keep As Is (Dejar tal
cual)
Complete For Run
(Completo para
experimento)
Complete For Read
(Completo para
lectura)
Normal Stop
Keep As Is (Dejar tal
(End of Cycle) (Detención
cual)
normal [Final de ciclo])
Complete For Run
(Completo para
experimento)
Complete For Read
(Completo para
lectura)
Immediate Stop (Detención No option (No hay
inmediata)
opción)
1
¿Se puede reanudar?
Sí. El experimento se reanuda con el siguiente
comando de adquisición de imágenes o de la
siguiente química.
No. El experimento no se puede reanudar.
Sí. El experimento se reanuda al comienzo de
la siguiente lectura.
Sí. El experimento se reanuda en el siguiente
ciclo.
No. El experimento no se puede reanudar.
Sí. El experimento se reanuda al comienzo de
la siguiente lectura.
No.
Desde la pantalla Run Overview (Resumen del experimento), seleccione Stop (Detener).
El menú de detención se abre.
Figura 29 Detención del experimento
2
56
Seleccione una de las siguientes opciones de detención:
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
3
Seleccione una de las siguientes opciones de RTA:
• Keep As Is (Dejar tal cual): El experimento se detiene sin ninguna modificación en
el RTA. Puede reanudar el experimento desde donde lo dejó.
• Complete For Run (Completo para experimento): El RTA se detiene. La
información del experimento, los parámetros del experimento y los archivos de la
fórmula se actualizan para reflejar el total de ciclos cuando finalizó el último ciclo.
A continuación, el RTA se reinicia para completar el análisis del experimento hasta
el punto en que se detuvo el mismo. No podrá reanudar el experimento.
• Complete For Read (Completo para lectura): El RTA se detiene. La información del
experimento, los parámetros del experimento y los archivos de la fórmula se
actualizan para recortar la longitud de la lectura actual hasta el último ciclo
completado. Esto no afectará a las lecturas posteriores. A continuación, el RTA se
reinicia para completar el análisis de la lectura actual. Puede reanudar el
experimento al comienzo de la siguiente lectura.
4
Tras detener el experimento, seleccione Return to Start (Volver a iniciar) en la pantalla
Run Overview (Resumen del experimento). Se abre la pantalla Welcome (Bienvenida).
Reanudación de un experimento detenido
Puede reanudar un experimento detenido, si el experimento se detuvo de forma segura con
una opción de detención normal junto con una de las opciones de RTA que le permiten
reanudar el experimento.
1
En la pantalla Welcome (Bienvenida), seleccione Sequence (Secuenciar) y, a
continuación, seleccione Resume Run (Reanudar experimento). Se abre la pantalla
Resume (Reanudar).
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
57
Detención y reanudación de un experimento
• Normal Stop (End of Lane\Chemistry) (Detención normal [Final de
carril/química]): Detiene solo el experimento después de que se haya finalizado la
química actual o el comando de procesamiento de imágenes y, a continuación,
coloca la celda de flujo en un estado seguro.
• Normal Stop (End of Cycle) (Detención normal [Final de ciclo]): Detiene solo el
experimento después de que se haya finalizado el ciclo actual y, a continuación,
coloca la celda de flujo en un estado seguro.
• Immediate Stop (Detención inmediata): Detiene el experimento sin finalizar la
operación actual y no coloca la celda de flujo en un estado seguro. No puede
reanudar un experimento que se detuvo con la opción de detención inmediata.
Software HiSeq
2
Seleccione la carpeta del experimento que desee reanudar de la lista desplegable.
NOTA
El software reanuda el experimento en el punto en que se detuvo y se establece de manera
predeterminada la configuración correcta en la pantalla Resume (Reanudar).
3
Confirme la configuración en la pantalla Resume (Reanudar) o seleccione el punto
adecuado en el que desea reanudar el experimento.
• Resume At (Reanudar en) enumera la lectura o el punto en que se va a reanudar el
experimento.
• Start At Cycle (Comenzar en ciclo) muestra el ciclo que se va a reanudar.
Figura 30 Puntos desde los que reanudar el experimento
PRECAUCIÓN
Illumina no recomienda reanudar un experimento en el momento de procesamiento de
"paired-end", excepto para la rehibridación del cebador de la Lectura 2. Para obtener más
información, consulte Repetición de la hibridación de cebadores de Lectura 2 en la página 145.
4
Confirme la configuración en la pantalla Resume (Reanudar) o seleccione los
comandos de química y las imágenes que desea reanudar. Para obtener más
información, consulte Configuración de ejemplo para reanudar un experimento en la página
58.
5
Seleccione Next (Siguiente) para continuar. El software le guiará a través de los pasos
restantes de configuración del experimento.
Configuración de ejemplo para reanudar un experimento
Si detuvo un experimento después de la adquisición de imágenes del carril 1 en el ciclo 23
de una lectura de 101 ciclos, el software establece automáticamente los ajustes de
58
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
Figura 31 Ejemplo de reanudación del ciclo 23
Para una lectura de 101 ciclos, hay un ciclo de FirstBase seguido de 100 ciclos de
CompleteCycle. En el ciclo 23, se encuentra dentro de 100 ciclos de CompleteCycle. Image
100 cycles w/ 'CompleteCycle' (Adquirir imagen de 100 ciclos con 'CompleteCycle') debe
seleccionarse de manera automática.
Figura 32 Ejemplos de comandos de adquisición de imágenes
Dado que el experimento en este ejemplo se detuvo durante un paso de adquisición de
imágenes, Imaging (no chemistry) (Imágenes [sin química]) debe seleccionarse
automáticamente.
Figura 33 Ejemplos de comandos de química
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
59
Detención y reanudación de un experimento
reanudación del experimento para la Lectura 1 en el ciclo 23. Debe ver los siguientes
ajustes en la pantalla Resume (Reanudar):
} Resume At: (Reanudar en:) Read #1 (Lectura n.° 1)
} Start At Cycle: (Comenzar en ciclo:) 23
Software HiSeq
Pausa de un experimento
Puede poner en pausa un experimento desde la pantalla Run Overview (Resumen del
experimento). Puede poner en pausa un experimento para comprobar los componentes del
experimento, tales como los volúmenes de reactivos, antes de continuar con el experimento.
En procedimientos normales, no es necesario que utilice esta función. El software pone en
pausa el experimento automáticamente antes de que la Lectura 2 le permita cargar los
reactivos.
1
Desde la pantalla Run Overview (Resumen del experimento), seleccione Pause (Pausa).
El menú de pausa se abre.
Figura 34 Opciones de pausa
60
2
Seleccione Normal Pause (Pausa normal).
3
Seleccione Yes (Sí) para confirmar el comando de pausa. El software finaliza la
química actual o el comando de procesamiento de imágenes y coloca la celda de flujo
en un estado seguro.
4
Seleccione Resume (Reanudar) cuando esté listo para reanudar el experimento.
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
Si comenzó su experimento con un volumen parcial de reactivos, utilice la función de
cambio de reactivos para poner en pausa su experimento y volver a llenar los reactivos.
No es necesario poner en pausa un experimento para cargar un reactivo fresco antes de
la Lectura 2; el software pone en pausa el experimento automáticamente en este punto.
1
Desde la pantalla Run Overview (Resumen del experimento), seleccione Pause
(Pausa). El menú de pausa se abre.
2
Seleccione Change Reagents (Cambiar reactivos).
3
Seleccione Yes (Sí) para confirmar el comando de pausa. El software finaliza la
química actual o el comando de procesamiento de imágenes y coloca la celda de
flujo en un estado seguro.
4
En la pantalla Reagent (Reactivo) introduzca los siguientes parámetros de reactivo:
• ID de kit de reactivos para nuevos reactivos que está cargando.
• El número de ciclos que se espera que duren los reactivos.
NOTA
La casilla de verificación del cebado se desactiva en la pantalla Change Reagents (Cambiar
reactivos). No es necesario el cebado.
5
Seleccione Next (Siguiente) para continuar con la carga de reactivos.
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
61
Pausa de un experimento
Cambio de reactivos durante un experimento
Software HiSeq
Carpetas del experimento
Cada experimento de secuenciación genera una carpeta de experimento que contiene los
archivos de datos y de registro.
Nombre y ruta de carpeta del experimento
Durante la configuración del experimento, el software le solicita que introduzca la ruta
de la carpeta del experimento. De manera predeterminada, la carpeta se denomina con el
siguiente formato:
AAMMDD_<Nombre de estación de trabajo>_<Número de experimento>_<ID de la
celda de flujo>
Ejemplo: 110114_SN106_0716_A90095ACXX
El número del experimento aumenta en incrementos de uno cada vez que realiza un
experimento en un instrumento determinado. El ID de la celda de flujo introducido
durante los pasos de configuración del experimento se añaden al final del nombre de la
carpeta del experimento.
La carpeta del experimento se guarda en la ruta de salida especificada en la pantalla
Scan (Lectura) durante la configuración del experimento. La carpeta del experimento
temporal para la celda de flujo A se guarda en la unidad D: y la carpeta del experimento
temporal para la celda de flujo B se guarda en la unidad E:.
Contenido de las carpetas del experimento
Subcarpeta
[Nivel raíz]
Carpetas/archivos
clave
First_Base_Report.htm
IALog.txt
Hoja de muestras
(opcional)
RunInfo.xml
runParameters.xml
62
Descripción
Archivo con criterios de medición básicos para el primer
ciclo.
Archivo de registro para eventos de análisis de imágenes.
Si tiene planeado utilizar CASAVA, copie la hoja de
muestras en el nivel raíz de la carpeta del experimento.
Para obtener más información, consulte la Guía del usuario
de CASAVA, n.° de referencia 15011196.
Identifica la información del experimento de alto nivel.
Proporciona los parámetros de configuración del
experimento.
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
Carpetas/archivos
clave
Descripción
Config
Contiene una copia de los parámetros de configuración
del software utilizados para el experimento.
Data
Status.htm
Contiene criterios de medición específicos del análisis y del
experimento generados durante el experimento.
Carpeta Intensities
Contiene los resultados de los análisis de las imágenes.
Esta carpeta se guarda en la carpeta de red en <Run
Folder>\Data y se le asigna el mismo nombre que a la
carpeta del experimento en el ordenador del instrumento.
CopyLog.txt
Archivo de registro de eventos de copias.
Log.txt
Archivo de registro de análisis de imágenes y llamadas de
bases.
Data\
Carpeta BaseCalls
Contiene los resultados de las llamadas de bases de RTA.
Intensities
config.xml
Contiene información específica del análisis de imágenes y
del experimento.
RTAConfiguration.xml Archivo de configuración para RTA en formato *.xml.
Logs
Recipe_<fecha>_
Contiene información de registro del experimento. Si el
<hora>.log
archivo de registro se hace muy grande
(aproximadamente 5 MB), CS comienza un nuevo archivo
de registro.
Fórmula
*.xml
Cuando se inicia un experimento, se mueve una copia de
la fórmula a la carpeta Recipe (Fórmula). Si detiene el
experimento y lo reanuda más tarde, esta fórmula se
reinicia en el punto en que se detuvo el experimento.
Thumbnail_ Imágenes en miniatura Contiene miniaturas de nueve ubicaciones de cada carril,
Images
(archivos *.jpg)
que se pueden utilizar para solucionar un problema con
un experimento.
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
63
Carpetas del experimento
Subcarpeta
Software HiSeq
Descripción de hoja de muestras
La hoja de muestras es un archivo generado por el usuario en formato *.csv que
almacena información sobre un experimento de secuenciación. La hoja de muestras se
copia en la carpeta del experimento y se utiliza para el análisis más adelante.
El uso de una hoja de muestras es opcional. Si opta por utilizar una hoja de muestras,
cree una antes de comenzar el experimento.
NOTA
Para ver los resultados de indexado en el Visor del análisis de secuenciación (SAV), es
crucial que cargue una hoja de muestras al comienzo de su experimento. SAV v1.8
requiere una hoja de muestras para poder ofrecer información sobre el indexado.
Consulte la Guía de usuario del Visor del análisis de secuenciación, n.° de referencia 15020619.
Puede crear su hoja de muestras con una variedad de aplicaciones de software como
Excel o Bloc de notas, o utilizar el Gestor de experimentos de Illumina (IEM).
Siga estas directrices cuando cree su hoja de muestras:
} Todas las secuencias de índice se especifican en el campo Index (Índice). Si lleva a
cabo lecturas de doble índice, en el caso de varios índices, deben separarse mediante
un guion: ACCAGTAA–GGACATGA.
} Si una muestra no contiene una secuencia de índice, deje el campo Index (Índice) en
blanco.
} Para que una hoja de muestras sea válida, cada ciclo de una lectura del índice para
todos los carriles debe tener al menos una base en el canal rojo (A,C) y una base en el
canal verde (G,T) para garantizar un correcto procesamiento de la imagen. Una hoja
de muestras no válida impedirá el análisis secundario adecuado.
Illumina Experiment Manager (Gestor de experimentos de Illumina)
El Illumina Experiment Manager (Gestor de experimentos de Illumina) es una aplicación
basada en asistente que le guía por los pasos de creación de su hoja de muestras.
El Illumina Experiment Manager (Gestor de experimentos de Illumina) no solo reduce
los errores de sintaxis, sino que también le solicita información concerniente a su tipo de
muestra y flujo de trabajo de análisis. Incluye una función de registro de parámetros de
su placa de muestras, como el ID de la muestra, el nombre del proyecto, los dobles
índices y la información del código de barras. Se importa la información de la placa de
muestras. Con Illumina Experiment Manager (Gestor de experimentos de Illumina),
puede importar los parámetros de la placa de muestras en su hoja de muestras.
64
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
Para obtener más información, consulte la Guía de usuario del Gestor de experimentos de
Illumina, n.° de referencia 15031335.
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
65
Descripción de hoja de muestras
El Illumina Experiment Manager (Gestor de experimentos de Illumina) se puede ejecutar
en cualquier plataforma Windows. Para descargar el software, vaya a la página de
asistencia técnica de Illumina Experiment Manager (Gestor de experimentos de Illumina)
en el sitio web de Illumina (support.illumina.com/sequencing/sequencing_
software/experiment_manager/downloads.ilmn).
Software HiSeq
Espacio disponible en el disco
Durante el experimento al final de la adquisición de imágenes de cada carril, el software
comprueba el espacio disponible en los discos D: y E: locales. En este momento, no se
comprueba la ubicación de la red. Si el espacio en el disco es inferior al umbral de
seguridad, el software pone en pausa el experimento y coloca la celda de flujo en un
estado seguro.
NOTA
Illumina recomienda que especifique una ubicación en la red para la carpeta del
experimento de salida. La carpeta del experimento de salida se especifica en la pantalla
Scan (Lectura). Para obtener más información, consulte Configuración de la celda de flujo en
la página 38.
Si el espacio en el disco es bajo, debe habilitar espacio en el disco para continuar el
experimento. Cuando haya suficiente espacio en el disco, se reanudará automáticamente
el experimento.
El ordenador del instrumento HiSeq tiene una capacidad de almacenamiento de 2,7 TB
por celda de flujo, que es espacio suficiente para albergar un experimento de 209 ciclos
de una celda de flujo de rendimiento elevado.
66
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
Capítulo 3 Realización de un experimento de secuenciación
Capítulo 3
Realización de un
experimento de
secuenciación
Introducción
Flujo de trabajo de secuenciación
Preparación de reactivos SBS
Preparación de reactivos de indexado
Introducción de parámetros del experimento
Carga y cebado de reactivos
Carga de una celda de flujo
Supervisión del experimento
Preparación de reactivos para la Lectura 2
Carga de reactivos para la Lectura 2
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
68
70
73
80
85
89
100
107
109
114
67
Realización de un experimento de secuenciación
Introducción
Para realizar un experimento de secuenciación en el HiSeq, prepare primero los reactivos
para su experimento y, a continuación, configure el experimento con ayuda de la interfaz
de HCS. Entre los pasos de configuración del experimento se incluyen: introducción de
parámetros del experimento, carga y cebado de reactivos, carga de la celda de flujo de
rendimiento elevado y realización de una comprobación de fluídica.
} Los reactivos para la Lectura 1 y las lecturas del índice se cargan durante la
configuración del experimento antes de comenzar dicho experimento.
} Los reactivos para la resíntesis de la Lectura 2 se cargan después de la finalización de
la Lectura 1 y de las lecturas del índice.
} Illumina recomienda que prepare y cargue ICB fresco para la Lectura 2. Para obtener
más información, consulte Preparación de ICB en la página 76.
Tipos de experimentos
Puede realizar seis tipos de experimentos en el HiSeq:
Tipo de experimento
Lectura 1
Índice 1 (i7)
Índice 2 (i5)
Lectura 2
Total
Ciclos
Ciclos de
lectura
--
Ciclos de
lectura
--
Ciclos
Ciclos
--
≤ 101
≤ 101
7*
8 **
--
--
≤ 108 *
≤ 109 **
≤ 101
8
8
--
≤ 117
≤ 101
--
--
≤ 101
≤ 202
≤ 101
7*
8 **
8
--
≤ 101
7 + 8 ***
≤ 101
≤ 209 *
≤ 210 **
≤ 225
Single-Read (Una sola
lectura),
no indexada
Single-Read (Una sola
lectura),
un solo índice
Single-Read (Una sola
lectura),
doble índice
Paired-end,
no indexada
Paired-end,
un solo índice
≤ 101
Paired-end,
doble índice
≤ 101
* Número de ciclos para bibliotecas de un solo índice
** Número de ciclos para bibliotecas de doble índice
68
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
Para obtener más información, consulte Descripción de secuenciación de un solo índice en la
página 11 y Descripción de secuenciación de doble índice en la página 13.
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
69
Introducción
*** La lectura de índice 2 de un experimento de doble índice "paired-end" incluye siete ciclos de solo
química adicionales
Realización de un experimento de secuenciación
Flujo de trabajo de secuenciación
Prepare los reactivos SBS. Esto incluye la descongelación y la inversión de
todos los reactivos.
Para experimentos indexados:
Prepare los reactivos de indexado. Asegúrese de que prepara los cebadores
de secuenciación adecuados para su biblioteca y tipo de experimento.
Con el software de control de HiSeq (HCS), introduzca los parámetros para
su experimento.
Cuando se le solicite, cargue los reactivos SBS para la Lectura 1 y la
Lectura 2, excepto el ICB (recomendado).
Para experimentos indexados:
Cargue los reactivos de indexado. Para experimentos de doble índice,
cargue los reactivos para ambas lecturas del índice.
Con una celda de flujo usada en el instrumento, confirme un flujo adecuado
cuando se lo solicite la interfaz de usuario del HCS.
Cebe los reactivos SBS y mida los residuos de cebado.
Cargue una celda de flujo agrupada previamente en el cBot. Confirme un
flujo adecuado cuando se lo solicite la interfaz de usuario del HCS.
70
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
Para experimentos "paired-end":
Prepare reactivos "paired-end" para la resíntesis de la Lectura 2.
Prepare el ICB fresco para la Lectura 2 (recomendado).
Para experimentos "paired-end":
Cargue los reactivos "paired-end" en la gradilla "paired-end".
Cargue el ICB fresco en la posición 1 (recomendado).
Para experimentos "paired-end":
Continúe el experimento. El software ceba automáticamente los reactivos
"paired-end" y realiza la resíntesis de la Lectura 2 y la Lectura 2.
Una vez completado el experimento, descargue y pese los reactivos.
Realice un lavado de mantenimiento del instrumento.
Duración aproximada del experimento
La tabla siguiente recoge la duración aproximada de un experimento de secuenciación
basada en la longitud de lectura y en la versión del software del instrumento.
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
71
Flujo de trabajo de secuenciación
Comience el experimento de secuenciación. Después del ciclo 1, inspeccione
el informe de primera base (ajuste opcional) y, a continuación, continúe con
la Lectura 1.
Para experimentos indexados:
Tras la Lectura 1, el experimento continúa con la lectura del índice
(experimentos de un solo índice) o con las lecturas de dos índices
(experimentos de doble índice).
Realización de un experimento de secuenciación
72
Formato del experimento
HCS v2.0 o posterior
con celda de flujo v3
1 x 36
Aprox. 2 días
2 x 50
Aprox. 5 días
2 x 100
Aprox. 10 días
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
El primer paso para configurar un experimento consiste en preparar reactivos SBS. Para
preparar los reactivos es necesario descongelarlos durante la noche a entre 2 y 8 °C, o
durante 90 minutos en un baño con agua desionizada a temperatura ambiente. Cuando se
hayan descongelado por completo, los reactivos estarán listos para su uso. la mezcla para
incorporación requiere preparación antes de su uso.
NOTA
Los reactivos TruSeq SBS v3 permiten un flujo de trabajo alternativo para cargar todos los
reactivos SBS al comienzo de un experimento de secuenciación "paired-end" para la Lectura 1
y la Lectura 2. Aunque este flujo de trabajo SBS alternativo proporcione un rendimiento de
secuenciación aceptable en la Lectura 2, Illumina recomienda que prepare y cargue ICB fresco
al comienzo de la Lectura 2 para un rendimiento óptimo.
Kits de SBS para secuenciación de doble índice
Un kit de SBS de 200 ciclos proporciona reactivos suficientes para hasta 209 ciclos de
secuenciación. Para experimentos con un número total de ciclos mayor que 209 y para
maximizar el uso de reactivos para otras longitudes de lectura, puede utilizar varios kits
de 50 ciclos.
En la siguiente tabla figura el número de kits necesario para experimentos de doble índice.
Para experimentos "paired-end" de doble índice, se calculan siete ciclos de solo química en
el número total de ciclos.
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
73
Preparación de reactivos SBS
Preparación de reactivos SBS
Realización de un experimento de secuenciación
Tipo de experimento
Paired-end de doble índice
"Single-read" (de lectura individual)
de doble índice
Ciclos de
experimento
Ciclos
totales
225
Kit opcional
1
Kits de SBS
(200 ciclos)
-
Kit opcional
2
Kits de SBS
(50 ciclos)
4*
101 + 8 + (7) + 8
+ 101
93 + 8 + (7) + 8
+ 93
76 + 8 + (7) + 8
+ 76
51 + 8 + (7) + 8
+ 51
36 + 8 + (7) + 8
+ 36
101 + 8 + 8
76 + 8 + 8
51 + 8 + 8
36 + 8 + 8
209
1
4*
175
1
3
125
1
3
95
1
2
117
92
67
52
1
1
1
1
2
2
2
1
*Llene el recipiente de SRE y SB3 hasta arriba. No es necesario volver a llenarlo.
Para obtener más información, consulte Descripción de secuenciación de doble índice en la
página 13.
Descongelación de los reactivos SBS
1
74
Retire el SRE y el CMR de su almacenamiento a una temperatura entre -15 y -25 °C y
descongele e invierta según las instrucciones de la siguiente tabla:
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
CMR
Kit de SBS (200 ciclos)
Kit de SBS (50 ciclos)
Descongele a una temperatura de
entre 2 y 8 °C durante 16 horas
o en un baño con agua a
temperatura ambiente durante
90 minutos.
Invierta el tubo cinco veces para
mezclar el reactivo.
Déjelo en hielo hasta que esté listo
para el uso.
Descongele a una temperatura entre
2 y 8 °C durante 16 horas o en un
baño con agua a temperatura
ambiente durante 90 minutos.
Invierta el tubo cinco veces para
mezclar el reactivo.
Déjelo en hielo, alejado de la ICB y el
SRE, hasta que esté listo para el uso.
Descongele en un baño con agua a
temperatura ambiente durante una
hora.
Descongele en un baño con agua a
temperatura ambiente por separado
durante una hora.
2
Una vez descongelado, deje el SRE y el CMR reposar en hielo hasta que esté listo para
cargar los reactivos.
3
Retire el LFN36, almacenado a una temperatura de -15 a -25 °C, y descongélelo en un
vaso de precipitados con agua desionizada a temperatura ambiente durante
20 minutos.
Nombre del
reactivo
LFN
4
Kit de SBS (200 ciclos)
Kit de SBS (50 ciclos)
Descongele dos tubos para preparar
el ICB para la Lectura 1. Descongele
los otros dos tubos cuando prepare
el ICB para la Lectura 2 o para un
siguiente experimento.
De manera alternativa, descongele
cuatro tubos para preparar el ICB
tanto para la Lectura 1 como la
Lectura 2.
Descongele un tubo. Un tubo de
LFN prepara ICB para 58 ciclos de
secuenciación.
Una vez descongelado, deje LFN36 reposar en hielo hasta que esté listo para preparar
el ICB.
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
75
Preparación de reactivos SBS
Nombre del
reactivo
SRE
Realización de un experimento de secuenciación
5
Deje el EDP a una temperatura entre -15 y -25 °C hasta que esté listo para preparar el
ICB.
6
Utilice ICB, SB1, SB2 y SB3 directamente de su almacenamiento a una temperatura de
2 a 8 °C.
7
Registre los números de lotes de cada reactivo en el formulario de seguimiento del
laboratorio.
Preparación de ICB
Prepare el ICB según su tipo de experimento y el tamaño del kit que va a utilizar:
} Para experimentos no indexados o de un solo índice que utilicen un kit de 200 ciclos,
consulte Preparación de ICB para Lectura 1 (kit de 200 ciclos) en la página 76 y Preparación
de ICB para Lectura 2 (kit de 200 ciclos) en la página 113.
} Para experimentos no indexados o de un solo índice que utilicen un kit de 50 ciclos,
consulte Preparación de ICB para 58 ciclos (kit de 50 ciclos) en la página 77.
} Para obtener más información sobre experimentos de doble índice, consulte Preparación
del ICB para experimentos de doble índice en la página 77.
} Para experimentos no indexados o de un solo índice que utilicen el flujo de trabajo
alternativo para reactivos SBS v3, consulte Preparación de ICB para Lectura 1 y Lectura 2
(kit de 200 ciclos) en la página 78.
NOTA
Cuando prepare el ICB, invierta suavemente la botella de ICB para mezclarla. Para obtener el
máximo rendimiento, asegúrese de que la temperatura del ICB permanece por debajo de los
8 °C.
Preparación de ICB para Lectura 1 (kit de 200 ciclos)
Siga estas instrucciones para preparar el ICB para un experimento no indexado o de un
solo índice de hasta 2 x 101 ciclos. Para obtener más información sobre experimentos de
doble índice, consulte Preparación del ICB para experimentos de doble índice en la página 77.
76
1
Reparta en alícuotas 47 ml de ICB-200 en una botella de repuesto de 250 ml para
obtener dos botellas de ICB.
2
Almacene la botella de repuesto que contiene 47 ml de ICB a una temperatura entre 2 y
8 °C hasta que esté listo para preparar y cargar los reactivos para la Lectura 2.
3
Añada el contenido de dos tubos de LFN a la botella original de ICB-200.
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
Enjuague cada tubo de LFN con ICB-200 para garantizar la transferencia de todo el
LFN.
5
Reparta en alícuotas 1,1 ml de EDP-200 en la mezcla de ICB/LFN.
6
Almacene la parte sin usar de EDP-200 a una temperatura de -15 a -25 °C.
7
Cierre la botella e inviértala suavemente varias veces para mezclar.
8
Reserve en hielo hasta que vaya a cargar los reactivos en el instrumento.
Preparación de ICB para 58 ciclos (kit de 50 ciclos)
Siga estas instrucciones para preparar el ICB para hasta 58 ciclos de secuenciación.
1
Añada el contenido de un tubo de LFN a la botella de ICB-50.
2
Enjuague el tubo de LFN con ICB-50 para garantizar la transferencia de todo el LFN.
3
Añada el contenido de un tubo de EDP-50 en la mezcla de ICB/LFN.
4
Enjuague el tubo de EDP-50 con la mezcla de ICB/LFN para asegurarse de que se
transfiere todo el EDP.
5
Cierre la botella e inviértala suavemente varias veces para mezclar.
6
Reserve en hielo hasta que vaya a cargar los reactivos en el instrumento.
Preparación del ICB para experimentos de doble índice
Illumina recomienda realizar el siguiente procedimiento para calcular el volumen de ICB
necesario para un experimento de doble índice.
Para obtener más información sobre el número de kits de SBS necesarios para un
experimento de doble índice basado en la longitud de lectura, consulte Kits de SBS para
secuenciación de doble índice en la página 73.
1
Al comienzo de su experimento, reparta en alícuotas el ICB, el LFN y el EDP con los
siguientes volúmenes por cada diez ciclos de secuenciación que se vayan a realizar. No
mezcle el ICB, el LFN y el EDP.
Reactivo
ICB
LFN
EDP
Volumen por diez ciclos Almacenamiento
4,57 ml
De 2 a 8 °C
0,6 ml
De -15 a -25 °C
0,11 ml
De -15 a -25 °C
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
77
Preparación de reactivos SBS
4
Realización de un experimento de secuenciación
Por ejemplo, un experimento "paired-end" de doble índice de 101 ciclos tiene un total
de 225 ciclos:
• 124 ciclos (101 + 8 + 7 + 8) para la Lectura 1 y las lecturas del índice
• 101 ciclos para la Lectura 2
Lectura 1 y lecturas del índice (124 ciclos)
124 ciclos / 10 ciclos = 12,4
• ICB: 12,4 x 4,57 ml = 56,9 ml
• LFN: 12,4 x 0,6 ml = 7,44 ml
• EDP: 12,4 x 0,11 ml = 1,36 ml
Lectura 2 (101 ciclos)
101 ciclos / 10 ciclos = 10
• ICB: 10 x 4,57 ml = 45,7 ml
• LFN: 10 x 0,6 ml = 6 ml
• EDP: 10 x 0,11 ml = 1,1 ml
Puede utilizar el mismo cálculo para cualquier experimento de doble índice según el
número total de ciclos en la Lectura 1 y las lecturas del índice, y el número total de
ciclos en la Lectura 2. En el caso de experimentos "paired-end" de doble índice, incluya
los siete ciclos de solo química en la Lectura de índice 2.
2
Almacene cada volumen de ICB, LFN y EDP en el almacenamiento adecuado, según
sea necesario.
Para experimentos "paired-end", almacene las alícuotas calculadas para la Lectura 2
hasta que esté listo para preparar el ICB fresco para la Lectura 2.
3
Prepare el ICB, el LFN y el EDP de la siguiente manera:
a Añada el LFN a la botella de ICB.
b Enjuague cada tubo de LFN con ICB para garantizar la transferencia de todo el
LFN.
c Añada EDP a la mezcla de ICB/LFN.
d Enjuague el tubo de EDP con la mezcla de ICB/LFN para asegurarse de que se
transfiere todo el EDP.
e Cierre la botella e inviértala suavemente varias veces para mezclar.
f Reserve en hielo hasta que vaya a cargar los reactivos en el instrumento.
Preparación de ICB para Lectura 1 y Lectura 2 (kit de 200 ciclos)
Si planea utilizar el flujo de trabajo alternativo y carga el ICB para la Lectura 1 y la
Lectura 2 al comienzo de su experimento, siga estas instrucciones para experimentos de
hasta 209 ciclos en total para experimentos de un solo índice.
1
78
Añada el contenido de cuatro tubos de LFN a la botella de ICB-200.
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
Enjuague cada tubo de LFN con ICB-200 para garantizar la transferencia de todo el
LFN.
3
Añada el contenido de un tubo de EDP-200 en la mezcla de ICB/LFN.
4
Enjuague el tubo de EDP-200 con la mezcla de ICB/LFN para asegurarse de que se
transfiere todo el EDP.
5
Cierre la botella e inviértala suavemente varias veces para mezclar.
6
Reserve en hielo hasta que vaya a cargar los reactivos en el instrumento.
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
79
Preparación de reactivos SBS
2
Realización de un experimento de secuenciación
Preparación de reactivos de indexado
La secuenciación indexada precisa reactivos de indexado basados en el tipo de bibliotecas
que esté secuenciando y en el número de lecturas del índice que realice.
} Todos los tipos de bibliotecas requieren HP3 y HT2, suministrados en el TruSeq Cluster
Kit.
} Las bibliotecas de doble índice Nextera requieren cebadores de secuenciación
adicionales que se suministran en la caja TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box.
Utilice el kit "single-read" (de lectura individual) cuando secuencie en una celda de
flujo "single-read" (de lectura individual) y el kit "paired-end" cuando secuencie en una
celda de flujo "paired-end".
} Las bibliotecas de doble índice de HT de TruSeq requieren el HP9 (cebador de lectura
de índice 2) de la caja TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box ("single-read", de
lectura individual) cuando realice un experimento de doble índice en una celda de flujo
"single-read" (de lectura individual).
NOTA
Los cebadores de secuenciación que se suministran en la caja TruSeq Dual Index Sequencing
Primer Box son compatibles con bibliotecas no indexadas o de un solo índice. Si la celda de
flujo contiene una combinación de bibliotecas no indexadas, de un solo índice y de doble
índice, utilice los cebadores de secuenciación de la caja TruSeq Dual Index Sequencing Primer
Box.
Para obtener más información, consulte Cebadores de secuenciación por tipo de experimento en
la página 21.
Tipo de biblioteca y tipo de celda de flujo
Bibliotecas de Nextera
Celda de flujo "single-read" (de lectura individual)
Bibliotecas de Nextera
Celda de flujo "paired-end"
Bibliotecas de HT de TruSeq
Celda de flujo "single-read" (de lectura individual)
Bibliotecas de HT de TruSeq
Celda de flujo "paired-end"
80
Índice 1
(i7)
HP12
Índice 2
(i5)
HP9
HP12
RMR
HP8 o
HP12
HP9
HP8 o
HP12
RMR
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
Bibliotecas de LT/v2 de TruSeq
Celda de flujo "single-read" (de lectura individual) o celda de flujo "pairedend"
Bibliotecas de pequeños fragmentos de ARN de TruSeq
Celda de flujo "single-read" (de lectura individual) o celda de flujo "pairedend"
Índice 1
(i7)
HP8 o
HP12
Índice 2
(i5)
--
HP8 o
HP12
--
Se tarda menos de 30 minutos en preparar los reactivos de indexado.
Tabla 2 Reactivos de indexado
Reactivos
Nombre del kit
HP3
TruSeq PE Cluster Kit (caja de reactivos de indexado)
HT2
TruSeq PE Cluster Kit (caja de reactivos de indexado)
HP8 o HP12
TruSeq PE Cluster Kit (caja de reactivos de indexado)
Caja TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box
HP9
Caja TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box
RMR
TruSeq PE Cluster Kit (caja de reactivos de PE)
NOTA
HP8, que se suministra con el TruSeq Cluster Kit, no es compatible con las bibliotecas de
doble índice Nextera. Debe utilizar el HP12 de la caja TruSeq Dual Index Sequencing Primer
Box.
NOTA
Los cebadores de secuenciación que se suministran en la caja TruSeq Dual Index Sequencing
Primer Box son compatibles con bibliotecas no indexadas o de un solo índice. Si la celda de
flujo contiene una combinación de bibliotecas no indexadas, de un solo índice y de doble
índice, utilice los cebadores de secuenciación de la caja TruSeq Dual Index Sequencing Primer
Box.
Descongelación de reactivos de indexado
1
Extraiga los reactivos de su almacenamiento a una temperatura de entre -15 y
-25 °C. Confirme que está utilizando los cebadores de secuenciación adecuados para el
tipo de experimento y de biblioteca.
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
81
Preparación de reactivos de indexado
Tipo de biblioteca y tipo de celda de flujo
Realización de un experimento de secuenciación
2
Descongele los reactivos en un vaso de precipitados lleno de agua desionizada a
temperatura ambiente durante aproximadamente 20 minutos o hasta que los reactivos
se descongelen por completo.
Preparación de HT2
1
Invierta el tubo de HT2 cinco veces para mezclar el reactivo.
2
Etiquete el tubo de HT2 Reactivo n.° 19.
3
Centrifugue el reactivo a 1000 rpm durante un minuto.
4
Reserve a temperatura ambiente.
Preparación de HP3 para experimentos de un solo índice
1
Invierta el tubo de HP3 cinco veces para mezclar el reactivo y, a continuación,
centrifugue.
2
Transfiera 3325 µl de PW1 a un tubo cónico Sarstedt de 15 ml y añada 175 µl de HP3.
3
Invierta el tubo cinco veces para mezclar el reactivo.
4
Etiquete el tubo de HP3 diluido Reactivo n.° 18.
5
Centrifugue a 1000 rpm durante un minuto.
6
Reserve a temperatura ambiente.
Preparación de HP3 para experimentos de doble índice
NOTA
Para proporcionar suficiente HP3 para las dos lecturas del índice de un experimento de doble
índice, las instrucciones de preparación para HP3 difieren de las instrucciones para los
experimentos de un solo índice.
82
1
Invierta el tubo de HP3 cinco veces para mezclar el reactivo y, a continuación,
centrifugue.
2
Transfiera 3.800 µl de PW1 a un tubo cónico Sarstedt de 15 ml y añada 200 µl de HP3.
3
Invierta el tubo cinco veces para mezclar el reactivo.
4
Etiquete el tubo de HP3 diluido Reactivo n.° 18.
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
Centrifugue a 1000 rpm durante un minuto.
6
Reserve a temperatura ambiente.
Preparación de reactivos de indexado
5
Preparación de HP8
1
Invierta el tubo de HP8 cinco veces para mezclar el reactivo.
2
Centrifugue brevemente para recoger las gotas.
3
Etiquete el tubo de HP8 Reactivo n.° 17.
4
Reserve a temperatura ambiente.
Preparación de HP12
Debe utilizar HP12 para la secuenciación de las bibliotecas de doble índice.
1
Invierta el tubo de HP12 cinco veces para mezclar el reactivo.
2
Centrifugue brevemente para recoger las gotas.
3
Etiquete el tubo de HP12 Reactivo n.° 17.
4
Reserve a temperatura ambiente.
Preparación de HP9
Debe utilizar HP9 para el análisis de doble índice en una celda de flujo "single-read" (de
lectura individual).
1
Invierta el tubo de HP9 cinco veces para mezclar el reactivo.
2
Centrifugue brevemente para recoger las gotas.
3
Etiquete el tubo de HP9 Reactivo n.° 16.
4
Reserve a temperatura ambiente.
Preparación de RMR
Prepare el RMR para experimentos de doble índice en una celda de flujo "paired-end".
1
Invierta el tubo de RMR cinco veces para mezclar el reactivo.
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
83
Realización de un experimento de secuenciación
2
Etiquete el tubo de RMR Reactivo n.° 10.
3
Centrifugue brevemente el reactivo a 1000 rpm durante un minuto. De manera
alternativa, dé pequeños golpes al tubo para asegurarse de que las gotas de reactivo se
agrupan en el fondo del tubo.
NOTA
No agite el RMR en un vórtice.
4
84
Reserve en hielo.
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
HCS le guiará a través de los pasos de configuración del experimento. En la pantalla de
bienvenida de CS, seleccione Sequence | New Run (Secuenciar | Nuevo experimento). Se
abre la pantalla de lectura.
Pantalla de configuración de la celda de flujo
NOTA
Es importante realizar la lectura del código de barras de la celda de flujo o introducir el ID
correcto de la celda de flujo al configurar el experimento. El software utiliza el ID de la celda
de flujo para determinar el tipo de celda y la compatibilidad de los reactivos.
1
Realice la lectura del código de barras de la celda de flujo o introduzca el ID de la celda
de flujo (número del código de barras) que desea secuenciar.
2
Confirme el tipo de celda de flujo que se selecciona de forma automática en función del
ID de la celda de flujo.
3
Introduzca el nombre del experimento y el nombre de usuario.
4
Si procede, seleccione el carril que contiene el control. De lo contrario, seleccione None
(Ninguno).
5
Seleccione Next (Siguiente).
Pantalla de fórmula
1
Seleccione una de las siguientes opciones de indexado:
• No Index (No indexado): Realiza un experimento "single-read" (de lectura
individual) o "paired-end" no indexado.
• Single Index (Un solo índice): Realiza un experimento "single-read" (de lectura
individual) o "paired-end" con una lectura del índice (lectura del índice 1 [i7]).
• Dual Index (Doble índice): Realiza un experimento "single-read" (de lectura
individual) o "paired-end" con dos lecturas de índices (lectura del índice 1 [i7] y
del índice 2 [i5]).
• Custom (Personalizado): Realiza un experimento "single-read" (de lectura
individual) o "paired-end" con un número de ciclos personalizado de lecturas del
índice.
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
85
Introducción de parámetros del experimento
Introducción de parámetros del experimento
Realización de un experimento de secuenciación
2
Seleccione un formato de celda de flujo: Single Read (Lectura individual) o Paired End.
Esta opción aparece solo si ha seleccionado Dual Index (Doble índice) o Custom
(Personalizado).
3
Introduzca el número de ciclos que tiene planeado secuenciar para la Lectura 1 y la
Lectura 2, según sea necesario.
Si seleccionó la opción de indexado Custom (Personalizado), introduzca el número de
ciclos que planea secuenciar para cada lectura del índice.
NOTA
Es posible realizar un experimento "single-read" (de lectura individual) de doble índice con
una celda de flujo "paired-end" que contenga bibliotecas "paired-end". Para ello, configure un
experimento "paired-end" de doble índice e introduzca cero en el número de ciclos de la
Lectura 2. De esta forma, se detendrá el experimento después de la lectura del índice 2 (i5).
4
Confirme las selecciones de la química para su experimento:
a SBS (SBS): Este ajuste está determinado por el ID de la celda de flujo.
b Index (Índice): Este ajuste está determinado por la opción de indexado
seleccionada. Sin embargo, debe especificar el nombre del kit para experimentos de
un solo índice para asegurarse de que se aplica el número correcto de ciclos de
indexado en su experimento.
— Para bibliotecas no indexadas o de un solo índice: Seleccione Multiplexing
Primer Box (Caja de cebador de multiplexado). De esta forma, configura su
experimento para realizar una lectura del índice de siete ciclos.
— Para bibliotecas de doble índice: Seleccione TruSeq Dual Index Sequencing
Primer Box (Caja de cebador de secuenciación de doble índice de TruSeq). De
esta forma, configura su experimento para realizar una lectura del índice de
ocho ciclos.
NOTA
Seleccione el ajuste TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box (Caja del cebador de
secuenciación de doble índice de TruSeq) para la secuenciación de cualquier biblioteca de
doble índice (Nextera o TruSeq HT) independientemente de los cebadores de secuenciación
que vaya a utilizar para su experimento. La selección de cualquier otro ajuste redundará en
una lectura del índice de menos de ocho ciclos.
Para obtener más información sobre los cebadores de secuenciación que debe utilizar para su
experimento, consulte Cebadores de secuenciación por tipo de experimento en la página 21.
c
86
PE turnaround chemistry (Química de inversión PE): Este ajuste está determinado
por el ID de la celda de flujo.
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
Seleccione la casilla de verificación Use Existing Recipe (Usar fórmula existente) solo
si quiere usar una fórmula personalizada. De lo contrario, permita que el software cree
la fórmula en función de la información proporcionada en las pantallas de
configuración del experimento.
Pantalla de hoja de muestras
NOTA
Para ver los resultados de indexado en el Visor del análisis de secuenciación (SAV), es crucial
que cargue una hoja de muestras al comienzo de su experimento. SAV v1.8 requiere una
hoja de muestras para poder ofrecer información sobre el indexado de manera correcta. Para
obtener más información, consulte la Guía de usuario del Visor del análisis de secuenciación, n.°
de referencia 15020619.
1
Introduzca la ruta o navegue hasta una hoja de muestras válida para su experimento.
Para experimentos indexados, es necesaria la hoja de muestras si desea que los índices
figuren en el SAV. Si utiliza BaseSpace, también se precisa una hoja de muestras.
2
Seleccione Next (Siguiente).
Pantalla de reactivos
1
Realice una lectura o introduzca el ID del kit de reactivos. Puede introducir el ID del kit
en el cuadro 1 o 2.
2
Para experimentos indexados, lea o introduzca el ID del kit de reactivos de indexado.
3
Para experimentos "paired-end", lea o introduzca el ID del kit de reactivos de PE o SR.
4
Seleccione el kit de reactivos SBS que va a utilizar en el experimento.
• Seleccione 200 Cycles (200 ciclos) para un kit de 200 ciclos; seleccione 50 Cycles
(50 ciclos) para un kit de 50 ciclos.
• Seleccione Used Kit (Kit usado) para un kit parcial y, a continuación, introduzca el
número de ciclos de SBS restantes, o el número de ciclos que se espera que duren
los reactivos.
NOTA
Si va a combinar cuatro kits de SBS de 50 ciclos para un experimento de doble índice,
seleccione Used Kit (Kit usado) en lugar de 50 Cycles (50 ciclos) para ajustar correctamente el
contador de ciclos.
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
87
Introducción de parámetros del experimento
5
Realización de un experimento de secuenciación
5
El campo SBS Cycles Remaining (Ciclos de SBS restantes) se completa
automáticamente en función del kit de SBS que esté utilizando. Si está utilizando un kit
parcial, introduzca el número de ciclos que se espera que duren los reactivos. El
software cuenta el número de ciclos introducidos. Cuando los ciclos están en un nivel
bajo, el software le solicita que cargue reactivos frescos. Para obtener más información,
consulte Cambio de reactivos durante un experimento en la página 61.
NOTA
Si va a comenzar un nuevo experimento utilizando menos de un kit de reactivos completo,
asegúrese de que esté presente cuando se necesiten nuevos reactivos.
} Seleccione Prime SBS Reagents (Cebar reactivos SBS) para cebar los reactivos antes de
comenzar un experimento. Cebe siempre los reactivos antes de cargar una nueva celda
de flujo.
6
Seleccione Next (Siguiente).
Pantalla de revisión
Revise la información del experimento. Si es correcta, seleccione Next (Siguiente).
Seleccione Back (Atrás) si necesita modificar alguna entrada.
88
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
El siguiente paso consiste en cargar los reactivos de secuenciación. La interfaz del software
le guiará en este proceso.
Carga de reactivos SBS
Asegúrese de que los reactivos SBS se descongelan bien y que están listos para cargarse en
el instrumento.
Consumibles proporcionados por Illumina
} Ocho tapas de embudo (se suministran en el TruSeq Cluster Kit)
Consumibles proporcionados por el usuario
} Una botella de 250 ml (Corning, n.° de catálogo 430776)
Procedimiento
1
Registre el peso de cada reactivo en el formulario de seguimiento del laboratorio.
NOTA
Pesar los reactivos antes y después de un experimento de secuenciación sirve para confirmar
la correcta administración de reactivos.
2
Abra la puerta del compartimento de reactivos.
3
Levante los dispensadores de la gradilla de reactivos de secuenciación con el siguiente
movimiento:
a Tire del mango del dispensador hacia usted.
b Empuje el mango del dispensador hacia arriba mientras tira de él hacia usted.
c Suelte el mango del dispensador en la ranura del extremo superior del canal. Debe
notar que el mango del dispensador queda firmemente apoyado en la ranura.
4
Deslice la gradilla de reactivos para extraerla del compartimento de reactivos.
5
Coloque cada botella de reactivo en la gradilla, en la posición numerada
correspondiente, comprobando que el extremo cónico de la botella esté apoyado en la
muesca de la base de la gradilla.
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
89
Carga y cebado de reactivos
Carga y cebado de reactivos
Realización de un experimento de secuenciación
Tabla 3 Posiciones de los reactivos SBS
Posición
Reactivo
1
2
3
4
5
6
7
8
6
ICB
PW1 (25 ml)
SRE
Tampón SBS 1 (SB1)
Tampón SBS 2 (SB2)
Tampón SBS 2 (SB2)
CMR
Tampón SBS 3 (SB3)
Descripción
Mezcla para incorporación
Tampón de lavado
Reactivo de mezcla para lectura
Tampón de alto contenido en sal
Tampón de lavado de incorporación
Tampón de lavado de incorporación
Reactivo de mezcla para clivaje
Tampón de clivaje
Agregue 25 ml de PW1 o de agua de laboratorio a la botella en la posición 2.
NOTA
El HCS v2.0 y sus versiones posteriores incluyen un enjuague automático posterior al
experimento tras finalizar el experimento de secuenciación. Para preparar el enjuague
posterior al experimento, es importante cargar 25 ml de PW1 o agua de laboratorio en la
posición 2 cuando cargue reactivos SBS al principio del experimento.
El enjuague posterior al experimento no sustituye al lavado del instrumento posterior al
experimento.
7
Retire la tapa de cada botella de reactivo y sustitúyala por una tapa de embudo.
PRECAUCIÓN
Después de manipular la botella de CMR, asegúrese de desechar sus guantes y sustituirlos
por un par nuevo.
8
Deslice la gradilla de reactivos dentro del compartimento de reactivos y alinee la
gradilla con la guía elevada en el suelo del compartimento.
9
Baje los dispensadores e introdúzcalos en las botellas de reactivos de secuenciación
como se indica a continuación:
a Tire del mango del dispensador hacia usted.
b Baje el mango del dispensador mientras tira de él hacia usted.
c Inspeccione visualmente los dispensadores para asegurarse de que no se doblan
cuando se bajan para introducirlos en las tapas de embudo.
d Suelte el mango del dispensador en la ranura del extremo inferior del canal. Debe
notar que el mango del dispensador queda firmemente apoyado en la ranura.
10 Seleccione la casilla de selección con la etiqueta PW1 (25 mL) loaded in Position 2
(PW1 [25 ml] cargada en la Posición 2).
90
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
Carga de reactivos de indexado
Si está realizando un experimento indexado, cargue los reactivos de indexado antes de
comenzar el experimento.
1
Antes de comenzar, registre el peso de cada reactivo en el formulario de seguimiento
del laboratorio.
2
Levante los dispensadores de la gradilla de reactivos "paired-end" con el siguiente
movimiento:
a Tire del mango hacia usted.
b Empuje el mango hacia arriba mientras tira de él hacia usted.
c Suelte el mango en la ranura del extremo superior del canal. Debe notar que el
mango queda firmemente apoyado en la ranura.
3
Deslice la gradilla de reactivos hacia el exterior del compartimento de reactivos con el
mango de la gradilla.
4
Coloque cada tubo de reactivo en la gradilla en la posición numerada asociada en
función del tipo de experimento que esté realizando.
Tabla 4 Experimento de un solo índice
Posición
Reactivo
Descripción
17
18
19
HP8 o
HP12
HP3
HT2
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
Mezcla para el cebador de secuenciación del Índice 1
(i7)
Solución de desnaturalización
Tampón de lavado
91
Carga y cebado de reactivos
11 Realice una de las siguientes acciones:
• Si está realizando un experimento indexado, seleccione Next (Siguiente). El
software le solicita que cargue reactivos de indexado.
• Si va a realizar un experimento no indexado, cierre la puerta del compartimento de
reactivos y seleccione Next (Siguiente). El software continúa con el cebado de
reactivos.
Realización de un experimento de secuenciación
Tabla 5 Experimento de doble índice en una celda de flujo "single-read" (de
lectura individual)
Posición
Reactivo
Descripción
HP9
Mezcla para el cebador de secuenciación del Índice 2
16
(i5) SR
HP8
o
Mezcla para el cebador de secuenciación del Índice 1
17
HP12
(i7)
HP3
Solución de desnaturalización
18
HT2
Tampón de lavado
19
Tabla 6 Experimento de doble índice en una celda de flujo "paired-end"
Posición
Reactivo
Descripción
10
17
18
19
RMR
HP8 o
HP12
HP3
HT2
Mezcla para resíntesis
Mezcla para el cebador de secuenciación del Índice 1
(i7)
Solución de desnaturalización
Tampón de lavado
NOTA
Coloque los tubos llenos de agua desionizada en las posiciones de gradilla que no se utilizan.
92
5
Retire las tapas de todos los tubos de reactivo.
6
Deslice la gradilla de reactivos dentro del compartimento de reactivos y alinee la
gradilla con la guía elevada en el suelo del compartimento.
7
Baje los dispensadores e introdúzcalos en los tubos de la gradilla de reactivos "paired
end" de la siguiente manera:
a Tire del mango hacia usted.
b Baje el mango mientras tira de él hacia usted.
c Inspeccione visualmente los dispensadores para asegurarse de que no se doblan
cuando se bajan para introducirlos en los tubos.
d Suelte el mango en la ranura del extremo inferior del canal. Debe notar que el
mango queda firmemente apoyado en la ranura.
8
Cierre la puerta del compartimento de reactivos.
9
Seleccione Next (Siguiente) para continuar con el Cebado de reactivos en la página 93.
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
Carga y cebado de reactivos
Cebado de reactivos
Lleve a cabo los siguientes pasos para cebar reactivos:
} Limpieza del soporte de la celda de flujo en la página 93
} Carga de celda de flujo usada en la página 95
} Confirmación de flujo correcto en la página 98
} Cebado de reactivos en la página 98
Consumibles proporcionados por el usuario
}
}
}
}
Toallita para limpiar lentes
Paño humedecido en alcohol o etanol al 70 %
Toallita de laboratorio sin pelusa
Celda de flujo usada
Limpieza del soporte de la celda de flujo
1
Abra la puerta del compartimento de la celda de flujo.
PRECAUCIÓN
No coloque líquidos sobre la puerta del compartimento de la celda de flujo o en la platina de
la celda de flujo cuando la puerta esté abierta. Los derrames en esta zona pueden dañar el
instrumento.
2
Compruebe que la palanca de la celda de flujo está en posición OFF (Desactivada).
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
93
Realización de un experimento de secuenciación
Figura 35 Palanca de la celda de flujo en posición 0
3
Utilice un nuevo par de guantes de látex sin polvo.
4
Si hay una celda de flujo de un experimento anterior, retírela y resérvela. Se puede
utilizar para confirmar un flujo adecuado antes de cargar la celda de flujo agrupada.
5
Con un paño humedecido en alcohol o una toallita sin pelusa humedecida en etanol o
isopropanol, limpie con cuidado la superficie del soporte de la celda de flujo hasta que
esté totalmente limpia.
PRECAUCIÓN
Procure que no entre alcohol en los orificios de vacío o alrededor de los distribuidores. Si es
necesario, utilice una toallita de laboratorio sin pelusa para secar la platina.
6
94
Inspeccione visualmente el soporte de la celda de flujo para comprobar que no hay
pelusas ni obstrucciones en los orificios de vacío.
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
Carga de celda de flujo usada
1
Enjuague la celda de flujo usada con agua de laboratorio. Séquela con una toallita para
limpiar lentes o una toallita sin pelusa.
2
Limpie la celda de flujo con paños humedecidos en alcohol y una toallita para limpiar
lentes.
NOTA
No retire ni sustituya las juntas del distribuidor en este momento.
3
Coloque la celda de flujo usada en el soporte de la celda de flujo con los puertos de
entrada y salida hacia abajo y el código de barras en el lado derecho. La flecha del
extremo izquierdo de la celda de flujo, que indica la dirección del flujo, debe apuntar
hacia el instrumento.
4
Deslice suavemente la celda de flujo hacia los pasadores guía superiores y de la parte
derecha, hasta que se detenga.
NOTA
Retire la mano de la celda de flujo antes de activar el interruptor de vacío. Esto evita
cualquier posible desvío de la alineación con el tiempo.
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
95
Carga y cebado de reactivos
Figura 36 Ubicaciones de los orificios de vacío
Realización de un experimento de secuenciación
Figura 37 Colocación de la celda de flujo contra los pasadores guía superiores y de la parte
derecha.
A
B
5
96
Pasador guía superior
Pasadores guía derechos
Lentamente, mueva la palanca de la celda de flujo a la posición 1. Esto activa el vacío
y fija la celda de flujo en su posición. Cuando la palanca de la celda de flujo está verde,
el vacío está activado.
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
6
Espere unos cinco segundos y, a continuación, mueva lentamente la palanca de la
celda de flujo a la posición 2 (extremo derecho). Cuando el color de la palanca de la
celda de flujo sea verde fijo, los distribuidores están en posición y la celda de flujo está
lista para usarse.
Figura 39 Palanca de la celda de flujo en posición 2
7
Asegúrese de marcar la casilla de verificación Vacuum Engaged (Vacío activado) en la
pantalla de carga de la celda de flujo para el cebado y, a continuación, seleccione Next
(Siguiente).
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
97
Carga y cebado de reactivos
Figura 38 Palanca de la celda de flujo en posición 1
Realización de un experimento de secuenciación
Confirmación de flujo correcto
Después de cargar la celda de flujo usada, compruebe que el flujo es correcto. Un flujo
correcto confirma que la celda de flujo y las juntas están bien instaladas y el distribuidor
está acoplado.
1
Seleccione la solución 2 (agua de laboratorio) de la lista desplegable.
PRECAUCIÓN
Puede usar agua para confirmar que el flujo es correcto solo en una celda de flujo usada. No
use nunca agua para confirmar que el flujo es correcto en una celda de flujo agrupada.
2
Confirme los siguientes valores predeterminados:
• Volume (Volumen): 250
• Aspiration Rate (Velocidad de aspiración): 250
• Dispense Rate (Velocidad de dispensación): 2000
3
Seleccione Pump (Dispensar).
4
Inspeccione visualmente la celda de flujo para comprobar si hay burbujas recorriendo
los carriles o fugas cerca de los distribuidores.
Si ve una presencia excesiva de burbujas, compruebe si las juntas están obstruidas,
reduzca la velocidad de aspiración a 100 y bombee otros 250 µl de agua a la celda de
flujo. Si el problema persiste, retire la celda de flujo, repita los pasos de limpieza y
vuelva a cargarla.
Cebado de reactivos
Afloje y retire del contenedor de residuos los ocho conductos de los tubos de residuos para
la celda de flujo correspondiente. Asegúrese de no incluir los ocho conductos para la celda
de flujo opuesta, los conductos de la bomba de condensación o las bombas de cebado
"paired-end"
98
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
A
B
C
Conductos de residuos de la celda de flujo para las posiciones de los reactivos 1–8
Tubo de la bomba de condensación (no retirar)
Tubo de la bomba de cebado "paired-end" (no retirar)
1
Coloque cada conducto de residuos en un tubo vacío de 15 ml (un conducto por tubo).
El residuo de cebado se recoge y se mide después del paso de cebado.
2
Seleccione Next (Siguiente). La pantalla de cebado se abre y comienza de forma
automática el paso de cebado. Puede supervisar el progreso del paso de cebado desde
la pantalla de cebado.
3
Al finalizar el paso de cebado, mida el residuo de cebado recogido y compruebe que el
volumen es de 2 ml por cada posición de reactivo de cebado hasta un total de 14 ml.
Registre los resultados en el formulario de seguimiento del laboratorio.
NOTA
El residuo de cebado puede tener un aspecto de color marrón. Es algo normal. El cambio de
color de los residuos no es tóxico y no afecta al rendimiento del experimento.
4
Antes de continuar, vuelva a colocar los tubos de residuos en el contenedor de
residuos.
5
Seleccione Next (Siguiente). Ahora puede cargar la celda de flujo agrupada.
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
99
Carga y cebado de reactivos
Figura 40 Conductos de residuos para un HiSeq 1000
Realización de un experimento de secuenciación
Carga de una celda de flujo
El siguiente paso es retirar la celda de flujo usada y cargar la celda de flujo que desea para
la secuenciación.
Lleve a cabo los siguientes pasos para cargar la celda de flujo:
} Retirada de la celda de flujo usada en la página 100
} Limpieza del soporte de la celda de flujo en la página 101
} Limpieza de la celda de flujo en la página 102
} Carga de la celda de flujo en la página 103
} Confirmación de flujo correcto en la página 105
Consumibles proporcionados por el usuario
} Toallita para limpiar lentes
} Paño humedecido en alcohol o etanol al 70 %
} Toallita de laboratorio sin pelusa
Retirada de la celda de flujo usada
1
Abra la puerta del compartimento de la celda de flujo.
Figura 41 Palanca de la celda de flujo en posición 1
100
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
Mueva lentamente la palanca de la celda de flujo a la posición 1 para desacoplar los
distribuidores.
3
Mueva lentamente la palanca de la celda de flujo a la posición 0 para desacoplar la
junta de vacío y desbloquear la celda de flujo.
Figura 42 Palanca de la celda de flujo en posición 0
4
Levante la celda de flujo usada del soporte de la celda de flujo.
Limpieza del soporte de la celda de flujo
1
Utilice un nuevo par de guantes de látex sin polvo.
2
Con un paño humedecido en alcohol o una toallita sin pelusa humedecida en etanol o
isopropanol, limpie con cuidado la superficie del soporte de la celda de flujo hasta que
esté totalmente limpia.
PRECAUCIÓN
Procure que no entre alcohol en los orificios de vacío o alrededor de los distribuidores. Si es
necesario, utilice una toallita de laboratorio sin pelusa para secar la platina.
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
101
Carga de una celda de flujo
2
Realización de un experimento de secuenciación
Figura 43 Inspección de los orificios de vacío
3
Inspeccione visualmente el soporte de la celda de flujo para comprobar que no hay
pelusas ni obstrucciones en los orificios de vacío.
Limpieza de la celda de flujo
1
Enjuague la celda de flujo con agua de laboratorio y séquela con una toallita para
limpiar lentes.
2
Doble un paño humedecido en alcohol hasta que tenga el tamaño aproximado de la
celda de flujo.
3
Sujete con dos dedos los extremos de la celda de flujo agrupada. Asegúrese de que los
puertos de entrada y salida están boca arriba.
4
Limpie cada lado de la celda de flujo con un solo movimiento de arrastre. Repita,
doblando el paño después de cada pasada, hasta que la celda de flujo quede totalmente
limpia.
5
Seque la celda de flujo con una toallita para limpiar lentes seca.
PRECAUCIÓN
Si limpia la celda de flujo mientras está colocada en la parte superior del banco, podría aplicar
una presión excesiva y romperla. Illumina recomienda limpiar la celda de flujo sujetando sus
extremos entre los dedos.
6
102
Proteja la celda de flujo del polvo hasta que vaya a cargarla en el instrumento.
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
NOTA
No sustituya las juntas del distribuidor en este momento. Deje las juntas que se
instalaron antes del lavado de mantenimiento del instrumento en su lugar
cuando cargue la celda de flujo. Deberá sustituir las juntas del distribuidor una
vez finalizado el experimento de secuenciación actual, antes del lavado de
mantenimiento del instrumento.
No realice más de un experimento de secuenciación en el mismo conjunto de
juntas del distribuidor.
1
Coloque la celda de flujo en el soporte de la celda de flujo con los puertos de entrada y
salida hacia abajo y el código de barras en el lado derecho. La flecha del extremo
izquierdo de la celda de flujo, que indica la dirección del flujo, debe apuntar hacia el
instrumento.
2
Deslice suavemente la celda de flujo hacia los pasadores guía superiores y de la parte
derecha, hasta que se detenga.
Figura 44 Colocación de la celda de flujo contra los pasadores guía superiores y de la parte
derecha
A
B
Pasador guía superior
Pasadores guía derechos
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
103
Carga de una celda de flujo
Carga de la celda de flujo
Realización de un experimento de secuenciación
NOTA
Retire la mano de la celda de flujo antes de activar el interruptor de vacío. Esto evita un
posible desvío de la alineación con el tiempo.
3
Lentamente, mueva la palanca de la celda de flujo a la posición 1. Esto activa el vacío
y fija la celda de flujo en su posición. Cuando la palanca de la celda de flujo está verde,
el vacío está activado.
Figura 45 Palanca de la celda de flujo en posición 1
4
104
Espere unos cinco segundos y, a continuación, mueva lentamente la palanca de la
celda de flujo a la posición 2. Cuando el color de la palanca de la celda de flujo sea
verde fijo, los distribuidores están en posición y la celda de flujo está lista para usarse.
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
5
Asegúrese de marcar la casilla de verificación Vacuum Engaged (Vacío activado) en la
pantalla de carga de la celda de flujo para la secuenciación.
Confirmación de flujo correcto
Después de cargar la celda de flujo, compruebe si el flujo es correcto mediante la pantalla
de comprobación de fluídica. Un flujo correcto confirma que la celda de flujo y las juntas
están bien instaladas y el distribuidor está acoplado.
1
Seleccione la solución 5 (SB2) en la lista desplegable.
2
Introduzca los siguientes valores predeterminados:
• Volume (Volumen): 250
• Aspiration Rate (Velocidad de aspiración): 250
• Dispense Rate (Velocidad de dispensación): 2000
3
Seleccione Pump (Dispensar).
4
Inspeccione visualmente la celda de flujo para comprobar si hay burbujas recorriendo
los carriles o fugas cerca de los distribuidores.
Si observa una presencia excesiva de burbujas, compruebe si las juntas del distribuidor
están obstruidas y repita el proceso.
a Seleccione la solución 6 (SB2) para evitar agotar el SB2 de la posición 5.
b Reduzca la velocidad de aspiración a 100 y bombee otros 250 µl de SB2 a la celda
de flujo.
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
105
Carga de una celda de flujo
Figura 46 Palanca de la celda de flujo en posición 2
Realización de un experimento de secuenciación
106
5
Una vez haya confirmado un flujo correcto, seleccione Next (Siguiente) para continuar.
Asegúrese de que la palanca de la celda de flujo está de color verde y, a continuación,
cierre la puerta del compartimento de la celda de flujo.
6
Confirme que las casillas de verificación Vacuum Engaged (Vacío activado) y Door
Closed (Puerta cerrada) están seleccionadas y, a continuación, seleccione Next
(Siguiente).
7
Seleccione Start (Empezar) para comenzar el experimento de secuenciación.
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
Utilice la pantalla de resumen del experimento para supervisar el análisis integrado en el
instrumento, la fluídica y la adquisición de imágenes.
} Barra de progreso: Utilice la barra de progreso para monitorizar el número de ciclos
que han finalizado.
} Imagen de la celda de flujo: Utilice la imagen de la celda de flujo para supervisar los
carriles de los que se ha obtenido una imagen.
} Gráfico de análisis: Utilice el gráfico de análisis para supervisar las puntuaciones de
calidad por ciclo.
} Gráfico de imágenes: Utilice el gráfico de análisis para supervisar las intensidades por
ciclo.
} Gráfico de fluídica: Utilice el botón de flecha para ampliar la sección de fluídica y
supervisar los pasos individuales del protocolo.
Figura 47 Descripción general de la pantalla de resumen del experimento
A
B
C
Progreso del experimento
Fluídica y temperatura
Configuración del experimento
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
107
Supervisión del experimento
Supervisión del experimento
Realización de un experimento de secuenciación
D
E
Análisis
Imágenes
NOTA
Puede notar un sonido de clic intermitente procedente del lado derecho del instrumento
durante el funcionamiento. Es algo normal. Este sonido indica que la bomba de condensación
de la refrigeración está funcionando.
Informe de primera base
El cuadro de diálogo de confirmación del informe de primera base se abre
automáticamente después del ciclo uno, si seleccionó la casilla de verificación Confirm
First Base (Confirmar primera base) en la pantalla de lectura durante la configuración del
experimento. El experimento se pondrá en pausa en este paso.
Si no seleccionó la casilla de verificación, el experimento continúa después de la
incorporación de primera base sin pedirle que revise el informe de primera base. Para
obtener más información, consulte Configuración avanzada en la página 39.
1
Revise el informe de primera base que aparece en el cuadro de diálogo de confirmación
del informe de primera base o abra First_Base_Report.htm en el nivel raíz de la carpeta
del experimento.
2
Si los resultados son satisfactorios, seleccione Continue (Continuar) para continuar con
el experimento. Si los resultados no son satisfactorios, cancele el experimento.
Visor del análisis de secuenciación
Puede monitorizar su experimento utilizando el Visor del análisis de secuenciación, que se
inicia automáticamente después de que comience el análisis de las imágenes. Para obtener
más información, consulte Visor del análisis de secuenciación en la página 132.
Para obtener una descripción detallada de las instrucciones de instalación y los criterios de
medición disponibles, consulte la Guía de usuario del Visor del análisis de secuenciación, n.° de
referencia 15020619.
108
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
Antes de finalizar la Lectura 1 y cualquier lectura del índice, prepare los reactivos para la
repetición de la síntesis de la Lectura 2 y el ICB fresco para la Lectura 2. Se tarda menos de
30 minutos en preparar los reactivos.
NOTA
Para obtener un rendimiento óptimo, Illumina recomienda que prepare el ICB fresco (mezcla
para incorporación) para la Lectura 2.
Preparación de reactivos "paired-end"
La secuenciación "paired-end" requiere los reactivos "paired-end" que se suministran en el
TruSeq Cluster Kit.
Las bibliotecas de doble índice Nextera requieren el HP11 (cebador de secuenciación de
Lectura 2) que se suministra en la caja TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box.
Tipo de biblioteca
Bibliotecas de Nextera
Bibliotecas de HT de TruSeq
Bibliotecas de LT/v2 de TruSeq
Bibliotecas de pequeños fragmentos de ARN de TruSeq
Lectura 2
HP11
HP7 o HP11
HP7 o HP11
HP7 o HP11
Se tarda menos de 30 minutos en preparar los reactivos "paired-end".
NOTA
HP7, que se suministra con el TruSeq PE Cluster Kit, no es compatible con las bibliotecas de
doble índice Nextera. Debe utilizar el HP11 de la caja TruSeq Dual Index Sequencing Primer
Box (PE).
Tabla 7 Reactivos "paired-end"
Reactivos Nombre del kit
RMR
TruSeq PE Cluster Kit (caja de reactivos de PE)
Nota: No necesita preparar el RMR para experimentos "paired-end" de doble
índice. RMR se utiliza durante la lectura del índice 2 (i5) de un experimento
"paired-end" de doble índice y no se vuelve a utilizar durante la resíntesis de
la Lectura 2. En los experimentos "paired-end" no indexados o de un solo
índice, se precisa y se utiliza RMR durante el experimento "paired-end".
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
109
Preparación de reactivos para la Lectura 2
Preparación de reactivos para la Lectura 2
Realización de un experimento de secuenciación
Reactivos
LMX2
BMX
AMX2
APM2
AT2
HP7 o
HP11
HP3
HT2
Nombre del kit
TruSeq PE Cluster Kit (caja de reactivos de PE)
TruSeq PE Cluster Kit (caja de reactivos de PE)
TruSeq PE Cluster Kit (caja de reactivos de PE)
TruSeq PE Cluster Kit (caja de reactivos de PE)
TruSeq PE Cluster Kit (caja de reactivos de PE)
TruSeq PE Cluster Kit (caja de reactivos de PE)
Caja TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box
TruSeq PE Cluster Kit (caja de reactivos de PE)
TruSeq PE Cluster Kit (caja de reactivos de PE)
ADVERTENCIA
Este grupo de reactivos contiene formamida, una amida alifática que es una probable
toxina reproductiva. Evite su inhalación, ingestión y el contacto con la piel o los ojos;
puede causar lesiones personales.
Deseche los contenedores y los contenidos no utilizados de acuerdo con las normativas
de seguridad gubernamentales de su región.
Para obtener más información, consulte la hoja de datos de seguridad de materiales de este
kit en www.illumina.com.
Descongelación de reactivos
1
Extraiga los reactivos de su almacenamiento a una temperatura de entre -15 y -25 °C.
Confirme que está utilizando el cebador de secuenciación adecuado para el tipo de
experimento y de biblioteca.
2
Descongele los reactivos en un vaso de precipitados lleno de agua desionizada a
temperatura ambiente durante aproximadamente 20 minutos o hasta que los reactivos
se descongelen por completo.
3
Después de que los reactivos se hayan descongelado por completo, coloque el LMX2, el
BMX, el AMX2 y el RMR en hielo.
Preparación de RMR
110
1
Invierta el tubo de RMR cinco veces para mezclar el reactivo.
2
Etiquete el tubo de RMR Reactivo n.° 10.
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
Centrifugue brevemente el reactivo a 1000 rpm durante un minuto o menos. De
manera alternativa, dé pequeños golpes al tubo para asegurarse de que las gotas de
reactivo se agrupan en el fondo del tubo.
NOTA
No agite el RMR en un vórtice.
4
Reserve en hielo.
Preparación de LMX2
1
Invierta el tubo de LMX2 cinco veces para mezclar el reactivo.
2
Etiquete el tubo de LMX2 Reactivo n.° 11.
3
Centrifugue el reactivo a 1000 rpm durante un minuto.
4
Reserve en hielo.
Preparación de BMX
1
Invierta el tubo de BMX cinco veces para mezclar el reactivo.
2
Etiquete el tubo de BMX Reactivo n.° 12.
3
Centrifugue el reactivo a 1000 rpm durante un minuto.
4
Reserve en hielo.
Preparación de AMX2
1
Invierta el tubo de AMX2 cinco veces para mezclar el reactivo.
2
Etiquete el tubo de AMX2 Reactivo n.° 13.
3
Centrifugue el reactivo a 1000 rpm durante un minuto.
4
Reserve en hielo.
Preparación de APM2
1
Invierta el tubo de APM2 cinco veces para mezclar el reactivo.
2
Etiquete el tubo de APM2 Reactivo n.° 14.
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
111
Preparación de reactivos para la Lectura 2
3
Realización de un experimento de secuenciación
3
Centrifugue el reactivo a 1000 rpm durante un minuto.
4
Reserve a temperatura ambiente.
Preparación de AT2
1
Invierta el tubo de AT2 cinco veces para mezclar el reactivo.
2
Etiquete el tubo de AT2 Reactivo n.° 15.
3
Centrifugue el reactivo a 1000 rpm durante un minuto.
4
Reserve a temperatura ambiente.
Preparación de HP7
1
Invierta el tubo de HP7 cinco veces para mezclar el reactivo.
2
Etiquete el tubo de HP7 Reactivo n.° 16.
3
Centrifugue el reactivo a 1000 rpm durante un minuto.
4
Reserve a temperatura ambiente.
Preparación de HP11
Debe utilizar HP11 para la secuenciación de las bibliotecas de doble índice Nextera.
1
Invierta el tubo de HP11 cinco veces para mezclar el reactivo.
2
Etiquete el tubo de HP11 Reactivo n.° 16.
3
Centrifugue el reactivo a 1000 rpm durante un minuto.
4
Reserve a temperatura ambiente.
Preparación de HP3
112
1
Invierta el tubo de HP3 cinco veces para mezclar el reactivo y, a continuación,
centrifugue.
2
Transfiera 2,85 ml de PW1 a un tubo cónico Sarstedt de 15 ml y añada 150 µl de HP3.
3
Invierta el tubo cinco veces para mezclar el reactivo.
4
Etiquete el tubo cónico de HP3 diluido Reactivo n.° 18.
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
Centrifugue a 1000 rpm durante un minuto.
6
Reserve a temperatura ambiente.
Preparación de HT2
1
Invierta el tubo de HT2 cinco veces para mezclar el reactivo.
2
Etiquete el tubo de HT2 Reactivo n.° 19.
3
Centrifugue el reactivo a 1000 rpm durante un minuto.
4
Reserve a temperatura ambiente.
Preparación de ICB para Lectura 2 (kit de 200 ciclos)
Siga estas instrucciones para experimentos no indexados o de un solo índice. Para
experimentos de doble índice, prepare el ICB con los volúmenes que dejó reposar para la
Lectura 2. Para obtener más información, consulte Preparación del ICB para experimentos de
doble índice en la página 77.
1
Añada el contenido de dos tubos de LFN a la botella que contiene 47 ml de ICB-200.
2
Enjuague cada tubo de LFN con ICB-200 para garantizar la transferencia de todo el
LFN.
3
Reparta en alícuotas 1,1 ml de EDP-200 en la mezcla de ICB/LFN.
4
Cierre la botella e inviértala varias veces para mezclar.
5
Reserve en hielo hasta que vaya a cargar los reactivos en el instrumento.
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
113
Preparación de reactivos para la Lectura 2
5
Realización de un experimento de secuenciación
Carga de reactivos para la Lectura 2
Tras finalizar la Lectura 1 y cualquier lectura del índice, el software le solicita que cargue
reactivos "paired-end" para la resíntesis de la Lectura 2 e ICB recién preparado para la
Lectura 2.
Carga de reactivos "paired-end"
1
Registre el peso de cada reactivo en el formulario de seguimiento del laboratorio.
2
Levante los dispensadores de la gradilla de reactivos "paired-end" con el siguiente
movimiento:
a Tire del mango hacia usted.
b Empuje el mango hacia arriba mientras tira de él hacia usted.
c Suelte el mango en la ranura del extremo superior del canal. Debe notar que el
mango queda firmemente apoyado en la ranura.
3
Deslice la gradilla de reactivos hacia el exterior del compartimento de reactivos con el
mango de la gradilla.
4
Coloque cada uno de los tubos de reactivo en la gradilla en las posiciones numeradas
asociadas en función del tipo de experimento que esté realizando.
Tabla 8 Posiciones de los reactivos "paired-end"
Posición
Reactivo
Descripción
10
11
12
13
14
15
16
18
19
114
RMR
LMX2
BMX
AMX2
APM2
AT2
HP7 o HP11
HP3
HT2
Mezcla para resíntesis
Mezcla para linealización 2
Mezcla para bloqueo
Mezcla para amplificación 2
Premezcla AMX2
100 % formamida
Cebador de secuenciación de la Lectura 2
Solución de desnaturalización
Tampón de lavado
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
5
Retire las tapas de todos los tubos de reactivo.
6
Deslice la gradilla de reactivos dentro del compartimento de reactivos y alinee la
gradilla con la guía elevada en el suelo del compartimento.
7
Baje los dispensadores e introdúzcalos en los tubos de reactivo "paired end" del
siguiente modo:
a Tire del mango hacia usted.
b Baje el mango mientras tira de él hacia usted.
c Inspeccione visualmente los dispensadores para asegurarse de que no se doblan
cuando se bajan para introducirlos en los tubos.
d Suelte el mango en la ranura del extremo inferior del canal. Debe notar que el
mango queda firmemente apoyado en la ranura.
Carga de ICB para la Lectura 2
1
Registre el peso del reactivo en el formulario de seguimiento del laboratorio.
2
Levante los dispensadores de la gradilla de reactivos de secuenciación con el siguiente
movimiento:
a Tire del mango del dispensador hacia usted.
b Empuje el mango del dispensador hacia arriba mientras tira de él hacia usted.
c Suelte el mango del dispensador en la ranura del extremo superior del canal. Debe
notar que el mango del dispensador queda firmemente apoyado en la ranura.
3
Deslice la gradilla de reactivos para extraerla del compartimento de reactivos.
4
Retire la botella de reactivo ICB existente de la posición 1 de la gradilla de reactivos y
retire la tapa de embudo de la botella.
5
Coloque la tapa de embudo en la botella de ICB nueva y cargue la botella en la
posición 1, comprobando que el extremo cónico de la botella esté apoyado en la
muesca de la base de la gradilla.
6
Deslice la gradilla de reactivos dentro del compartimento de reactivos y alinee la
gradilla con la guía elevada en el suelo del compartimento.
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
115
Carga de reactivos para la Lectura 2
NOTA
No necesita cargar el RMR para un experimento "paired-end" de doble índice. El RMR se
utiliza durante la lectura del índice 2 (i5) y no se vuelve a utilizar durante la resíntesis de la
Lectura 2.
Realización de un experimento de secuenciación
116
7
Baje los dispensadores e introdúzcalos en las botellas de reactivos de secuenciación
como se indica a continuación:
a Tire del mango del dispensador hacia usted.
b Baje el mango del dispensador mientras tira de él hacia usted.
c Inspeccione visualmente los dispensadores para asegurarse de que no se doblan
cuando se bajan para introducirlos en las tapas de embudo.
d Suelte el mango del dispensador en la ranura del extremo inferior del canal. Debe
notar que el mango del dispensador queda firmemente apoyado en la ranura.
8
Cierre la puerta del compartimento de reactivos y, a continuación, seleccione Next
(Siguiente) para reanudar el experimento.
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
Capítulo 4 Procedimientos posteriores al experimento
Capítulo 4
Procedimientos posteriores
al experimento
Introducción
Descarga y cálculo del peso de los reactivos
Realización de un lavado de mantenimiento del instrumento
Realización de un lavado con agua
Inactividad del instrumento
Apagado del instrumento
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
118
119
120
125
127
128
117
Procedimientos posteriores al experimento
Introducción
Los procedimientos posteriores al experimento incluyen retirar los reactivos y calcular su
peso, así como lavar el instrumento.
Unos lavados regulares del instrumento garantizan un rendimiento continuado de la
siguiente manera:
} Expulsa cualquier resto de reactivo y muestra de los dispensadores y conductos de la
fluídica.
} Evita la acumulación y cristalización de sales en los dispensadores y los conductos de
la fluídica.
} Evita la contaminación cruzada con el experimento anterior.
NOTA
Al final de cada experimento, se realizará un lavado con agua para lavar el sistema y
comprobar la fluídica. HCS no le dejará iniciar un experimento nuevo si no se ha realizado un
lavado con agua o un lavado de mantenimiento en las últimas 24 horas. Cada 10 días, HCS le
solicitará que lleve a cabo un lavado de mantenimiento con independencia del momento en
el que realizó un lavado de mantenimiento.
118
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
1
Abra la puerta del compartimento de reactivos.
2
Levante los dispensadores de la gradilla de reactivos y la gradilla de agrupación
cargadas con el siguiente movimiento:
a Tire del mango del dispensador hacia usted.
b Empuje el mango del dispensador hacia arriba mientras tira de él hacia usted.
c Suelte el mango del dispensador en la ranura del extremo superior del canal. Debe
notar que el mango del dispensador queda firmemente apoyado en la ranura.
3
Deslice la gradilla de reactivos hacia el exterior del compartimento de reactivos con el
mango de la gradilla.
4
Retire cada botella de la gradilla de reactivos y registre el peso en el formulario de
seguimiento del laboratorio.
NOTA
Los residuos de reactivos de secuenciación pueden tener un aspecto de color marrón.
También podría percibir una ligera decoloración de las tapas de embudo o en cualquier
derrame. El cambio de color de los residuos no es tóxico y no afecta al rendimiento del
experimento.
ADVERTENCIA
Un componente del kit de agrupación contiene formamida, una amida alifática que es
probablemente una toxina reproductiva. Evite su inhalación, ingestión y el contacto con
la piel o los ojos; puede causar lesiones personales.
Deseche los contenedores y los contenidos no utilizados de acuerdo con las normativas
de seguridad gubernamentales de su región.
Para obtener más información, consulte la hoja de datos de seguridad de materiales de
este kit en http://www.illumina.com/msds.
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
119
Descarga y cálculo del peso de los reactivos
Descarga y cálculo del peso de los reactivos
Procedimientos posteriores al experimento
Realización de un lavado de mantenimiento del
instrumento
Para garantizar un rendimiento óptimo del instrumento, lleve a cabo un lavado de
mantenimiento del instrumento de acuerdo con el programa siguiente:
} Cada 10 días
} Tras cada experimento de secuenciación
Cambie el distribuidor al realizar el lavado de mantenimiento. El lavado de mantenimiento
se compone de tres pasos de lavado:
} Primer lavado con agua: Lava el sistema con agua de laboratorio.
} Lavado con NaOH: Lava el sistema con NaOH.
} Lavado final con agua: Lava el sistema con agua de laboratorio para quitar los restos
de NaOH.
Posiciones
Ocho posiciones SBS
Ocho posiciones SBS y diez posiciones de
grupo
Tiempo aproximado por
paso
20 minutos
60 minutos
Consumibles proporcionados por el usuario
}
}
}
}
}
}
Paños humedecidos en etanol
24 botellas, 250 ml (Corning, n.° de catálogo 430776), ocho botellas por paso de lavado
30 tubos, 15 ml (Corning, n.° de catálogo 430052), 10 tubos por paso de lavado
Agua de laboratorio
NaOH 1 N
3 eppendorf por celda de flujo para pasos de lavado de la estación de carga de
muestras
Primer lavado con agua
1
120
En la pantalla de bienvenida de HCS, seleccione Wash | Maintenance (Lavado |
Mantenimiento).
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
Seleccione Yes (Sí) para lavar las posiciones de reactivos PE. De lo contrario, seleccione
No. Seleccione Next (Siguiente) para continuar.
3
Cargue el instrumento con agua de laboratorio de la siguiente forma:
a Llene ocho botellas de 250 ml con más agua de laboratorio que los reactivos
presentes al comienzo del experimento, con el fin de asegurarse de que los
dispensadores se enjuagan.
b Si está lavando grupos, cargue diez tubos de 15 ml con 10 ml de agua de
laboratorio.
c Cargue las botellas y los tubos en el instrumento en la gradilla de reactivos
correcta.
4
Retire la celda de flujo de la platina de la celda de flujo y resérvela. Volverá a cargar
esta celda de flujo antes de comenzar el lavado del instrumento.
NOTA
Las juntas no se deben cambiar durante los pasos de lavado con NaOH y segundo lavado;
deben permanecer instaladas hasta que el experimento de secuenciación haya finalizado.
Instale siempre nuevas juntas del distribuidor antes de realizar un lavado de mantenimiento
del instrumento.
5
Asegúrese de llevar guantes de protección y extraiga las juntas delantera y trasera. Para
ello, aplique una ligera presión con los dedos a un lado de la junta. El otro lado se
abrirá. Utilice unas pinzas para coger y extraer las juntas.
Figura 48 Retirada de las juntas usadas del distribuidor
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
121
Realización de un lavado de mantenimiento del instrumento
2
Procedimientos posteriores al experimento
6
Coloque dos juntas nuevas en las ranuras de los extremos delantero y trasero del
soporte de la celda de flujo.
7
Cargue la celda de flujo que retiró para instalar las juntas nuevas. Seleccione Next
(Siguiente).
8
Realice una comprobación de fluídica:
a Seleccione la solución 2 en la lista desplegable.
b Introduzca los siguientes valores predeterminados:
— Volume (Volumen): 250
— Aspiration Rate (Velocidad de aspiración): 250
— Dispense Rate (Velocidad de dispensación): 2000
c Seleccione Pump (Dispensar).
d Inspeccione visualmente la celda de flujo para comprobar si hay burbujas
recorriendo los carriles o fugas cerca de los distribuidores.
9
Agrupe los ocho conductos de los tubos de residuos con papel Parafilm, manteniendo
todos los extremos nivelados. Introduzca los extremos de los tubos agrupados en una
botella de 250 ml.
10 Seleccione Next (Siguiente).
11 Al finalizar el lavado, mida el volumen liberado.
NOTA
La bomba de cebado se lava durante los pasos de lavado. Mantenga los residuos de la bomba
de cebado separados.
Las siguientes tablas muestran los volúmenes de lavado de los ocho conductos de los
tubos de residuos. No incluyen el volumen de lavado de la bomba de cebado.
Posiciones
Ocho posiciones SBS
Ocho posiciones SBS y diez grupos
122
Volumen liberado
32 ml
72 ml
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
PRECAUCIÓN
Por motivos de seguridad, debe utilizar gafas de protección cuando trabaje con grandes
volúmenes de NaOH.
1
Cargue el instrumento con NaOH 1 N de la siguiente forma:
a Cargue ocho botellas de 250 ml con 5 ml de NaOH.
b Si está lavando posiciones de grupo, cargue diez tubos de 15 ml con 5 ml de
NaOH.
2
Cargue las botellas y los tubos en el instrumento en la gradilla de reactivos correcta.
3
Seleccione Next (Siguiente) para iniciar el lavado con NaOH.
4
Al finalizar el lavado con NaOH, mida el volumen liberado.
Posiciones
Ocho posiciones SBS
Ocho posiciones SBS y diez posiciones de
grupo
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
Volumen
liberado
16 ml
36 ml
123
Realización de un lavado de mantenimiento del instrumento
Lavado con NaOH
Procedimientos posteriores al experimento
Lavado final con agua
1
Cargue el instrumento con agua de laboratorio de la siguiente forma:
a Cargue ocho botellas de 250 ml con al menos 20 ml de agua de laboratorio.
b Si está lavando posiciones de "paired-end", cargue diez tubos de 15 ml con al
menos 10 ml de agua de laboratorio.
PRECAUCIÓN
No reutilice la misma agua ni las botellas de lavado utilizadas para el primer paso de
lavado. El agua del primer paso de lavado puede estar contaminada con reactivos de los
dispensadores.
2
Cargue las botellas y los tubos en el instrumento en la gradilla de reactivos correcta.
3
Seleccione Next (Siguiente) para iniciar el lavado final con agua.
4
Al finalizar el último lavado con agua, mida el volumen liberado.
Posiciones
Ocho posiciones SBS
Ocho posiciones SBS y diez posiciones de
grupo
5
124
Volumen
liberado
32 ml
72 ml
Desenvuelva los conductos de residuos y devuélvalos al contenedor de residuos.
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
Realice un lavado con agua antes de empezar un nuevo experimento de secuenciación,
si el instrumento ha permanecido inactivo durante un día o más.
NOTA
HCS no le dejará iniciar un experimento nuevo si el instrumento ha permanecido inactivo
durante más de 24 horas.
Antes de iniciar cada experimento, asegúrese de llevar a cabo la comprobación de la
fluídica recomendada cuando el software se lo solicite, para garantizar que la fluídica
funciona correctamente.
Consumibles proporcionados por Illumina
} Agua de laboratorio
Consumibles proporcionados por el usuario
} Ocho botellas de 250 ml (Corning, n.° de catálogo 430776)
} Diez tubos cónicos de 15 ml (Corning, n.° catálogo 430052)
} Un tubo eppendorf abatible para cada celda de flujo
Procedimiento
1
En la pantalla de bienvenida de HCS, seleccione Wash | Water (Lavado | Agua).
2
Cargue el instrumento con agua de laboratorio de la siguiente forma:
a Llene ocho botellas de 250 ml con 20 ml de agua de laboratorio.
b Si está lavando posiciones de "paired-end", cargue diez tubos de 15 ml con 10
ml de agua de laboratorio.
NOTA
No es necesario cambiar las juntas del distribuidor antes de un lavado con
agua.
3
Asegúrese de que hay cargada una celda de flujo usada. Si es necesario, cargue una
celda de flujo usada. Seleccione Next (Siguiente).
NOTA
Illumina recomienda realizar una comprobación de la fluídica al cargar una celda de flujo
usada para el lavado.
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
125
Realización de un lavado con agua
Realización de un lavado con agua
Procedimientos posteriores al experimento
4
Si cargó una celda de flujo usada en el paso anterior, realice una comprobación de
fluídica:
a Seleccione la solución 2 en la lista desplegable.
b Introduzca los siguientes valores predeterminados:
— Volume (Volumen): 250
— Aspiration Rate (Velocidad de aspiración): 250
— Dispense Rate (Velocidad de dispensación): 2000
c Seleccione Pump (Dispensar).
d Inspeccione visualmente la celda de flujo para comprobar si hay burbujas
recorriendo los carriles o fugas cerca de los distribuidores.
5
Afloje y retire del contenedor de residuos los ocho conductos de los tubos de residuos
para la celda de flujo. Asegúrese de no incluir los conductos para la bomba de
condensación o la bomba de cebado de agrupación.
6
Agrupe todos los conductos de los tubos de residuos con papel Parafilm,
manteniendo todos los extremos nivelados. Introduzca los extremos de los tubos
agrupados en una botella de 250 ml.
7
Seleccione Next (Siguiente) para iniciar el lavado con agua.
Posiciones
Ocho posiciones SBS
Ocho posiciones SBS y diez posiciones "paired-end"
8
Tiempo aproximado del
experimento
20 minutos
60 minutos
Al finalizar el lavado, mida el volumen liberado. Registre el volumen liberado en el
formulario de seguimiento del laboratorio.
Posiciones
Ocho posiciones SBS
Ocho posiciones SBS y diez posiciones de grupo
9
126
Volumen liberado
32 ml
72 ml
Devuelva los tubos de residuos a la botella de residuos.
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
Si el instrumento no se va a utilizar en los próximos diez días, prepárelo para dejarlo
inactivo. Si el instrumento no se utilizará durante más de diez días, consulte Apagado del
instrumento en la página 128.
1
Realice un lavado de mantenimiento completo para llenar completamente el sistema.
Para obtener más información, consulte Realización de un lavado de mantenimiento del
instrumento en la página 120.
2
Deje la celda de flujo en la platina de la celda de flujo con la palanca de dicha celda
en la posición 2. Esto deja los distribuidores en la posición elevada.
3
Cargue 10 ml de agua de laboratorio en cada posición de reactivo de las gradillas de
reactivos y, a continuación, baje los dispensadores y sumérjalos en el agua.
4
Deje el instrumento encendido.
5
Cuando esté listo para utilizar el instrumento para otro experimento, realice un
lavado con agua. Para obtener más información, consulte Realización de un lavado con
agua en la página 125.
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
127
Inactividad del instrumento
Inactividad del instrumento
Procedimientos posteriores al experimento
Apagado del instrumento
Apague el instrumento solo si no lo va a utilizar durante un período de tiempo superior
a diez días. Si el instrumento no se va a utilizar en los próximos diez días, consulte
Inactividad del instrumento en la página 127. Si apaga el instrumento, no es necesario
apagar el ordenador.
Lleve a cabo el siguiente procedimiento para preparar de forma segura la fluídica y
apagar el sistema.
1
Realice un lavado de mantenimiento completo para llenar completamente el sistema.
Para obtener más información, consulte Realización de un lavado de mantenimiento del
instrumento en la página 120.
2
Retire la celda o celdas de flujo de la platina de la celda de flujo.
3
Con un paño humedecido en alcohol o una toallita sin pelusa humedecida en etanol
o isopropanol, limpie con cuidado la superficie del soporte de la celda de flujo hasta
que esté totalmente limpia.
PRECAUCIÓN
Procure que no entre alcohol en los orificios de vacío o alrededor de los distribuidores. Si
es necesario, utilice una toallita de laboratorio sin pelusa para secar la platina.
128
4
Cargue 10 ml de agua de laboratorio en cada posición de reactivo de las gradillas de
reactivos y, a continuación, baje los dispensadores y sumérjalos en el agua.
5
Apague el instrumento.
6
Cuando esté listo para reiniciar el instrumento, cargue agua en todas las posiciones
de los reactivos, encienda el instrumento y realice un lavado con agua. Para obtener
más información, consulte Realización de un lavado con agua en la página 125.
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
Capítulo 5 Análisis en tiempo real
Descripción de Análisis en tiempo real (RTA)
Supervisión de datos estadísticos de la ejecución
Datos de salida del análisis en tiempo real (RTA)
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
130
132
134
129
Capítulo 5
Análisis en tiempo real
Análisis en tiempo real
Descripción de Análisis en tiempo real (RTA)
El software de análisis principal integrado, Análisis en tiempo real (RTA), realiza el
análisis de las imágenes y la llamada de bases y asigna una puntuación de calidad a todas
las bases de cada ciclo. El análisis se realiza durante los ciclos de química y procesamiento
de imágenes de un experimento de secuenciación, lo que permite ahorrar tiempo en
análisis sucesivos y decidir de forma rápida si el experimento se está desarrollando o no
de la forma esperada.
El análisis en tiempo real (RTA) se ejecuta automáticamente en el ordenador del
instrumento y se configura a través de la interfaz de CS al principio del experimento.
NOTA
Si por algún motivo el Análisis en tiempo real (RTA) deja de funcionar, el software reanuda
automáticamente el análisis durante el siguiente ciclo, en el punto adecuado de la celda de
flujo. No reinicie la aplicación manualmente.
Transferencia de datos
Los archivos de salida de un experimento de secuenciación es un conjunto de archivos de
llamada de base clasificada por calidad (*.bcl), que se generan a partir de archivos de
imágenes sin procesar y que contienen las llamadas de bases por ciclo. De manera
predeterminada, las imágenes se eliminan del ordenador del instrumento tras el análisis de
las imágenes. Los datos de las imágenes sin procesar no son necesarios para análisis
sucesivos.
Si, por algún motivo, el análisis de las imágenes tarda demasiado, el software detiene la
secuenciación y coloca la celda de flujo en un estado seguro. Se reanuda la secuenciación
cuando se resuelven los problemas de análisis de imágenes.
Basecalling_Netcopy_complete
La transferencia de datos finaliza cuando los archivos Basecalling_Netcopy_complete están
presentes en el nivel raíz de la carpeta del experimento. Debe haber un archivo genérico
denominado Basecalling_Netcopy_complete.txt, además de un archivo para cada lectura.
Análisis de datos de RTA
Ambos patrones, bcl2fastq y configureBclToFastq.pl de CASAVA v1.8, tienen la capacidad
de convertir archivos .bcl en archivos .fastq y demultiplexar datos indexados de forma
simultánea. No obstante, el patrón configureBclToFastq.pl de CASAVA 1.8 no es
130
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
Se requiere CASAVA v1.8.2 (o posterior) o bcl2fastq 1.8.3 (o posterior) para analizar el
resultado de datos del RTA de experimentos de secuenciación de doble índice. Para obtener
más información, consulte la Guía del usuario de CASAVA v1.8, n.° de referencia 15011196.
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
131
Descripción de Análisis en tiempo real (RTA)
compatible con archivos .bcl comprimidos. Bcl2fastq llevará a cabo la conversión de .bcl y
el demultiplexado de archivos .bcl comprimidos y no comprimidos.
Análisis en tiempo real
Supervisión de datos estadísticos de la ejecución
El Análisis en tiempo real (RTA) genera criterios de medición de calidad cuando comienza
el análisis de imágenes. No todos los criterios de medición están disponibles en los
primeros ciclos porque algunos procesos necesitan varios ciclos para poder generar datos.
El siguiente resumen describe los puntos en el experimento cuando los criterios de
medición están disponibles:
} Análisis de imágenes: Comienza después del ciclo 4. En primer lugar, el software debe
generar una cadena molde con las ubicaciones de los grupos En el ciclo 4, el software
se actualiza con el análisis de imágenes.
NOTA
Dado que el software se actualiza con el análisis de imágenes durante el ciclo 4; este tarda
significativamente más en completarse. El software espera a que el análisis termine antes de
continuar con el siguiente ciclo. Este comportamiento es normal.
} Cálculos de phasing (fases) y llamadas de base: El software genera cálculos de
phasing/prephasing (hebra retrasada/hebra adelantada) y llamadas de base después
del ciclo 12.
} Puntuaciones de calidad: El software genera puntuaciones de calidad después del
ciclo 25. El software determina las lecturas que superan el filtro de calidad y aplica la
fórmula de Chastity en las primeras 25 bases Como mínimo, 24 de los primeros 25
ciclos deben tener un valor Chastity >0,6. Las lecturas pueden superar el filtro de
calidad aunque una base en los primeros 25 tenga un valor de Chastity inferior. Las
puntuaciones de calidad solamente se notificarán para las lecturas que superen el filtro
de calidad. Si desea obtener más información, consulte Teoría de operaciones del RTA.
} Índices de errores: Si se incluyó un control PhiX, el RTA genera índices de errores
después del ciclo 25.
} Controles en línea: Si preparó sus muestras con los kits de preparación de muestras de
TruSeq, el RTA realizará una alineación de control en línea en el ciclo 52 de cada
lectura o al final de la lectura si la longitud de dicha lectura es inferior a 52 ciclos.
} Recuento de índices: Una vez finalizada la última lectura del índice, el RTA informará
del recuento de índices por carril si se proporcionó una hoja de muestras.
Visor del análisis de secuenciación
El Visor del análisis de secuenciación (SAV) es una aplicación que le permite ver criterios
de medición de secuenciación importantes generados por el Análisis en tiempo real (RTA)
132
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
Las estadísticas se actualizan tan pronto como está disponible la nueva información de
análisis. Seleccione Refresh (Actualizar) en cualquier momento durante el experimento
para ver los criterios de medición actualizados a medida que se lleva a cabo el
experimento.
SAV se puede ver desde una ubicación remota instalando SAV en otro ordenador con
acceso a la ubicación en red de la carpeta del experimento de salida. Puede descargar una
copia de SAV desde el sitio Web de Illumina. Se requiere iniciar una sesión de MyIllumina.
Para obtener una descripción detallada de las instrucciones de instalación y los criterios de
medición disponibles, consulte la Guía de usuario del Visor del análisis de secuenciación, n.° de
referencia 15020619.
Página de análisis
La página de análisis indica el progreso del análisis y proporciona acceso a las estadísticas
de la ejecución más importantes.
Las estadísticas se actualizan tan pronto como está disponible la nueva información de
análisis. Las estadísticas de la ejecución se pueden visualizar en cualquier ordenador con
acceso a la carpeta del experimento. Vaya a la carpeta <RunFolder>\Data y abra el archivo
Status (Estado). El archivo Status (Estado) se transfiere a la subcarpeta Data (Datos) en la
carpeta de análisis al final de cada ciclo que se procesa.
NOTA
Es posible que el navegador le notifique el contenido activo. En ese caso, haga clic en la
advertencia en la barra informativa y permita el contenido bloqueado.
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
133
Supervisión de datos estadísticos de la ejecución
en forma de diagramas, gráficos y tablas. SAV se abre automáticamente en la página de
análisis después de comenzar el análisis de imágenes.
Análisis en tiempo real
Datos de salida del análisis en tiempo real (RTA)
Los datos de salida del Análisis en tiempo real (RTA) se guardan en la ubicación de la red
que especificó durante los pasos de configuración del experimento.
Todos los resultados de los análisis se guardan en una carpeta de salida del análisis a la
que se le asigna el mismo nombre que a la carpeta del experimento en el ordenador del
instrumento. La siguiente figura ilustra la organización de las carpetas de análisis en la
red, incluida la ubicación de los archivos de salida más importantes (cuadros azules).
Figura 49 Carpeta de análisis en tiempo real
134
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
Tabla 9 Contenido de la carpeta de análisis de red
Archivo clave
Subcarpeta
Archivos *.bcl
AnalysisFolder\Data\
Intensities\Basecalls\
L00X\CX.X
Archivos *.cif
Archivos
*.clocs/*.locs
Archivos *.filter
Archivos *.jpg
Descripción
Cada archivo *.bcl contiene una llamada
de base del RTA y resultados de
calificación de calidad de bases para un
ciclo y una placa. Estos archivos se
introducen en CASAVA v1.8.2 o el
convertidor de BCL. Para obtener más
información, consulte Archivos de salida de
la secuencia principal en la página 137.
AnalysisFolder\Data\
Cada archivo *.cif binario contiene
Intensities\L00X\CX.X
resultados del análisis de imágenes del
RTA para un ciclo y una placa. Estos
archivos deben utilizarse en el software
del análisis de OLB si desea realizar una
llamada de bases BUSTARD; para obtener
una descripción, consulte la Guía del
usuario del software lector de nucleótidos sin
conexión.
AnalysisFolder\Data\Intensities\L00 Estos archivos contienen la posición x, y
para cada grupo. El archivo *.clocs es una
versión comprimida del archivo *.locs.
AnalysisFolder\Data\
Los archivos *.filter contienen los
Intensities\Basecalls
resultados de filtro por placa. Estos
archivos los utilizan CASAVA v1.8.2 o
una versión posterior.
AnalysisFolder\
CS puede generar imágenes en miniatura
Thumbnail_Images\
de nueve ubicaciones de cada placa. Las
L00X\CX.X
imágenes en miniatura se generan para
cada ciclo y base y se pueden utilizar para
solucionar problemas de un experimento.
Para obtener más información, consulte
Imágenes en miniatura en la página 138.
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
135
Datos de salida del análisis en tiempo real (RTA)
Resultados del análisis
Análisis en tiempo real
Archivo clave
Archivos *.stats
Subcarpeta
AnalysisFolder\Data\
Intensities\Basecalls\
L00X\CX.X
Archivos *_
pos.txt
AnalysisFolder\Data\
Intensities\
config.xml
CopyLog.txt
AnalysisFolder\Data\
Intensities\
AnalysisFolder\Data\
Intensities\Basecalls\
AnalysisFolder\Data
ErrorLog.txt
AnalysisFolder\Data
RunInfo.xml
AnalysisFolder\
SampleSheet.csv AnalysisFolder\
AnalysisFolder\Data\
Intensities\Basecalls\
Descripción
Los archivos *.stats contienen las
estadísticas de llamada de bases del RTA
para un determinado ciclo o un
determinada placa. Estos archivos los
utilizan CASAVA v1.8.2 o una versión
posterior.
Informa de las coordenadas de los
grupos. Hay un archivo *_pos.txt para
cada placa. Estos archivos se deben
utilizar en el software del análisis de OLB
si desea realizar una llamada de bases de
BUSTARD.
Contiene meta-información sobre el
experimento, el análisis de imágenes y la
llamada de bases.
Todos los eventos de copia durante el
análisis se capturan en el archivo
CopyLog.
Cualquier error durante el análisis se
captura en el archivo ErrorLog. Si no hay
ningún error, no se genera ningún
archivo ErrorLog.txt.
Identifica los extremos de las lecturas
(incluidas las lecturas de indexado), el ID
de la celda de flujo (si está disponible) y la
tabla de calidad seleccionada para el
experimento.
Contiene información de la muestra,
incluida información de indexado. El RTA
copia el archivo de la hoja de muestras en
la carpeta raíz del experimento en la
carpeta Basecalls.
Numeración de placas
El nombre de la placa contiene un número de cuatro dígitos que codifica la posición en la
celda de flujo.
} El primer dígito codifica la superficie:
• 1 para la parte superior
136
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
NOTA
Un sector es una columna de placas. Hay dos sectores por carril y por superficie en la celda
de flujo del experimento rápido. En la celda de flujo v3 hay tres sectores por carril y por
superficie.
} Los últimos dos dígitos codifican la placa, de 01 a 16 (con HCS v2.0). La numeración
de las placas comienza por 01 en el extremo de salida de la celda de flujo hasta 16 en
el extremo de entrada.
Figura 50 Numeración de placas
Este ejemplo indica una placa de la superficie superior de la celda de flujo, en el
segundo sector y en la séptima placa.
Archivos de salida de la secuencia principal
Los siguientes tipos de archivo de salida contienen los datos del análisis principal
generados por el Análisis en tiempo real (RTA):
Archivos de llamada de bases
Un archivo de llamada de bases (*.bcl) contiene las llamadas de base y las puntuaciones de
calidad para un ciclo y una placa. Se pueden utilizar para futuros análisis fuera del
instrumento.
NOTA
Si va a utilizar CASAVA v1.7 o una versión anterior, los archivos *.bcl se deben convertir al
formato _qseq.txt en el convertidor de OLB o de BCL para permitir análisis sucesivos. Para
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
137
Datos de salida del análisis en tiempo real (RTA)
• 2 para la parte inferior
} El segundo dígito codifica el sector:
• 1 para el primer sector
• 2 para el segundo sector
• 3 para el tercer sector (solo en la Celda de flujo v3)
Análisis en tiempo real
obtener más información, consulte la Guía del usuario del convertidor de BCL o la Guía del
usuario del software lector de nucleótidos sin conexión.
Este paso no es necesario con la versión CASAVA v1.8.2 o con versiones posteriores.
Archivos de estadísticas
El archivo de estadísticas es un archivo binario que contiene estadísticas de llamadas de
bases para grupos que superen el filtro. Estos archivos se utilizan con el convertidor de
BCL y CASAVA v1.8.
Archivos de filtro
Los archivos de filtro (*.filter) son archivos binarios que contienen los resultados de filtro.
Estos archivos se utilizan con el convertidor de BCL y CASAVA v1.8.
Archivos de control
Los archivos de control (*.control) son archivos binarios que contienen los resultados de
control. Estos archivos se utilizan con el convertidor de BCL y CASAVA v1.8.
Imágenes en miniatura
Puede configurar CS para generar imágenes en miniatura en formato *.jpg. Las imágenes
en miniatura se generan para cada ciclo y base.
CS recoge imágenes de nueve secciones de una placa. Estas nueve imágenes se combinan
en una imagen en miniatura y se pueden utilizar para solucionar problemas de un
análisis. Las imágenes en miniatura no son aptas para el análisis de imágenes.
138
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
Datos de salida del análisis en tiempo real (RTA)
Figura 51 Imagen en miniatura
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
139
140
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
Capítulo 6 Solución de problemas
Introducción
Posibles problemas de configuración de experimentos
Realización de una comprobación de fluídica
Repetición de la hibridación de cebadores de Lectura 2
Si BaseSpace no está disponible
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
142
143
144
145
146
141
Capítulo 6
Solución de problemas
Solución de problemas
Introducción
Esta sección describe lo que puede hacer ante algún problema durante un experimento de
secuenciación, además de cómo realizar una comprobación de fluídica desde la pantalla
Welcome (Bienvenida).
142
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
Problema
El software
no se ha
inicializado.
Causa posible
El software no
pudo iniciar
dispositivos de
hardware
internos.
La palanca
de la celda de
flujo está en
naranja.
La celda de flujo
no se ha asentado
correctamente.
No se ha sellado al
vacío.
Los distribuidores
no se elevaron.
Posibles burbujas Vuelva a colocar la celda de flujo y confirme que los orificios
en el sistema.
están orientados hacia abajo.
Busque precipitado blanco alrededor de las juntas. En caso de
presencia de precipitado, cambie las juntas. Cambie siempre las
juntas antes de realizar un lavado de mantenimiento del
instrumento.
Confirme que los dispensadores se encuentran totalmente
bajados y que dichos dispensadores se encuentran en contacto
con los reactivos.
Suministro
de fluidos
deficiente.
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
Acción
Cierre el mensaje de error y, a continuación, vuelva a iniciar el
software del instrumento.
Si el problema persiste, reinicie el ordenador del instrumento. Si
va a reiniciar el ordenador, primero debe apagar el instrumento
para garantizar que la unidad DoNotEject se reconoce
correctamente.
Si el problema persiste después de reiniciar el ordenador del
instrumento, apague el instrumento, espere un mínimo de
60 segundos y, a continuación, reinicie el instrumento.
Retire la celda de flujo y repita los pasos de limpieza.
Asegúrese de que las juntas están presentes y bien asentadas.
Vuelva a cargar la celda de flujo.
143
Posibles problemas de configuración de experimentos
Posibles problemas de configuración de experimentos
Solución de problemas
Realización de una comprobación de fluídica
El botón Check (Comprobar) en la pantalla de bienvenida le permite realizar una
comprobación de fluídica cuando no esté configurando un experimento. Utilice esta opción
durante la instalación del instrumento y la solución de problemas con la fluídica.
144
1
Cargue una celda de flujo usada en el instrumento. Para obtener más información,
consulte Carga de celda de flujo usada en la página 95.
2
Cargue ocho botellas de 250 ml con una solución de lavado o con agua de laboratorio
y cargue las botellas en la gradilla de reactivos correspondiente. Cargue la gradilla en
el instrumento.
3
Seleccione Check (Comprobar) en la pantalla Welcome (Bienvenida).
4
Seleccione la solución 5 (SB2) en la lista desplegable. Si va a realizar una
comprobación de fluídica con una celda de flujo usada instalada, puede seleccionar la
solución 2, que es agua.
5
Introduzca los siguientes valores predeterminados:
• Volume (Volumen): 250
• Aspiration Rate (Velocidad de
aspiración): 250
• Dispense Rate (Velocidad de dispensación): 2000
6
Seleccione Pump (Bomba). Si tiene que poner en pausa la comprobación de la fluídica,
seleccione Pause (Pausa).
7
Inspeccione visualmente la celda de flujo para comprobar si hay burbujas recorriendo
los carriles o fugas cerca de los distribuidores.
Si ve una presencia excesiva de burbujas, compruebe si las juntas del distribuidor
están obstruidas, reduzca la velocidad de aspiración a 100 y bombee otros 250 µl de
agua a la celda de flujo.
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
Es posible repetir la hibridación de cebadores de la Lectura 2 en el instrumento; sin
embargo, son necesarios reactivos adicionales. Póngase en contacto con el servicio de
asistencia técnica de Illumina para obtener una evaluación más detallada sobre si es
adecuada la repetición de la hibridación de la Lectura 2.
Para obtener más información, visite la página de asistencia de HiSeq en el sitio Web de
Illumina y haga clic en Troubleshooting (Solución de problemas). Se requiere iniciar una
sesión de MyIllumina.
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
145
Repetición de la hibridación de cebadores de Lectura 2
Repetición de la hibridación de cebadores de Lectura 2
Solución de problemas
Si BaseSpace no está disponible
Si BaseSpace no está disponible, abra Servicios de Windows y asegúrese de que Illumina
BaseSpace Broker se haya iniciado; de lo contrario, reinícielo. Si los servicios funcionan y
sigue sin poder acceder a BaseSpace, póngase en contacto con el servicio de asistencia
técnica de Illumina.
146
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
A
almacenamiento
BaseSpace 35
análisis en tiempo real 26, 130
carpeta de análisis 134
con experimento detenido 56
datos estadísticos del
experimento 132
página de análisis 55, 133
página de estado 133
resultados de análisis 135
transferencia de datos 130
apagado del instrumento 128
archivos bcl 135, 137
archivos cif 135
archivos clocs 135
archivos de control 137
archivos filter 135, 137
archivos locs 135
archivos pos.txt 136
archivos stats 136-137
asistencia técnica 151
ayuda, técnica 151
B
bibliotecas de doble índice 15
cebadores para 19, 21
bibliotecas de HT de TruSeq 15
bibliotecas de Nextera 15
C
cargar reactivos 89, 114, 119
carpeta de análisis 134
carpeta de fórmula 62
carpetas de experimentos 62
cebadores de secuenciación 21
cebar
preparación 99
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
volumen de residuos 99
celda de flujo
cargar 93, 100
compatibilidad de versiones 22
ID de celda de flujo 38, 85
limpiar 102
palanca 95, 103
solución de problemas 143
ciclos en una lectura 42
compartimento de fluídica 4
compartimento de la celda de flujo 4, 6,
93
compartimento de reactivos 4-5, 119
compatibilidad de versiones
consumibles 22
software 22
componentes
compartimento de fluídica 4
compartimento de la celda de
flujo 4, 6, 93
compartimento de reactivos 4-5, 119
módulo óptico 4
comprobación de fluídica 144
config.xml 62, 136
consumibles
compatibilidad de versiones 22
kits de secuenciación de Illumina 17
suministrados por el usuario 23
consumibles para secuenciación 17
consumibles suministrados por el
usuario 23
D
detención normal 56
detener un experimento 56
doble indexado
configuración en pantalla de
fórmula 85
en celda de flujo "paired-end" 85
147
Índice alfabético
Índice alfabético
Índice alfabético
doble índice
descripción 13
documentación 151
duración del experimento 71
E
espacio en disco, comprobar 66
F
fluídica, solución de problemas 143
flujo 101
flujo de trabajo
duración del experimento 71
H
hibridación de la Lectura 2 145
hoja de muestras
cargar 44
descripción 64
editor 64
en carpeta de experimentos 62
pantalla de hoja de muestras 44
I
icono de alerta de estado 32
iconos
alerta de estado 32
errores y advertencias 32
imágenes
guardar muestras de imágenes 35
miniaturas 35
inactividad del instrumento 127
incorporación de primera base
confirmación 39, 54, 108
informar de ubicación 39, 62
indexado
reactivos 80
indicadores de actividad 32
informe
contenido de la carpeta de
experimentos 62
incorporación de primera base 108
informes
incorporación de primera base 39,
62
inicializar software 28
148
J
juntas del distribuidor 19, 120
L
lavado con agua 118
lavado de instrumento 118, 125
lavado de mantenimiento 118, 120
lavados
consumibles 120, 125
juntas del distribuidor 120
lavado con agua 30, 118, 125
lavado de mantenimiento 30, 118,
120
recomendaciones 118
volúmenes administrados 120, 125
longitud de lectura 42
M
módulo óptico 4
mostrar archivo de registro 28
N
numeración de placas 136
P
página de análisis 55, 133
página de estado 107
pantalla de almacenamiento 35
pantalla de configuración de la celda de
flujo 38
pantalla de fórmula 85
pantalla de hoja de muestras 44
pantalla de lectura 85
pantalla de reactivos 44
pantalla de resumen del
experimento 107
Pantalla de resumen del
experimento 53
pantalla de revisión 45
pantalla de revisión de la configuración
del experimento 85
posiciones de los reactivos
paired end 114
posiciones de reactivos
indexar 91
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
R
reactivos
cargar 91, 114, 119
cargar, ICB 115
cargar, SBS 89
cebar 99
compatibilidad de versiones 22
paired end 114
pantalla de reactivos 44
registrar ID del kit 44
secuenciar 119
tapas de embudo 19
reactivos "paired-end" 109
reanudar experimento 30
rehibridación de cebador 145
requisitos del cebador 21
resultados de análisis 135, 137
resultados de las llamadas de bases 62
RunInfo.xml 62, 136
ver a pantalla completa 28
visor del análisis de
secuenciación 26
software de control de HiSeq 26, 66
solución de problemas 143
sonido de clic 107
sonido, clic 107
status.xml 62
supervisar 107
fluídica del experimento 107
intensidades de grupos 107
muestras de imágenes 107
T
tapas de embudo 19
transferencia de datos 130
U
un solo índice
descripción 11
V
visor del análisis de secuenciación 26
Visor del análisis de secuenciación 55,
108, 133
S
SAV 55, 108, 133
sector 35
secuenciación de índice
reactivos, cargar 91
secuenciación paired-end
reactivos, cargar 114
servicio de asistencia al cliente 151
software
acerca de, versión 28
análisis en tiempo real 26
compatibilidad de versiones 22
control de HiSeq 66
duración del experimento 71
Gestor de experimentos 64
inicialización 24
inicializar manualmente 28
mostrar archivo de registro 28
RTA 130
software de control de HiSeq 26
solución de problemas 143
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
149
Índice alfabético
preparación de muestras
kits para doble índice 15
procedimientos posteriores al
experimento 118
puntuaciones de calidad
generar 132
Índice alfabético
150
N.° de referencia 15023355 Rev. K ESP
Si necesita asistencia técnica, póngase en contacto con el servicio de asistencia técnica de
Illumina.
Tabla 10 Información de contacto general de Illumina
Sitio web de
Illumina
Correo electrónico
www.illumina.com
[email protected]
Tabla 11 Números del Servicio de asistencia al cliente de Illumina
Zona
Número de contacto
Zona
Norteamérica
1.800.809.4566
Italia
Austria
0800.296575
Países Bajos
Bélgica
0800.81102
Noruega
Dinamarca
80882346
España
Finlandia
0800.918363
Suecia
Francia
0800.911850
Suiza
Alemania
0800.180.8994
Reino Unido
Irlanda
1.800.812949
Otros países
Número de contacto
800.874909
0800.0223859
800.16836
900.812168
020790181
0800.563118
0800.917.0041
+44.1799.534000
MSDS
Las hojas de datos de seguridad de materiales (MSDS) están disponibles en el sitio web
de Illumina en www.illumina.com/msds.
Documentación del producto
Existe documentación adicional del producto en PDF disponible para descargar en el
sitio web de Illumina. Vaya a www.illumina.com/support y seleccione un producto. Se
requiere iniciar una sesión de MyIllumina. Para registrarse y crear una cuenta
MyIllumina, visite my.illumina.com/Account/Register.
Guía del usuario del sistema HiSeq 1000
151
Asistencia técnica
Asistencia técnica
*15023355*
*15023355*
N.º componente 15023355 Rev. K ESP
Illumina
San Diego, California, U.S.A.
+1.800.809.ILMN (4566)
+1.858.202.4566 (fuera de Norteamérica)
[email protected]
www.illumina.com