Colegio Alberto Blest Gana “Jóvenes emprendedores para el siglo XXI” Coordinación Académica 1 SUBSECTOR DE APRENDIZAJE: BIOLOGIA NOMBRE MÓDULO DE APRENDIZAJE: INFORMACIÓN GENICA Y PROTEINAS NIVEL: 4°MEDIO PROFESORA: IVETTE VELOSO OBJETIVOS MODULO DE APRENDIZAJE: Describir los experimentos clásicos (Friedrich Griffith, Oswald Avery, Hershey y Chase) que revelaron al DNA como la molécula que contiene la información genética y reflexionar sobre la simpleza de su composición química en comparación con las proteínas. Explicar las características más elementales y el hecho que el DNA es un polímero de estos nucleótidos (base nitrogenada, azúcar: desoxirribosa, fosfato) unidos con una orientación bien definida, llamada 3’ –5’. Describir el modelo de la doble hebra del DNA de Watson y Crick (bases pirimidicas se unen a bases púricas) y su relevancia en la replicación y transcripción del material genético. Identifica al nucleótido como la subunidad que se repite y forma al ADN. Reconoce que cada nucleótido consiste en un grupo fosfato unido a un azúcar de 5 carbonos que a su vez se une a una base orgánica. El fosfato le da carácter ácido a los nucleótidos. Las bases generalmente se abrevian A, G, C, y T. Por conveniencia, esta abreviación de una sola letra se usa cuando se escriben las largas secuencias de nucleótidos en el DNA. Identificar al ARN como el candidato intermediario entre el gen y la proteína, lo que se pudo establecer a través del experimento de “pulso y caza”. Explica el dogma central de la biología molecular, que plantea que la información genética contenida en el ADN es transcrita en forma de ARN y traducida en proteínas. Explicar el proceso de replicación del ADN, las enzimas que participan en este proceso, así como las hipótesis propuestos sobre los mecanismos de replicación (Conservativa, Semiconservativa, Dispersa). Explicar el proceso de transcripción así como las enzimas que participan en dicho proceso. Código genético. Explicar el proceso de traducción ó síntesis de proteínas así como las enzimas involucradas en dicho proceso. I. En busca del soporte físico de la herencia Si bien el período entre principios de siglo y la Segunda Guerra Mundial (1900 a 1940) ha sido considerado la edad de oro de la genética, los científicos aún no habían determinado que, en el ADN y no en las proteínas, se encontraba el material hereditario. Sin embargo en esa época se realizaron muchos descubrimientos genéticos y se estableció la relación entre genética y evolución. El ADN fue aislado por Friedrich Miescher en 1869 de esperma de salmón y de pus de heridas abiertas. Dado que la encontró solamente en los núcleos, Miescher denominó a este compuesto nucleína. Posteriormente se lo cambió a ácido nucleico y por último a ácido desoxirribonucleico (ADN). Robert Feulgen, en 1914, describió un método para revelar por tinción el ADN, basado en el colorante fucsina. Se encontró, utilizando este método, la presencia de ADN en el núcleo de todas las células eucariotas, específicamente en los cromosomas. Durante los años 20, el bioquímico P.A. Levene analizó los componentes del ADN. Encontró que contenía cuatro bases nitrogenadas: citosina, timina, adenina, y guanina; el azúcar desoxirribosa; y un grupo fosfato. El concluyó que la unidad básica (nucleótido) estaba compuesta de una base pegada a un azúcar y que el fosfato también estaba pegado al azúcar y, lamentablemente también concluyó erróneamente que las bases estaban en cantidades iguales y, que un tetranucleótido era la unidad repetitiva de la molécula. Sin embargo queda su idea de la estructura del nucleótido el cual es realmente la unidad fundamental (monómero) del ácido nucleico (polímero). 1. Descubrimiento del “Principio de transferencia” En 1928, un bacteriólogo británico llamado Frederick Griffith intentaba desarrollar una vacuna contra el neumococo, la bacteria causante de la neumonía. Este investigador trabajó con dos cepas para este propósito: una de las cepas forma colonias lisas y cada bacteria está encapsulada por una cubierta de naturaleza glucosídica. La otra cepa forma colonias rugosas y las células carecen de cápsula envolvente. La presencia o ausencia de cápsula es un rasgo hereditario. Lo más curioso en el trabajo de Griffith era el hecho de que las bacterias encapsuladas causaban la muerte a las ratas a las cuales se les inyectaba. Las bacterias de tipo "sin cápsula" no les causaban daño. Un resultado insólito se produjo cuando las ratas fueron inyectadas con una mezcla de neumococo sin cápsula y con neumococo encapsulados, estos últimos muertos por acción del calor. Las ratas enfermaron y murieron, y lo más sorprendente de todo fue que de las ratas muertas se recuperaron bacterias vivas encapsuladas. Griffith explicó el fenómeno de la "transformación bacteriana" afirmando que "algo" de las células encapsuladas muertas había convertido a las células inofensivas vivas, en células encapsuladas vivas; y este algo pasaba de generación en generación. Colegio Alberto Blest Gana “Jóvenes emprendedores para el siglo XXI” Coordinación Académica 2 En 1944: O. Avery, C.Macleod y M.McCarty se propusieron descubrir la naturaleza del principio transformador. -Repitieron los experimentos de transformación en un tubo de ensayo. -Descubrieron que podían convertir la cepa R en cepa S simplemente añadiendo un extracto sin células de la cepa S a la cepa R. ¿Pero qué había en este extracto sin células capaz de convertir la cepa R en cepa S? ¿Era una proteína? ¿Era un ácido nucleico? ¿Era un lípido? Para poder llegar a una conclusión, tomaron el extracto sin células y lo trataron con varias enzimas para probar si seguía siendo efectivo a la hora de transformar R → S. 1) Trataron el extracto sin células con proteasas (que cortan proteínas) → el extracto seguía siendo activo, por lo que no se trataba de una proteína 2) Trataron el extracto sin células con ribonucleasa (corta el ARN) → el extracto seguía siendo activo, por lo que no era el ARN. 3) Trataron el extracto sin células con deoxiribonucleasa (corta ADN) → NO era activo, DEBÍA SER EL ADN. La naturaleza del material que transformaba la cepa R en cepa S era ADN (ácido desoxiribonucleico). A pesar de la prueba que supusieron estos ensayos, la gente no estaba convencida de que el ADN constituyese el material genético. ¿Por qué? Porque el ADN se consideraba una molécula poco interesante. Las proteínas eran consideradas mucho más interesantes; ¡había muchos tipos de proteínas! 2. Estructura del ADN El ADN está formado por 3 componentes: a) Azúcar (una pentosa): Los carbonos corresponde a las puntas del pentágono (excepto el oxígeno) y por convección se utilizan número para hacer referencia a ellos. Por ejemplo, en el caso de la desoxirribosa al carbono 2 se une un hidrógeno, al carbono 1 se une la base nitrogenada y para unir a otro nucleótido se hace al carbono 3. El carbono 5 está fuera del anillo (pentágono) Azúcar + base = nucleósido Colegio Alberto Blest Gana “Jóvenes emprendedores para el siglo XXI” Coordinación Académica 3 b) Base: en el ADN hay 4 tipos: La base está ligada al carbón C1´ del azúcar. Bases del ADN Purinas: Adenina (A) y Guanina (G). c) Trifosfato: 3 grupos fosfato Azúcar + base + grupo fosfato = nucleótido Piramidinas: Citosina (C) y Timina (T). Colegio Alberto Blest Gana “Jóvenes emprendedores para el siglo XXI” Coordinación Académica 4 La polimerización de los nucleótidos: El ADN está compuesto de monómeros denominados desoxiribonucleótidos trifosfato (dNTPs). Los dNTPs están ligados entre sí mediante uniones de azúcar-fosfato, que constituyen el esqueleto del ADN: El azúcar (la desoxiribosa) está ligada covalentemente al grupo fosfato a través de una unión fosfodiester. Esqueleto azúcar-fosfato del ADN: ADN: Ácido desoxiribonucleico 3. Virus bacterianos y el experimento de Hershey-Chase 1952: El rol genético del ADN recibió más muestras de apoyo tras los experimentos realizados por A. Hershey y M. Chase con un virus que infecta a las bacterias E.coli. Estos virus se denominan bacteriófagos (virus o patógenos que infectan a las bacterias). conforme se va liberando la descendencia del virus, resultando así la muerte celular. ¿Cómo tiene lugar el proceso de infección? ¿Inyecta el bacteriófago su ADN, su cápside proteica o ambos? Para poder identificar qué material se introducía en la célula, era necesario distinguir entre el ADN y las proteínas. Para encontrar la ubicación del ADN y de la proteína en el interior de la célula, emplearon radioisótopos. 32 El material genético del virus se almacena en el interior de una cápsida proteica. Cuando el fago infecta las bacterias, inyecta su ADN viral en el interior de la célula. El ADN se replica y se crean nuevos viriones (partículas de virus). La célula se va lisando - Utilizaron el isótopo P para marcar el ADN viral (sólo señala el ADN, porque el fósforo no está presente en las proteínas). 35 - Utilizaron el isótopo S para marcar la proteína viral (sólo señala la proteína, porque el azufre no está presente en el ADN). Colegio Alberto Blest Gana “Jóvenes emprendedores para el siglo XXI” Coordinación Académica 5 Las partículas de virus, más pequeñas que las bacterias, permanecieron, tras la centrifugación, o bien en la parte líquida o en el sobrenadante de la mezcla del tubo de ensayo. Las bacterias, por el contrario, y debido a su mayor peso, formaron una pequeña aglutinación en el fondo del tubo de ensayo. Resultado del experimento: 32 1) La mayor parte del marcador P (ADN del fago) se encontró en el interior de las células bacterianas. 35 2) La mayor parte del marcador S (proteína del fago) se encontró en el sobrenadante. Conclusión: Ya que en el interior de las células se encontró principalmente ADN, concluyeron que el ADN era el material genético. 35 Se encontró una cierta cantidad de marcador S asociado a las células bacterianas, por lo que algunas personas creyeron que el material genético era la proteína que estaba pegada a la célula. PERO, en general, la mayoría de la gente creyó que el ADN era el material genético. Estos experimentos reforzaron las nociones propuestas anteriormente por Avery, MacLeod y McCarty. 4. La estructura del ADN Los estudios realizados por E.Chargaff (1950) y M.Wilkins (principios de los años cincuenta) permitieron obtener alguna información acerca de la naturaleza del ADN. A partir de los resultados de estos estudios, J.Watson y F.Crick dedujeron la estructura del ADN en 1953. Modelo de la estructura del ADN: 1953 J.Watson y F.Crick Enlaces A con T 2 puentes de hidrógenos (A=T) 1) El ADN consiste en 2 polinucleótidos antiparalelos y Enlaces C con 3 puentes de hidrógeno (C=G) complementarios que se envuelven mutuamente formando 4) Hay 10 pares de bases (pb) en cada vuelta de hélice = 34 una doble hélice dextrógira. ángstroms 2) Las bases de purina y pirimidina se sitúan en el interior de la hélice mientras que el esqueleto azúcar-fosfato se ubica **El aspecto más importante del modelo de ADN de Watsonen el exterior de la hélice. Crick fue el emparejamiento de bases encontrado en el ADN. 3) Las dos cadenas se mantienen unidas mediante puentes Las purinas siempre estaban emparejadas con las de hidrógeno, formados específicamente entre las bases: pirimidinas, pero la A sólo se podía emparejar con la T y la G sólo se podía emparejar con la C debido a los requisitos de los puentes de hidrógeno. Colegio Alberto Blest Gana “Jóvenes emprendedores para el siglo XXI” Coordinación Académica Pares de bases encontradas en el ADN: 6 - Antes (en 1950, con anterioridad a los descubrimientos de Watson y Crick), E.Chargaff había analizado el contenido de purinas y pirimidinas de varias cadenas de ADN de fuentes diferentes: levaduras, bacterias, humanos, etc. - Chargaff descubrió que el porcentaje de A era siempre igual al de T, y que el porcentaje de G era siempre igual al de C. Reglas de Chargaff %A=%T %G=%C Pero Chargaff no supo explicar sus descubrimientos. Hasta que Watson y Crick propusieron su modelo de la estructura del ADN, las reglas de Chargaff no “tuvieron sentido”. Entonces, ahora que ya se había deducido el modelo del ADN, ¿qué es lo que hacía del ADN algo realmente emocionante? ¿Era el ADN el secreto de la vida? ¿Cómo transmite uno “la herencia” a los hijos? El conocimiento de la estructura del ADN permitió que se comenzasen a elaborar respuestas para algunas de estas preguntas. Cada hebra de la doble hélice de ADN es una “copia” complementaria de la otra hebra. Colegio Alberto Blest Gana “Jóvenes emprendedores para el siglo XXI” Coordinación Académica 7 El modelo de doble hélice del ADN sugería la existencia de un mecanismo para la replicación (copia) del ADN. La estructura del ADN (dos hebras complementarias de ADN) explica: 1) El proceso de replicación del ADN : Cada hebra actúa de molde para el copiado: acorde con el modelo de herencia 2) Las mutaciones: Las mutaciones (cambios en la secuencia de ADN) serían el resultado de errores en el proceso de replicación del ADN (la inserción de una base no complementaria en el copiado del ADN). Colegio Alberto Blest Gana “Jóvenes emprendedores para el siglo XXI” Coordinación Académica 8 5. La puesta a prueba del modelo de Watson-Crick Durante la replicación del ADN, cada hebra sirve de molde para la síntesis de la otra hebra. Cada nueva molécula de ADN consistirá de una hebra parental (vieja) y una hebra hija (nueva). Si cada hebra sirve de molde para la replicación del ADN, la replicación del ADN debería tener lugar mediante un mecanismo semiconservativo: esto es, cada nueva molécula de ADN está compuesta de una hebra nueva y otra vieja. El mecanismo semiconservativo de la replicación del ADN fue propuesto por Watson y Crick. Se propuso otro modelo: el del la Replicación Conservativa. 1957 M. Meselson y F. Stahl querían confirmar si la replicación del ADN tenía lugar mediante un mecanismo semiconservativo. 15 14 Para ello, utilizaron un isótopo pesado ( N) de N (nitrógeno). Experimentos: 15 1) - Cultivaron bacterias E. Coli en un medio que contenía NH4Cl como única fuente de nitrógeno. 15 - El N se incorpora a las bases de pirimidina y purina; por lo tanto, el ADN pasa a ser más pesado de lo habitual. 15 15 - Cultivaron muchas generaciones de bacterias en N para que las hebras de ADN contuviesen N. Aislaron una parte de este ADN pesado. 15 14 2) Tomaron las bacterias cultivadas en N y las transfirieron a un medio que contenía NH4Cl. El ADN fue aislado en varias 14 ocasiones a partir de la nueva ubicación de la bacteria en el medio N. Cultivaron las bacterias durante dos generaciones más y aislaron el ADN. 3) Utilizaron la técnica denominada centrifugación por gradiente de densidad, que permite separar entre sí moléculas de ADN según su densidad. Colegio Alberto Blest Gana “Jóvenes emprendedores para el siglo XXI” Coordinación Académica 9 Centrifugación por gradiente de densidad El ADN está mezclado con una solución de cloruro de cesio (CsCl). La mezcla de CsCl y ADN se centrifuga a una fuerza G alta en un tubo de centrifugación. El ADN dejará banda en el gradiente de CsCl (formada por la centrifugación) a su densidad correspondiente. 15 15 Se centrifugó una pequeña cantidad del N / N ADN y las diferentes muestras de ADN tomadas de las generaciones 1 y 2, en el gradiente CsCl. Tras la centrifugación de las diferentes muestras: ¿Por qué razón forma el ADN una “banda” en una posición determinada del gradiente CsCl? El ADN se sedimenta formando una capa en la posición del tubo en la cual la densidad de la solución de CsCl es igual a la del ADN. Los experimentos de Meselson y Stahl demostraron que el ADN se replica siguiendo un método semiconservativo. ** La ausencia de la banda en la posición pesada del gradiente tras 1 generación contradecía el método conservativo; por lo tanto, la replicación era semiconservativa. ** El modelo de Crick y Watson era correcto – la replicación del ADN mediante un método semiconservativo: 1 hebra de cada molécula de doble hebra de ADN se conserva en la nueva molécula hija de ADN. El flujo de la información génica En los años veinte se encontró una molécula similar al ADN, también un ácido nucleico, que tenía unidades similares pero con diferencias en el azúcar y en una de sus bases nitrogenadas, que se llamó ácido ribonucleico (ARN). Esta molécula aparecía en mayor concentración en aquellas células que mostraban una alta actividad de síntesis de proteínas. Lo interesante del ARN era que a diferencia del ADN exclusivamente nuclear, parecía encontrarse tanto en el núcleo como en el citoplasma de la célula. Teniendo presente que las proteínas se sintetizan justamente en el citoplasma, se postuló que podría servir de mediador Fig 4 entre el ADN y la síntesis proteica. En base a esta hipótesis, un grupo de investigadores ideó un experimento que aprovecha la composición particular que tiene el ARN: en vez de la base nitrogenada timina, posee uracilo. En el experimento se incubaron células con uracilo marcado radiactivamente con tritio (un isótopo del hidrógeno) durante 60 minutos, lo que se llama "un pulso". Luego de retirar el nucleótido radiactivo, se reemplazó con uracilo normal, incubando por dos horas más. Las células se observaron mediante autoradiografía, una técnica que permite localizar marcas radiactivas, en dos momentos: inmediatamente tras el pulso radiactivo y luego de las dos horas de incubación con los nucleótidos normales. En la figura 4 se muestran los resultados. Colegio Alberto Blest Gana “Jóvenes emprendedores para el siglo XXI” Coordinación Académica 10 Tal como muestran las autoradiografías, el uracilo (y por tanto el ARN) migra desde el núcleo hacia el citoplasma. Con esto se confirma la posibilidad que el ARN sirve de intermediario entre el gen del ADN y la síntesis de proteínas. Con posterioridad, a esta molécula se le llamó ARN mensajero o ARNm. De esta manera, el flujo de la información génica se podría representar de la siguiente manera: Figura 5. El modelo de la acción génica: el dogma central de la biología molecular: El ADN contiene la información genética en forma de un código de cuatro letras (A,T,G,C) Un tipo de ácido ribonucieico llamado ARN mensajero toma esta información de la molécula de ADN (transcripción) y la transporta hasta los ribosomas. En estos organelos el mensaje portado por el ARN mensajero es traducido expresándose en forma de polipéptidos (traducción). El modelo de la acción génica, esquematizado en la figura 5, llamado el dogma central de la biología molecular, contiene varias ideas importantes que es necesario subrayar. El ADN controla el fenotipo de cada individuo a través de la formación de proteínas que actúan desencadenando las reacciones bioquímicas propias de la especie a la que pertenece el ADN. La formación de determinada proteína implica la ordenación de los aminoácidos que la constituyen en una secuencia determinada. La información codificada en la molécula de ADN se transmite al ARN mensajero (transcripción) que la lleva al sitio de síntesis proteicas (ribosomas). Una vez en los ribosomas, el código es traducido fielmente, formándose la proteína indicada (traducción). Observa cuidadosamente la figura a la derecha que seguramente te resulta familiar. Ella te permitirá relacionar el proceso de transcripción y traducción con las estructuras celulares en que ocurren (temas tratados en 2º medio). ARN m Transcripción La expresión génica se concretiza por la transformación de la información genética desde moléculas de ADN a moléculas de ARN y desde estas hasta los polipéptidos correspondientes. Las moléculas de ARN son sintetizadas usando como molde a segmentos específicos de ADN, en la reacción de polimerización que es catalizada por la enzima conocida como ARN polimerasa. Existen 3 clases principales de ARN, todas ellas participan en la síntesis de proteínas: ARN ribosomal (rRNA), ARN de transferencia (tRNA) y ARN mensajero (mRNA): todos ellos son sintetizados a partir de moldes de ADN en un proceso denominado transcripción. En 1958, Francis Crick resumió la relación entre ADN, el ARN y las proteínas en un diagrama de flujo que nombró como el DOGMA CENTRAL DE LA BIOLOGÍA MOLECULAR: "el ADN dirige su propia replicación y su transcripción a ARN, el cual a su vez dirige su traducción a proteínas" Actualmente, dogma significa un punto fundamental de una doctrina religiosa o filosófica, cuando Crick formuló es de la Biología molecular, se refirió a una idea para la cual no hay evidencia razonable. Papel del ARN en la síntesis de proteínas. Las proteínas que han de construirse, están especificadas en el mRNA y se sintetizan en los ribosomas. Esta idea surge del estudio de la inducción enzimática, que es un fenómeno en el cual las bacterias varían sus velocidades de síntesis de proteínas en respuesta a cambios en el ambiente. Este proceso ocurre como consecuencia de la regulación de la síntesis de mRNA por proteínas que se unen específicamente a los templados para el mRNA en el ADN. Colegio Alberto Blest Gana “Jóvenes emprendedores para el siglo XXI” Coordinación Académica 11 Debemos tener en cuenta antes de sumergirnos en el proceso de transcripción: A) Los precursores en la síntesis de ARN (unidades estructurales) son cuatro ribonucleótidos trifosfatados: rATP; rCTP; rGTP; rUTP B) La secuencia de bases, del ARN a polimerizar, esta determinada por medio de la secuencia de bases de la molécula de ADN utilizada como molde para su síntesis. He ahí que se la denomine Cadena Molde de ADN. C) La cadena de ARN crece en dirección 5’ – 3’. Esta dirección coincide con la síntesis de ADN. D) La ARN polimerasa, a diferencia de la ADN polimerasa, es capaz de iniciar su síntesis sin la presencia de ningún tipo de molécula cebadora. Etapas en la síntesis del ARN mensajero Con la finalidad de ordenar el estudio de la transcripción, dividiremos la misma en cuatro etapas fundamentales: 1° etapa- UNIÓN de la ARN polimerasa al ADN 2° etapa- INICIACIÓN de la síntesis 3° etapa- ELONGACIÓN de la cadena de ARN mensajero 4° etapa- TERMINACIÓN de la síntesis y liberación de la cadena de ARNm. Características de la ARN polimerasa procariota La ARN polimerasa es una de las enzimas más grandes que se conoce. Consta de cinco sub-unidades: dos alfa (α), beta (β), beta prima (β’) y sigma ( ). La enzima completa es denominada Holoenzima y se divide en dos componentes principales: • La enzima central, denominada Core, formada por las sub unidades 2 α, β y β ’ • El Factor Sigma (el polipéptido ) Los nombres indican que solamente la Holoenzima tiene la capacidad de unirse a la cadena molde de ADN e iniciar la transcripción; pero una vez realizada esta, el factor es liberado, dejando que el Core continúe con la elongación. En definitiva, es el factor el que le da la capacidad a la ARN polimerasa para poder iniciar la síntesis del ARN mensajero en el sitio apropiado. La Holoenzima reconoce un sitio de unión específico en el ADN, este sitio es denominado Promotor. Como consecuencia de lo dicho, la ADN polimerasa puede encontrarse en dos estados: 1) Un estado apropiado para la unión con el Promotor: “estado de iniciación” u Holoenzima. 2) Un estado apropiado para la elongación: Core de la enzima La unión de la Holoenzima con el promotor, determina el Complejo Promotor Abierto, y esto es posible gracias a la presencia del factor La ARN polimerasa es lo bastante grande como para tomar contacto con muchas bases del ADN, así la enzima cubre aproximadamente unas 60 pb (pares de bases), aunque el segmento de ADN desenrollado, y que sirve como molde, comprende únicamente unos 17 pb. Colegio Alberto Blest Gana “Jóvenes emprendedores para el siglo XXI” Coordinación Académica 12 El Promotor Procariota: la señal de inicio Se mencionó anteriormente que la ARN polimerasa se unía a un sitio específico del ADN denominado Promotor. La enzima es capaz de reconocer este sitio del ADN y,¿convenientemente, abrir localmente las cadenas de ADN para poder leer la cadena molde. Es de esperarse entonces que, el sitio de contacto con la Holoenzima tuviese regiones comunes a todos los Promotores. Se ha comprobado que estos sitios mencionados contienen secuencias de bases comunes, a las que se las ha denominado “Secuencias de Consenso”. Por mera convención entre los científicos, se considera que el sentido de la transcripción de un gen determinado es hacia la derecha. Al punto en el cual se inicia este proceso se lo denomina “punto 0”. Con números negativos se señalan las bases ubicadas a la izquierda del punto 0. Con el mismo criterio, se señalan con números positivos a las bases ubicadas a la derecha del punto 0. La secuencia de consenso más importante y mejor estudiado, comprende seis bases y su centro está ubicado a diez bases a la izquierda del punto de inicio (-10). La secuencia de consenso es TATAAT y se la denomina “TATA box o Caja Pribnox”. Esta caja es responsable de orientar a la ARN polimerasa en la dirección de síntesis de ARN y es la región en la cual la doble hélice se abre para formar el Complejo Promotor Abierto. El hecho de que la TATA box contenga las bases A-T no es mera casualidad, ya que estas se unen con sus complementarias por medio de dos enlaces del tipo Puente de Hidrógeno, lo cual implica un menor gasto de energía para la apertura del ADN. INICIACIÓN de la síntesis del ARN mensajero La iniciación se produce mediante la unión de la ARN polimerasa (Holoenzima) al ADN de doble cadena. Para que la cadena molde esté disponible para el apareamiento de bases con los ribonucleótidos, las dos cadenas de ADN deben separarse. El desenrollamiento es local y se produce cuando la Holoenzima contacta con la TATA Box. Una vez que el complejo promotor se encuentra abierto, la ARN pol. Comienza la síntesis. La fase de iniciación no se completa hasta que se hallan polimerizado los primeros seis ribonucleótidos. ELONGACIÓN de la cadena: Después que se han colocado los primeros seis ribonucleótidos, la ARN polimerasa sufre un cambio en su conformación, perdiendo la subunidad . Se continúa la síntesis en el estado de Core anteriormente descrito. El Core se mueve a lo largo del ADN colocando los ribonucleótidos complementarios a la cadena de ADN molde, abriendo la hélice a medida que se desplaza. Los ribonucleótidos se unen al extremo 3’ de la cadena de ARN en crecimiento, formándose un Híbrido ARN-ADN en la región desenrollada, el cual se mantiene estabilizado mediante enlaces puente de Hidrógeno. El híbrido tiene una longitud aproximada de 12 pb y el nuevo ARN es liberado de estas uniones cuando el ADN recupera su estado de doble hélice por desplazamiento del Core. Colegio Alberto Blest Gana “Jóvenes emprendedores para el siglo XXI” Coordinación Académica 13 TERMINACIÓN y LIBERACIÓN del ARN sintetizado La terminación ocurre en una secuencia determinada del ADN, denominada Secuencia Terminadora. En este punto, la enzima deja de añadir los ribonucleótidos a la cadena de ARN en crecimiento, liberando el producto terminado y disociándose del ADN. La terminación requiere que todos los enlaces Puente de Hidrógeno, que mantenían al Híbrido ARN – ADN, se rompan volviéndose a reconstituir el ADN dúplex. Las secuencias terminadoras muestran las siguientes similitudes: i) Todas contienen secuencias Palindrómicas justo antes del punto de terminación. El palíndromo está caracterizado por poseer repeticiones inversas conteniendo un segmento central no repetido (ej. ATCATCGACTA). ii) La secuencia palindrómica continúa con una secuencia de pares A-T, las cuales producen en el ARN mensajero una secuencia de 6 a 8 Uracilos en el extremo transcripto. La secuencia de Uracilos suministra la señal que permite a la ARN polimerasa disociarse del ADN molde. Transcripción en Células Eucariotas La estructura de los ARNm y el proceso de transcripción en las células eucariotas, es similar a lo expresado anteriormente para las células procariotas. Sin embargo, debemos considerar las siguientes diferencias: a) Las células eucariotas poseen tres clases de ARN polimerasas (I, II y III), las cuales se utilizan para sintetizar los distintos tipos de ARN existentes. b) Los extremos 3’ y 5´ de los ARNm están modificados. En el caso del extremo 5’ encontraremos una estructura denominada CAP y, en el correspondiente extremo 3’, se encuentra adherido una larga secuencia de nucleótidos cuya base nitrogenada es la Adenina (Cola Poly A) c) Las moléculas de ARNm, luego de ser sintetizas, son modificadas. Los “transcriptos primarios” eucariotas sufren un proceso por el cual determinadas secuencias (Intrones) son eliminadas. d) Los ARNm eucariotas son Monocistrónicos. Las ARN polimerasas eucariotas: Ya se ha mencionado que, en las células del tipo Eucariota, encontramos tres tipos de ARN polimerasa las cuales se denominan: ARN polimerasa I, ARN polimerasa II y ARN polimerasa III. Sus composiciones en sub unidades son complejas y aun no se conoce en exactitud la función de cada una de estas sub unidades. Lo que sí se conoce con exactitud, es la localización y el producto de cada una de ellas. Colegio Alberto Blest Gana “Jóvenes emprendedores para el siglo XXI” Coordinación Académica 14 El ARN mensajero en Eucariotas: Si bien la síntesis y estructura de los ARN mensajeros en Eucariotas es similar a las Procariotas, deben mencionarse las siguientes diferencias: a) Ambos extremos están modificados, el 5’ presenta una estructura denominada CAP (caperuza) y el 3’ contiene una secuencia de Ácido Poliadenílico denominada Cola Poly A. b) La molécula que sirve de molde para la síntesis de proteína (ARNm maduro) es más corta que el ARN mensajero recién sintetizado (Pre – ARN mensajero). Esto se debe a que los últimos sufren un proceso de eliminación de secuencias no codificantes. Dicho proceso se denomina Splicing. Modificaciones de los extremos del ARN mensajero Eucariota: El extremo 5’ contiene dos nucleótidos conectados que siempre están metilados (-CH3). La reacción de la incorporación del CAP ocurre inmediatamente después de iniciada la transcripción y siempre precede a cualquier modificación que se le realice al ARN m precursor. El CAP tendría la función de proteger al ARNm de la degradación, con lo cual aumenta su vida media. En el extremo 3’, según se mencionó antes, los ARNm Eucariotas contienen una secuencia de 20 a 200 nucleótidos que poseen como base nitrogenada a la Adenina. La secuencia Poly A no está codificada en el ADN, sino que es añadida al ARN después de finalizada la transcripción. La función de la Cola Poly A es la de aumentar la estabilidad de los ARN m. Maduración del ARNm El proceso de maduración del ARNm solo ha sido observado en eucariontes, en donde los ARNm recién sintetizados o transcritos forman complejos con proteínas nucleares, ribonucleoproteínas, que pueden desempeñar una función básica en el mecanismo de cortar y empalmar el ARN y, por lo tanto, regular la expresión génica. De acuerdo a esto se puede establecer que el ARNm recién transcrito no es igual al ARNm que se usa finalmente para formar las proteínas. El ARNm original posee dos zonas claramente definidas: una zona donde existen segmentos que no participan en la síntesis de proteínas, llamados intrones, que son eliminados por las enzimas de restricción que se encuentran en el núcleo, que funcionan como verdaderas tijeras y cortan el ARNm exactamente en el lugar correcto. Las otras zonas de la cadena contiene los segmentos que participan en la síntesis de proteínas, que se llaman exones, y que son unidos entre sí por enzimas presentes al interior del núcleo. Por lo tanto, existe un sofisticado sistema de corte de intrones y empalme de exones, que finalmente determina una molécula de ARNm madura, más corta que la original, pero con capacidad de traducción. ¿Existen otras modificaciones? Una de las más importantes es la poliadenilación. Esta consiste en agregar una larga secuencia de nucleótidos adenina, que se denomina cola poliA. Esta cola es una señal para permitir la exportación del ARNm al citoplasma. Síntesis de Proteínas La secuencia de bases de un gen es colineal con la secuencia aminoacídica de su producto polipeptídico. El código genético es la relación entre la secuencia de bases en el ADN (o su ARN transcrito) y la secuencia de aminoácidos en una proteína. Los aminoácidos son codificados por un grupo de tres bases (llamadas codones) comenzando de un punto determinado (ver fig. 12). Se pueden definir cuatro características generales del código genético: 1) El código no requiere de puntuación ni señal alguna para indicar el final de un triplete y el comienzo del siguiente, es decir el código genético no tiene “comas”. Únicamente requiere de una molécula de mARN que este ubicada correctamente para su lectura (5´3´) además de contar con el codón de inicio, AUG (en procariontes codifica la incorporación de N-formilmetionina y en eucariontes metionina). Colegio Alberto Blest Gana “Jóvenes emprendedores para el siglo XXI” Coordinación Académica 2) 3) 4) 15 61 de 64 codones especifican algún aminoácido en particular. De esta forma, para la mayoría de los aminoácidos hay más de un triplete (o codón). En otras palabras, el código es DEGENERADO. Codones que especifican el mismo aminoácido son llamados sinónimos. La mayoría de los sinónimos difieren solamente en la última base del triplete. Esto presenta una ventaja, debido a que la mayoría de las mutaciones conducen a la formación de tripletes sinónimos no provocando un cambio en la secuencia peptídica. La tercera base de los tripletes es menos especifica que las dos primeras. La degeneración implica solamente la tercera base en la mayoría de los casos (excepto para Arginina, Leucina y Serina). 3 de los 64 tripletes no codifican para aminoácido alguno y estos son UAG, UAA y UGA llamados originalmente codones “sin sentido” que constituyen las señales de termino de la síntesis de la cadena polipeptídica. La síntesis de proteínas tienen lugar en la superficie de los ribosomas. Dicha síntesis requiere que los aminoácidos sean “activados” en el citoplasma por la acción de aminoacil- tARN-sintetasas, que catalizan la formación de ésteres de aminoácidos de tARN homólogos (unión de un aminoácido con su tRNA respectivo) y en forma conjunta en el proceso de activación se hidroliza ATP produciendo AMP y pirofosfato. Las aminoacil-tARN-sintetasas son altamente específicas tanto para el aminoácido como para su correspondiente tARN. Aminoácido + ATP Aminoacil- AMP + tARN Aminoácido + ATP + tARN aminoacil – AMP + PPi aminoacil-tARN + AMP aminoacil –tARN + AMP + PPi Colegio Alberto Blest Gana “Jóvenes emprendedores para el siglo XXI” Coordinación Académica 16 El aminoácido se une al extremo 3’ del tARN que posee la secuencia CCA, mientras que el anticodón esta a 80 Å de distancia en el otro extremo (ver fig. 13). 3’ A C 5’ C Sitio de unión al aminoácido Loop DHU Loop TC anticodón Figura 13. Estructura de hoja de trébol característica de un tARN El ARN mensajero reconoce el anticodón de un tARN en vez de reconocer el aminoácido. Un codón en mARN se aparea con el anticodón en el tARN. Algunos tARNs reconocen más de un codón porque la tercera base que se aparea de un codón es menos especifica que las otras dos ( ver código genético). Los Ribosomas. La síntesis de proteína tiene lugar en los ribosomas, que están formados por una subunidad mayor y una menor, cada una de las cuales están compuestas de dos tercios de ARNs y un tercio de proteínas. En E. coli, por ejemplo, el ribosoma 70 S ( 2.500 kdal) está formado por una sub-unidad de 30 S y una de 50 S. En cambio en eucariontes el ribosoma es de 80 S, formado por uno de 40 S y uno de 60 S. Hay tres fases en la síntesis de proteína: inicio, elongación y término. CADENA NASCIENTE 40 S 3' 40 S INICIO INICIO STOP 5' ELONGACION TERMINO 60 S 60S 40 S 60 S Figura 14. Ciclo de la síntesis de proteína Colegio Alberto Blest Gana “Jóvenes emprendedores para el siglo XXI” Coordinación Académica 17 Inicio. En procariontes el ARN mensajero, la formilmetionina- tARN y la sub-unidad ribosomal 30 S, forman el complejo iniciación de la síntesis (en cambio para eucariontes este complejo está formado por mARN, metionina-tARN y la sub-unidad 40 S, ver fig. 14). La señal de inicio en el mARN es AUG y esta precedida por una secuencia rica en purina que puede aparearse con el rARN 16 S de la sub-unidad 30 S del ribosoma. La subunidad mayor ribosomal de 50 S se une a este complejo para formar un complejo de iniciación de 70 S, (ver fig. 15) que esta listo para la siguiente fase (elongación). En el proceso de iniciación están participando una serie de factores proteícos que son descritos en la Tabla IV. mARN fMet.tARNMet 30S IF-1 IF-3 IF-1 IF-3 IF-2 GTP IF-2·GTP·fMet-tARN Met GDP +Pi IF1 IF2 50 S Figura 15. Fase de inicio de la síntesis de proteínas en bacterias (procariontes). 30S y 50S son la subunidad menor y mayo del ribosoma respectivamente. IF, son los factores proteicos del inicio 30 S Complejo de inicio 70 S Elongación. El ciclo de elongación consiste en (ver fig. 16) : 1) La unión de aminoacil-tARN (reconocimiento del codón). 2) Formación del enlace peptídico. 3) Transposición. También durante la elongación se requiere la presencia de factores proteicos que son descritos en la Tabla V. La dirección de lectura del mARN es de 5´ 3´y el crecimiento de la cadena polipeptidica es hecho desde el extremo amino al extremo carboxilo. Colegio Alberto Blest Gana “Jóvenes emprendedores para el siglo XXI” Coordinación Académica Sitio E f- Met Sitio A 18 Sitio P GTP AUG- CGA- GCU------------3’ GDP+ Pi ----------------AUG.CGA - Inicio de un nuevo ciclo f- Met | Arg | f-Met Arg Ingreso del aminoaciltARN al sitio A Formación del enlace peptídico catalizado por la peptidil transferasa Sitio A vacío f- Met | Arg | Translocación GDP + Pi -AUG-CGA-GCU------ GTP ----------------- AUG-CGA-GCU Figura 16. Fase de elongación de la cadena peptídica: unión del aminoacil-tARN, formación del enlace peptídico y translocación. Termino. La síntesis de proteína es terminada por factores de liberación, que reconocen los codones de terminación UAA, UGA y UAG provocando la hidrólisis entre el polipeptido y el tARN (Tabla VI). La energía requerida tanto en la formación del complejo de iniciación son 70 S como en la unión del aminoacil- tARN al ribosoma, y en la transposición son obtenidos de la hidrólisis del GTP ( ver Tabla VII ). Colegio Alberto Blest Gana “Jóvenes emprendedores para el siglo XXI” Coordinación Académica 19 Varios pasos en la síntesis de proteína son específicamente inhibida por toxinas y antibióticos. Por ejemplo, puromicina inhibe la síntesis de la cadena peptídica por su interacción con el peptidil - tARN en la ribosoma, formando peptidil- puromicina que libera el complejo ribosomal ( ver Tabla VIII). Por otro lado, los polirribosomas, también denominados polisomas, consisten en moléculas de mARN a las que están adheridos muchos ribosomas, cada uno de los cuales, leen el mARN independientemente y construyen una cadena polipeptídica. En las células eucarióticas, la síntesis proteíca puede tener lugares en ribosomas libres, o bién, en los ribosomas unidos al retículo endoplasmático. También existe síntesis proteíca en las mitocondrias y en los cloroplastos, los cuales poseen mARNs, tARNs específicos, aminoacil- tARN-sintetasas y ribosomas. SÍNTESIS DE ADN Requerimientos para la duplicación del ADN. En todos los organismos los requerimientos generales para la síntesis de ADN son los mismos: - una hebra de ADN como molde, en otras palabras una sección de ADN que será copiado. - la enzima encargada de copiar el ADN, llamada ADN polimerasa. El proceso de síntesis puede ser resumido como sigue: Mg+2 d (NMP)n + d NTP d (NMP)n+1 + PPi ADN polimerasa donde d NTP es el deoxirribonucleósido trifosfato y d (NMP)n se refiere a un polímero de n deoxirribonucleotidos. El pirofosfato (PPi) generado por la reacción anterior es hidrolizado a fosfato inorgánico conduciendo la reacción hacia la derecha ( PPi 2Pi) Enzimas que participan en la duplicación. En procariontes.La duplicación es un proceso complejo en la que participan muchas proteínas. En bacterias, como E.coli, existen 3 polimerasas (Tabla I) y una ADN ligasa. - ADN polimerasa I. Es una de las enzimas que es capaz de catalizar la síntesis de ADN. Posee una sola cadena polipetídica de 109 kDa. Contiene un átomo de zinc como cofactor. Esta enzima sintetiza en la dirección 5´-->3´ ( ver fig. 2). Todas las ADN polimerasas poseen una actividad exonucleasa; esto corresponde a la actividad de hidrolizar el ADN de hebra simple, removiendo deoxirribonucleotidos terminales desde el extremo 3´ (actividad exonucleasa 3´ 5´) o desde el extremo 5´ (actividad exonucleasa 5´ 3´). Colegio Alberto Blest Gana “Jóvenes emprendedores para el siglo XXI” Coordinación Académica 20 - ADN polimerasa II Esta enzima sintetiza ADN en forma similar a la ADN polimerasa I, pero no tiene actividad exonucleasa 5´ 3´. -ADN polimerasa III La enzima esta compuesta por lo menos por 10 subunidades. Todas las subunidades son requeridas para que la enzima exprese su actividad total. Esta enzima es la responsable de la síntesis de ADN en E.coli. Origen de duplicación. La síntesis del cromosoma de E.coli siempre comienza en el mismo punto, llamado sitio ori C, una región de 245 pares de bases. oriC Enzimas que participan en la síntesis de ADN en Eucariontes. Por otro lado, existen cinco polimerasas en eucariontes son conocidas como alfa , beta , gamma , delta y épsilon. Todos ellas tienen mecanismos de acción similares a las enzimas en procariontes (E.coli). - Las ADN polimerasas alfa y delta son las encargadas de la duplicación del ADN cromosomal. - La ADN polimerasa beta consistente de una sola cadena polipeptídica es la responsable de la reparación del ADN. - La ADN polimerasa gamma se encuentra en mitocondrias y es responsable de la duplicación del ADN mitocondrial. - La ADN polimerasa épsilon, enzima recientemente descubierta y su actividad es similar a la polimerasa delta. Proceso General de Síntesis de ADN (Fig. 2). Las hebras de ADN son antiparalelas y la cadena del ADN que va en dirección 3´ 5´ es copiada directamente por la enzima ADN polimerasa III. La hebra hija sintetizada (5´ 3´) es llamada HEBRA PRINCIPAL o ADELANTADA. La otra hebra del ADN padre que tiene la dirección opuesta, 5´ 3´, no puede ser copiada directamente, debido que no es sustrato para la enzima y solamente puede ser sintetizada hasta que una parte del ADN se ha desdoblado. La hebra hija resultante se llama HEBRA RETRASADA y es sintetizada en forma discontinua. Esta síntesis discontinua resulta de la formación de cortas secciones de ADN de aproximadamente 1000 a 2000 nucleótidos que reciben el nombre de FRAGMENTOS DE OKASAKI. Estas secciones son unidas por la acción de la enzima ADN ligasa produciendo una hebra de ADN continua, que algunas veces se conoce como ADN+. Colegio Alberto Blest Gana “Jóvenes emprendedores para el siglo XXI” Coordinación Académica 21 ADN girasa (reduce los giros) Proteínas SSB (cubren ADN de una hebra) Helicasas (desdobla ADN) Primosoma (hace el “primer”) Holopolimerasa III (agrega dNTPs) Primer Topoisomerasa (relaja tensión) Hebra Adelantada El primer es removido y llenado el espacio Hebra Retrasada Pol I Ligasa Figura 2. Proceso de síntesis de ADN. Previo a la síntesis. Previo al proceso de síntesis del ADN propiamente tal, el ADN padre de doble hebra debe desenrollarse, para lo cual se requiere la acción de la proteína REP o HELICASA que necesita energía proveniente del ATP. Además en este proceso de desenrollamiento participa la enzima ADN girasa, que actúa dando giros negativos al ADN padre cuando este se encuentra sobre enrollado. Etapa inicial de la síntesis. Para comenzar la síntesis de ADN se requiere la presencia de doble hebra como patrón-cebador. La segunda hebra corresponde a una hebra de ARN, llamada “PRIMER” o PARTIDOR y es sintetizada por una enzima llamada PRIMASA. La forma activa de esta enzima requiere una serie de proteínas. Entre estas proteínas se encuentra la PROTEINA N o dnaB, que selecciona el sitio en que la primasa actuará. El complejo formado entre la primasa y las proteínas auxiliares recibe el nombre de PRIMOSOMA. Regla para la Síntesis. La regla principal para la actividad de la ADN polimerasa es que cataliza la formación de un enlace fosfodiester solamente si la base entrante es complementaria al nucleótido de la hebra padre. En otras palabras las ADN polimerasas son enzimas dirigidas por la hebra patrón o padre. Como mencionamos anteriormente las ADN polimerasas I. II y III poseen la actividad exonucleasa que permite aumentar la fidelidad de la duplicación o replicación del ADN, removiendo los nucleótidos que fueron puestos erradamente. Colegio Alberto Blest Gana “Jóvenes emprendedores para el siglo XXI” Coordinación Académica 22 Proceso de Síntesis en procariontes Una vez desenrollado la doble hebra de ADN, la enzima primasa coloca el ARN partidor y de ahí comienza la síntesis de la hebra hija por la acción de la enzima ADN polimerasa III. Recordemos que esta enzima es la responsable de la duplicación, mientras que la ADN polimerasa I actúa como enzima auxiliar sacando la hebra de ARN partidor y luego sintetizando el trozo faltante, además ella también participa en la reparación del ADN. Durante el proceso de duplicación del ADN circular (E.coli) se produce una estructura característica, formada por dos horquillas (o frentes) de duplicación. Dirección de la replicación La velocidad de síntesis en E.coli , es de 800 bases por segundo. Otras proteínas del proceso de síntesis. A continuación describiremos otras proteínas que participan en el proceso de duplicación del ADN: - HELICASA: son enzimas requeridas para desdoblar y abrir la molécula de ADN padre debido que esto no ocurre espontáneamente. Las helicasas requieren ATP como cofactor. Dos diferentes helicasas han sido descritas, una de ellas se mueve en dirección 3´ 5´ del ADN padre y recibe el nombre de REP o HELICASA II o COPOL III (subunidad beta de la ADN polimerasa III) y las otras se mueve en dirección 5´ 3´, llamadas HELICASA I y III. - PROTEINAS QUE SE UNEN A HEBRA SIMPLE (SSB): Las hebras simples de ADN generadas por las helicasas son mantenidas separadas por la unión de las proteínas SSB a la hebra de ADN. (ver figura 3 y Tabla II) - ADN LIGASA es una enzima que cataliza la formación de enlaces fosfodiester entre polinucleótidos preformados. La ADN ligasa esta involucrada en la síntesis de ADN discontinua, uniendo los fragmentos de OKASAKI una vez que se ha reemplazado el partidor de RNA. Ellas también están involucradas en los mecanismos de reparación del ADN dañado. Existe un solo tipo de ADN ligasa en procariontes y dos en eucariontes; ambas funcionan en el núcleo. Tabla II. Principales proteínas de la duplicación de E.coli. Proteínas Funciones Proteína N o dnaB Capacita a la primasa para comenzar la duplicación Primasa Helicasas Proteínas SSB ADN girasa ADN polimerasa III ADN polimerasa I ADN topoisomerasa I ADN topoisomerasa II ADN ligasa Sintetiza el ARN partidor. Desdobla la doble hélice. Estabiliza regiones de hebra simple. Introduce giros a la superhélice. Sintetiza el ADN. Saca la hebra partidora y completa los espacios. Corta una hebra de ADN. Corta ambas hebras de ADN. Une los extremos de los polinucleotidos preformados. Colegio Alberto Blest Gana “Jóvenes emprendedores para el siglo XXI” Coordinación Académica 23 Duplicación del ADN en Eucariontes. El mecanismo de síntesis del ADN en eucariontes es probablemente similar al proceso en procariontes. La velocidad de las polimerasas en eucariontes es mucho menor que en procariontes. Para compensar esto, las células eucarioticas contienen más de 20.000 moléculas de enzimas. Además, las células eucarioticas tienen un gran número de horquillas de duplicación y fragmentos de Okasaki mas pequeños de 40 - 300 bases. De esta forma la velocidad de duplicación del ADN es mayor en eucariontes. La ADN polimerasa delta es la encargada de sintetizar la hebra principal o adelantada y la polimerasa alfa la hebra retrasada. El ADN en eucariontes esta unido con histonas, por lo tanto la duplicación involucra dos pasos extras; - Primero el ADN se debe disociar de las histonas para comenzar la duplicación. La síntesis de histonas tiene lugar al mismo tiempo que la síntesis de ADN y las histonas se deben unir al nuevo ADN. Algunos virus poseen otra forma de sintetizar ADN, debido que tienen una enzima llamada TRANSCRIPTASA REVERSA (Inversa) capaz de usar como hebra molde la molécula de ARN. 5’ 3’ 3’ Figura 3: Esquema que muestra el loop que se forma en la hebra retrasada para que la ADN polimerasa III tenga la misma posibilidad de actuar en ambas hebras Procariontes 3’ 3’ 5’ Hebra adelantada 3’ 5’ Hebra retrasada Figura 4. Síntesis de ADN en eucariontes. 5' Primasa Pol 3' 5' Helicasa PCNA Pol Colegio Alberto Blest Gana “Jóvenes emprendedores para el siglo XXI” Coordinación Académica 24 EJERCICIOS 1. ¿Cuáles eran las hipótesis de partida sobre la naturaleza de la molécula de la herencia? ¿Cuál era la hipótesis más apoyada por la comunidad científica? 2. Explica a través de un mapa conceptual el experimento de Griffith y su principio transformante 3. Explica a través de un mapa conceptual el experimento de Avery, C.Macleod y M.McCarty. 4. De acuerdo a las hipótesis razonables de partida, ¿por qué crees que Avery, McLeod y McCarthy experimentaron con cinco fracciones: polisacáridos, lípidos, proteínas, ARN y ADN? 5. ¿Qué científicos aportaron la primera evidencia experimental de que el DNA es el material genético? 6. En el experimento de Griffith (1928), cuando mueren los ratones. 7. Si el ADN de una bacteria contiene una cadena marcada con N15 y otra sin marca (N14) es colocada sucesivamente en medios N14, entonces como serán las cadenas de ADN en la cuarta generación. 8. En el experimento de replicación del DNA de Meselson y Stahl, ¿qué porcentaje del DNA está formado por una hebra ligera y otra hebra pesada después de una generación creciendo en un medio que contiene 14N? 9. Griffith (1928) utilizó dos cepas de las bacterias Diplococcus pneumniae: la cepa R (por rough) que forma colonias rugosas en medio sólido y que no tiene efectos patológicos en el ratón; y la cepa S (por smooth) que constituye colonias lisas y produce una infección letal en el ratón. Griffith encontró que ni las bacterias R intactas ni las bacterias S muertas por calor, podían por sí mismas causar una infección letal en el ratón. Sin embargo, al inyectar un ratón con una mezcla de ambas (R intacta + S muertas), se desencadenaba una infección similar a la que causaban las bacterias S normales (véase Figura 5.1) a. Explique por qué las bacterias S fueron muertas y por qué se utilizó calor. b. ¿Hubiera dado los mismo inyectar al ratón con una mezcla de bacterias S intactas y bacterias R muertas?. ¿Por qué? c. ¿Cuál es la conclusión del experimento? 10. Hershey y Chase (1952) demostraron que el DNA era el material genético, al mismo tiempo que establecieron la naturaleza de la infección viral. Teniendo en cuenta que los ácidos nucleicos contienen fósforo, mientras las proteínas no lo contienen, y que la mayoría de las proteínas contienen azufre y los ácidos nucleicos no, estos investigadores diseñaron un experimento de mareaje radiactivo con azufre (35S) o fósforo (32P), que permitía seguir la trayectoria, respectivamente, de las proteínas o ácidos nucleicos virales, en el proceso de infección de una bacteria. Hershey y Chase demostraron así, que la cubierta proteica del virus no ingresa a la bacteria que es infectada, mientras que el material interno consistente de DNA sí lo hace. Entonces, siendo el DNA el responsable de la producción de los nuevos fagos (virus) durante el proceso de infección, éste es el material hereditario y no las proteínas (véase Figura 5.3). a. ¿Qué parte o partes de este experimento prueban que el DNA es el material hereditario? b. Si hubiera habido ingreso de las proteínas virales marcadas a la bacteria, ¿se descartaría al DNA como material hereditario? c. ¿Por qué las bacterias que iban a ser infectadas no debían tener marca? d. ¿Cómo piensa que fueran marcados radiactivamente los virus? Colegio Alberto Blest Gana “Jóvenes emprendedores para el siglo XXI” Coordinación Académica 25 11. Avery, MacLeod y McCarty (1944) investigaron sobre la naturaleza química del principio transformante a través de análisis químicos, enzima-ticos, serológicos y de espectroscopia ultravioleta. Llegaron a establecer que la "fracción activa" (transformante) no contenía proteínas, ni lípidos, ni polisacáridos serológicamente activos, sino que consistía principalmente, si no exclusivamente, de una "forma viscosa de ácido desoxirribonucleico altamente polimerizado". El valioso aporte de Avery y colaboradores respecto de la naturaleza química del material hereditario fue más meritorio aún, por cuanto la mentalidad científica de la época atribuía dicha capacidad transformante a las proteínas cromosómicas, y ninguna, o escasa participación a los ácidos nucleicos. a. En relación con lo relatado, ¿qué resultados experimentales debieron haber obtenido Avery y col. en los tratamientos enzimáticos que se enumeran más abajo, corno para llegar a concluir que principalmente el DNA debía ser el principio transformante? Complete la Tabla 5.2. TABLA 5.2 Conservación de la actividad del “principio transformante” en extractos celulares tratados con diferentes enzimas Extracto celular Tratamiento Actividad del principio transformante enzimatico a) Extracto celular Ninguno Sí b) Extracto celular Lipasas c) Extracto celular Proteasas d) Extracto celular Ribonucleasas e) Extracto celular DNAsas b. ¿Considera Ud. que los resultados experimentales de la Tabla 5.2 son probatorios de la naturaleza del principio transformante? 12. Stardate 7.012.10.4.00 Diario personal del Médico militar del USS Hackerprise: Al regresar de una misión en Europa, su compañero de tripulación, Noslen, se pone muy enfermo. Explora a Noslen en búsqueda de señales de infección y descubre que está incubando un virus alienígena. Descubre que este virus porta ácidos nucleicos, proteínas y lípidos. También averigua que este Virus puede infectar a las células de E. coli, pudiéndose así analizar fácilmente en el laboratorio. I. Si cultiva este virus con uno de los siguientes radioisótopos: 32P, 3H , o 35S. a) ¿Qué macromolécula viral será marcada con 32P? b) ¿Qué macromolécula viral será marcada con 3H? c) ¿Qué macromolécula viral será marcada con 35S II. Analiza el ácido nucleico y encuentra lo siguiente: a) ¿Qué ácido nucleico tiene el virus?. ¿Por qué? b) Dado que se trata de un virus alienígena, usted quiere determinar qué macromolécula (ácidos nucleicos, proteínas y lípidos) constituye el material hereditario. Explique cómo procedería. 13. Escribir la secuencia complementaria en dirección 5’ 3’, luego transcriba la hebra complementaria y tradúzcala. a) 5’- GATCAA- 3’ b) 3’- ACTGGCCTAA -5’ c) 5’- ACCTAGGGTA -5’ d) 3’- CCTGGATTAAG -5’ 14. Escribir las secuencias de los mARN sintetizados de los siguientes ADNs a) 3’- ATTGCCATGCTA-5’ b) 5’- AGCTACTTAACG-3’ c) 3’-GGACCTACGTT.5’ Además indique cuales son los codones sin sentido presentes. Colegio Alberto Blest Gana “Jóvenes emprendedores para el siglo XXI” Coordinación Académica 15. Cuantos aminoácidos pueden ser codificados de las siguiente secuencia de mARN. a) Asumiendo que comienza la lectura en el extremo 5’ inmediatamente. b) Comenzando en forma normal establecida por el código genético. 3. 13. 23. 3- 5’- UUGCCUAUGGAUUGGAUG-3´ 3’-AUGUAGGUAAAGGUAGGCC-5’ 3’- AGCGCCAGUGACCAUGUA-5’ 16. Que secuencia es formado por la adición de un poli (UUAC) a un sistema de síntesis de proteínas. 17. Observa la siguiente imagen que representa a la molécula de ADN y luego: a) Determina los posibles errores que hay en la imagen b) Señala bases nitrogenadas púricas, pirimidícas, azúcares (desoxirribosa), grupo fosfato. c) Encierra un nucleótido y luego enumera los carbonos del azúcar. d) Se cumplen las reglas de Chargaff. 26