RASMOL

GUÍA RÁPIDA PARA EL USO DE RASMOL
RASMOL es un programa para visualizar la estructura tridimensional de las
moléculas, desarrollado por Roger Sayle. Es un programa de libre distribución y
además tiene el código abierto, de modo que cualquiera que tenga los conocimientos
adecuados puede introducir mejoras o adaptar el programa a su uso particular. La
dirección desde la que se puede descargar el programa en sus diferentes versiones (Para
Linux, para Macintosh y para PC) es:
http://www.umass.edu/microbio/rasmol/
En esta página también se pueden descargar otros programas como el Protein Explorer
o Chime, que es un plug-in para Internet que permite visualizar moléculas en tres
dimensiones. La versión para Windows de RASMOL se llama RASWIN.
CARACTERÍSTICAS GENERALES DEL PROGRAMA
Cuando se abre el programa aparecen dos ventanas: la ventana gráfica (con el fondo
negro) y la ventana de comandos (con el fondo blanco). Las moléculas aparecen
representadas en la pantalla gráfica y se puede modificar su aspecto introduciendo
diferentes órdenes en la ventana de comandos. La estructura de cada molécula está
guardada en forma de un fichero informático con extensión PDB. En algunas
moléculas no aparecen dibujados los dobles o triples enlaces, ya que depende de cómo
se haya elaborado el fichero PDB. Las moléculas se pueden ver de una en una, es decir,
para representar una nueva molécula hay que cerrar el fichero que se está viendo y abrir
uno nuevo. Hay una variante de RASMOL, elaborada en la Universidad de Berkeley
(California) que permite ver hasta cinco moléculas a la vez. El programa se llama
RASWIN-UCB.
La ventana gráfica tiene una barra de Menú con las siguientes opciones:
FILE
EDIT
DISPLAY COLOURS OPTIONS
EXPORT HELP
USO DEL RATÓN
Una vez representada la molécula, se puede manipular fácilmente con el ratón:



PARA GIRAR LA MOLÉCULA: Mover el ratón apretando su botón
izquierdo.
PARA TRASLADAR LA MOLÉCULA: Mover el ratón apretando su botón
derecho.
ZOOM: Mover el ratón apretando su botón izquierdo mientras se aprieta la tecla
SHIFT (mayúsculas).
Además, hay una serie de comandos que determinan el funcionamiento del ratón cuando
se “pincha” con él un determinado átomo o conjunto de átomos. Al escribir los
comandos da igual hacerlo con mayúsculas que con minúsculas. Si se escriben mal el
programa indicará que no reconoce el comando y hay que escribirlo de nuevo.
SET PICKING IDENT: Este comando se activa por defecto. Gracias a él, cuando se
pincha cualquier átomo de la molécula representada en la ventana gráfica aparece un
texto en la ventana de comandos que indica de qué átomo se trata y el número ordinal
que tiene asignado en el conjunto de la molécula (ojo, no tiene nada que ver con la
numeración química de los átomos). En el caso de que la molécula sea una proteína
también indica a qué aminoácido pertenece. En el caso de que la molécula sea un ácido
nucleico, se indica también a qué base nitrogenada pertenece y en cuál de las dos hebras
del DNA está ubicada.
SET PICKING LABEL: Si se activa este comando, cada vez que pincho un átomo
aparece una etiqueta que lo identifica sobre la misma ventana gráfica. Si pincho un
átomo ya etiquetado, la etiqueta desaparece. Se puede cambiar el color del texto de la
etiqueta mediante el comando COLOR LABEL RED (En este caso aparecerá en rojo,
pero puedo indicar otros colores: white, green, yellow, purple, cyan, etc...).
SET PICKING MONITOR: Es un comando que permite determinar (en Amstrongs)
la distancia que separa dos átomos distintos de la misma molécula. Para ello se activa el
comando y hay que pinchar en dos átomos. A continuación aparece un número en la
ventana gráfica que indica la distancia que los separa.
SET PICKING ANGLE: Es un comando que permite determinar el ángulo que forman
tres átomos distintos de la misma molécula que estén conectados entre sí. Para ello se
activa el comando y hay que pinchar en tres átomos que estén formando un ángulo entre
sí. A continuación aparece un número en la ventana de comandos que indica el ángulo
que forman.
COMANDOS ÚTILES PARA UN ÁTOMO O GRUPO DE ÁTOMOS
SELECT ATOMNO=1
Selecciona el átomo número 1 de la molécula. Este número no es el de la numeración
química, sino el número que ese átomo tiene asignado de forma arbitraria dentro de esa
molécula (el que aparece cuando utilizo el comando SET PICKING IDENT). Una vez
seleccionado, los comandos que se introduzcan en la ventana de comandos actuarán
únicamente sobre los átomos seleccionados.
SELECT ATOMNO=1, ATOMNO=2, ATOMNO=3
He seleccionado los átomos con los números 1, 2 y 3.
SELECT ATOMNO>=1 and ATOMNO<=6
He seleccionado los átomos con los números comprendidos entre 1 y 6.
SELECT ALL
He seleccionado todos los átomos de la molécula.
COLOR GREEN
Representa el átomo o grupo de átomos que haya seleccionado de color verde (o de otro
color, si así lo indico).
SPACEFILL 300
Este comando modifica el tamaño de la bola que representa al núcleo del átomo. Cuanto
mayor sea el número que ponga en el comando, mayor será el tamaño. El número debe
ser entero y estar comprendido entre 75 y 750.
LABEL CARBONO
Asigna al átomo seleccionado una etiqueta con el texto “carbono”. Puedo poner
cualquier etiqueta cambiando el texto de la segunda palabra del comando.
COLOR LABEL YELLOW
Dibuja el texto de la etiqueta con el color indicado (en este caso, el amarillo).
LABEL OFF
Borra las etiquetas que pueda haber.
COMANDOS ÚTILES PARA PROTEÍNAS Y ÁCIDOS NUCLEICOS
STRUCTURE
Indica los elementos de estructura secundaria que contiene la proteína (sólo funciona si
esa información está contenida en el fichero PDB).
SHOW INFO
Representa en la ventana de comandos información sobre la molécula.
SHOW SEQUENCE
Representa en la ventana de comandos la secuencia de aminoácidos de la proteína o la
secuencia de bases de un polinucleótido.
SELECT RESNO=1
Selecciona todos los átomos que pertenecen al aminoácido (o nucleótido) en posición 1
de la molécula de proteína. Si hay varias cadenas (tanto de proteína como de ADN),
selecciona los residuos en posición 1 de todas ellas.
SELECT :a → Selecciona únicamente la cadena a
SELECT 2:a → Selecciona el residuo en posición 2 de la cadena a
SELECT :a, :b → Selecciona las cadenas a y b
SELECT RESNO=1, RESNO=2, RESNO=3
He seleccionado los átomos que pertenecen a los aminoácidos (o nucleótidos) que
ocupan las posiciones 1, 2 y 3 de la secuencia de la proteína.
SELECT RESNO>=1 and RESNO<=6
He seleccionado los átomos que pertenecen a los aminoácidos (o nucleótidos) que
ocupan las posiciones comprendidas entre 1 y 6.
SELECT BACKBONE
Selecciona el esqueleto de la cadena polipeptídica (que contiene los enlaces peptídicos)
o el esqueleto azúcar-fosfato del polinucleótido.
BACKBONE ON
Representa el esqueleto de una cadena polipeptídica mediante una línea que une los
carbonos alfa cada aminoácido de la proteína.
COLOR BACKBONE GREEN
Lo representa de color verde (o de otro color, si así lo indico).
BACKBONE 60
Este comando permite variar el grosor del esqueleto para verlo mejor. El número debe
ser igual o menor que 500.
SELECT SIDECHAIN
Selecciona las cadenas laterales de la cadena polipeptídica
SELECT HYDROPHOBIC
Selecciona todos los aminoácidos hidrofóbicos (apolares) de la proteína
SELECT POLAR
Selecciona todos los aminoácidos hidrofílicos (polares) de la proteína
HBONDS ON
Representa los puentes de hidrógeno de la molécula. Se borran con HBONDS OFF.
SSBONDS ON
Representa los puentes disulfuro de la proteína. Se borran con SSBONDS OFF.