Trabajo práctico NTSys programa.pdf
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Trabajo práctico: Empleo del programa NTSys para el análisis de datos moleculares Pasos a seguir… MATRIZ BÁSICA DE DATOS Formato: NTSYS ¿Cómo se arma la MBD? “Título de la matriz ABCDE Nombres de las OTUs Matriz Donde, A: tipo de matriz (ej: 1 para no-triangular) B: número de filas C: número de columnas D: presencia de datos faltantes E: código de dato faltante Formatos .txt y .csv desde excel Cuando entramos al NTSys.. Realiza agrupamientos Métodos de ordenamiento Grafica los resultados Calcula coef. de similitud Importar MBD desde excel Guardar como .NTS Para visualizar la MBD o cualquier otra matriz: Obtención de un coeficiente de similitud para cada par de OTU’S Jaccard : # caract. en donde 2 OTU presentan presencia (1) (a) n - # caract. con ausencia (0) de estado (d) a /(a+b+c), Jaccard (1908) 1 0 1 a c 0 b d Obtención de un coeficiente de similitud para cada par de OTU’S Aplicación del Método de agrupamiento Sequential, Agglomerative, Hierarchical and Non-overlapping (SAHN) UPGMA: Unweighted Pair Group Method Arithmetic Average (media aritmética sin ponderación) Otra opción de ver el fenograma: En Menú Principal: Graphics opción Tree plot Obtención de la Matriz Cofenética En Menú Principal: Clustering opción Coph Cálculo del Coeficiente de correlación Cofenético (CCC) Programas alternativos PowerMarker FigTree
