CURSO para la MAESTRÍA en BIOLOGÍA del PEDECIBA

CURSO para la MAESTRÍA en BIOLOGÍA del
PEDECIBA SUBÁREA ECOLOGÍA
Métodos de estimación de parámetros y abundancia
poblacional en ecología
CARGA HORARIA: 40 HORAS (4 créditos para PEDECIBA)
18-29 Octubre de 2010
(Diario: teóricos de 09:00 a 11:00 y prácticos 16:00-17:30)
SALA– Facultad de Ciencias, UdelaR – Montevideo
DOCENTE: Pablo Inchausti
DESCRIPCIÓN GENERAL
La Ecología de Poblaciones intenta comprender los procesos naturales y de origen antrópico que
determinan la dinámica espacio-temporal de las poblaciones naturales. Este curso cubrirá los conceptos
básicos de la ecología de poblaciones inherentes a la formulación y análisis de los principales modelos
utilizados. El curso proveerá la información necesaria para comprender los diferentes temas y en el
mismo se discutirán e ilustrarán en la medida de lo posible diversos casos de estudio reales sobre una
amplia gama de taxones y situaciones en el contexto de la conservación y manejo de poblaciones
naturales.
OBJETIVOS DEL CURSO


Los objetivos del curso son que los participantes desarrollen:
una adecuada comprensión de los principios e hipótesis fundamentales en la formulación y análisis
las diferentes clases de modelos utilizados en ecología de poblaciones.
la capacidad de analizar de forma crítica los modelos y métodos de análisis de datos comúnmente
utilizados.
PROGRAMA TEÓRICO
Clase 1: La estimación de la abundancia y parámetros poblacionales como problema estadístico basado
en muestras. Implicancias de la imposibilidad de detectar/observar la totalidad de los individuos en una
población. Revisión de los métodos de estimación por máximo de verosimilitud y su uso en la
inferencia estadística. Relación entre probabilidad y verosimilitud y entre las hipótesis ecológicas y los
modelos estadísticos.
Clase 2: Definición e importancia de la parsimonia en estadística. Criterios de selección de modelos
estadísticos: criterio de información de Akaike y sus derivaciones. Uso y consecuencias del AIC en
ecología. Tipos de datos en ecología de poblaciones según el estado (vivo/muerto) y la observabilidad
(temporaria/permanente); combinaciones de recapturas y recuperaciones de animales muertos.
Implicancias de los tipos de datos en la estimación de parámetros poblacionales.
Clase 3: Estimación de sobrevivencia y recaptura: modelo de Cormack-Jolly-Seber (CJS). Introducción
de cohortes y variaciones interanuales como limitaciones o factores de diseño. Definición de grupos,
clases de edad y eventos/cohortes de interés. Ejemplos ilustrativos de cada caso con datos reales.
Parámetros estimables en el modelo CJS. Suposiciones del modelo CJS. Evaluación de la bondad de
ajuste del modelo CJS: uso de UCARE y modificaciones en los archivos de datos y en los modelos a
considerar. Comparación de modelos: análisis de deviancia y consenso de modelos utilizando los pesos
de Akaike.
Clase 4: Revisión de los modelos lineales generalizados y su relación con la matriz de diseño en CMR.
Componentes de un modelo lineal generalizado: predictor lineal, funciones de conexión (link function)
y función de varianza. Obtención de valores estimados de los parámetros y de sus errores estandard.
Uso de covariables explicativas para modelar la variación temporal de parámetros poblacionales.
Modelos aditivos lineales y no lineales. Ejemplos ilustrativos con casos reales.
Clase 5: Modelos de recapturas de animales muertos y su uso en el contexto de explotación de recursos.
Parametrizaciónes de Brownie y de Seber: semejanzas, diferencias y limitaciones. Modelos basados en
individuos de edades conocidas y/o marcados como juveniles.
Clase 6: Definición de modelos multi-estado, suposiciones inherentes y su caracter canónico en los
modelos CMR. Estructura de los archivos de datos para los modelos multiestado. Modelo de AransonSchwarz: probabilidades de transicion de estado, de sobrevivencia y de recaptura. Evaluación de la
bondad de ajuste del modelo CJS: uso de UCARE y modificaciones en los archivos de datos y en los
modelos a considerar. Uso de los modelos multiestado a través de ejemplos: dispersión, costo de
reproducción, reclutamiento poblacional y modelos comportamentales.
Clase 7: Modelos que combinan información de recapturas de animales vivos y muertos. Uso de
modelos que combinan información diversa para estudiar respuestas comportamentales. Modelo de
Barker. Uso de covariables individuales: problemas y limitaciones.Implementación de modelos con
covariables individuales en la matrix de diseño.
Clase 8: Modelos de reclutamiento poblacional de Pradel. Estimación de la tasa de crecimiento real a
partir de datos de marcaje. Suposiciones y limitaciones de los modelos de Pradel. Introducción a los
modelos de estimación de sobrevivencia de nidadas (nest survival) de Mayfield.
Clase 9: Uso del “Diseño robusto” (Robust design) para estudiar emigración temporaria. Efecto de la
emigración temporaria en las estimaciones de sobrevivencia. Suposiciones del Diseño Robusto.
Ejemplos con casos reales. Aplicación de modelos de Diseño robusto en el contexto de modelos
multiestado. Modelos con estados observables y no observables
Clase 10: Modelos cuando la probabilidad de recaptura o reobservación es conocida. Aplicación de
estos modelos en estudios de telemetría. Método semiparamétrico de Kaplan-Meier en el análisis de
sobrevivencia cuando hay “censoring”, i.e. cuando el comienzo del marcaje es previo al la primera
observación y/o los individuos continúan a ser avistados después del fin del studio. Comparación de
perfiles de sobrevivencia con el método de Cox. Inclusión de covariables explicativas en el análisis
estadístico de sobrevivencia.
ORGANIZACION DEL CURSO
Este curso tendrá 2h de clases teóricas y 1.5 h de prácticos cada día. Los teóricos estarán basados
en una variedad de libros y artículos (incluyendo revisiones y trabajos clásicos) que, en la medida de lo
posible, serán puestos a disposición de los estudiantes en formato pdf al comienzo del curso.
Cada una de las sesiones de prácticos complementará e ilustrará el contenido de las clases
teóricas y se discutirán articulos relacionados con lo stemas tratados en las clases teóricas. Seminarios.
Cada estudiante presentará oralmente un artículo asignado al azar al comienzo del curso sobre uno de
los temas del curso. El calendario del curso será ajustado en función del número de estudiantes inscrito.
Las presentaciones deberán culminar con una discusión grupal sobre el tema para lo que es necesario
que todos los estudiantes lean todos los artículos. En función del número de estudiantes inscritos en el
curso, eventualmente podría haber más de una presentación por sesión de seminario.
SOFTWARE
Su utilizarán los siguientes programas libres:
MARK 6.0 http://www.phidot.org/software/mark/download/index.html,
UCARE http://www.cefe.cnrs.fr/BIOM/logiciels.htm,
y el editor de texto http://www.textpad.com/download/.
MARK 6.0 posee una extensa y muy bien escrita documentación disponible en
http://www.phidot.org/software/mark/docs/book/.
Estos programas, las clases y los artículos serán suministrados a los estudiantes en un CD al comienzo
del curso. Dadas las dificultades y complicaciones buracráticas para utilizar los vetustos equipos de
computación de la Facultad, los prácticos serán realizados en los computadores de los estudiantes (sí,
tráiganlo a clase) en el mismo salon donde se dictarán las clases teóricas.
CUPO
Se aceptarán hasta 10 estudiantes con prioridad para aquellos de posgrado
PEDECIBA/Biología-Ecología y de otros posgrados. El curso se dictará con cupo mínimo de 5
estudiantes PEDECIBA.
ASISTENCIA Y EVALUACIÓN
La asistencia a las actividades del curso es obligatoria, y se requiere la asistencia al 75% de los
mismos para salvar el curso.
La evaluación será dividida en tres partes y será estrictamente individual. La misma consistirá en:
Una discusión crítica y pormenorizada de dos artículos científicos que tratan de uno de los temas
discutidos en el curso. Los artículos que cada persona discutirá ser asignado al azar y los mismos
tendrán una longitud y un nivel de dificultad comparable dentro de la medida de lo posible. (30%)
 El análisis estadístico de datos utilizando una o varios de los métodos discutidos en el curso (50%).
Los estudiantes podrán traer sus proprios datos o los mismos les serán asignados previa discusión
con el instructor.
 La presentación oral del artículo asignado en Seminario y una discusión crítica y pormenorizada del
mismo. (20%)

Para cada una de las evaluaciones, se exigirá un mínimo de aprobación de 7 puntos en 12. La
nota final de aprobación del curso será la suma de las notas ponderadas de cada rubro antes citado.
BIBLIOGRAFÍA Y MATERIALES DEL CURSO
a) TEXTOS DE ESTUDIO
Williams B., Conroy, M. Nichols J. (2002) Análisis and management of animal populations. Academic
Press. New York.
Klein D. & Moechesberger J. (2003) Survival analysis Techniques for censored and truncated data
Springer Verlag. NY.
Skalski D, et al. (20035) Wildlife demography. Academic Press. New York.
Thomson D. et al (2009) Modeling Demographic Processes In Marked Populations. Springer-Verlag.
London.
b) TRABAJOS EN PDF: se entregarán al comienzo del curso.
INSCRIPCIONES: EN LA PÁGINA WEB DEL PEDECIBA
WWW.PEDECIBA.EDU.UY/PEDECIBA/CARTELERA/CARTELERA.PHP