Suites para an lisis

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Aplicaciones
WEB
INTRODUCCIÓN
DEFINICIÓN DE SOFTWARE:
“Conjunto de requerimentos operacionales, especificaciones,
código, guías, manuales y documentación de mantenimiento
de un sistema basado en computadora.” [Pressman 92]
“El Software es un programa, documento, procedimiento, y
de rutinas asociadas con la operación de un sistema de
cómputo”. [http://coqui.lce.org/rquiles/Software.htm]
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SUITE
Conjunto de programas con un objeto en común, que pueden
operan entre si, compartiendo e intercambiando datos para resolver
un problema específico
Star Office 5.2
• Sun Microsystems
• Uno de los mayores proyectos de software libre.
OpenOffice cuenta con:
•  Procesador de textos (Writer).
•  Planilla de cálculos (Calc).
•  Software de presentaciones (Impress).
•  Software para dibujo (draw).
• Posibilidad de abrir y guardar documentos en formato Microsoft Office
(97/2000/XP) y tiene soporte para 27 idiomas.
•  Requiere mayor potencia de hardware
SUITE
GCG Wisconsin Package
Genetics Computer Group
Seqlab, Línea de Comando, SeqWeb
PROGRAMAS:
Comparación
Búsqueda y recuperación desde Base de datos
estructura secundaria de DNA/RNA
Evolución
Ensamblaje de fragmentos
Búsqueda de Genes y reconocimiento de patrones
Mapeo
Selección de Primer
Análisis de Proteínas
Traducción
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SUITE
Staden Package Program
ftp.mrc-lmb.cam.ac.uk/pub/staden/staden_package
Medical Research Council
Ensamblaje
Preparar datos de secuenciador para análisis o
ensamblaje
Detección de Mutaciones
Análisis de Secuencias
Manipulación de archivos de lectura y Secuencias de
secuenciador
Any trace file
Archivos ABI, ALF, SCF
SUITE
The European Molecular Biology
Open Software Suite
http://bioinf.ibun.unal.edu.co/Pise/5.a/index.php
•  1988, EGCG
•  Software libre con Código de Fuente Abierta
•  Sus aplicaciones y Librerias están bajo Licencia
Pública General (GPL)
•  Edición y visualización de secuencias
•  Alineamiento de secuencias
•  Análisis de Ácidos Nucleicos y proteínas
•  Análisis Filogenéticos
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... algo de historia.
•  EGCG (1988) surgió como
colaboración entre la EMBnet y otros
institutos, utilizaba las librerías de
GCG.
•  Pensado para el Sanger Center.
•  Problemas de licenciamiento:
imposible distribuir más licencias
académicas.
•  Se inicia el desarrollo de EMBOSS.
Interfaces
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GUIs para EMBOSS
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Workflows con EMBOSS
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DETALLES
!!!
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FORMATOS
El formato de Microsoft WORD no es
un format de secuencia!!!!
Una secuencia no requiere ninguna clase de identificacion, pero AYUDA!!!
• 
Formatos de secuencia son texto ASCII
El formato fasta contiene:
>xyz some other comment
ttcctctttctcgactccatcttcgcggtagctgggaccgccgttcagtcgccaatatgc
agctctttgtccgcgcccaggagctacacaccttcgaggtgaccggccaggaaacggtcg
cccagatcaaggctcatgtagcctcactggagggcatt
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INTERFAZ
SIMPLE !!!
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INTERFAZ
AVANZADA !!!
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wossname
Reporta una lista de los programas existentes en EMBOSS según la
palabra clave utilizada
•  Ej: protein
Antigenic
Backtranseq
unix % wossname
unix % wossname –opt
unix % wossname –help
showdb
Reporta
Reportainformación
informaciónde
delas
lasBases
Basesde
dedatos
datosdisponibles
disponiblesen
en
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seqret
Recuperación de Secuencias
•  Desde sitios web o local
•  Transformación desde
formato de texto plano a
otro
•  Obtención de porciones de
secuencias
•  ADN complementario
Reverso
•  …
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Identificación de ORF
Encuentra y extrae Marcos Abiertos de lectura (ORFs)
Código genético
0 : Standard
1 : Standard (with alternative initiation codons)
2 : Vertebrate Mitochondrial
3 : Yeast Mitochondrial
4 : Mold, Protozoan, Coelenterate Mitochondrial and Mycoplasma/Spiroplasma
5 : Invertebrate Mitochondrial
6 : Ciliate Macronuclear and Dasycladacean
9 : Echinoderm Mitochondrial
10 : Euplotid Nuclear
11 : Bacterial
12 : Alternative Yeast Nuclear
13 : Ascidian Mitochondrial
14 : Flatworm Mitochondrial
15 : Blepharisma Macronuclear
Identificación de ORF
Código genético
0 : Standard
1 : Standard (with alternative initiation codons)
2 : Vertebrate Mitochondrial
3 : Yeast Mitochondrial
4 : Mold, Protozoan, Coelenterate Mitochondrial and Mycoplasma/Spiroplasma
5 : Invertebrate Mitochondrial
6 : Ciliate Macronuclear and Dasycladacean
9 : Echinoderm Mitochondrial
10 : Euplotid Nuclear
11 : Bacterial
12 : Alternative Yeast Nuclear
13 : Ascidian Mitochondrial
14 : Flatworm Mitochondrial
15 : Blepharisma Macronuclear
Salida: getorf
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Encuentra los sitios de clivaje en una secuencia de
ADN para enzimas de restricción
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Muestra una secuencia con los sitios de restricción,
traducción etc
Traducción de
secuencias
A uno o a todos los tres marcos en sentido delantero o
reverso, o todos los seis marcos
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Traducción de
secuencias
Retro-traduce una secuencia de proteínas
Alineamiento de
secuencias
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Análisis de Proteínas
Existen varios programas, entre ellos:
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