Identificación de péptidos por MS/MS motores de búsqueda

IdentificacióndepéptidosporMS/MS
motoresdebúsqueda
1
Quévamosaver
1) Reconocimientodedistintostiposdeespectro
2) Cómohacerunarchivodta
3) CómobuscarconMascotunespectro
4) Cómoafectanalabúsquedalosdistintosparámetros,y
errorespuedensurgiralhacerlabúsqueda
5) Unpocodepráctica
2
1)Diferentestiposdeespectro
1)Diferentestiposdeespectro
1)¿Quécargatieneelionprecursor?
2)Estructuradeunarchivodta
1097.5152
159.20428.7
161.17245.8
162.20229.3
163.26827.9
165.3479.8
167.0026.9
170.2146.4
171.09610.4
175.18754.7
178.1586.2
181.1639.7
183.10626.6
185.17929.0
187.24510.2
189.22771.3
2)Estructuradeunarchivodta
masadelionparental
(MH+)
relacionesmasa/carga
1097.515 2
159.204 28.7
161.172 45.8
162.202 29.3
163.26827.9
165.347 9.8
167.002 6.9
170.214 6.4
171.096 10.4
175.187 54.7
178.158 6.2
181.163 9.7
183.106 26.6
185.179 29.0
187.245 10.2
189.227 71.3
cargadelion
parental
intensidades
2)Haciendoamanounarchivodta
masadelionparental
(MH+)
relacionesmasa/carga
1097.515 2
159.204 28.7
161.172 45.8
162.202 29.3
163.26827.9
165.347 9.8
167.002 6.9
170.214 6.4
171.096 10.4
175.187 54.7
178.158 6.2
181.163 9.7
183.106 26.6
185.179 29.0
187.245 10.2
189.227 71.3
cargadelion
parental
intensidade
¡Ojo!Eltextodeladerechanocorrespondealespectroquehayaquí(estásólodemuestra)
2)Calculamoslamasadelion
precursorconelzoomscan
Lamasasecalculaapartirdelacarga
queobservamos enelzoomscanyel
m/zqueyatenemos delacabecera
delespectrodefragmentación.
2)Haciendoamanounarchivodta
2)Ejemplodearchivomgf
BEGINIONS
TITLE=spectrum3817
PEPMASS=504.86
CHARGE=2+
145.202000
173.1310000
[...]
846.26500
907.501000
ENDIONS
3)IdentificandoespectrosconelMascot
www.matrixscience.com
…obuscarenelGoogle
matrixscience
3)IdentificandoespectrosconelMascot
3)Identificandoespectrosconel
Mascot
3)Identificandoespectrosconel
Mascot
4)¿Quépasasinoestáenlabasede
datos?
4)¿Quépasasinoestáenlabasede
datos?
4)¿Quépasasibajamoslatolerancia
delprecursor?
4)¿Quépasasibajamoslatolerancia
delprecursor?
Anteselvalore
era0.13!
4)¿Quépasasibajamosdemasiadola
toleranciadelprecursor?
9)¿Quépasasibajamosdemasiadola
toleranciadelprecursor?
4)Quépasasimodificamosla
toleranciadelosfragmentos?
4)Quépasasimodificamosla
toleranciadelosfragmentos?
4)Quépasasimodificamosla
toleranciadelosfragmentos?
4)¿Quépasasimodificamosla
toleranciadelosfragmentos?
4)Utilizandodatosdelespectrómetro
LomismoidentificadoconSEQUEST (ynoconMascot)
010609_SILAC_alicPru_Sach.3817.3817.2.out
TurboSEQUEST v.27 (rev. 12), (c) 1999-2005
Molecular Biotechnology, Univ. of Washington, J.Eng/S.Morgan/J.Yates
Licensed to ThermoFinnigan Corp.
01/06/2010, 06:07 PM, 0.2 sec on PEDROBW
(M+H)+ mass = 1008.4723 ~ 2.0000 (+2), fragment tol = 1.2000, MONO/MONO
total inten = 5136.2, lowest Sp = 438.8, # matched peptides = 30231
# amino acids = 174535, # proteins = 26885,
E:\databases\quixotPlusHY\uniprot_sprot_may2009_R57_3_HumYeast_tryp_FC57_VM16K6R6.fasta.hdr
ion series nABY ABCDVWXYZ: 0 1 1 0.0 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0
display top 10/0, ion % = 0.0, CODE = 101040
(M* +15.99490) (K# +6.02010) (R@ +6.02010) C=160.03018 Enzyme:None selected
#
--1.
2.
3.
4.
5.
6.
Rank/Sp
-------1 / 12
2 /218
3 / 63
4 / 5
5 /201
6 / 72
7.
8.
9.
10.
7
8
9
10
/ 94
/236
/105
/ 78
Id#
-------11245
8916
7030
2461
13067
13654
21200
256
17753
1918
(M+H)+
deltCn
--------- -----1008.57794 0.0000
1008.47852 0.5310
1007.59392 0.5403
1007.56877 0.5441
1006.59867 0.5618
1008.57794 0.5659
XCorr
-----2.4691
1.1579
1.1351
1.1257
1.0820
1.0719
Sp
----653.4
449.1
541.1
705.7
454.2
535.8
Ions
----13/16
11/14
12/16
14/16
11/16
13/16
Reference
--------sp|P00549|KPYK1_YEAST
sp|Q8TE85|GRHL3_HUMAN
sp|Q9NRY5|F1142_HUMAN
sp|Q08AD1|CA1L1_HUMAN
sp|P53583|MPA43_YEAST
sp|Q3BBV0|NBPF1_HUMAN
Peptide
[email protected]
R.WQPDSTFK.D
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
1007.55753
1007.65546
1008.70616
1009.53125
1.0356
0.9991
0.9502
0.9297
515.7
442.9
508.3
529.0
12/16
12/16
12/14
11/14
sp|Q9UJT0|TBE_HUMAN
sp|Q9NRK6|ABCBA_HUMAN
sp|Q96D21|RHES_HUMAN
sp|Q01389|BCK1_YEAST
[email protected]
[email protected]
K.YIK#AK#[email protected]
R.KSIYDDIR.S
0.5806
0.5954
0.6152
0.6234
Masa Precursor: 1114.629 Carga: 2