Cómo crear su propio Archivo Darwin Core

Cómo crear su propio Archivo Darwin Core
Guía paso a paso
Versión 1.0
Abril 2011
Cita bibliográfica sugerida: GBIF (2010). Cómo crear su propio Archivo Darwin Core,
Guía paso a paso, (versión original producida por Remsen D.P., Döring, M, Robertson, T.,
traducida del inglés por D. Amariles y Á. Suárez Mayorga), Copenhague: Global Biodiversity
Information Facility ,8 pp,. Disponible en: http://links.gbif.org/dwca_manual_create_es
URI permanente: http://links.gbif.org/dwca_manual_create_es
ISBN: No disponible
Idioma: Español
Copyright © Global Biodiversity Information Facility, 2010
Licencia:
Este documento se publica bajo una Licencia Creative Commons Atribución 3.0 Unported
Control del documento:
Version
Description
Date of release
Author(s)
1.0
Release Draft
April 2011
DPR
1.0 es
Primera versión en español
Septiembre 2011
DA,ASM
Este documento también es parte del 'Manual de publicación de datos de GBIF versión 1.0,
ISBN 87-92020-31-3 (versión en inglés), Disponible en
http://links.gbif.org/data_publishing_manual
Créditos del arte en la portada: David Remsen
Cómo crear su propio Archivo Darwin Core
Versión 1.0
Acerca de GBIF
La Infraestructura Global de Información sobre Biodiversidad (Global Biodiversity
Information Facility, GBIF) fue establecida como una iniciativa de megaciencia para
atender uno de los retos más grandes del siglo XXI: aprovechar el conocimiento sobre la
diversidad biológica de la Tierra. La visión de GBIF es "un mundo en el que la información
sobre biodiversidad está disponible de manera libre y universal para la ciencia, la sociedad
y un futuro sostenible". La misión de GBIF es ser el principal recurso global de información
sobre biodiversidad y desarrollar soluciones para el bienestar del medio ambiente y del ser
humano. Para lograr esta misión, GBIF alienta a una gran variedad de proveedores de
datos de todo el planeta a descubrir y publicar datos a través de su red.
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Contenidos
Acerca de GBIF .......................................................................................... ii Contenidos ............................................................................................... 1 Introducción ............................................................................................. 2 Paso 1. Producir un archivo de metadatos.......................................................... 2 Paso 2. Crear un Metarchivo Descriptor XML (meta.xml) ........................................ 3 Paso 3. Crear sus archivos de datos .................................................................. 4 Paso 4. Crear el Archivo DwC ......................................................................... 5 Paso 5. Validar el Archivo DwC ....................................................................... 5 Paso 6. Publicar el Archivo DwC ...................................................................... 5 Abril 2011
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Cómo crear su propio Archivo Darwin Core
Versión 1.0
Introducción
Los Archivos Darwin Core (DwC-A) pueden crearse sin necesidad de instalar ningún
software en particular. Este documento está dirigido a administradores de datos que estén
familiarizados con los conjuntos de datos a publicar y que se sientan cómodos trabajando
con su sistema de administración de datos. Se asume que los datos ya están (o que
pueden ser fácilmente generados) en un archivo de texto CSV/tabulado, o que están en
uno de los sistemas de administración de bases de datos relacionales compatibles (MySQL,
PostgreSQL, Microsoft SQL Server, Oracle, Sybase). Se asume que usted tiene acceso a un
servidor web y que no desea o no puede instalar la herramienta IPT (GBIF Integrated
Publishing Toolkit). Esta guía no incluye una descripción completa del formato de Archivo
Darwin Core (DwC), pero puede encontrarla fácilmente en Internet1.
A continuación hay un conjunto de instrucciones sobre cómo crear y validar un Archivo
DwC por su cuenta.
Se requieren tres componentes:
1. Un archivo de metadatos (eml.xml) que describe los datos del recurso.
2. Un metarchivo (meta.xml) que describe el contenido y la relación del (de los)
archivo(s) de texto dentro del Archivo DwC, y
3. Archivo(s) de datos en texto en formato CSV o Tabulado, que contienen los datos
propiamente dichos.
La siguiente guía provee detalles sobre cómo generar cada uno de estos tres componentes
y los pasos posteriores para crear un Archivo DwC a partir de ellos.
Paso 1. Producir un archivo de metadatos
Documentar la procedencia y el alcance de los conjuntos de es obligatorio para poder
publicar datos a través de la red de GBIF. Las instrucciones completas sobre cómo hacerlo
están disponibles en GBIF Extended Metadata Profile: How-To Guide2. Si usted no tiene
todavía un documento de metadatos, hay tres opciones para crear uno. GBIF propone un
perfil de metadatos basado en Ecological Metadata Language (EML).
1
Darwin Core Archive - http://links.gbif.org/gbif_dwc-a_how_to_guide_en_v1 (versión en inglés)
2
GBIF Metadata How-to - http://links.gbif.org/gbif_metadata_profile_guide_en_v1 (versión en inglés)
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1. Localizar un Centro de Alojamiento de Datos de GBIF y usar su instalación de IPT
para generar uno. Una lista completa está disponible en
http://links.gbif.org/data_hosting_centers
2. Descargar una plantilla de Metadatos de GBIF y usar el servicio de procesador de
Hojas de Cálculo3 para generar un documento EML.xml válido.
3. Descargar un documento EML de ejemplo4, y reemplazar los metadatos con su
propia información.
Paso 2. Crear un Metarchivo Descriptor XML (meta.xml)
Hay dos formas distintas de generar el archivo: usando la herramienta Darwin Core
Archive Assistant o redactándolo manualmente. La creación de un Metarchivo Descriptor
XML se recomienda como un segundo paso porque el metarchivo puede servir como guía
para generar los archivos de datos del Paso 3.
Figura 1 - La herramienta Darwin Core Archive Assistant puede producir metarchivos.
1. Usar la aplicación en línea Darwin Core Archive Assistant5 (opción recomendada).
GBIF pone a su disposición esta herramienta en línea para que pueda crear su metarchivo
XML fácilmente. Simplemente seleccione los campos que quiere publicar, provea algunos
detalles sobre los archivos y guarde el XML resultante. Sólo necesita hacer esto una vez, a
no ser que usted cambie el conjunto de campos publicados posteriormente. A continuación
le mostramos un conjunto simplificado de instrucciones sobre cómo usar el Darwin Core
Archive Assistant para crear su metarchivo:
1. Seleccione la categoría de la información de sus datos:
3
Spreadsheet Processor – http://tools.gbif.org/spreadsheet-processor
4
Sample EML XML - http://tools.gbif.org/eml-gbif-sample.xml
5
Darwin Core Archive Assistant – http://tools.gbif.org/dwca-assistant/
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•
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Ocurrencias/localización/citas: esta categoría corresponde a evidencias de una
ocurrencia/cita en la naturaleza, en una colección o en un conjunto de datos
(espécimen, observación, etc.).
•
Taxon: esta categoría corresponde a nombres taxonómicos, usos de estos
nombres taxonómicos, o para conceptos taxonómicos.
2. (En la pestaña de Ocurrencias o de Taxon) Ordene los términos para que
concuerden con el orden de las columnas en su archivo de texto fuente, teniendo
en cuenta los dos términos obligatorios (occurrenceID y basisOfRecord para
occurrencias/citas o taxonID para táxones) deben estar presentes en su archivo
fuente.
3. (En la pestaña de Ocurrencias o de Taxon) Ingrese su configuración de archivos
fuente: Tipo de archivo (CSV, Tabulado, Personalizado), campo delimitador, etc.
4. (En la pestaña meta.xml) Ingrese la URL de su archivo eml.xml, si tiene una.
5. (En la pestaña meta.xml) Valide el metarchivo.
6. (in the meta.xml tab view) Guarde el metarchivo.
Hay disponible en Internet una guía completa para la herramienta Darwin Core Archive
Assistant6.
2. Escriba el metarchivo manualmente, usando un editor XML y usando un metarchivo de
ejemplo como guía a seguir. Puede encontrar una descripción completa del formato del
metarchivo en el sitio web de Biodiversity Information Standards7 o en la guía GBIF Darwin
Core Archive Metafile Guide8. Asegúrese siempre de que el archivo tenga un formato
válido.
Paso 3. Crear sus archivos de datos
A menos que su información ya se encuentre almacenada en archivos de texto
CSV/Tabulado, necesitará producir uno (o varios) archivo(s) de texto a partir de la fuente
de datos. Si sus datos están almacenados en una base de datos, genere una salida de texto
delimitado desde su base de datos a un archivo (archivo de salida). La mayoría de sistemas
de administración de bases de datos pueden realizar esta tarea.
Como el metarchivo mapea (conecta) las columnas del archivo de texto a los términos
Darwin Core, no es obligatorio usar los términos Darwin Core en la cabecera de su archivo
de texto; sin embargo, eso podría ayudar a evitar errores. Una recomendación general
6
Darwin Core Archive Assistant User Guide – http://links.gbif.org/gbif_dwc-a_asst_en_v1.1 (versión en inglés)
7
http://rs.tdwg.org/dwc/terms/guides/text/index.htm
8
Metafile Guide- http://links.gbif.org/gbif_dwc-a_metafile_en_v1 (versión en inglés)
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Cómo crear su propio Archivo Darwin Core
Versión 1.0
para cuando quiera producir datos ligados a una extensión es producir un único archivo
base y un archivo por cada extensión.
Use el metarchivo que creó como guía para general los archivos de datos de texto.
Asegúrese de que los siguientes elementos correspondan con los valores especificados en
el metarchivo:
•
Nombres de archivos para metadatos, estándares y extensiones,
•
Configuraciones de archivo para cada archivo de salida,
•
Orden de los campos para los archivos del estándar y las extensiones.
Paso 4. Crear el Archivo DwC
Asegúrese de que el archivo de metadatos, los archivos de datos y el metarchivo XML
están en el mismo directorio o carpeta. Comprima la carpeta utilizando uno de los
formatos de compresión admitidos. El resultado es un Archivo Darwin Core.
Figura 2 - Darwin Core Archive
Paso 5. Validar el Archivo DwC
Use el GBIF Darwin Core Archive Validator9 para comprobar que el archivo es válido. El
programa le dará información adicional si el archivo no es considerado válido. En caso de
que el archivo se considere válido, estará listo para su publicación.
Paso 6. Publicar el Archivo DwC
Para publicar el Archivo DwC necesita ponerlo a disposición pública a través de una
dirección URL estable que pueda ser compartida con otros. Esto requiere acceso a un
servidor web. Si usted no tiene acceso a su propio servidor web, puede contactar un
centro de alojamiento de datos de GBIF, que albergará los datos por usted.
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http://tools.gbif.org/dwca-validator/
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