FQ-CLASE 05

ESQUEMA GENERAL PARA LA RESOLUCIÓN 3D DE UNA PROTEÍNA
Why Do We Need the Phase? Fourier transform
Inverse Fourier transform
Structure Factor
Electron Density
•  In order to reconstruct the molecular image (electron density) from its diffracDon paEern both the intensity and phase, which can assume any value from 0 to 2π, of each of the thousands of measured reflecDons must be known. 14 Feb 2008 Biology 555 Crystallographic Phasing I p. 4 of 42 La calidad cristalina vía rayos-X
Alta
resolución
Se requiere
alta pureza
SIMETRÍA
RED UNITARIA
MOTIVO
CRISTAL
CELDA UNIDAD
SIMETRÍA
LOS COMPONENTES DE LA SIMETRIA
Planos espejo
Ejes de rotación
Centros de simetría (punto de inversión)
Ejes de rotoinversión
Los componentes de traslación de la red
Translación
Planos de deslizamiento
Ejes tornillo
Taza mostrando un plano de simetría (espejo). (APer L. S. Dent Glasser, Crystallography & its applicaDons: Van Nostrand Reinhold, 1977.) ESPEJO
L
R
SIMETRÍA
Rotation axes (Ejes de rotación)
(a) Espejo (b) Eje dos,. (c) Combinación de eje dos con espejo; (d) Eje tres (e) Centro de simetría (f) Eje 4 con inversión (L. S. Dent Glasser, Chapter 19, The Chemistry of Cements: Academic Press, 1964.) NOMENCLATURA DE EJES DE ROTACIÓN
Inversion point (Centro de inversión)
L
R
.The right-­‐hand group of (a) is drawn here in a different orientaDon, and the leP-­‐hand groups of (c) and (f) are omiEed. Symbols + and -­‐ represent equal distances above and below the plane of the paper: open circles represent asymmetric units of one hand, and circles with commas their enanDomorphs. (a) Mirror plane (m), perpendicular to (leP) and in the plane of the paper. (b) Twofold axis (2) in the plane of the paper (leP) and perpendicular to it (right). (c) CombinaDon of twofold axes and mirror planes. Note that the presence of any two of these elements creates the third. (d) Three fold axis (3). (e) Centre of symmetry (1). (f) Fourfold inversion axis Some combinaDons of symmetry elements with their point-­‐group symbols. The equivalent Schoenflies symbol is given in brackets. Rotoinversion axes (Ejes de rotación-inversión)
Glide plane (planos de deslizamiento) Screw axis (Ejes tornillo) (21)
ELEMENTOS DE SIMETRÍA PARA EL BENCENO Crystal lattices (Redes cristalinas)
Unit Cell (Celda Unidad o celdilla unitaria)
La traslación nos permite crear 14 redes diferentes llamadas redes de Bravais que
pertenecen a los 7 sistemas cristalinos únicos.
P
triclínico a≠b≠c; ; α≠β≠γ≠90º
P
C
I
ortorrómbico a≠b≠c; ; α=β=γ=90º
P
R
trigonal, hexagonal a=b≠c; ; α=β=90º, γ=120º
C
P
monoclínico a≠b≠c; ; α=γ=90º, β≠90º
F
P
I
P
tetragonal a=b≠c; ; α=β=γ=90º
F
cúbico a=b=c; α=β=γ=90º
I
SIMETRÍA EN SÓLIDOS
32 Grupos puntuales + 14 redes de Bravais = 230 Grupos Espaciales (o 65 para
quirales moléculas como las proteínas)
Además existe la combinación de 14 redes de Bravais, con los 7
sistemas cristalinos (clases cristalinas), con todos los elementos de
simetría y nos da:
230 Grupos Espaciales. Estos fueron derivados a finales del siglo
XIX por el matemático Fedorov (1890) y Schoenflies (1891).
Nota importante:
Las macromoléculas biológicas, por ejemplo los cristales de
proteínas son enantiomorfos y cristalizan en grupos que no tienen
centros de inversión o espejos planos por ello tenemos solo 65
Grupos Espaciales.
Ej. Para la lisozima:
P43212
EJERCICIO PARA EL GRUPO.
(Grupo espacial Tetragonal):
MUCHAS GRACIAS! Ahora están
habilitados en la nomenclatura que se
usa en estado sólido