Apuntes: trabajando con Nona y Winclada

Apuntes: trabajando con Nona y
Winclada
E. García-Barros (vers. 2011)
Depto. Biología, Univ. Autónoma de Madrid
http://www.uam.es/garcia.barros [2006-2011]
Estas diapositivas se usan como demostración
básica sin software especializado además de Nona +
Winclada, con ayuda de un instructor por lo que no
van acompañadas de texto explicativo.
Obtener los programas
Aviso:
nona.exe
winclada.exe
que estén en la misma carpeta, junto
con tu fichero de datos (matriz para
analizar)
Tres referencias útiles:
General, principios metodología análisis filogenético:
Lipscomb, D., 1998. Basics of cladistic analysis. D. Lipscomb,
Department of Biological Sciences, George Washington University, 75 pp.
http://www.gwu.edu/~clade/faculty/lipscomb/Cladistics.pdf
Más en detalle sobre Winclada:
Lipscomb, D. Winclada. A windows program for creating, editing, and
analyzing systematic data sets. Basic Users Guide.
http://www.gwu.edu/~clade/faculty/lipscomb/Winclad.doc
Para manejo y análisis cladístico de secuencias de nucleotidos…
Baldauf, S.L., 2003. Phylogeny for the faint of heart: a tutorial.
TRENDS in Genetics, 19(8): 345-351
http://cmbc.ucsd.edu/content/1/docs/Baldauf_345.pdf
Contenido
1- Unos datos para trabajar… diapositiva 6
2- Abrir archivo de datos, preparativos, análisis de parsimonia… diapositiva 12
3- Árbol de consenso… diapositiva 23
4- Información gráfica sobre los cambios en los caracteres… diapositiva 28
5- ¿Como guardar una imagen de este cladograma?... diapositiva 33
6- ¿Puedo modificar el aspecto del cladograma?... diapositiva 36
7- ¿Cómo podría citar estos programas?... diapositiva 37
Ahora pueden ocurrir dos cosas:
a)Tengo unos datos preparados, sean binarios o
de cualquier otro tipo, categóricos (no
numéricos), y puedo designar una de mis
“especies” como grupo externo ……. Paso
siguiente
b) No tengo eso. Entonces visito la página web de
Enrique (http://[email protected]),
pincho en “docencia”, “laboratorio de
taxonomía”, y abajo del todo, puedo descargar
un archivo con secuencias de nucleotidos. Me lo
guardo en MS-Word, y lo uso para practicar.
Puedo usar mi procesador de textos habitual (Word, Wordpad).
Pero me acordaré de: guardar el fichero usando el menú (no voy a darle
al iconito del disquete ¡NO!)
Con Word:
• acrhivo
• guardar como
• TEXTO SIN FORMATO
pon al archivo un nombre sencillo, de siete letras, sin espacios ni
puntos ni tildes ni nada más que letras y números (ejemplo: “fichero”,
“matriz1”)
Con Word Pad:
• archivo
• Documento de texto – formato MS Dos
EGB-2011
• guardar como
xread
'a:pongidos‘
10 3
Hylobates 0000000000
Pongo 1001001000
Gorilla 1001001010
Pan 1001011001
; proc/;
xread
'a:pongidos‘
10 3
Hylobates
0000000000
Pongo
1001001000
Gorilla
1001001010
Pan
1001011001
; proc/;
EGB-2011
Me valen estos dos formatos.
pon
xread
esto
'a:pongidos‘
10 4
Hylobates 0000000000
Pongo 1001001000
Gorilla 1001001010
Pan 1001011001
; proc/;
número de caracteres
número de taxones
xread
'a:pongidos‘
10 4
Hylobates
0000000000
Pongo
1001001000
Gorilla
1001001010
Pan
1001011001
; proc/;
pon
esto
otro
EGB-2011
Me valen estos dos formatos.
xread
xread
'a:pongidos‘
'a:pongidos‘
10 3
10 3
Hylobates 0000000000
Hylobates
Pongo 1001001000
0000000000
Gorilla 1001001010
Pongo
Pan 1001011001
1001001000
Importante:
; proc/;
Gorilla Que tu
GRUPO
EXTERNO
1001001010
Pan
vaya en
primer lugar
1001011001
; proc/;
EGB-2011
Me valen estos dos formatos.
xread
'a:ponpon‘
361
2
Pongo
10101111010110111111
atgctcgaaccatccgctacccagatcctctcatcaaggtgaacgatactgtgcagattgatttaggg
actggcaagataattaactttatcaaatttgatacagcttcaagcagtattggaacagaggcgagccc
aacaacgttggggaggaagactgcgcggaatttagtggcaatggctggaatgatgacaaatgtaat
cttgccaaattctggatctgcaaaaagtctgcagcctcctgctccagggatgaagaacagtttctttctc
cagcccctgccac cccaaacccccctcctgcgtag
; proc/;
EGB-2011
Hylobates
000000000000000----??????????????????????????????????????????????????????????
???????????????????????????????????????????????????cttcaagc
agtattggaacagaggagagcccaacaacgttggggaggaagactgcgcggaatttagtggcaa
tggctggaatgatgacaaatgtaatcttgccaaattctggatctgcaaaaagtccgcagcctcctgctc
cagggatgaagaacagtttctttctccagcccctgccaccccaaacccccctcctgtgtag
Si Nona y Winclada están en la misma carpeta
(junto con tu fichero con la matriz para analizar),
simplemente haz doble clik* en el icono de Winclada.exe
expresión “doble clik” sino una onomatopeya mucho más
descriptiva de la acción a la que se refiere: “TIKITIKI”
(G. San Martín, inéd.)
EGB-2011
*: ciertos expertos opinan que en castellano no debe emplearse la
EGB-2011
Abrir fichero de datos (matriz)
Ver opciones
de caracteres
Si tengo caracteres
“multiestado” y quiero que
sean desordenados:
1
1- selecciono todos los
caracteres
CHARS - SELECT ALL
CHARS, y
2- los hago “no aditivos”
Make sel chars NONADDITIVE (fitch)
EGB-2011
2
CHARS - MAKE SEL
CHARS NONADDITIVE
(fitch)
Todas las
demás
opciones
por defecto
Tree 6 of 6
L= 428
Ci= 63
¿Cuántos árboles obtuve? ¿Uno?
¿Más de uno? ¿Necesitaré un
árbol de consenso?
Longitud del árbol (número de
pasos, número de cambios a
lo largo del árbol)
Índice de consistencia
(apomorfías/nº pasos)
Ri= 60
Índice de
retención
Árbol de consenso
En la diapositiva anterior: ¿qué número de árboles se obtuvo?
¿Seeeeeis?
Necesitamos un árbol
de consenso
(Si no es tu caso, puedes pasar a la diapositiva 27)
Los estadísticos son
diferentes para este
árbol, generalmente
su resolución es
menor…
Y hay alguna
politomía…
Información gráfica sobre los caracteres
¿Dónde hay apomorfías, cuáles son..?
homoplasia
no homoplasia
¿Cambios en los caracteres?
¿Número de los
caracteres en los
que hubo cambios?
¿Estado de los caracteres en
cada nudo o / internudo (rama)?
Pulsando UNA VEZ
¿Estado anterior y actual de los
caracteres? ¿Es decir, de qué estado a
cuál otro pasó el carácter en esta rama?
Pulsar por segunda vez
¿Cómo guardo una imagen
de este cladograma?
Podrías guardarlo como metafichero de Windows. No
ocupa espacio y conserva la máxima resolución (puedes
insertarlo directamente en archivos de Office)
EGB-2011
EGB-2011
¿Puedo modificar el aspecto gráfico
del cladograma?
Prueba el efecto de todos estos
botones con símbolos de color
gris claro…
¿Cómo podría citar estos programas? Pues por ejemplo:
Nona:
Goloboff, P., 1999. NONA (NO NAME), vers. 2. Publicado por el autor.
Tucumán, Argentina. [Disponible en http://www.cladistics.com; descargado en
febrero-2011].
Winclada:
EGB-2011
Nixon, K.C., 2002. WinClada, vers. 1.00.08. Publicado por el autor. Ithaca,
Nueva York. [Disponible en http://www.cladistics.com; descargado en octubre2009].