el cnio comienza a experimentar con oncochips para conocer mejor

EL CNIO COMIENZA A EXPERIMENTAR CON ONCOCHIPS PARA
CONOCER MEJOR LOS MECANISMOS GENÉTICOS DE LOS TUMORES
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Los programas de Patología Molecular y de Biotecnología del CNIO son los
responsables de estos experimentos.
Madrid, 19 de junio de 2001.- El primer paso para generar un oncochip es la selección
de los genes que se imprimen en cada una de las celdillas del chip. De esta forma, los
investigadores contarán con una base conocida que les permita establecer diferencias o
similitudes entre las dos muestras que se comparen en el experimento. Según Mariano
Barbacid, “se toman como partida el ARN de una muestra seleccionada y el ARN de un
patrón que sirve de referencia; por ejemplo, un tejido tumoral no tratado y otro tratado, un
tejido tumoral frente a uno sano, un tejido invasivo frente a otro no invasivo, etc. Del ARN
de estas muestras se hace una copia de ADN mediante técnicas especializadas.
Marcaje fluorescente y niveles de expresión de los genes
Antes de mezclar ambas muestras sobre las celdas del oncochip, los expertos las marcan
con distintos colores o fluorocromos –rojo y verde-. A este paso se le denomina marcaje
fluorescente. Al volcarse en el oncochip, las muestras problema y de referencia, que en
definitiva son ADN, compiten por adherirse a las cadenas complementarias de ADN de los
genes contenidos en las celdas, siguiendo los propios mecanismos de la Biología
Molecular. “Gracias al marcaje de colores previamente realizado”, comenta Mariano
Barbacid, “se observa fluorescencia roja, verde o amarilla que al ser analizada
proporciona información sobre el mayor o menor grado de expresión de cada gen en la
muestra neoplásica respecto a la normal. El color rojo identificará los genes del oncochip
que están más expresados en la muestra a analizar o muestra problema; el color verde,
los que estén en concentración más baja; y por último, el color amarillo identifica los
genes que tengan unos niveles de expresión similares entre ambas poblaciones
celulares”.
De esta forma y siempre dependiendo de las preguntas con las que haya partido cada
experimento, se podrá observar, por ejemplo, qué genes están activados o expresados en
el tejido tumoral en relación con el de referencia. De ello derivará un mejor conocimiento
del funcionamiento interno de las células tumorales, para qué pueden necesitar éstas un
gen o para qué pueden querer prescindir de él, etc. La calidad de los oncochips permite
así, en un solo ensayo, obtener multitud de valores de expresión génica para distintas
condiciones genéticas, lo que convierte a esta técnica en una herramienta de alto
rendimiento.
Análisis de resultados
Sería imposible que un equipo humano analizara directamente esos miles de puntos de
colores resultantes de la hibridación de las muestras con el oncochip. La información
obtenida tras el experimento se introduce en una base de datos relacional y es en este
punto donde trabaja la Bioinformática, una disciplina que analiza información biológica
mediante el uso de computadoras.
El procesamiento informático de los datos obtenidos dará a conocer los resultados de los
experimentos con oncochips y, en el caso del CNIO, será el Programa de Patología
Molecular el encargado de analizar si los datos se corresponden con la información que
se esperaba obtener o si, por el contrario, hay que diseñar el experimento desde otra
perspectiva. La labor del oncólogo y del patólogo es fundamental para saber si un tumor
ha cambiado de una u otra forma durante su progresión tumoral, ya sea por la acción de
un fármaco o por la presencia de alguna circunstancia determinada.
Preguntas y respuestas: claves y objetivos del oncochip CNIO
De poco servirían los experimentos con oncochips como los que fabrica el CNIO sin
plantear preguntas previas que orienten el trabajo de los grupos de investigación. En
palabras del doctor Piris, “lo que se pretenda encontrar dará la clave sobre la información
que finalmente resulte del experimento con oncochips. A las cuestiones de inicio del
trabajo se añaden las preguntas que se formulen a la base de datos. Todo ello permitirá o
no obtener datos de trascendencia para conocer mejor a los tumores”.
Una vez interpretada la información ofrecida por los experimentos llevados a cabo con
oncochips llega el momento de trasladar esa información. Cada proyecto surge para
evaluar una hipótesis y procede de un grupo de trabajo. Por ello, el primer trasvase de
información de los resultados vuelve al grupo de trabajo de origen. Todo este proceso, al
menos de momento, tiene como objetivo informar sobre todo a los propios investigadores.