Proyecto Genoma L i Li fáti C ó i Leucemia Linfática Crónica
Anuncio
Proyecto Genoma L Leucemia i Linfática Li fáti Crónica Có i Consorcio Internacional del Genoma del Cáncer Objetivos ¾ Identificar las alteraciones genéticas causantes de los 50 cánceres mas frecuentes ¾ Mínimo de 500 pacientes por cáncer ¾ Nuevas dianas para el diagnóstico y el tratamiento de los enfermos ¾ Nuevos fármacos basados en las alteraciones genómicas de los tumores International Cancer Genome Consortium Proyecto Genoma-LLC El Cáncer es una enfermedad genética g Ambiente Herencia Proliferación Supervivencia Relación con el entorno Resistencia Tratamiento CCCTCTCTGATTGTCTTTTCCTCAAAGAAGTGCATGGCTGGTGAGGGGTGGGGCAGGAGTGCTTGGGTTGTGGTGAAACATTGGAAGAGAG AATGTGAAGCAGCCATTCTTTTCCTGCTCCACAGGAAGCCGAGCTGTCTCAGACACTGGCATGGTGTTGGGGGAGGGGGTTCCTTCTCTGC AGGCCCAGGTGACCCAGGGTTGGAAGTGTCTCATGCTGGATCCCCACTTTTCCTCTTGCAGCAGCCAGACTGCCTTCCGGGTCACTGCCA TGGAGGAGCCGCAGTCAGATCCTAGCGTCGAGCCCCCTCTGAGTCAGGAAACATTTTCAGACCTATGGAAACTGTGAGTGGATCCATTG GAAGGGCAGGCCCACCACCCCCACCCCAACCCCAGCCCCCTAGCAGAGACCTGTGGGAAGCGAAAATTCCATGGGACTGACTTTCTGCTC TTGTCTTTCAGACTTCCTGAAAACAACGTTCTGGTAAGGACAAGGGTTGGGCTGGGGACCTGGAGGGCTGGGGACCTGGAGGGCTGGGG GGCTGGGGGGCTGAGGACCTGGTCCTCTGACTGCTCTTTTCACCCATCTACAGTCCCCCTTGCCGTCCCAAGCAATGGATGATTTGATGCT GTCCCCGGACGATATTGAACAATGGTTCACTGAAGACCCAGGTCCAGATGAAGCTCCCAGAATGCCAGAGGCTGCTCCCCCCGTGGCCC CTGCACCAGCAGCTCCTACACCGGCGGCCCCTGCACCAGCCCCCTCCTGGCCCCTGTCATCTTCTGTCCCTTCCCAGAAAACCTACCAG GGCAGCTACGGTTTCCGTCTGGGCTTCTTGCATTCTGGGACAGCCAAGTCTGTGACTTGCACGGTCAGTTGCCCTGAGGGGCTGGCTTCC ATGAGACTTCAATGCCTGGCCGTATCCCCCTGCATTTCTTTTGTTTGGAACTTTGGGATTCCTCTTCACCCTTTGGCTTCCTGTCAGTGTTTTT TTATAGTTTACCCACTTAATGTGTGATCTCTGACTCCTGTCCCAAAGTTGAATATTCCCCCCTTGAATTTGGGCTTTTATCCATCCCATCACAC CCTCAGCATCTCTCCTGGGGATGCAGAACTTTTCTTTTTCTTCATCCACGTGTATTCCTTGGCTTTTGAAAATAAGCTCCTGACCAGGCTTGG TGGCTCACACCTGCAATCCC • 3.000 Millones de Nucleótidos • 24.000 24 000 genes (3 % del genoma) • 220 libros x 2 • 9.030 letras por página sin espacios • 1.513 páginas por libro Centro Nacional de Análisis Genómico 10 Illumina GA2x 4 Illumina qBots The Genomehenge 850 core cluster 1.2 petabyte hardiscs 1 x Equipo Un Genoma Completo 30x 1 semana / 6.000 € Leucemia Linfática Crónica • Leucemia mas frecuente en los países occidentales (5-7 casos /100,000 /año) • Enfermedad heterogénea con diferente evolución clínica • Tratamientos no curativos Alteraciones g genéticas iniciales desconocidas Surviva al • 1,0 0,9 0,8 0,7 0,6 0,5 0,4 0,3 0,2 0,1 0,0 Binet A Binet B Binet C 4 8 12 16 Years 20 24 28 100 Evidencias de predisposición genética Ig Mutations S Survival • 50 p = 0.001 0 0 100 200 Months 300 400 Ministerio de Ciencia e Innovación Instituto de Salud Carlos III Hospital Clínico, Universidad de Barcelona Universidad de Oviedo,, IUOPA Instituto de Investigaciones Biomédicas August Pi I Sunyer Centro de Regulación Genómica Instituto Catalán de Oncología g Cancer,, Hospital p Universitario (Salamanca) ( ) Centro Investigación Centro Nacional Investigaciones Oncológicas Barcelona Supercomputer Center Universidad de Santiago de Compostela Universidad de Deusto Red de Investigación Cooperativa del Cáncer (RTICC) Redes Nacionales del Banco de DNA y de Tumores Instituto Nacional de Bioinformática (INB) Centro Nacional de Analisis Genómico Consorcio ICGC - CLL Puente et al, Nature 2011 Consorcio Genoma LLC un esfuerzo multidisciplinar Bioética Epidemiología Pacientes Análisis muestras Estudios Genómicos Estudios Complementarios & Funcionales Bioinformática 4 casos de LLC 2 Agresivos 2 Indolentes Genomas Completos ADN Normal / Tumor Mutaciones Estudios Funcionales Estudios Clínicos > 300 pacientes Perfiles Mutacionales en LLC Puente et al, Nature 2011 Ganancias y pérdidas genómicas en CLL Chromosome 13 Chr. 6 -13q14.2-q22.1 Chr. 1 -13q14.3 (HD) hsa-mir-16-1 -13q14.2-q14.3 CLL1 C CLL1 C CLL3 C CLL4 C hsa-mir-15a -6q14.1-q22.2 Chr. 2 Chr. 3 Chr. 6 Chr. 12 +2p16.1 +3q26.2 +6q15-q16.1 +12q13.13-q13.2 CLL2 +1q21.1,+1q25.2 Genes mutados de forma recurrente en LLC Gene Mutation Mutated cases / total Overall frequency (%) Frequency in IGHVunmutated (%) Frequency in IGHV- mutated (%) NOTCH1 P2515Rfs*4 Q2503* F2482Ffs*2 29/255 1/255 1/255 12.2 20.4 7 MYD88 L265P 9/310 29 2.9 08 0.8 56 5.6 XPO1 E571K E571G 3/165 1/165 2.4 4.6 0 KLHL6 F49L/L65P L90F L58P/T64A/Q81P 3/160 1.8 0 4.5 Puente et al, Nature 2011 • Genomas completos de 4 pacientes con LLC • Aproximadamente 1000 mutaciones adquiridas en el ADN tumoral • 46 mutaciones con efecto potencialmente oncogénico • Estudios clínicos en más de 300 pacientes • 4 genes mutados en > 3% de pacientes (3-12%) • Mutaciones diferentes en subtipos clínicos (6-20%) de la enfermedad • Desarrollo y validación de un método bioinformático muy sensible para detectar mutaciones Universidad Hospital Clinic Universidad Barcelona Oviedo CIC, Salamanca Universidad Santiago Universidad Deusto CRG CNAG, Barcelona CNIO, Madrid BSC ICO International Cancer Genome Consortium - Leucemia Linfática Crónica
