Glosario

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admixtura: se refiere al estado de estar mezclado (del inglés admixture).
Ocurre cuando se entrecruzan individuos de dos o más poblaciones que se
encontraban previamente separadas y el resultado es la introducción de
nuevos genotipos en una población.
ADN genómico: es el término que se usa para distinguir al ADN cromosómico
(aislado directamente de células o tejidos) de otros tipos de ADN, como el
ADN contenido en un plásmido o una mitocondria.
ADN heteroduplex: resulta de la hibridación de cadenas sencillas de ADN
provenientes de moléculas diferentes durante la reacción en cadena de la
polimerasa.
ADNcomplementario (ADNc): ADN sintetizado a partir de un molde de ARN
empleando las enzimas transcriptasa reversa y ADN polimerasa.
agente desnaturalizante de ADN: agente que provoca la desnaturalización
del ADN, es decir, la pérdida de la estructura nativa de la molécula al romperse los puentes de hidrógenos que mantienen unidas a las dos cadenas
que conforman al ADN. Se distinguen agentes físicos (calor) y químicos
(pH, urea o formamida).
algoritmo: conjunto ordenado y finito de operaciones e instrucciones que permite hallar la solución de un problema. Dados un estado inicial y una entrada, siguiendo los pasos sucesivos, se llega a un estado final y se obtiene
una solución.
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amplicón: fragmento de ADN formado mediante una amplificación, se suele
referir a los productos amplificados en una PCR .
amplificación preferencial: fenómeno que se presenta cuando en una reacción
en cadena de la polimerasa se amplifican preferentemente ciertas secuencias de ADN. Pueden influir varios factores tales como concentración de
ADN, contenido de guanina-citosina, eficiencia de la ADN polimerasa, con-
centración de los iniciadores, temperatura de hibridación, etc.
anotación: en biología molecular se dice de la información asociada a un gen
determinado.
base nitrogenada: compuesto orgánico cíclico que incluye dos o más átomos
de nitrógeno. Son parte de la estructura de los nucleótidos que conforman
a los ácidos nucleicos y se clasifican en dos grupos principales: bases púricas o purínicas (derivadas de la estructura de la purina) y bases pirimidínicas (derivadas de la estructura de la primidina).
biblioteca genómica: colección de fragmentos de ADN que han sido clonados
en un vector y que pueden ser almacenados y propagados en una población
de microorganismos.
comunidad microbiana: conjunto integrado de poblaciones microbianas que
están presentes e interactúan dentro de un determinado lugar o hábitat.
dendrograma: diagrama o representación gráfica en forma de árbol que organiza y agrupa datos en subcategorías que se van dividiendo a su vez
en otras. Se utilizan para representar las relaciones entre organismos; dependiendo de sus aplicaciones y características reciben distintos nombres:
fenogramas, filogramas o árboles filogenéticos.
digestión completa del ADN: tratamiento del ADN con una enzima de restricción durante el tiempo suficiente para que en todos los sitios diana potenciales se produzca el corte.
dominio: fragmento, área o región de ADN de tamaño concreto en el genoma
de un organismo.
electromorfo: variante molecular de un segmento de ADN o proteínas que se
distinguen entre sí fenotípicamente por su movilidad en una electroforesis.
enzima de restricción: endonucleasa que reconoce y corta una secuencia característica de nucleótidos (entre 4 y 12) dentro de una molécula de ADN,
el punto de reconocimiento se llama sitio o diana de restricción.
extremo 3’ y 5’: se refiere a la numeración de los átomos de carbón en la desoxirribosa que es el azúcar que forma parte de la molécula de ADN.
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Herramientas moleculares aplicadas en ecología
fingerprinting: fragmentos característicos del material genético que diferencian a un individuo de otro. Conocido también como huella molecular.
fluoróforo: componente de una molécula que le confiere la cualidad de ser
fluorescente. Puede tratarse de un grupo funcional que absorbe energía
a una determinada longitud de onda y después la emite a una longitud de
onda diferente.
formamida: también conocida como metanamida, es una amida derivada del
ácido fórmico. Es un líquido incoloro, higroscópico, viscoso, soluble en agua,
de fórmula molecular CH3NO, que actúa como agente desnaturalizante.
gen funcional: la secuencia de ADN o de ARN que codifica uno o varios productos capaces de desempeñar una función específica, generalmente fuera de
su lugar de síntesis. Sus productos pueden ser polipéptidos (es el caso de la
mayoría de los genes) o ARN (ARNt, ARNr).
huella molecular: representación gráfica de determinadas secuencias del
genoma que funcionan como un código de barras de la identidad de un
individuo. El término también se aplica al patrón de bandas que en condiciones determinadas puede generar una muestra integrada por más de un
individuo.
índices de diversidad: son índices matemáticos que permiten definir y medir
la diversidad de especies a partir de conceptos ecológicos como variedad,
riqueza, abundancia, dominancia, distribución de especies, etc. Algunos
de los más utilizados actualmente son el índice de diversidad de ShannonWeaver y el índice de dominancia de Simpson, los cuales fueron introducidos a mediados del siglo pasado.
inferencia filogenética: proceso de estimación que permite inferir la historia
de relaciones evolutivas o de ancestría entre varias especies. Se sustenta
en el concepto darviniano de “descendencia con modificación”, de forma
que los caracteres que se observan en las distintas especies, heredados a
partir de un ancestro común, son indicativos de una relación genealógica.
iniciadores: también denominados cebadores o primers, son oligonucleótidos
sintéticos (utilizados en la PCR) que hibridan con la región complementaria
al ADN molde que se desea amplificar y propician el inicio de la reacción de
elongación por la ADN polimerasa.
iniciadores modificados: iniciadores de PCR que contienen “extensiones” o secuencias adicionales en el extremo 5´, de manera que los productos amplificados en la reacción también incorporan las “extensiones” añadidas a los
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iniciadores. Los iniciadores se modifican para incorporar sitios de enzimas
de restricción, un codón de inicio, secuencias promotoras o bien, para proporcionar mayor estabilidad al producto amplificado.
marcador molecular: un marcador genético o marcador molecular es un segmento de ADN con una ubicación física identificable en un cromosoma y
cuya herencia se puede rastrear. Un marcador puede ser un gen, o puede
ser alguna sección del ADN sin función conocida.
marcador codominante: en genética de poblaciones se trata de marcadores
moleculares en los que pueden distinguirse todos los genotipos (tanto los
homócigos como los heterócigos).
marcador dominante: en genética de poblaciones se trata de marcadores moleculares en los que pueden observarse sólo dos clases genotípicas: AA + Aa
y aa; es decir, una de las clases homócigas se confunde con el heterócigo.
matriz de distancias: es un tipo de medida de similitud. Matemáticamente se
define como una matriz cuyos elementos representan las distancias entre
los puntos, tomados por pares, de un conjunto.
moléculas quiméricas: moléculas de ADN híbridas que se forman cuando
una molécula de ADN parcialmente elongada sirve como iniciador en el
siguiente ciclo de una reacción en cadena de la polimerasa. Las secuencias quiméricas pueden detectarse fácilmente con ciertos programas
informáticos.
multiplex: análisis simultáneo de más de una molécula blanco, que puede llevarse a cabo usando iniciadores o sondas marcados con diferentes fluoróforos en una misma reacción.
mutaciones puntuales: son cambios que afectan a pares de bases únicos.
nucleótido: monómero de los ácidos nucleicos, integrado por la combinación
de una base nitrogenada (purina o pirimidina), un azúcar (ribosa o desoxirribosa) y un grupo fosfato. Se obtiene como producto de la hidrólisis de
ácidos nucleicos por acción de nucleasas.
oligonucleótidos firma: marcadores moleculares frecuentemente utilizados
en Ecología Microbiana, pues consisten en secuencias cortas de ADN que
aparecen en todos (o en la mayor parte de) los miembros de un determinado grupo filogenético y nunca (o sólo raramente) están presentes en otros
grupos, incluidos los más próximos.
poliacrilamida: soporte empleado frecuentemente en electroforesis en gel,
químicamente inerte, de propiedades uniformes, capaz de ser preparado
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Herramientas moleculares aplicadas en ecología
de forma rápida y reproducible. Forma geles transparentes con estabilidad
mecánica, insolubles en agua, relativamente no iónicos y que permiten
buena visualización de las bandas durante tiempo prolongado. Los geles de
poliacrilamida resultan de la polimerización vinílica del monómero acrilamida y del monómero entrecruzador N, N’-metilen-bis-acrilamida.
pozol: bebida refrescante y nutritiva, de origen mesoamericano, que resulta
de la fermentación de maíz molido que posteriormente es diluido con agua
para producir una suspensión blanca. Se puede agregar a la bebida sal y chile molido, azúcar, cacao o miel, según el gusto o los fines a que se destine.
puente de hidrógeno: fuerza intermolecular relativamente débil que actúa
entre moléculas polares. Se forma entre un átomo pequeño altamente
electronegativo (como flúor, nitrógeno u oxígeno) y un átomo de hidrógeno unido covalentemente a otro átomo electronegativo. Atracción dipolo-dipolo entre moléculas polares que contienen las uniones F-H, O-H
y N-H.
rampa de tiempo: durante la PCR , es el tiempo necesario para que el bloque
del termociclador vaya de una temperatura a la siguiente. Esta temperatura dependerá del modelo del termociclador y de si el bloque es calentado
por lámpara o sistema peltier.
rasero: medida arbitraria, que se utiliza para determinar que dos o más cosas
tienen el mismo tamaño, intensidad, cantidad, etc.
reloj molecular: es una técnica que deduce el tiempo de divergencia de dos
taxa a partir del número de diferencias entre dos secuencias de ADN.
ruido basal: fluorescencia intrínseca emitida por los componentes de la mezcla de reacción al incidir en ellos fotones derivados de una fuente de luz
externa.
solución desnaturalizante de “alta densidad”: en DGGE es la solución con mayor concentración de urea y formamida y que determina el límite de mayor
concentración en el gradiente desnaturalizante formado a lo largo del gel
de poliacrilamida.
solución desnaturalizante de “baja densidad”: en DGGE es la solución con
menor concentración de urea y formamida y que determina el límite de
menor concentración en el gradiente desnaturalizante formado a lo largo
del gel de poliacrilamida.
spot: del inglés, punto o mancha de interés geométricamente localizada en un
espacio.
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swap: del inglés, invertir o intercambiar, en microarreglos se refiere al cambio
de un fluoróforo de la muestra control por el de la muestra experimental y
viceversa.
temperatura de fusión (Tm): se define como la temperatura a la cual se ha
desnaturalizado la mitad de ADN de doble hélice de una mezcla desconocida que se ha sometido a calentamiento. Cuanto mayor es el contenido en
GC , mayor cantidad de calor se deberá suministrar para desnaturalizar al
ADN .
transcripción reversa: síntesis de una molécula de ADN catalizada por la enzima retrotranscriptasa a partir de un molde de ARN.
urea: la urea, también conocida como carbamida, carbonildiamida o ácido arbamídico, es el nombre del ácido carbónico de la diamida. Es un compuesto
orgánico cristalino, blanco, higroscópico, soluble en agua, de fórmula molecular CO(NH2)2. Es el principal producto del metabolismo de proteínas en el
hombre y en los demás mamíferos.
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Herramientas moleculares aplicadas en ecología